More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2378 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2378  alanine racemase  100 
 
 		 349 aa  699    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.90664 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2460  alanine racemase  68.02 
 
 		 349 aa  463  1e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.317567  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1123  alanine racemase  68.02 
 
 		 349 aa  463  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.12634 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1068  alanine racemase  68.02 
 
 		 349 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1779  alanine racemase  62.72 
 
 		 345 aa  450  1e-125  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155065  normal  0.202897 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1739  alanine racemase  63.74 
 
 		 342 aa  429  1e-119  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0813541  normal  0.651702 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3689  alanine racemase  58.65 
 
 		 365 aa  352  4e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.376484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0672  alanine racemase  43.9 
 
 		 383 aa  248  1e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15843  hitchhiker  0.005206 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1300  alanine racemase  45.18 
 
 		 387 aa  242  7.999999999999999e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0409  alanine racemase  44.78 
 
 		 374 aa  238  2e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4830  alanine racemase  44.08 
 
 		 377 aa  236  6e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1502  alanine racemase  44.41 
 
 		 388 aa  236  6e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.196094  normal  0.259657 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0914  alanine racemase  41.42 
 
 		 409 aa  234  2.0000000000000002e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.452475  decreased coverage  0.000000188246 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1445  alanine racemase  41.41 
 
 		 380 aa  233  3e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1192  alanine racemase  42.55 
 
 		 389 aa  233  5e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.183521  normal  0.216373 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6080  alanine racemase  41.5 
 
 		 374 aa  231  1e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2289  alanine racemase  43.84 
 
 		 407 aa  231  1e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.637547  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1508  alanine racemase  41.03 
 
 		 387 aa  231  1e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.453839  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0923  alanine racemase  41.35 
 
 		 396 aa  230  2e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.489624  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2290  alanine racemase  42.59 
 
 		 398 aa  230  2e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.669413  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3807  putative alanine racemase (alr)  42.16 
 
 		 394 aa  231  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193954  normal  0.427628 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4822  alanine racemase  45.33 
 
 		 377 aa  230  2e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.55771  normal  0.0192728 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0396  alanine racemase  42.22 
 
 		 385 aa  230  3e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.124132  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1208  alanine racemase  41.6 
 
 		 366 aa  230  3e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0865  alanine racemase  41.35 
 
 		 396 aa  229  4e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0599236  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0730  alanine racemase  42.47 
 
 		 408 aa  229  5e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632943  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2014  alanine racemase region  41.42 
 
 		 395 aa  227  2e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109646  normal  0.427468 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0807  alanine racemase  44.69 
 
 		 378 aa  226  5.0000000000000005e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2506  alanine racemase  44.9 
 
 		 360 aa  223  3e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.677402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3482  alanine racemase  42.86 
 
 		 408 aa  223  4.9999999999999996e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.552897 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4776  alanine racemase  42.82 
 
 		 377 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.102133 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2403  alanine racemase  43.77 
 
 		 357 aa  219  3.9999999999999997e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.438825  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3495  alanine racemase  40.44 
 
 		 413 aa  219  6e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2992  alanine racemase  42.82 
 
 		 409 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.926877  normal  0.268304 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2871  alanine racemase  43.94 
 
 		 357 aa  218  1e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4632  alanine racemase  41.99 
 
 		 370 aa  216  5e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.536129  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4410  alanine racemase  42.74 
 
 		 363 aa  215  9e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.280318 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3937  alanine racemase  42.11 
 
 		 342 aa  213  5.999999999999999e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.155523 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1046  alanine racemase  40.54 
 
 		 388 aa  211  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0986  alanine racemase  41.49 
 
 		 389 aa  211  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0601461  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1093  alanine racemase  37.43 
 
 		 373 aa  211  2e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0327033  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4305  alanine racemase  41.52 
 
 		 342 aa  208  9e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2457  alanine racemase  42.03 
 
 		 423 aa  207  3e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3896  alanine racemase  44.63 
 
 		 364 aa  202  9e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.655111  normal  0.213531 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0013  alanine racemase  41.62 
 
 		 348 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.326952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2595  alanine racemase  39.89 
 
 		 364 aa  189  7e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.056073 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1227  alanine racemase  41.45 
 
 		 348 aa  189  7e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0650  alanine racemase  40.28 
 
 		 358 aa  186  8e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000416834 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2308  alanine racemase  37.16 
 
 		 379 aa  185  1.0000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1952  alanine racemase  39.66 
 
 		 356 aa  173  2.9999999999999996e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65110  biosynthetic alanine racemase  37.85 
 
 		 358 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002338  alanine racemase biosynthetic  33.06 
 
 		 361 aa  166  6.9999999999999995e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00173731  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5657  biosynthetic alanine racemase  38.42 
 
 		 358 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2882  alanine racemase  33.43 
 
 		 360 aa  164  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0191  alanine racemase  31.75 
 
 		 358 aa  163  3e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2783  alanine racemase  33.98 
 
 		 375 aa  161  1e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000262761  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00017  alanine racemase  32.96 
 
 		 366 aa  160  4e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1082  alanine racemase  32.22 
 
 		 364 aa  159  6e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00790418  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4605  alanine racemase  34.81 
 
 		 359 aa  159  7e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03925  alanine racemase  34.81 
 
 		 359 aa  158  1e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.190319  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3940  alanine racemase  34.81 
 
 		 359 aa  158  1e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4514  alanine racemase  34.81 
 
 		 359 aa  158  1e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4293  alanine racemase  34.81 
 
 		 359 aa  158  1e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03885  hypothetical protein  34.81 
 
 		 359 aa  158  1e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.182053  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4542  alanine racemase  34.81 
 
 		 359 aa  158  1e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3975  alanine racemase  34.81 
 
 		 359 aa  158  1e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.379875 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8142  alanine racemase  41.3 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.170675  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0932  alanine racemase, biosynthetic  31.94 
 
 		 364 aa  157  2e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6556  alanine racemase  35.59 
 
 		 388 aa  157  2e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0259  alanine racemase  34.68 
 
 		 396 aa  157  2e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.060575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00596  alanine racemase  33.33 
 
 		 358 aa  156  4e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5555  alanine racemase  34.25 
 
 		 359 aa  156  6e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3109  alanine racemase  33.61 
 
 		 373 aa  153  4e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.874814 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0257  alanine racemase  35.26 
 
 		 359 aa  152  5.9999999999999996e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0383  alanine racemase  33.43 
 
 		 358 aa  152  8e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0172619  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0390  alanine racemase  32.79 
 
 		 395 aa  150  2e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.185126  normal  0.667441 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4025  alanine racemase  31.98 
 
 		 375 aa  150  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0824  alanine racemase  28.53 
 
 		 380 aa  150  3e-35  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.664033  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17091  alanine racemase  30 
 
 		 399 aa  150  4e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01680  alanine racemase  30.35 
 
 		 379 aa  149  5e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0928  alanine racemase  36.94 
 
 		 361 aa  149  6e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1359  alanine racemase  34.38 
 
 		 356 aa  149  7e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3277  alanine racemase  33.72 
 
 		 358 aa  149  8e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.323363  unclonable  0.00000258476 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4495  alanine racemase  34.43 
 
 		 359 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.182607  normal  0.0659463 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4641  alanine racemase  34.43 
 
 		 359 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.291614 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3637  alanine racemase  33.06 
 
 		 359 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4589  alanine racemase  34.43 
 
 		 359 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3057  alanine racemase  33.52 
 
 		 364 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0113499  normal  0.425267 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04590  alanine racemase  33.78 
 
 		 378 aa  148  2.0000000000000003e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.379563 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4590  alanine racemase  34.43 
 
 		 359 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.718448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4504  alanine racemase  34.43 
 
 		 359 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0747  alanine racemase  33.44 
 
 		 358 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00105431  hitchhiker  0.000194512 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0738  alanine racemase  33.33 
 
 		 358 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0231981  decreased coverage  0.0000000000814721 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3637  alanine racemase  33.44 
 
 		 358 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000125734  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0717  alanine racemase  33.33 
 
 		 358 aa  146  6e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00955236  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1173  alanine racemase  33.77 
 
 		 383 aa  146  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.49691  normal  0.0522528 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1146  alanine racemase  33.77 
 
 		 383 aa  146  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1163  alanine racemase  33.77 
 
 		 383 aa  146  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.434451 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2381  alanine racemase  33.71 
 
 		 357 aa  145  8.000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.608946  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0562  alanine racemase  32.71 
 
 		 375 aa  145  9e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629716  normal  0.711821 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>