173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5007 on replicon NC_009508
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008242  Meso_4346  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  52.56 
 
 		 793 aa  848    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.677673  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4376  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  46.2 
 
 		 785 aa  697    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.851787 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0255  Type IV secretory pathway AvhB4 protein  57.68 
 
 		 788 aa  924    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.849698 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5007  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  100 
 
 		 805 aa  1634    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0207382  normal  0.0996879 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0677  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  53.17 
 
 		 796 aa  843    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5086  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  54.62 
 
 		 790 aa  870    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5816  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  42.33 
 
 		 835 aa  608  1e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6325  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  39.85 
 
 		 829 aa  588  1e-166  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6159  type IV secretion system protein VirB4  41.06 
 
 		 789 aa  588  1e-166  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.0089682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8224  type IV secretion system protein VirB4  41.39 
 
 		 789 aa  576  1.0000000000000001e-163  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2655  putative Type IV secretion system protein VirB4/TraE  40.8 
 
 		 822 aa  569  1e-161  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0450  putative Type IV secretion system protein VirB4/TraE  40.85 
 
 		 823 aa  570  1e-161  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.228216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1756  putative Type IV secretion system protein VirB4/TraE  40.5 
 
 		 830 aa  567  1e-160  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0163  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  40.75 
 
 		 822 aa  562  1e-158  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0066  type IV secretion system protein VirB4  39.61 
 
 		 831 aa  555  1e-156  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0274973  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6504  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  39.27 
 
 		 821 aa  555  1e-156  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4851  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  39.63 
 
 		 826 aa  551  1e-155  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3315  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  39.63 
 
 		 826 aa  551  1e-155  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0060  type IV secretion system protein VirB4  39.61 
 
 		 831 aa  551  1e-155  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4200  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  39.63 
 
 		 826 aa  548  1e-154  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.985629 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4445  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  39.04 
 
 		 803 aa  545  1e-153  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.346994  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2441  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  38.09 
 
 		 815 aa  543  1e-153  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.06702  normal  0.584537 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1137  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  39.78 
 
 		 816 aa  535  1e-150  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3523  type IV secretion system protein VirB4  37.42 
 
 		 797 aa  513  1e-144  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0870  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  36.94 
 
 		 830 aa  508  9.999999999999999e-143  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6405  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  37.07 
 
 		 819 aa  506  9.999999999999999e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0682909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4562  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  36.59 
 
 		 805 aa  507  9.999999999999999e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.733697  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4177  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  36.6 
 
 		 804 aa  502  1e-141  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.162179  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0533  type IV secretion system ATPase VirB4  34.05 
 
 		 800 aa  495  9.999999999999999e-139  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0495  type IV secretion system ATPase VirB4  34.05 
 
 		 800 aa  495  9.999999999999999e-139  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.97813  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9821  type IV secretion protein AvhB4  36.07 
 
 		 819 aa  489  1e-137  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0858  type IV secretion system ATPase VirB4  34.01 
 
 		 801 aa  474  1e-132  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6206  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  34.84 
 
 		 839 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.623322  normal  0.0559252 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0863  type IV secretion system ATPase VirB4  33.08 
 
 		 803 aa  451  1e-125  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0037  triC protein  31.27 
 
 		 915 aa  424  1e-117  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a009  secretion/conjugal transfer ATPase VirB3/4  31.07 
 
 		 924 aa  415  1e-114  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0028  cmgB3/4  31.11 
 
 		 922 aa  409  1e-113  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0102  pilx4 protein  29.82 
 
 		 876 aa  388  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.894843 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0153  hypothetical protein  31.53 
 
 		 826 aa  377  1e-103  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7347  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  30.86 
 
 		 849 aa  375  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.327754 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0171  hypothetical protein  31.13 
 
 		 826 aa  362  1e-98  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0108  TriC protein  30.04 
 
 		 916 aa  357  3.9999999999999996e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1487  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  29.54 
 
 		 915 aa  352  2e-95  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5026  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system  30.68 
 
 		 804 aa  336  7.999999999999999e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.451352  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0180  cmgb3/4  35.86 
 
 		 561 aa  330  9e-89  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0012  conjugal transfer protein  28.34 
 
 		 792 aa  308  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.829213 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08213  conjugal transfer protein TraE  28.16 
 
 		 752 aa  291  3e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1173  type IV secretion system protein VirB4, putative  22.88 
 
 		 788 aa  261  3e-68  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3976  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  29.62 
 
 		 787 aa  259  1e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7534  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  28.27 
 
 		 857 aa  259  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0339872  normal  0.0463504 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3819  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system  29.78 
 
 		 791 aa  256  2.0000000000000002e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.321786  normal  0.020067 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3641  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  29.52 
 
 		 791 aa  253  8.000000000000001e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.227146 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0839  type IV secretion system protein VirB5  21.21 
 
 		 791 aa  207  7e-52  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0234971  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1041  type IV secretion system protein VirB4  21.45 
 
 		 791 aa  201  3.9999999999999996e-50  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0030  conjugal transfer protein  24.19 
 
 		 841 aa  194  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0315  conjugal transfer ATPase TrbE  26.76 
 
 		 821 aa  191  2.9999999999999997e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4566  conjugal transfer protein TrbE  25.68 
 
 		 817 aa  192  2.9999999999999997e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5485  conjugal transfer protein TrbE  25.61 
 
 		 815 aa  184  6e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00798845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9656  conjugal transfer protein TrbE  27.03 
 
 		 687 aa  183  1e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.419883  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35690  conjugal transfer ATPase TrbE  25.63 
 
 		 816 aa  182  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1344  conjugal transfer ATPase TrbE  25.86 
 
 		 819 aa  182  2.9999999999999997e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4198  conjugal transfer ATPase TrbE  26.43 
 
 		 813 aa  181  2.9999999999999997e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.330213  normal  0.981224 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8331  conjugal transfer protein TrbE  26.37 
 
 		 820 aa  182  2.9999999999999997e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.359626  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5379  conjugal transfer protein TrbE  25.55 
 
 		 817 aa  181  5.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.325542 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0884  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  23.86 
 
 		 843 aa  180  9e-44  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2908  conjugal transfer ATPase TrbE  25.69 
 
 		 811 aa  179  1e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.380632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2007  conjugal transfer ATPase TrbE  25.43 
 
 		 816 aa  179  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.581672  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1285  conjugal transfer ATPase TrbE  25.39 
 
 		 816 aa  179  2e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1339  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  26.33 
 
 		 840 aa  179  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.18708 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0247  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  26.33 
 
 		 840 aa  179  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9265  conjugal transfer protein TrbE  24.79 
 
 		 822 aa  177  5e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.502143  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2821  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  23.15 
 
 		 827 aa  177  7e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.901669 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5229  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  23.89 
 
 		 846 aa  177  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.738503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3703  conjugal transfer ATPase TrbE  25.72 
 
 		 817 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165131  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2271  conjugal transfer ATPase TrbE  27.23 
 
 		 812 aa  175  2.9999999999999996e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4747  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  24.4 
 
 		 844 aa  175  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.290977 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2581  conjugal transfer ATPase TrbE  25.82 
 
 		 816 aa  175  3.9999999999999995e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1638  conjugal transfer protein trbE, putative  26.06 
 
 		 840 aa  175  3.9999999999999995e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2353  conjugal transfer ATPase TrbE  25.03 
 
 		 816 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233122  normal  0.344124 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1553  conjugal transfer ATPase TrbE  25.17 
 
 		 809 aa  174  5e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.215631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0435  conjugal transfer ATPase TrbE  25.58 
 
 		 817 aa  174  5e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7443  conjugal transfer ATPase TrbE  26.11 
 
 		 809 aa  174  5.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1319  conjugal transfer ATPase TrbE  25.33 
 
 		 819 aa  174  6.999999999999999e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3367  conjugal transfer ATPase TrbE  27 
 
 		 814 aa  173  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3503  conjugal transfer ATPase TrbE  25.33 
 
 		 823 aa  172  2e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.584656  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30910  conjugal transfer ATPase TrbE  24.8 
 
 		 817 aa  172  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000414209  unclonable  1.71741e-21 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1898  conjugal transfer ATPase TrbE  24.93 
 
 		 817 aa  172  2e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2648  conjugal transfer ATPase TrbE  25.99 
 
 		 825 aa  171  4e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.947837  normal  0.965174 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3854  conjugal transfer ATPase TrbE  26.49 
 
 		 830 aa  171  6e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0508748  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1177  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  23.56 
 
 		 850 aa  170  1e-40  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4227  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  26.42 
 
 		 821 aa  170  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.267872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2030  conjugal transfer ATPase TrbE  25.69 
 
 		 813 aa  169  2e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2696  conjugal transfer ATPase TrbE  25.07 
 
 		 823 aa  169  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0851108  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2611  conjugal transfer ATPase TrbE  26.32 
 
 		 829 aa  168  2.9999999999999998e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1617  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system, conserved region  23.78 
 
 		 819 aa  169  2.9999999999999998e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1503  conjugal transfer ATPase TrbE  24.72 
 
 		 813 aa  167  5e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373275  normal  0.784639 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5372  conjugal transfer ATPase TrbE  23.67 
 
 		 824 aa  167  6.9999999999999995e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.259729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3898  conjugal transfer ATPase TrbE  25.14 
 
 		 813 aa  167  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2483  conjugal transfer ATPase TrbE  26.03 
 
 		 814 aa  164  8.000000000000001e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.260305 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2348  conjugal transfer ATPase TrbE  24.48 
 
 		 810 aa  164  9e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>