175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9656 on replicon NC_011991
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007337  Reut_D6505  conjugal transfer protein TrbE  50.43 
 
 		 852 aa  702    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00158384  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5485  conjugal transfer protein TrbE  71.28 
 
 		 815 aa  1052    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00798845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4566  conjugal transfer protein TrbE  72.5 
 
 		 817 aa  1068    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6632  conjugal transfer protein TrbE  50.43 
 
 		 852 aa  702    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0411416  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4271  conjugal transfer protein TrbE  50.58 
 
 		 852 aa  703    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.000528773  normal  0.467859 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1617  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system, conserved region  47.67 
 
 		 819 aa  694    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2228  conjugal transfer protein TrbE  45.92 
 
 		 854 aa  659    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0444639  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8331  conjugal transfer protein TrbE  70.89 
 
 		 820 aa  1048    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.359626  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9656  conjugal transfer protein TrbE  100 
 
 		 687 aa  1429    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.419883  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5379  conjugal transfer protein TrbE  70.14 
 
 		 817 aa  1037    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.325542 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9265  conjugal transfer protein TrbE  71.9 
 
 		 822 aa  1069    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.502143  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0050  conjugal transfer protein TrbE  48.32 
 
 		 845 aa  679    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2503  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system  44.81 
 
 		 814 aa  594  1e-168  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4692  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  43.13 
 
 		 808 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1339  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  41 
 
 		 840 aa  518  1.0000000000000001e-145  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.18708 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0247  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  41 
 
 		 840 aa  518  1.0000000000000001e-145  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1638  conjugal transfer protein trbE, putative  41 
 
 		 840 aa  514  1e-144  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1285  conjugal transfer ATPase TrbE  42.15 
 
 		 816 aa  483  1e-135  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2353  conjugal transfer ATPase TrbE  41.22 
 
 		 816 aa  484  1e-135  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233122  normal  0.344124 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5372  conjugal transfer ATPase TrbE  39.4 
 
 		 824 aa  482  1e-134  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.259729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0435  conjugal transfer ATPase TrbE  41.35 
 
 		 817 aa  476  1e-133  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0315  conjugal transfer ATPase TrbE  40.58 
 
 		 821 aa  477  1e-133  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1344  conjugal transfer ATPase TrbE  41.35 
 
 		 819 aa  476  1e-133  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2007  conjugal transfer ATPase TrbE  39.68 
 
 		 816 aa  478  1e-133  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.581672  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2696  conjugal transfer ATPase TrbE  41.24 
 
 		 823 aa  474  1e-132  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0851108  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1319  conjugal transfer ATPase TrbE  41.02 
 
 		 819 aa  472  1e-132  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3503  conjugal transfer ATPase TrbE  41.24 
 
 		 823 aa  473  1e-132  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.584656  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35690  conjugal transfer ATPase TrbE  41.07 
 
 		 816 aa  475  1e-132  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4198  conjugal transfer ATPase TrbE  40.25 
 
 		 813 aa  470  1.0000000000000001e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.330213  normal  0.981224 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2908  conjugal transfer ATPase TrbE  40.55 
 
 		 811 aa  470  1.0000000000000001e-131  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.380632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1503  conjugal transfer ATPase TrbE  41.4 
 
 		 813 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373275  normal  0.784639 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1838  conjugal transfer ATPase TrbE  41.12 
 
 		 808 aa  472  1.0000000000000001e-131  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2581  conjugal transfer ATPase TrbE  40.53 
 
 		 816 aa  469  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2348  conjugal transfer ATPase TrbE  38.59 
 
 		 810 aa  467  9.999999999999999e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1898  conjugal transfer ATPase TrbE  41.65 
 
 		 817 aa  468  9.999999999999999e-131  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7443  conjugal transfer ATPase TrbE  40.99 
 
 		 809 aa  466  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3703  conjugal transfer ATPase TrbE  40.45 
 
 		 817 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165131  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2611  conjugal transfer ATPase TrbE  41.47 
 
 		 829 aa  464  1e-129  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2648  conjugal transfer ATPase TrbE  40.59 
 
 		 825 aa  465  1e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.947837  normal  0.965174 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1553  conjugal transfer ATPase TrbE  39.65 
 
 		 809 aa  461  9.999999999999999e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.215631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30910  conjugal transfer ATPase TrbE  41.35 
 
 		 817 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000414209  unclonable  1.71741e-21 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2349  conjugal transfer ATPase TrbE  38.47 
 
 		 820 aa  461  9.999999999999999e-129  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0729  conjugal transfer ATPase TrbE  41.35 
 
 		 816 aa  456  1e-127  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3997  conjugal transfer ATPase TrbE  40.89 
 
 		 812 aa  457  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.678924 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0598  conjugal transfer ATPase TrbE  40.38 
 
 		 809 aa  457  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.657344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2271  conjugal transfer ATPase TrbE  40.1 
 
 		 812 aa  452  1.0000000000000001e-126  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3001  conjugal transfer ATPase TrbE  39.71 
 
 		 812 aa  454  1.0000000000000001e-126  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1481  conjugal transfer ATPase TrbE  40.22 
 
 		 836 aa  454  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0386388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3089  conjugal transfer ATPase TrbE  39.87 
 
 		 812 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3215  conjugal transfer ATPase TrbE  40.95 
 
 		 836 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1191  conjugal transfer ATPase TrbE  40.48 
 
 		 816 aa  455  1.0000000000000001e-126  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3544  conjugal transfer ATPase TrbE  40.48 
 
 		 816 aa  455  1.0000000000000001e-126  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1010  conjugal transfer ATPase TrbE  40.51 
 
 		 808 aa  450  1e-125  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.611754  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2827  conjugal transfer ATPase TrbE  41.9 
 
 		 812 aa  452  1e-125  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.595122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2030  conjugal transfer ATPase TrbE  40.83 
 
 		 813 aa  448  1.0000000000000001e-124  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3197  conjugal transfer ATPase TrbE  40.1 
 
 		 877 aa  448  1.0000000000000001e-124  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.468072  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0696  conjugal transfer ATPase TrbE  39.62 
 
 		 847 aa  447  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2483  conjugal transfer ATPase TrbE  40.7 
 
 		 814 aa  443  1e-123  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.260305 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0164  conjugal transfer ATPase TrbE  37.76 
 
 		 822 aa  444  1e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.627498  normal  0.339359 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3854  conjugal transfer ATPase TrbE  39.97 
 
 		 830 aa  441  9.999999999999999e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0508748  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3694  conjugal transfer ATPase TrbE  39.94 
 
 		 820 aa  440  9.999999999999999e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3898  conjugal transfer ATPase TrbE  40.06 
 
 		 813 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0963  conjugal transfer ATPase TrbE  39.94 
 
 		 813 aa  437  1e-121  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2321  conjugal transfer ATPase TrbE  40.1 
 
 		 811 aa  436  1e-121  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0153  conjugal transfer ATPase TrbE  39.46 
 
 		 872 aa  439  1e-121  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3367  conjugal transfer ATPase TrbE  36.8 
 
 		 814 aa  437  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3538  conjugal transfer ATPase TrbE  39.9 
 
 		 813 aa  433  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0252817  normal  0.696341 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7744  conjugal transfer ATPase TrbE  39.71 
 
 		 812 aa  435  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.110925 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0746  conjugal transfer ATPase TrbE  40.48 
 
 		 812 aa  433  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.369643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2881  conjugal transfer ATPase TrbE  40.48 
 
 		 812 aa  432  1e-119  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.244722  normal  0.034415 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5221  conjugal transfer ATPase TrbE  38.38 
 
 		 819 aa  432  1e-119  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3830  conjugal transfer ATPase TrbE  37.45 
 
 		 818 aa  427  1e-118  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1717  conjugal transfer ATPase TrbE  36.14 
 
 		 819 aa  425  1e-117  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.137188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0506  conjugal transfer ATPase TrbE  39.55 
 
 		 812 aa  414  1e-114  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.496331  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0884  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  29.56 
 
 		 843 aa  317  3e-85  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1177  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  30.83 
 
 		 850 aa  311  2e-83  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2098  conjugal transfer protein trbE  38.54 
 
 		 401 aa  248  3e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2821  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  27.61 
 
 		 827 aa  227  6e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.901669 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5229  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  26.67 
 
 		 846 aa  224  6e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.738503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0863  type IV secretion system ATPase VirB4  28.97 
 
 		 803 aa  200  6e-50  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0858  type IV secretion system ATPase VirB4  27.55 
 
 		 801 aa  197  4.0000000000000005e-49  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0255  Type IV secretory pathway AvhB4 protein  27.51 
 
 		 788 aa  195  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.849698 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4747  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  24.85 
 
 		 844 aa  195  3e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.290977 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0533  type IV secretion system ATPase VirB4  27.17 
 
 		 800 aa  192  2e-47  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0495  type IV secretion system ATPase VirB4  26.91 
 
 		 800 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.97813  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4227  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  27.17 
 
 		 821 aa  191  2.9999999999999997e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.267872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0677  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  26.13 
 
 		 796 aa  187  8e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6206  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  26.63 
 
 		 839 aa  185  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.623322  normal  0.0559252 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4346  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  26.11 
 
 		 793 aa  184  4.0000000000000006e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.677673  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5465  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  24.47 
 
 		 850 aa  184  6e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.257739  decreased coverage  0.00704778 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5007  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  27.03 
 
 		 805 aa  183  1e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0207382  normal  0.0996879 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5086  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  26.39 
 
 		 790 aa  178  3e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4376  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  28.31 
 
 		 785 aa  168  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.851787 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2441  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  24.15 
 
 		 815 aa  162  3e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.06702  normal  0.584537 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1522  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  26.24 
 
 		 815 aa  160  7e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6325  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  25 
 
 		 829 aa  160  7e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6506  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  25 
 
 		 825 aa  160  8e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4562  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  23.85 
 
 		 805 aa  159  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.733697  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5609  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  25.08 
 
 		 825 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.931017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4445  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  26.33 
 
 		 803 aa  156  1e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.346994  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>