178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1344 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_2881  conjugal transfer ATPase TrbE  60.32 
 
 		 812 aa  961    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.244722  normal  0.034415 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0746  conjugal transfer ATPase TrbE  60.82 
 
 		 812 aa  964    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.369643  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2581  conjugal transfer ATPase TrbE  90.3 
 
 		 816 aa  1491    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3503  conjugal transfer ATPase TrbE  91.48 
 
 		 823 aa  1513    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.584656  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0435  conjugal transfer ATPase TrbE  95.84 
 
 		 817 aa  1576    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2827  conjugal transfer ATPase TrbE  60.76 
 
 		 812 aa  972    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.595122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1010  conjugal transfer ATPase TrbE  63.26 
 
 		 808 aa  994    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.611754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3544  conjugal transfer ATPase TrbE  60.42 
 
 		 816 aa  976    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0598  conjugal transfer ATPase TrbE  60.86 
 
 		 809 aa  993    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.657344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5372  conjugal transfer ATPase TrbE  52.82 
 
 		 824 aa  830    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.259729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0315  conjugal transfer ATPase TrbE  61.71 
 
 		 821 aa  995    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1898  conjugal transfer ATPase TrbE  94.98 
 
 		 817 aa  1557    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2348  conjugal transfer ATPase TrbE  54.88 
 
 		 810 aa  918    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3538  conjugal transfer ATPase TrbE  60.49 
 
 		 813 aa  956    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0252817  normal  0.696341 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3898  conjugal transfer ATPase TrbE  60.69 
 
 		 813 aa  967    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0963  conjugal transfer ATPase TrbE  59.65 
 
 		 813 aa  939    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1344  conjugal transfer ATPase TrbE  100 
 
 		 819 aa  1665    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1553  conjugal transfer ATPase TrbE  94.88 
 
 		 809 aa  1527    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.215631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3089  conjugal transfer ATPase TrbE  60.67 
 
 		 812 aa  978    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2483  conjugal transfer ATPase TrbE  60.59 
 
 		 814 aa  966    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.260305 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2611  conjugal transfer ATPase TrbE  61.37 
 
 		 829 aa  982    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2349  conjugal transfer ATPase TrbE  48.82 
 
 		 820 aa  775    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0506  conjugal transfer ATPase TrbE  60.91 
 
 		 812 aa  938    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.496331  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2321  conjugal transfer ATPase TrbE  61.51 
 
 		 811 aa  964    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3854  conjugal transfer ATPase TrbE  60.32 
 
 		 830 aa  988    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0508748  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2007  conjugal transfer ATPase TrbE  90.67 
 
 		 816 aa  1493    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.581672  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30910  conjugal transfer ATPase TrbE  95.1 
 
 		 817 aa  1553    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000414209  unclonable  1.71741e-21 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35690  conjugal transfer ATPase TrbE  91.29 
 
 		 816 aa  1498    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2353  conjugal transfer ATPase TrbE  91.14 
 
 		 816 aa  1496    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233122  normal  0.344124 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1285  conjugal transfer ATPase TrbE  91.67 
 
 		 816 aa  1506    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5221  conjugal transfer ATPase TrbE  52.42 
 
 		 819 aa  766    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0153  conjugal transfer ATPase TrbE  60.79 
 
 		 872 aa  971    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1481  conjugal transfer ATPase TrbE  60.25 
 
 		 836 aa  938    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0386388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3197  conjugal transfer ATPase TrbE  61.04 
 
 		 877 aa  941    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.468072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0729  conjugal transfer ATPase TrbE  91.42 
 
 		 816 aa  1438    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4198  conjugal transfer ATPase TrbE  86.99 
 
 		 813 aa  1447    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.330213  normal  0.981224 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2030  conjugal transfer ATPase TrbE  59.1 
 
 		 813 aa  926    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2271  conjugal transfer ATPase TrbE  58.19 
 
 		 812 aa  933    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1717  conjugal transfer ATPase TrbE  49.88 
 
 		 819 aa  743    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.137188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0696  conjugal transfer ATPase TrbE  61.82 
 
 		 847 aa  992    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2908  conjugal transfer ATPase TrbE  91.82 
 
 		 811 aa  1507    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.380632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2648  conjugal transfer ATPase TrbE  89.91 
 
 		 825 aa  1507    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.947837  normal  0.965174 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3001  conjugal transfer ATPase TrbE  60.92 
 
 		 812 aa  993    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2696  conjugal transfer ATPase TrbE  91.11 
 
 		 823 aa  1505    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0851108  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1319  conjugal transfer ATPase TrbE  94.01 
 
 		 819 aa  1562    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1503  conjugal transfer ATPase TrbE  60.49 
 
 		 813 aa  984    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373275  normal  0.784639 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3367  conjugal transfer ATPase TrbE  60.86 
 
 		 814 aa  980    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7443  conjugal transfer ATPase TrbE  61.97 
 
 		 809 aa  1014    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7744  conjugal transfer ATPase TrbE  60.32 
 
 		 812 aa  954    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.110925 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3830  conjugal transfer ATPase TrbE  60.05 
 
 		 818 aa  962    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0164  conjugal transfer ATPase TrbE  58.19 
 
 		 822 aa  920    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.627498  normal  0.339359 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3694  conjugal transfer ATPase TrbE  61.83 
 
 		 820 aa  993    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3703  conjugal transfer ATPase TrbE  94.98 
 
 		 817 aa  1538    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165131  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3215  conjugal transfer ATPase TrbE  59.53 
 
 		 836 aa  932    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3997  conjugal transfer ATPase TrbE  61.17 
 
 		 812 aa  996    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.678924 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1191  conjugal transfer ATPase TrbE  60.42 
 
 		 816 aa  976    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1838  conjugal transfer ATPase TrbE  62.8 
 
 		 808 aa  1010    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4566  conjugal transfer protein TrbE  40.85 
 
 		 817 aa  590  1e-167  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5485  conjugal transfer protein TrbE  40.19 
 
 		 815 aa  589  1e-167  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00798845  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1617  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system, conserved region  40.27 
 
 		 819 aa  587  1e-166  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9265  conjugal transfer protein TrbE  40.12 
 
 		 822 aa  579  1e-164  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.502143  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2503  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system  42.98 
 
 		 814 aa  572  1.0000000000000001e-162  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5379  conjugal transfer protein TrbE  39.56 
 
 		 817 aa  568  1e-160  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.325542 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8331  conjugal transfer protein TrbE  39.66 
 
 		 820 aa  564  1.0000000000000001e-159  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.359626  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0247  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  38 
 
 		 840 aa  535  1e-150  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1339  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  38 
 
 		 840 aa  535  1e-150  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.18708 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1638  conjugal transfer protein trbE, putative  37.95 
 
 		 840 aa  532  1e-149  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0050  conjugal transfer protein TrbE  37.28 
 
 		 845 aa  530  1e-149  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6505  conjugal transfer protein TrbE  37.66 
 
 		 852 aa  527  1e-148  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00158384  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6632  conjugal transfer protein TrbE  37.66 
 
 		 852 aa  527  1e-148  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0411416  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4271  conjugal transfer protein TrbE  37.66 
 
 		 852 aa  526  1e-148  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.000528773  normal  0.467859 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2228  conjugal transfer protein TrbE  37.14 
 
 		 854 aa  521  1e-146  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0444639  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9656  conjugal transfer protein TrbE  41.35 
 
 		 687 aa  476  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.419883  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4692  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  33.21 
 
 		 808 aa  442  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2098  conjugal transfer protein trbE  61.07 
 
 		 401 aa  427  1e-118  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0884  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  31.68 
 
 		 843 aa  416  9.999999999999999e-116  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1177  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  31.38 
 
 		 850 aa  409  1.0000000000000001e-112  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0805  conjugal transfer protein  62.15 
 
 		 258 aa  317  6e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2821  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  27 
 
 		 827 aa  266  8.999999999999999e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.901669 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5229  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  25.75 
 
 		 846 aa  249  2e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.738503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5465  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  25.71 
 
 		 850 aa  233  2e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.257739  decreased coverage  0.00704778 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4747  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  25.43 
 
 		 844 aa  222  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.290977 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6305  Type IV secretory pathway VirB4-like protein  26.43 
 
 		 818 aa  222  3e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1522  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  27.55 
 
 		 815 aa  221  3.9999999999999997e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0863  type IV secretion system ATPase VirB4  25.97 
 
 		 803 aa  220  7e-56  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0858  type IV secretion system ATPase VirB4  30.66 
 
 		 801 aa  219  2e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0495  type IV secretion system ATPase VirB4  26.05 
 
 		 800 aa  219  2e-55  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.97813  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0533  type IV secretion system ATPase VirB4  25.91 
 
 		 800 aa  216  1.9999999999999998e-54  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4260  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  25.31 
 
 		 831 aa  192  2e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6206  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  30.5 
 
 		 839 aa  192  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.623322  normal  0.0559252 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4445  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  26.12 
 
 		 803 aa  192  2e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.346994  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5086  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  25.57 
 
 		 790 aa  192  2.9999999999999997e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6506  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  25.91 
 
 		 825 aa  189  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4177  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  27.96 
 
 		 804 aa  189  3e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.162179  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0677  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  24.21 
 
 		 796 aa  187  5e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4346  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  23.32 
 
 		 793 aa  187  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.677673  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5007  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  25.86 
 
 		 805 aa  182  2.9999999999999997e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0207382  normal  0.0996879 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4227  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  27.24 
 
 		 821 aa  181  4.999999999999999e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.267872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4376  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  24.43 
 
 		 785 aa  181  7e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.851787 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5609  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  24.82 
 
 		 825 aa  177  8e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.931017  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>