192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0182 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_0182  Peptidoglycan-binding LysM  100 
 
 		 187 aa  369  1e-101  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0139  membrane-bound lytic murein transglycosylase D, putative  31.68 
 
 		 451 aa  57.8  0.0000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.518176 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4500  Lytic transglycosylase catalytic  50 
 
 		 523 aa  57.8  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4463  Lytic transglycosylase catalytic  52.38 
 
 		 498 aa  56.2  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.689594  normal  0.530069 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1777  M24/M37 family peptidase  60 
 
 		 347 aa  55.5  0.0000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.193193  normal  0.0207649 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  52.38 
 
 		 544 aa  54.3  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4170  peptidoglycan-binding LysM  33.33 
 
 		 163 aa  54.3  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.301843  normal  0.177746 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1429  cell wall hydrolase, SleB  52.38 
 
 		 267 aa  53.9  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000499844  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  55.81 
 
 		 733 aa  52.4  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0917  LysM domain/BON superfamily protein  31.68 
 
 		 166 aa  52.4  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1516  peptidase M23B  59.52 
 
 		 367 aa  52  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0915  transport-associated  35.53 
 
 		 165 aa  52  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.629645  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0100  LysM domain-containing protein  47.62 
 
 		 324 aa  51.6  0.000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.54299  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2012  peptidoglycan-binding LysM  43.18 
 
 		 201 aa  51.6  0.000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.340695  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0952  LysM domain/BON superfamily protein  31 
 
 		 167 aa  51.2  0.000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.954636  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2964  NLP/P60 protein  44.68 
 
 		 208 aa  51.2  0.000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4039  transport-associated protein  39.13 
 
 		 156 aa  51.2  0.000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130048  normal  0.0885216 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0026  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  59.52 
 
 		 316 aa  50.8  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1694  peptidoglycan-binding LysM  60.98 
 
 		 444 aa  50.1  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.17683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2102  cell wall hydrolase, SleB  41.38 
 
 		 239 aa  50.1  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2028  membrane-bound lytic murein transglycosylase, putative  32.05 
 
 		 562 aa  49.3  0.00003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0551  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  46.15 
 
 		 377 aa  49.3  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.161209 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22030  Peptidoglycan-binding LysM  36.54 
 
 		 409 aa  49.3  0.00003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1755  NLP/P60 protein  48 
 
 		 255 aa  48.9  0.00004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2055  peptidoglycan-binding LysM  46.81 
 
 		 333 aa  48.9  0.00004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000227262  normal  0.0328069 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1855  Peptidoglycan-binding LysM  50 
 
 		 414 aa  48.9  0.00004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  52.17 
 
 		 570 aa  48.9  0.00004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0532  cell wall hydrolase/autolysin  46.94 
 
 		 563 aa  49.3  0.00004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00749255  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1096  cell wall hydrolase, SleB  57.14 
 
 		 304 aa  48.9  0.00004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.345588  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3834  Lytic transglycosylase catalytic  46.51 
 
 		 405 aa  48.5  0.00006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06410  cell wall hydrolase SleB  30.26 
 
 		 546 aa  48.1  0.00007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0899  cell wall hydrolase SleB  45.24 
 
 		 197 aa  48.1  0.00007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0841  Lytic transglycosylase catalytic  50.98 
 
 		 399 aa  48.1  0.00008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4897  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  54.55 
 
 		 476 aa  47.8  0.00009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.019111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0533  peptidoglycan-binding LysM  31.25 
 
 		 162 aa  47.8  0.00009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.235675  normal  0.091629 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4773  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  54.55 
 
 		 476 aa  47.8  0.00009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0122  NLP/P60 protein  53.49 
 
 		 301 aa  47.8  0.00009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.806641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0549  Peptidoglycan-binding LysM  31.25 
 
 		 162 aa  47.8  0.00009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  53.49 
 
 		 556 aa  47  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1211  NLP/P60 protein  40.38 
 
 		 338 aa  47.4  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000171376  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0874  transport-associated  39.44 
 
 		 163 aa  47.4  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.586964 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1554  NLP/P60  49.02 
 
 		 208 aa  47.4  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.68889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  36.51 
 
 		 534 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2729  peptidase M23B  48.89 
 
 		 389 aa  47  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.8886 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1636  Peptidoglycan-binding LysM  51.11 
 
 		 109 aa  47.4  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1251  Peptidase M23  31.4 
 
 		 430 aa  46.6  0.0002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.767497  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3022  NLP/P60 protein  50 
 
 		 289 aa  46.6  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.062405 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3365  NLP/P60 protein  44.23 
 
 		 342 aa  46.6  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0644  putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  37.29 
 
 		 679 aa  46.6  0.0002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.165193  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  36.67 
 
 		 515 aa  47  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4949  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  54.55 
 
 		 476 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0480001  normal  0.137764 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2898  Lytic transglycosylase catalytic  40.43 
 
 		 849 aa  45.8  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.52326 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  48.84 
 
 		 547 aa  46.2  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2097  NLP/P60 protein  47.92 
 
 		 341 aa  46.2  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  47.62 
 
 		 620 aa  46.2  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0026  peptidoglycan-binding lytic transglycosylase  46.51 
 
 		 495 aa  46.2  0.0003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.250795  normal  0.876942 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0486  CHAP domain-containing protein  40.82 
 
 		 334 aa  46.2  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0271604  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0499  CHAP domain-containing protein  40.82 
 
 		 334 aa  46.2  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000123555  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0598  peptidoglycan-binding LysM  33.33 
 
 		 508 aa  45.8  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5404  LysM domain protein  29.59 
 
 		 146 aa  45.4  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2798  cell wall hydrolase, SleB  37.5 
 
 		 277 aa  45.8  0.0004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3922  cell wall hydrolase/autolysin  49.06 
 
 		 542 aa  45.8  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00766484  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1297  transport-associated protein  30.21 
 
 		 156 aa  45.4  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.451371  normal  0.073309 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06400  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  40.48 
 
 		 797 aa  45.8  0.0004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0890  hypothetical protein  47.62 
 
 		 202 aa  45.4  0.0005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.874622  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6909  Mannosyl-glycoproteinendo-beta-N- acetylglucosami dase  43.75 
 
 		 619 aa  45.4  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.490682  normal  0.152044 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0258  histidine kinase  29.13 
 
 		 222 aa  45.4  0.0005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.469068 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1388  NLP/P60  52.08 
 
 		 303 aa  45.4  0.0005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.297937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2175  osmotically inducible periplasmic protein  36.99 
 
 		 166 aa  45.1  0.0005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.17152  normal  0.224433 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1626  cell wall hydrolase SleB  44.68 
 
 		 253 aa  45.4  0.0005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.193546  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0689  CHAP domain-containing protein  31.08 
 
 		 265 aa  45.4  0.0005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00699042  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0704  CHAP domain-containing protein  31.08 
 
 		 265 aa  45.4  0.0005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000444371  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1767  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  40.62 
 
 		 499 aa  45.4  0.0005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.247006  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2274  transport-associated  38.46 
 
 		 150 aa  45.1  0.0006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.431584  normal  0.766565 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4948  Peptidoglycan-binding LysM  31.73 
 
 		 153 aa  45.1  0.0006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21400  Peptidoglycan-binding LysM  27.82 
 
 		 500 aa  45.1  0.0006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0925  peptidoglycan binding domain-containing protein  47.73 
 
 		 327 aa  45.1  0.0006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1600  transport-associated  38.46 
 
 		 150 aa  45.1  0.0006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22240  Peptidoglycan-binding LysM  33.96 
 
 		 619 aa  45.1  0.0007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0598  peptidoglycan-binding LysM  40 
 
 		 590 aa  45.1  0.0007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  unclonable  0.0000000000165223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0484  cell wall hydrolase SleB  42.55 
 
 		 241 aa  44.7  0.0007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000226048  normal  0.576315 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0411  Lytic transglycosylase catalytic  45.24 
 
 		 447 aa  44.7  0.0007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000674118  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06440  polysaccharide deacetylase  47.06 
 
 		 405 aa  45.1  0.0007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.467697  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02472  murein hydrolase D  53.49 
 
 		 387 aa  44.7  0.0007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0920  spore coat assembly protein SafA  36.96 
 
 		 538 aa  44.7  0.0008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0454  periplasmic protein  32.5 
 
 		 202 aa  44.7  0.0008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.390695  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  55.56 
 
 		 550 aa  44.7  0.0008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2528  spore coat assembly protein SafA  36.96 
 
 		 432 aa  44.7  0.0008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03310  Peptidoglycan-binding LysM  47.17 
 
 		 523 aa  44.7  0.0009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0496  peptidoglycan-binding LysM  53.06 
 
 		 337 aa  44.7  0.0009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0756826 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1779  Peptidase M23  58.14 
 
 		 354 aa  44.7  0.0009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0486  lytic transglycosylase, catalytic  41.86 
 
 		 419 aa  44.7  0.0009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.232763  normal  0.0521482 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  45.24 
 
 		 595 aa  44.7  0.0009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2901  glycoside hydrolase family 18  52.38 
 
 		 420 aa  44.7  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0821  Peptidoglycan-binding LysM  48.89 
 
 		 164 aa  44.3  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.0727806 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0489  cell wall hydrolase/autolysin  47.62 
 
 		 560 aa  43.9  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000671829  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0071  Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase  42.5 
 
 		 303 aa  44.3  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.616993  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3357  cell wall hydrolase SleB  42.55 
 
 		 208 aa  43.9  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.17779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03561  LysM domain-containing protein  36 
 
 		 253 aa  44.3  0.001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0552  periplasmic protein  28.12 
 
 		 202 aa  43.9  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.783524  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>