150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4039 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_4039  transport-associated protein  100 
 
 
156 aa  308  2e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130048  normal  0.0885216 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0874  transport-associated  47.52 
 
 
163 aa  128  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.586964 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0915  transport-associated  46.58 
 
 
165 aa  106  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.629645  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1600  transport-associated  48.09 
 
 
150 aa  96.3  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2274  transport-associated  48.09 
 
 
150 aa  96.3  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.431584  normal  0.766565 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3022  transport-associated  43.06 
 
 
158 aa  95.5  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.631889  normal  0.200341 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4115  transport-associated  48.44 
 
 
166 aa  82.8  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1033  transport-associated  37.01 
 
 
134 aa  77.4  0.00000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.232129  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2175  osmotically inducible periplasmic protein  39.29 
 
 
166 aa  77  0.00000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.17152  normal  0.224433 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0258  histidine kinase  54.29 
 
 
222 aa  69.3  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.469068 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1642  putative periplasmic protein  48.05 
 
 
144 aa  68.6  0.00000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0830703  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2052  transport-associated protein  35.71 
 
 
139 aa  64.7  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0950  transport-associated  43.24 
 
 
171 aa  65.1  0.0000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.239728  normal  0.788848 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1094  transport-associated  43.24 
 
 
171 aa  65.1  0.0000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0454  periplasmic protein  37.27 
 
 
202 aa  64.7  0.0000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.390695  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0552  periplasmic protein  36.36 
 
 
202 aa  63.5  0.0000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.783524  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5436  transport-associated  45.21 
 
 
113 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.627744 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2047  transport-associated protein  39.51 
 
 
104 aa  58.5  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186123  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0477  transport-associated  39.51 
 
 
103 aa  58.5  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1170  phospholipid binding protein  43.84 
 
 
112 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.191898 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0535  periplasmic protein  33.9 
 
 
205 aa  58.9  0.00000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.388761  hitchhiker  0.00819185 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1805  transport-associated protein  40.28 
 
 
106 aa  57.4  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2407  transport-associated protein  39.51 
 
 
104 aa  57  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00333473  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0278  periplasmic or secreted lipoprotein  36.99 
 
 
103 aa  56.2  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4919  periplasmic protein  33.04 
 
 
201 aa  55.8  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.618733  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4969  periplasmic protein  31.58 
 
 
205 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2542  transport-associated protein  42.86 
 
 
105 aa  55.1  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000702242 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0063  transport-associated  37.84 
 
 
110 aa  55.5  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.37402  normal  0.306207 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4917  periplasmic protein  31.58 
 
 
205 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4815  periplasmic protein  31.58 
 
 
205 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0916  transport-associated  41.1 
 
 
104 aa  55.5  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4976  periplasmic protein  31.58 
 
 
205 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.163142  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4882  periplasmic protein  31.58 
 
 
205 aa  55.5  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0715597  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04251  periplasmic protein  33.04 
 
 
201 aa  55.1  0.0000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.368391  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3623  transport-associated  33.04 
 
 
201 aa  55.1  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43670  Transport-associated protein  37.89 
 
 
120 aa  55.1  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.226738  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5888  periplasmic protein  33.04 
 
 
201 aa  54.7  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.223121  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04217  hypothetical protein  33.04 
 
 
201 aa  55.1  0.0000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.310729  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4610  periplasmic protein  33.04 
 
 
201 aa  55.1  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0762495  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3585  periplasmic protein  31.93 
 
 
218 aa  54.7  0.0000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3681  periplasmic protein  33.04 
 
 
201 aa  55.1  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.261916  hitchhiker  0.00179473 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4923  periplasmic protein  33.04 
 
 
201 aa  55.1  0.0000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.497608  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5303  transport-associated  36.99 
 
 
112 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.320232  normal  0.0505821 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1671  transport-associated  42.86 
 
 
105 aa  54.3  0.0000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1501  transport-associated protein  38.89 
 
 
104 aa  53.1  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1372  transport-associated  41.1 
 
 
136 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.389649  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6457  transport-associated  41.1 
 
 
136 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.591912  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1939  phospholipid-binding domain-containing protein  40.28 
 
 
104 aa  53.5  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.315443  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4973  periplasmic protein  32.14 
 
 
201 aa  53.5  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00297721  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2319  phospholipid-binding domain-containing protein  40.28 
 
 
104 aa  53.5  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2048  transport-associated  40.28 
 
 
104 aa  53.5  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2261  transport-associated  43.84 
 
 
282 aa  52.4  0.000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0262  transport-associated protein  47.62 
 
 
279 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01237  putative hyperosmotically inducible periplasmic protein  34.07 
 
 
175 aa  52.8  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.315155  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5639  transport-associated  39.73 
 
 
134 aa  52.4  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.149696 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6387  transport-associated  39.73 
 
 
134 aa  52.4  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.508762 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0177  transport-associated  41.43 
 
 
276 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62690  hypothetical protein  40 
 
 
114 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3867  transport-associated  40.28 
 
 
104 aa  52  0.000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5456  hypothetical protein  40 
 
 
114 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.469146  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0333  hypothetical protein  46.03 
 
 
279 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2837  transport-associated  38.89 
 
 
104 aa  50.8  0.000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.47962  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3603  transport-associated  38.67 
 
 
116 aa  50.8  0.000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.335448  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3514  transport-associated  38.89 
 
 
104 aa  50.4  0.000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3156  phospholipid-binding domain-containing protein  34.57 
 
 
246 aa  50.8  0.000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3465  periplasmic protein  28.57 
 
 
202 aa  50.4  0.000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2416  transport-associated  34.41 
 
 
118 aa  49.7  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1376  osmotically inducible protein Y  34.57 
 
 
174 aa  50.1  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.177857  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4004  transport-associated  37.04 
 
 
104 aa  50.4  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.38345  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2203  transport-associated  35.53 
 
 
188 aa  50.1  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.801164  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3027  phospholipid-binding domain-containing protein  34.15 
 
 
184 aa  50.1  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.119447  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0653  periplasmic protein  37.18 
 
 
204 aa  49.7  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.335563 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1193  transport-associated protein  30.56 
 
 
199 aa  49.3  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1446  transport-associated  40 
 
 
125 aa  49.3  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.609395  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4133  transport-associated  40.91 
 
 
188 aa  48.9  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3244  transport-associated  40.3 
 
 
118 aa  48.5  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.688311  normal  0.631575 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1195  transport-associated protein  35.23 
 
 
192 aa  48.5  0.00003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2170  transport-associated  37.5 
 
 
104 aa  48.5  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.395466  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0875  transport-associated  36.99 
 
 
104 aa  48.1  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.647487  normal  0.347898 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5898  transport-associated  29.29 
 
 
116 aa  48.1  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3503  periplasmic protein  36.36 
 
 
204 aa  48.1  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0836  periplasmic protein  36.36 
 
 
204 aa  48.1  0.00005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3632  periplasmic protein  36.36 
 
 
204 aa  48.1  0.00005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2673  transport-associated  36.11 
 
 
104 aa  47.8  0.00006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000178392 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0182  Peptidoglycan-binding LysM  42.59 
 
 
187 aa  47.8  0.00006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0264  transport-associated  35.23 
 
 
187 aa  47.4  0.00008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.47721  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04303  putative phospholipid-binding domain family  37.68 
 
 
120 aa  47  0.00009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2251  transport-associated  38.16 
 
 
103 aa  46.6  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2343  transport-associated  40.28 
 
 
104 aa  46.6  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.259537  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6692  transport-associated  34.52 
 
 
543 aa  46.6  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6049  transport-associated  40 
 
 
134 aa  47  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0480722 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1784  transport-associated  32 
 
 
275 aa  45.8  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0010501  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2185  transport-associated  42.03 
 
 
255 aa  45.8  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5453  transport-associated protein  36.99 
 
 
134 aa  45.8  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.627587  hitchhiker  0.00543554 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0761  hypothetical protein  40.28 
 
 
103 aa  45.4  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3436  transport-associated  31.96 
 
 
127 aa  45.4  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.865751  normal  0.0604848 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4244  transport-associated protein  33.33 
 
 
136 aa  45.4  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1649  transport-associated protein  32.84 
 
 
130 aa  44.7  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3880  putative periplasmic protein  43.33 
 
 
117 aa  44.7  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3297  transport-associated  37.31 
 
 
201 aa  44.7  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.173268  normal  0.854509 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>