147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4260 on replicon NC_007901
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007901  Rfer_4260  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  100 
 
 		 831 aa  1736    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4747  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  32.98 
 
 		 844 aa  481  1e-134  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.290977 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5229  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  30 
 
 		 846 aa  382  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.738503  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2821  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  30.39 
 
 		 827 aa  366  1e-100  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.901669 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1522  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  30.23 
 
 		 815 aa  355  2e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6305  Type IV secretory pathway VirB4-like protein  28.47 
 
 		 818 aa  342  1e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5465  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  27.98 
 
 		 850 aa  340  7e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.257739  decreased coverage  0.00704778 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5609  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  27.9 
 
 		 825 aa  333  6e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.931017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6506  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  28.1 
 
 		 825 aa  321  3e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5013  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  25.71 
 
 		 892 aa  279  1e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5418  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  25.71 
 
 		 892 aa  278  2e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4227  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  23.37 
 
 		 821 aa  231  3e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.267872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3710  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  24.41 
 
 		 823 aa  210  7e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.693344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3538  conjugal transfer ATPase TrbE  25.98 
 
 		 813 aa  202  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0252817  normal  0.696341 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2348  conjugal transfer ATPase TrbE  24.45 
 
 		 810 aa  200  1.0000000000000001e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3854  conjugal transfer ATPase TrbE  25.49 
 
 		 830 aa  197  5.000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0508748  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2353  conjugal transfer ATPase TrbE  25.37 
 
 		 816 aa  195  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233122  normal  0.344124 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2581  conjugal transfer ATPase TrbE  25.09 
 
 		 816 aa  194  6e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1344  conjugal transfer ATPase TrbE  25.31 
 
 		 819 aa  192  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2030  conjugal transfer ATPase TrbE  26.3 
 
 		 813 aa  192  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2908  conjugal transfer ATPase TrbE  24.94 
 
 		 811 aa  192  2.9999999999999997e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.380632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2007  conjugal transfer ATPase TrbE  25.12 
 
 		 816 aa  191  4e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.581672  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0533  type IV secretion system ATPase VirB4  25.06 
 
 		 800 aa  191  5.999999999999999e-47  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5372  conjugal transfer ATPase TrbE  23.62 
 
 		 824 aa  191  5.999999999999999e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.259729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4198  conjugal transfer ATPase TrbE  24.91 
 
 		 813 aa  190  1e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.330213  normal  0.981224 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1838  conjugal transfer ATPase TrbE  24.94 
 
 		 808 aa  190  1e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0495  type IV secretion system ATPase VirB4  24.19 
 
 		 800 aa  189  2e-46  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.97813  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1319  conjugal transfer ATPase TrbE  24.78 
 
 		 819 aa  189  2e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5221  conjugal transfer ATPase TrbE  23.76 
 
 		 819 aa  188  4e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2271  conjugal transfer ATPase TrbE  24.2 
 
 		 812 aa  187  5e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2648  conjugal transfer ATPase TrbE  25.53 
 
 		 825 aa  187  6e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.947837  normal  0.965174 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3997  conjugal transfer ATPase TrbE  25.22 
 
 		 812 aa  187  6e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.678924 
 
 
-
 
NC_002978  WD0858  type IV secretion system ATPase VirB4  24.35 
 
 		 801 aa  187  7e-46  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4566  conjugal transfer protein TrbE  22.87 
 
 		 817 aa  187  8e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3694  conjugal transfer ATPase TrbE  24.5 
 
 		 820 aa  186  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5379  conjugal transfer protein TrbE  23.43 
 
 		 817 aa  187  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.325542 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0435  conjugal transfer ATPase TrbE  24.88 
 
 		 817 aa  186  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5485  conjugal transfer protein TrbE  21.29 
 
 		 815 aa  184  8.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00798845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1285  conjugal transfer ATPase TrbE  25 
 
 		 816 aa  183  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30910  conjugal transfer ATPase TrbE  25.19 
 
 		 817 aa  181  4e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000414209  unclonable  1.71741e-21 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35690  conjugal transfer ATPase TrbE  25 
 
 		 816 aa  181  4e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8331  conjugal transfer protein TrbE  22.92 
 
 		 820 aa  181  5.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.359626  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1898  conjugal transfer ATPase TrbE  25.12 
 
 		 817 aa  180  8e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1553  conjugal transfer ATPase TrbE  25.37 
 
 		 809 aa  180  8e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.215631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0315  conjugal transfer ATPase TrbE  29.83 
 
 		 821 aa  180  1e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3898  conjugal transfer ATPase TrbE  24.51 
 
 		 813 aa  179  1e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2321  conjugal transfer ATPase TrbE  24.75 
 
 		 811 aa  179  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3001  conjugal transfer ATPase TrbE  23.87 
 
 		 812 aa  179  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9265  conjugal transfer protein TrbE  22.98 
 
 		 822 aa  179  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.502143  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0863  type IV secretion system ATPase VirB4  24.24 
 
 		 803 aa  178  3e-43  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7744  conjugal transfer ATPase TrbE  24.63 
 
 		 812 aa  178  3e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.110925 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2349  conjugal transfer ATPase TrbE  25.15 
 
 		 820 aa  178  4e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3703  conjugal transfer ATPase TrbE  25 
 
 		 817 aa  177  8e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165131  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3503  conjugal transfer ATPase TrbE  24.25 
 
 		 823 aa  177  9.999999999999999e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.584656  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0729  conjugal transfer ATPase TrbE  25.03 
 
 		 816 aa  176  1.9999999999999998e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2881  conjugal transfer ATPase TrbE  24.44 
 
 		 812 aa  176  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.244722  normal  0.034415 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0050  conjugal transfer protein TrbE  24.72 
 
 		 845 aa  174  5e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7443  conjugal transfer ATPase TrbE  23.63 
 
 		 809 aa  174  7.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3830  conjugal transfer ATPase TrbE  23.99 
 
 		 818 aa  174  9e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1010  conjugal transfer ATPase TrbE  24.94 
 
 		 808 aa  173  1e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.611754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2696  conjugal transfer ATPase TrbE  24.44 
 
 		 823 aa  172  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0851108  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2503  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system  24.64 
 
 		 814 aa  172  3e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2611  conjugal transfer ATPase TrbE  24.85 
 
 		 829 aa  171  4e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0598  conjugal transfer ATPase TrbE  24.59 
 
 		 809 aa  171  5e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.657344  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1617  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system, conserved region  23.71 
 
 		 819 aa  171  6e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3367  conjugal transfer ATPase TrbE  23.93 
 
 		 814 aa  171  7e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3089  conjugal transfer ATPase TrbE  23.87 
 
 		 812 aa  170  1e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0746  conjugal transfer ATPase TrbE  29.17 
 
 		 812 aa  169  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.369643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3215  conjugal transfer ATPase TrbE  23.99 
 
 		 836 aa  168  4e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1503  conjugal transfer ATPase TrbE  23.54 
 
 		 813 aa  167  5.9999999999999996e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373275  normal  0.784639 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2483  conjugal transfer ATPase TrbE  24.36 
 
 		 814 aa  166  1.0000000000000001e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.260305 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2827  conjugal transfer ATPase TrbE  28.9 
 
 		 812 aa  167  1.0000000000000001e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.595122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6505  conjugal transfer protein TrbE  23.65 
 
 		 852 aa  166  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00158384  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6632  conjugal transfer protein TrbE  23.65 
 
 		 852 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0411416  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4271  conjugal transfer protein TrbE  23.65 
 
 		 852 aa  166  2.0000000000000002e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.000528773  normal  0.467859 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2228  conjugal transfer protein TrbE  23.35 
 
 		 854 aa  165  3e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0444639  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0696  conjugal transfer ATPase TrbE  28.57 
 
 		 847 aa  165  4.0000000000000004e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3197  conjugal transfer ATPase TrbE  24.29 
 
 		 877 aa  164  5.0000000000000005e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.468072  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1339  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  24.91 
 
 		 840 aa  163  1e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.18708 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0884  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  22.21 
 
 		 843 aa  163  1e-38  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0247  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  24.91 
 
 		 840 aa  163  1e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1191  conjugal transfer ATPase TrbE  23.46 
 
 		 816 aa  162  3e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3544  conjugal transfer ATPase TrbE  23.46 
 
 		 816 aa  162  3e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0164  conjugal transfer ATPase TrbE  26.44 
 
 		 822 aa  160  6e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.627498  normal  0.339359 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1638  conjugal transfer protein trbE, putative  24.67 
 
 		 840 aa  160  7e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1481  conjugal transfer ATPase TrbE  28.15 
 
 		 836 aa  160  8e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0386388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1717  conjugal transfer ATPase TrbE  24.97 
 
 		 819 aa  159  3e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.137188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0153  conjugal transfer ATPase TrbE  26.29 
 
 		 872 aa  159  3e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0963  conjugal transfer ATPase TrbE  23.41 
 
 		 813 aa  159  3e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1177  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  21.98 
 
 		 850 aa  157  5.0000000000000005e-37  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4346  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  22.62 
 
 		 793 aa  154  8.999999999999999e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.677673  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6206  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  24.87 
 
 		 839 aa  153  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.623322  normal  0.0559252 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9656  conjugal transfer protein TrbE  23.64 
 
 		 687 aa  152  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.419883  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0506  conjugal transfer ATPase TrbE  28.51 
 
 		 812 aa  152  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.496331  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6405  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  22.2 
 
 		 819 aa  151  5e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0682909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4562  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  21.79 
 
 		 805 aa  150  8e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.733697  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0677  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  22.69 
 
 		 796 aa  146  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5007  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  24.13 
 
 		 805 aa  145  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0207382  normal  0.0996879 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5086  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  22.47 
 
 		 790 aa  144  9e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4376  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  22.29 
 
 		 785 aa  139  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.851787 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>