172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_4566 on replicon NC_007961
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010579  XfasM23_2228  conjugal transfer protein TrbE  46.67 
 
 		 854 aa  764    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0444639  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6505  conjugal transfer protein TrbE  50.37 
 
 		 852 aa  814    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00158384  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4692  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  42.42 
 
 		 808 aa  665    Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9656  conjugal transfer protein TrbE  72.5 
 
 		 687 aa  1068    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.419883  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4566  conjugal transfer protein TrbE  100 
 
 		 817 aa  1681    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6632  conjugal transfer protein TrbE  50.37 
 
 		 852 aa  814    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0411416  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9265  conjugal transfer protein TrbE  84.13 
 
 		 822 aa  1443    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.502143  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4271  conjugal transfer protein TrbE  50.24 
 
 		 852 aa  813    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.000528773  normal  0.467859 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2503  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system  44.84 
 
 		 814 aa  685    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1617  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system, conserved region  47.48 
 
 		 819 aa  780    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8331  conjugal transfer protein TrbE  83.84 
 
 		 820 aa  1422    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.359626  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5379  conjugal transfer protein TrbE  81.35 
 
 		 817 aa  1404    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.325542 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5485  conjugal transfer protein TrbE  81.78 
 
 		 815 aa  1400    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00798845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0050  conjugal transfer protein TrbE  46.86 
 
 		 845 aa  774    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4198  conjugal transfer ATPase TrbE  41.14 
 
 		 813 aa  602  1.0000000000000001e-171  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.330213  normal  0.981224 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2353  conjugal transfer ATPase TrbE  40.58 
 
 		 816 aa  598  1e-169  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233122  normal  0.344124 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2007  conjugal transfer ATPase TrbE  40.14 
 
 		 816 aa  592  1e-168  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.581672  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1344  conjugal transfer ATPase TrbE  40.85 
 
 		 819 aa  590  1e-167  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2908  conjugal transfer ATPase TrbE  40.72 
 
 		 811 aa  589  1e-167  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.380632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0247  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  39.3 
 
 		 840 aa  585  1e-166  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1339  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  39.3 
 
 		 840 aa  585  1e-166  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.18708 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2648  conjugal transfer ATPase TrbE  40.91 
 
 		 825 aa  585  1e-166  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.947837  normal  0.965174 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1638  conjugal transfer protein trbE, putative  39.3 
 
 		 840 aa  582  1.0000000000000001e-165  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0315  conjugal transfer ATPase TrbE  40.99 
 
 		 821 aa  584  1.0000000000000001e-165  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35690  conjugal transfer ATPase TrbE  40.6 
 
 		 816 aa  583  1.0000000000000001e-165  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1285  conjugal transfer ATPase TrbE  40.22 
 
 		 816 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1898  conjugal transfer ATPase TrbE  40.94 
 
 		 817 aa  579  1e-164  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1553  conjugal transfer ATPase TrbE  40.97 
 
 		 809 aa  580  1e-164  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.215631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2611  conjugal transfer ATPase TrbE  40.94 
 
 		 829 aa  578  1e-164  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1319  conjugal transfer ATPase TrbE  40.36 
 
 		 819 aa  580  1e-164  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7443  conjugal transfer ATPase TrbE  40.95 
 
 		 809 aa  580  1e-164  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5372  conjugal transfer ATPase TrbE  40.39 
 
 		 824 aa  578  1.0000000000000001e-163  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.259729  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2581  conjugal transfer ATPase TrbE  39.54 
 
 		 816 aa  574  1.0000000000000001e-162  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30910  conjugal transfer ATPase TrbE  40.97 
 
 		 817 aa  575  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000414209  unclonable  1.71741e-21 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0435  conjugal transfer ATPase TrbE  40.41 
 
 		 817 aa  573  1.0000000000000001e-162  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3503  conjugal transfer ATPase TrbE  40.58 
 
 		 823 aa  570  1e-161  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.584656  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2696  conjugal transfer ATPase TrbE  40.1 
 
 		 823 aa  570  1e-161  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0851108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3703  conjugal transfer ATPase TrbE  40.9 
 
 		 817 aa  570  1e-161  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165131  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0729  conjugal transfer ATPase TrbE  41.03 
 
 		 816 aa  559  1e-158  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2271  conjugal transfer ATPase TrbE  40.41 
 
 		 812 aa  561  1e-158  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3694  conjugal transfer ATPase TrbE  41.08 
 
 		 820 aa  560  1e-158  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3001  conjugal transfer ATPase TrbE  39.71 
 
 		 812 aa  559  1e-158  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3997  conjugal transfer ATPase TrbE  40.07 
 
 		 812 aa  556  1e-157  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.678924 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3854  conjugal transfer ATPase TrbE  41.46 
 
 		 830 aa  558  1e-157  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0508748  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1010  conjugal transfer ATPase TrbE  40.8 
 
 		 808 aa  559  1e-157  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.611754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3367  conjugal transfer ATPase TrbE  39.66 
 
 		 814 aa  555  1e-157  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1838  conjugal transfer ATPase TrbE  40.75 
 
 		 808 aa  558  1e-157  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2349  conjugal transfer ATPase TrbE  37.97 
 
 		 820 aa  552  1e-156  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3089  conjugal transfer ATPase TrbE  39.98 
 
 		 812 aa  555  1e-156  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3898  conjugal transfer ATPase TrbE  39.71 
 
 		 813 aa  553  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2483  conjugal transfer ATPase TrbE  40.7 
 
 		 814 aa  555  1e-156  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.260305 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1503  conjugal transfer ATPase TrbE  39.35 
 
 		 813 aa  550  1e-155  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373275  normal  0.784639 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0963  conjugal transfer ATPase TrbE  40.24 
 
 		 813 aa  547  1e-154  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0598  conjugal transfer ATPase TrbE  39.88 
 
 		 809 aa  546  1e-154  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.657344  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2348  conjugal transfer ATPase TrbE  38.23 
 
 		 810 aa  543  1e-153  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2827  conjugal transfer ATPase TrbE  39.69 
 
 		 812 aa  544  1e-153  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.595122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3538  conjugal transfer ATPase TrbE  38.57 
 
 		 813 aa  541  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0252817  normal  0.696341 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0696  conjugal transfer ATPase TrbE  39.83 
 
 		 847 aa  536  1e-151  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3215  conjugal transfer ATPase TrbE  39.35 
 
 		 836 aa  533  1e-150  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2881  conjugal transfer ATPase TrbE  40.12 
 
 		 812 aa  533  1e-150  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.244722  normal  0.034415 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1717  conjugal transfer ATPase TrbE  37.97 
 
 		 819 aa  530  1e-149  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.137188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1481  conjugal transfer ATPase TrbE  39.35 
 
 		 836 aa  530  1e-149  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0386388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3197  conjugal transfer ATPase TrbE  39.42 
 
 		 877 aa  529  1e-149  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.468072  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7744  conjugal transfer ATPase TrbE  39.57 
 
 		 812 aa  531  1e-149  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.110925 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1191  conjugal transfer ATPase TrbE  38.86 
 
 		 816 aa  531  1e-149  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3544  conjugal transfer ATPase TrbE  38.86 
 
 		 816 aa  531  1e-149  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0153  conjugal transfer ATPase TrbE  38.94 
 
 		 872 aa  526  1e-148  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2030  conjugal transfer ATPase TrbE  40.28 
 
 		 813 aa  528  1e-148  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0746  conjugal transfer ATPase TrbE  39.64 
 
 		 812 aa  527  1e-148  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.369643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2321  conjugal transfer ATPase TrbE  38.94 
 
 		 811 aa  523  1e-147  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0164  conjugal transfer ATPase TrbE  38.46 
 
 		 822 aa  521  1e-146  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.627498  normal  0.339359 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3830  conjugal transfer ATPase TrbE  39.68 
 
 		 818 aa  516  1.0000000000000001e-145  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0506  conjugal transfer ATPase TrbE  39.06 
 
 		 812 aa  506  9.999999999999999e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.496331  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5221  conjugal transfer ATPase TrbE  38.62 
 
 		 819 aa  491  1e-137  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0884  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  28.1 
 
 		 843 aa  351  4e-95  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1177  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  28.34 
 
 		 850 aa  346  8.999999999999999e-94  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5229  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  26.25 
 
 		 846 aa  277  4e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.738503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2098  conjugal transfer protein trbE  39.01 
 
 		 401 aa  239  1e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2821  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  27.31 
 
 		 827 aa  227  7e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.901669 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4747  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  24.36 
 
 		 844 aa  226  1e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.290977 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0863  type IV secretion system ATPase VirB4  25.55 
 
 		 803 aa  203  9.999999999999999e-51  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0858  type IV secretion system ATPase VirB4  27.81 
 
 		 801 aa  201  3.9999999999999996e-50  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4227  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  24.82 
 
 		 821 aa  201  6e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.267872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0255  Type IV secretory pathway AvhB4 protein  25.89 
 
 		 788 aa  198  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.849698 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5465  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  24.05 
 
 		 850 aa  198  4.0000000000000005e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.257739  decreased coverage  0.00704778 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4346  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  24.48 
 
 		 793 aa  194  4e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.677673  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0677  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  24.68 
 
 		 796 aa  192  1e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0495  type IV secretion system ATPase VirB4  26.44 
 
 		 800 aa  192  2.9999999999999997e-47  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.97813  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5007  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  25.68 
 
 		 805 aa  192  2.9999999999999997e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0207382  normal  0.0996879 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5086  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  24.53 
 
 		 790 aa  188  4e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0533  type IV secretion system ATPase VirB4  26.44 
 
 		 800 aa  187  5e-46  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4260  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  22.87 
 
 		 831 aa  187  8e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a009  secretion/conjugal transfer ATPase VirB3/4  20.7 
 
 		 924 aa  168  4e-40  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5609  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  23.08 
 
 		 825 aa  167  5e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.931017  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6206  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  24.17 
 
 		 839 aa  167  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.623322  normal  0.0559252 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4177  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  23.37 
 
 		 804 aa  165  4.0000000000000004e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.162179  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4376  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  23.83 
 
 		 785 aa  161  5e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.851787 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6305  Type IV secretory pathway VirB4-like protein  22.45 
 
 		 818 aa  160  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1522  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  23.3 
 
 		 815 aa  159  3e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6506  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  25.77 
 
 		 825 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>