168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3197 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2581  conjugal transfer ATPase TrbE  60.45 
 
 		 816 aa  964    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0963  conjugal transfer ATPase TrbE  73.11 
 
 		 813 aa  1184    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2648  conjugal transfer ATPase TrbE  60.07 
 
 		 825 aa  978    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.947837  normal  0.965174 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2271  conjugal transfer ATPase TrbE  65.09 
 
 		 812 aa  1063    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0315  conjugal transfer ATPase TrbE  73.72 
 
 		 821 aa  1213    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3503  conjugal transfer ATPase TrbE  61.35 
 
 		 823 aa  957    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.584656  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2349  conjugal transfer ATPase TrbE  46.67 
 
 		 820 aa  724    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3538  conjugal transfer ATPase TrbE  77.63 
 
 		 813 aa  1274    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0252817  normal  0.696341 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3898  conjugal transfer ATPase TrbE  77.81 
 
 		 813 aa  1259    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1010  conjugal transfer ATPase TrbE  74.56 
 
 		 808 aa  1192    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.611754  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1717  conjugal transfer ATPase TrbE  46.86 
 
 		 819 aa  676    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.137188  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2348  conjugal transfer ATPase TrbE  52.8 
 
 		 810 aa  868    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1344  conjugal transfer ATPase TrbE  61.04 
 
 		 819 aa  980    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1553  conjugal transfer ATPase TrbE  60.44 
 
 		 809 aa  954    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.215631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2483  conjugal transfer ATPase TrbE  73.37 
 
 		 814 aa  1176    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.260305 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2611  conjugal transfer ATPase TrbE  74.53 
 
 		 829 aa  1207    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0506  conjugal transfer ATPase TrbE  83.48 
 
 		 812 aa  1311    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.496331  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2321  conjugal transfer ATPase TrbE  85.13 
 
 		 811 aa  1353    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3854  conjugal transfer ATPase TrbE  77.09 
 
 		 830 aa  1296    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0508748  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2007  conjugal transfer ATPase TrbE  60.07 
 
 		 816 aa  955    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.581672  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30910  conjugal transfer ATPase TrbE  61.41 
 
 		 817 aa  960    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000414209  unclonable  1.71741e-21 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3089  conjugal transfer ATPase TrbE  82.73 
 
 		 812 aa  1345    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0435  conjugal transfer ATPase TrbE  61.28 
 
 		 817 aa  974    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1285  conjugal transfer ATPase TrbE  60.7 
 
 		 816 aa  966    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0153  conjugal transfer ATPase TrbE  88.75 
 
 		 872 aa  1503    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1481  conjugal transfer ATPase TrbE  83.49 
 
 		 836 aa  1362    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0386388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3197  conjugal transfer ATPase TrbE  100 
 
 		 877 aa  1759    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.468072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0729  conjugal transfer ATPase TrbE  60.07 
 
 		 816 aa  912    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4198  conjugal transfer ATPase TrbE  59.71 
 
 		 813 aa  965    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.330213  normal  0.981224 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2827  conjugal transfer ATPase TrbE  77.85 
 
 		 812 aa  1266    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.595122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2908  conjugal transfer ATPase TrbE  59.88 
 
 		 811 aa  967    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.380632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1319  conjugal transfer ATPase TrbE  61.41 
 
 		 819 aa  995    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5372  conjugal transfer ATPase TrbE  49.08 
 
 		 824 aa  764    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.259729  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35690  conjugal transfer ATPase TrbE  60.95 
 
 		 816 aa  964    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5221  conjugal transfer ATPase TrbE  48.84 
 
 		 819 aa  706    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3830  conjugal transfer ATPase TrbE  81.06 
 
 		 818 aa  1325    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2696  conjugal transfer ATPase TrbE  60.34 
 
 		 823 aa  959    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0851108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2030  conjugal transfer ATPase TrbE  57.63 
 
 		 813 aa  903    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1503  conjugal transfer ATPase TrbE  76.14 
 
 		 813 aa  1264    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373275  normal  0.784639 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3367  conjugal transfer ATPase TrbE  78.44 
 
 		 814 aa  1289    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7443  conjugal transfer ATPase TrbE  75.53 
 
 		 809 aa  1244    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7744  conjugal transfer ATPase TrbE  83.79 
 
 		 812 aa  1348    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.110925 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2353  conjugal transfer ATPase TrbE  60.45 
 
 		 816 aa  964    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233122  normal  0.344124 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0164  conjugal transfer ATPase TrbE  67.12 
 
 		 822 aa  1050    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.627498  normal  0.339359 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3694  conjugal transfer ATPase TrbE  74.69 
 
 		 820 aa  1216    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1898  conjugal transfer ATPase TrbE  61.65 
 
 		 817 aa  959    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3703  conjugal transfer ATPase TrbE  60.91 
 
 		 817 aa  936    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165131  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3215  conjugal transfer ATPase TrbE  86.17 
 
 		 836 aa  1390    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1191  conjugal transfer ATPase TrbE  82.88 
 
 		 816 aa  1356    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1838  conjugal transfer ATPase TrbE  60.82 
 
 		 808 aa  963    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3544  conjugal transfer ATPase TrbE  82.88 
 
 		 816 aa  1356    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0598  conjugal transfer ATPase TrbE  81.85 
 
 		 809 aa  1342    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.657344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0696  conjugal transfer ATPase TrbE  85.05 
 
 		 847 aa  1400    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0746  conjugal transfer ATPase TrbE  82.05 
 
 		 812 aa  1328    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.369643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2881  conjugal transfer ATPase TrbE  82.3 
 
 		 812 aa  1329    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.244722  normal  0.034415 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3001  conjugal transfer ATPase TrbE  82.86 
 
 		 812 aa  1368    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3997  conjugal transfer ATPase TrbE  82.86 
 
 		 812 aa  1361    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.678924 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1617  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system, conserved region  40.99 
 
 		 819 aa  598  1e-169  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2098  conjugal transfer protein trbE  75.27 
 
 		 401 aa  559  1e-158  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5379  conjugal transfer protein TrbE  39.23 
 
 		 817 aa  555  1e-156  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.325542 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4566  conjugal transfer protein TrbE  39.42 
 
 		 817 aa  550  1e-155  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2503  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system  39.93 
 
 		 814 aa  547  1e-154  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5485  conjugal transfer protein TrbE  37.54 
 
 		 815 aa  544  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00798845  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1339  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  37.83 
 
 		 840 aa  545  1e-153  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.18708 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9265  conjugal transfer protein TrbE  38.88 
 
 		 822 aa  543  1e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.502143  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0247  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  37.83 
 
 		 840 aa  545  1e-153  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1638  conjugal transfer protein trbE, putative  37.47 
 
 		 840 aa  538  1e-151  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8331  conjugal transfer protein TrbE  38.71 
 
 		 820 aa  527  1e-148  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.359626  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6505  conjugal transfer protein TrbE  36.71 
 
 		 852 aa  509  1e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00158384  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6632  conjugal transfer protein TrbE  36.71 
 
 		 852 aa  509  1e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0411416  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4271  conjugal transfer protein TrbE  36.83 
 
 		 852 aa  511  1e-143  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.000528773  normal  0.467859 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0050  conjugal transfer protein TrbE  35.41 
 
 		 845 aa  503  1e-141  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2228  conjugal transfer protein TrbE  36.01 
 
 		 854 aa  499  1e-140  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0444639  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9656  conjugal transfer protein TrbE  40.1 
 
 		 687 aa  458  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.419883  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0884  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  32.06 
 
 		 843 aa  455  1.0000000000000001e-126  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1177  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  31.84 
 
 		 850 aa  450  1e-125  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4692  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  33.09 
 
 		 808 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0805  conjugal transfer protein  74.5 
 
 		 258 aa  389  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2821  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  27.73 
 
 		 827 aa  277  6e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.901669 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5229  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  26.33 
 
 		 846 aa  250  7e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.738503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5086  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  27.17 
 
 		 790 aa  206  2e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0677  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  25.68 
 
 		 796 aa  204  5e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4747  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  24.55 
 
 		 844 aa  196  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.290977 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6305  Type IV secretory pathway VirB4-like protein  25.13 
 
 		 818 aa  194  6e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4346  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  26.11 
 
 		 793 aa  194  6e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.677673  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5465  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  26.62 
 
 		 850 aa  187  8e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.257739  decreased coverage  0.00704778 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4227  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  27.68 
 
 		 821 aa  181  5.999999999999999e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.267872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6405  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  28.3 
 
 		 819 aa  176  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0682909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0255  Type IV secretory pathway AvhB4 protein  24.49 
 
 		 788 aa  175  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.849698 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4260  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  25 
 
 		 831 aa  174  6.999999999999999e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4177  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  25.42 
 
 		 804 aa  173  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.162179  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0863  type IV secretion system ATPase VirB4  27.88 
 
 		 803 aa  171  5e-41  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2097  type IV secretion system protein VirB4  60.45 
 
 		 156 aa  171  8e-41  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0858  type IV secretion system ATPase VirB4  23.28 
 
 		 801 aa  169  2e-40  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1522  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  25.22 
 
 		 815 aa  167  8e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4562  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  26.54 
 
 		 805 aa  167  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.733697  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6506  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  25.27 
 
 		 825 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5816  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  25.19 
 
 		 835 aa  161  4e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9821  type IV secretion protein AvhB4  27.07 
 
 		 819 aa  161  4e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5609  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  24.91 
 
 		 825 aa  160  9e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.931017  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>