163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6632 on replicon NC_008385
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007337  Reut_D6505  conjugal transfer protein TrbE  100 
 
 		 852 aa  1749    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00158384  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9265  conjugal transfer protein TrbE  50.42 
 
 		 822 aa  825    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.502143  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4566  conjugal transfer protein TrbE  50.49 
 
 		 817 aa  815    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1617  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system, conserved region  45.82 
 
 		 819 aa  758    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5485  conjugal transfer protein TrbE  50.12 
 
 		 815 aa  816    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00798845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6632  conjugal transfer protein TrbE  100 
 
 		 852 aa  1749    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0411416  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4271  conjugal transfer protein TrbE  99.41 
 
 		 852 aa  1740    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.000528773  normal  0.467859 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2228  conjugal transfer protein TrbE  67.61 
 
 		 854 aa  1216    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0444639  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2503  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system  45.23 
 
 		 814 aa  664    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4692  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  41.6 
 
 		 808 aa  661    Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8331  conjugal transfer protein TrbE  51.4 
 
 		 820 aa  816    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.359626  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5379  conjugal transfer protein TrbE  49.82 
 
 		 817 aa  809    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.325542 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0050  conjugal transfer protein TrbE  68.54 
 
 		 845 aa  1250    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9656  conjugal transfer protein TrbE  50.43 
 
 		 687 aa  702    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.419883  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5372  conjugal transfer ATPase TrbE  37.73 
 
 		 824 aa  558  1e-157  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.259729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1285  conjugal transfer ATPase TrbE  38.35 
 
 		 816 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2348  conjugal transfer ATPase TrbE  38.14 
 
 		 810 aa  538  1e-151  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2648  conjugal transfer ATPase TrbE  38.81 
 
 		 825 aa  536  1e-151  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.947837  normal  0.965174 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2353  conjugal transfer ATPase TrbE  37.5 
 
 		 816 aa  534  1e-150  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233122  normal  0.344124 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7443  conjugal transfer ATPase TrbE  38.89 
 
 		 809 aa  533  1e-150  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35690  conjugal transfer ATPase TrbE  38.18 
 
 		 816 aa  532  1e-149  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0247  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  36.93 
 
 		 840 aa  531  1e-149  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1339  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  36.93 
 
 		 840 aa  531  1e-149  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.18708 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0315  conjugal transfer ATPase TrbE  38.55 
 
 		 821 aa  527  1e-148  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1344  conjugal transfer ATPase TrbE  37.66 
 
 		 819 aa  528  1e-148  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2007  conjugal transfer ATPase TrbE  37.38 
 
 		 816 aa  528  1e-148  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.581672  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1319  conjugal transfer ATPase TrbE  37.78 
 
 		 819 aa  527  1e-148  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1638  conjugal transfer protein trbE, putative  36.57 
 
 		 840 aa  525  1e-147  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2908  conjugal transfer ATPase TrbE  37.3 
 
 		 811 aa  524  1e-147  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.380632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2827  conjugal transfer ATPase TrbE  38.46 
 
 		 812 aa  523  1e-147  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.595122  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2581  conjugal transfer ATPase TrbE  37.05 
 
 		 816 aa  521  1e-146  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1898  conjugal transfer ATPase TrbE  37.59 
 
 		 817 aa  516  1.0000000000000001e-145  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0435  conjugal transfer ATPase TrbE  37.23 
 
 		 817 aa  516  1.0000000000000001e-145  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2271  conjugal transfer ATPase TrbE  38.62 
 
 		 812 aa  516  1.0000000000000001e-145  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1838  conjugal transfer ATPase TrbE  38.07 
 
 		 808 aa  518  1.0000000000000001e-145  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1553  conjugal transfer ATPase TrbE  37.35 
 
 		 809 aa  515  1e-144  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.215631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4198  conjugal transfer ATPase TrbE  36.61 
 
 		 813 aa  515  1e-144  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.330213  normal  0.981224 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2696  conjugal transfer ATPase TrbE  37.41 
 
 		 823 aa  512  1e-144  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0851108  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3503  conjugal transfer ATPase TrbE  37.17 
 
 		 823 aa  509  1e-143  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.584656  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3001  conjugal transfer ATPase TrbE  37 
 
 		 812 aa  511  1e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2030  conjugal transfer ATPase TrbE  38.05 
 
 		 813 aa  506  9.999999999999999e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2611  conjugal transfer ATPase TrbE  38.06 
 
 		 829 aa  508  9.999999999999999e-143  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30910  conjugal transfer ATPase TrbE  37.23 
 
 		 817 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000414209  unclonable  1.71741e-21 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1503  conjugal transfer ATPase TrbE  36.4 
 
 		 813 aa  506  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373275  normal  0.784639 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3694  conjugal transfer ATPase TrbE  37.22 
 
 		 820 aa  508  9.999999999999999e-143  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0598  conjugal transfer ATPase TrbE  37.2 
 
 		 809 aa  507  9.999999999999999e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.657344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3997  conjugal transfer ATPase TrbE  37.68 
 
 		 812 aa  509  9.999999999999999e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.678924 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3089  conjugal transfer ATPase TrbE  36.92 
 
 		 812 aa  503  1e-141  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3538  conjugal transfer ATPase TrbE  37.51 
 
 		 813 aa  505  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0252817  normal  0.696341 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3898  conjugal transfer ATPase TrbE  37.62 
 
 		 813 aa  504  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2483  conjugal transfer ATPase TrbE  38.03 
 
 		 814 aa  499  1e-140  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.260305 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3703  conjugal transfer ATPase TrbE  37.59 
 
 		 817 aa  502  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165131  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3854  conjugal transfer ATPase TrbE  37.24 
 
 		 830 aa  496  1e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0508748  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1010  conjugal transfer ATPase TrbE  38.04 
 
 		 808 aa  498  1e-139  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.611754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0696  conjugal transfer ATPase TrbE  37.66 
 
 		 847 aa  497  1e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1481  conjugal transfer ATPase TrbE  37.06 
 
 		 836 aa  490  1e-137  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0386388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3197  conjugal transfer ATPase TrbE  36.71 
 
 		 877 aa  492  1e-137  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.468072  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3367  conjugal transfer ATPase TrbE  36.11 
 
 		 814 aa  490  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7744  conjugal transfer ATPase TrbE  37.16 
 
 		 812 aa  490  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.110925 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3215  conjugal transfer ATPase TrbE  36.53 
 
 		 836 aa  492  1e-137  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2881  conjugal transfer ATPase TrbE  37.7 
 
 		 812 aa  489  1e-137  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.244722  normal  0.034415 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3830  conjugal transfer ATPase TrbE  38.2 
 
 		 818 aa  490  1e-137  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0153  conjugal transfer ATPase TrbE  36.24 
 
 		 872 aa  489  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0746  conjugal transfer ATPase TrbE  37.23 
 
 		 812 aa  486  1e-136  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.369643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0729  conjugal transfer ATPase TrbE  37.5 
 
 		 816 aa  485  1e-135  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0963  conjugal transfer ATPase TrbE  37.02 
 
 		 813 aa  484  1e-135  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2321  conjugal transfer ATPase TrbE  37.11 
 
 		 811 aa  480  1e-134  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5221  conjugal transfer ATPase TrbE  36.97 
 
 		 819 aa  480  1e-134  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0164  conjugal transfer ATPase TrbE  36.22 
 
 		 822 aa  482  1e-134  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.627498  normal  0.339359 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1191  conjugal transfer ATPase TrbE  36.48 
 
 		 816 aa  481  1e-134  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3544  conjugal transfer ATPase TrbE  36.48 
 
 		 816 aa  481  1e-134  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2349  conjugal transfer ATPase TrbE  33.94 
 
 		 820 aa  475  1e-132  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1717  conjugal transfer ATPase TrbE  36.21 
 
 		 819 aa  468  9.999999999999999e-131  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.137188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0506  conjugal transfer ATPase TrbE  36.59 
 
 		 812 aa  453  1.0000000000000001e-126  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.496331  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0884  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  28.25 
 
 		 843 aa  327  4.0000000000000003e-88  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1177  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  29.46 
 
 		 850 aa  325  3e-87  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2821  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  25.4 
 
 		 827 aa  240  8e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.901669 
 
 
-
 
NC_002978  WD0858  type IV secretion system ATPase VirB4  29.07 
 
 		 801 aa  218  5e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5465  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  24.29 
 
 		 850 aa  215  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.257739  decreased coverage  0.00704778 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0863  type IV secretion system ATPase VirB4  28.42 
 
 		 803 aa  213  1e-53  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2098  conjugal transfer protein trbE  35.48 
 
 		 401 aa  209  2e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0533  type IV secretion system ATPase VirB4  28.49 
 
 		 800 aa  206  2e-51  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0495  type IV secretion system ATPase VirB4  28.3 
 
 		 800 aa  204  4e-51  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.97813  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5229  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  23.27 
 
 		 846 aa  199  2.0000000000000003e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.738503  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4747  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  26.93 
 
 		 844 aa  189  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.290977 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4260  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  23.65 
 
 		 831 aa  166  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5007  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  25.44 
 
 		 805 aa  159  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0207382  normal  0.0996879 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4445  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  24.4 
 
 		 803 aa  155  4e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.346994  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4227  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  25.35 
 
 		 821 aa  154  7e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.267872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0677  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  25.04 
 
 		 796 aa  152  3e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4346  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  23.33 
 
 		 793 aa  151  4e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.677673  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1522  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  26.95 
 
 		 815 aa  151  5e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6305  Type IV secretory pathway VirB4-like protein  25.38 
 
 		 818 aa  148  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6405  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  22.59 
 
 		 819 aa  144  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0682909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0102  pilx4 protein  21.71 
 
 		 876 aa  143  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.894843 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6506  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  24.71 
 
 		 825 aa  140  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6206  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  23.68 
 
 		 839 aa  139  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.623322  normal  0.0559252 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5086  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  24.12 
 
 		 790 aa  139  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0255  Type IV secretory pathway AvhB4 protein  25.47 
 
 		 788 aa  138  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.849698 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4562  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  22.41 
 
 		 805 aa  138  4e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.733697  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>