298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0454 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0454  periplasmic protein  100 
 
 		 202 aa  384  1e-106  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.390695  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0552  periplasmic protein  95.05 
 
 		 202 aa  367  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.783524  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3632  periplasmic protein  67 
 
 		 204 aa  254  7e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0836  periplasmic protein  67.49 
 
 		 204 aa  254  7e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3503  periplasmic protein  67 
 
 		 204 aa  254  7e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0653  periplasmic protein  67.98 
 
 		 204 aa  239  2.9999999999999997e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.335563 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3585  periplasmic protein  65.48 
 
 		 218 aa  235  4e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0535  periplasmic protein  62.56 
 
 		 205 aa  226  2e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.388761  hitchhiker  0.00819185 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4815  periplasmic protein  60.1 
 
 		 205 aa  217  8.999999999999998e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4969  periplasmic protein  60.1 
 
 		 205 aa  217  8.999999999999998e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4882  periplasmic protein  60.1 
 
 		 205 aa  217  8.999999999999998e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0715597  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4917  periplasmic protein  60.1 
 
 		 205 aa  217  8.999999999999998e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4976  periplasmic protein  60.1 
 
 		 205 aa  217  8.999999999999998e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.163142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4923  periplasmic protein  59.9 
 
 		 201 aa  210  9e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.497608  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04251  periplasmic protein  59.9 
 
 		 201 aa  210  1e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.368391  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3623  transport-associated  59.9 
 
 		 201 aa  210  1e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04217  hypothetical protein  59.9 
 
 		 201 aa  210  1e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.310729  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3681  periplasmic protein  59.9 
 
 		 201 aa  210  1e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.261916  hitchhiker  0.00179473 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4610  periplasmic protein  59.9 
 
 		 201 aa  210  1e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0762495  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4973  periplasmic protein  59.9 
 
 		 201 aa  209  2e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00297721  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3465  periplasmic protein  53.96 
 
 		 202 aa  209  3e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5888  periplasmic protein  59.9 
 
 		 201 aa  209  3e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.223121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4919  periplasmic protein  59.9 
 
 		 201 aa  208  5e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.618733  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1193  transport-associated protein  48.32 
 
 		 199 aa  120  9.999999999999999e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1195  transport-associated protein  40.51 
 
 		 192 aa  116  3e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0073  transport-associated  39.86 
 
 		 196 aa  95.1  6e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0258  histidine kinase  30.23 
 
 		 222 aa  80.9  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.469068 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2185  transport-associated  36.6 
 
 		 255 aa  79.7  0.00000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4004  transport-associated  49.33 
 
 		 104 aa  75.5  0.0000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.38345  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1501  transport-associated protein  49.35 
 
 		 104 aa  74.7  0.0000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0278  periplasmic or secreted lipoprotein  46.99 
 
 		 103 aa  73.9  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2673  transport-associated  54.93 
 
 		 104 aa  74.3  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000178392 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2170  transport-associated  49.33 
 
 		 104 aa  73.6  0.000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.395466  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2047  transport-associated protein  51.43 
 
 		 104 aa  72.8  0.000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186123  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0425  hypothetical protein  33.55 
 
 		 183 aa  71.2  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2048  transport-associated  49.3 
 
 		 104 aa  70.9  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1939  phospholipid-binding domain-containing protein  49.3 
 
 		 104 aa  70.9  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.315443  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0950  transport-associated  51.95 
 
 		 171 aa  70.9  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.239728  normal  0.788848 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1094  transport-associated  51.95 
 
 		 171 aa  70.9  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2319  phospholipid-binding domain-containing protein  49.3 
 
 		 104 aa  70.9  0.00000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0449  hypothetical protein  33.11 
 
 		 183 aa  69.3  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3627  hypothetical protein  37.14 
 
 		 190 aa  68.9  0.00000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4234  transport-associated  36 
 
 		 215 aa  67.8  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.855371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2300  transport-associated  34.46 
 
 		 217 aa  67.4  0.0000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.53534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0063  transport-associated  45.33 
 
 		 110 aa  67  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.37402  normal  0.306207 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4402  transport-associated  35.29 
 
 		 192 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.148625 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0477  transport-associated  45.68 
 
 		 103 aa  66.6  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3514  transport-associated  41.76 
 
 		 104 aa  66.2  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2837  transport-associated  41.76 
 
 		 104 aa  66.2  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.47962  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01237  putative hyperosmotically inducible periplasmic protein  32.74 
 
 		 175 aa  66.2  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.315155  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4526  transport-associated  35.29 
 
 		 192 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0930  transport-associated  35.29 
 
 		 192 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1322  transport-associated protein  35.29 
 
 		 192 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2000  transport-associated protein  34.46 
 
 		 185 aa  65.9  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0471437  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1033  transport-associated  44.74 
 
 		 134 aa  65.1  0.0000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.232129  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57510  putative secreted lipoprotein  32.1 
 
 		 192 aa  65.1  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0189  hypothetical protein  31.97 
 
 		 215 aa  64.7  0.0000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.193269 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0916  transport-associated  37.62 
 
 		 104 aa  64.7  0.0000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3297  transport-associated  30.22 
 
 		 201 aa  64.7  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.173268  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1788  transport-associated  46.43 
 
 		 103 aa  64.3  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0663263  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2343  transport-associated  40 
 
 		 104 aa  63.9  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.259537  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03017  hypothetical protein  33.56 
 
 		 191 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0555  transport-associated  33.56 
 
 		 191 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3632  hypothetical protein  33.56 
 
 		 191 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4469  hypothetical protein  33.56 
 
 		 191 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02968  hypothetical protein  33.56 
 
 		 191 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0548  hypothetical protein  33.56 
 
 		 191 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.496742  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3445  hypothetical protein  33.56 
 
 		 191 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0826  transport-associated  31.17 
 
 		 245 aa  63.9  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0362569 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13110  hypothetical protein  34.17 
 
 		 161 aa  63.5  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3785  hypothetical protein  35.71 
 
 		 191 aa  63.9  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00453791  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3867  transport-associated  42.67 
 
 		 104 aa  63.5  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3622  hypothetical protein  33.56 
 
 		 191 aa  63.9  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3342  hypothetical protein  33.56 
 
 		 191 aa  63.9  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4998  putative lipoprotein  31.48 
 
 		 192 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.263747  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3156  phospholipid-binding domain-containing protein  42.22 
 
 		 246 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3027  phospholipid-binding domain-containing protein  42.22 
 
 		 184 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.119447  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001941  putative hyperosmotically inducible periplasmic protein  31.33 
 
 		 183 aa  62.4  0.000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1376  osmotically inducible protein Y  42.22 
 
 		 174 aa  62.8  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.177857  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4429  transport-associated  34.01 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0262  transport-associated protein  34.64 
 
 		 279 aa  62.4  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4562  transport-associated  34.01 
 
 		 215 aa  62.4  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.266043 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1123  hypothetical protein  37.41 
 
 		 191 aa  62  0.000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0908  transport-associated  34.4 
 
 		 177 aa  61.6  0.000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.324141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2199  putative transport-associated  30.34 
 
 		 191 aa  61.6  0.000000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0589  phospholipid-binding domain-containing protein  30.61 
 
 		 183 aa  61.6  0.000000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7765  Smc22-1 ( osmotically inducible sensory protein)  32.21 
 
 		 217 aa  61.6  0.000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.705157  normal  0.17558 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2909  putative lipoprotein  37.5 
 
 		 104 aa  60.8  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.434819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3587  hypothetical protein  33.79 
 
 		 191 aa  60.8  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.666559  normal  0.189864 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7783  putative osmotically-inducible protein Y (precursor)  34.21 
 
 		 220 aa  60.8  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.379132  normal  0.155349 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0333  hypothetical protein  33.33 
 
 		 279 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0536  hypothetical protein  36.73 
 
 		 191 aa  60.1  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.35439  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2802  transport-associated  33.57 
 
 		 184 aa  60.1  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0472  hypothetical protein  36.73 
 
 		 191 aa  60.1  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2264  transport-associated  27.7 
 
 		 216 aa  60.1  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4039  transport-associated protein  33.57 
 
 		 156 aa  60.1  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130048  normal  0.0885216 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1642  putative periplasmic protein  44.44 
 
 		 144 aa  59.7  0.00000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0830703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1649  transport-associated protein  40.3 
 
 		 130 aa  59.7  0.00000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5578  transport-associated  31.97 
 
 		 217 aa  59.7  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00026661  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6897  transport-associated  34.01 
 
 		 217 aa  59.7  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35821  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>