142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_5013 on replicon NC_010683
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010683  Rpic_5013  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  100 
 
 		 892 aa  1858    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5418  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  99.89 
 
 		 892 aa  1857    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2821  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  27.67 
 
 		 827 aa  326  1e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.901669 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4747  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  27.23 
 
 		 844 aa  318  2e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.290977 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5609  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  27.48 
 
 		 825 aa  283  8.000000000000001e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.931017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6305  Type IV secretory pathway VirB4-like protein  26.07 
 
 		 818 aa  279  1e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4260  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  25.71 
 
 		 831 aa  279  2e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6506  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  25.84 
 
 		 825 aa  278  3e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1522  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  25.58 
 
 		 815 aa  273  8.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5229  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  24.48 
 
 		 846 aa  247  6e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.738503  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4227  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  26.14 
 
 		 821 aa  245  3e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.267872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3710  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  27.4 
 
 		 823 aa  239  2e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.693344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5465  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  23.38 
 
 		 850 aa  187  7e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.257739  decreased coverage  0.00704778 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3001  conjugal transfer ATPase TrbE  25.28 
 
 		 812 aa  173  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35690  conjugal transfer ATPase TrbE  23.6 
 
 		 816 aa  171  4e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1010  conjugal transfer ATPase TrbE  24.57 
 
 		 808 aa  167  6.9999999999999995e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.611754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3854  conjugal transfer ATPase TrbE  24.35 
 
 		 830 aa  167  8e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0508748  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7744  conjugal transfer ATPase TrbE  24.14 
 
 		 812 aa  166  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.110925 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0598  conjugal transfer ATPase TrbE  24.53 
 
 		 809 aa  166  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.657344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2908  conjugal transfer ATPase TrbE  23.51 
 
 		 811 aa  164  5.0000000000000005e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.380632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2271  conjugal transfer ATPase TrbE  24.35 
 
 		 812 aa  164  7e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2881  conjugal transfer ATPase TrbE  24.38 
 
 		 812 aa  164  8.000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.244722  normal  0.034415 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1319  conjugal transfer ATPase TrbE  23.83 
 
 		 819 aa  163  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3997  conjugal transfer ATPase TrbE  24.06 
 
 		 812 aa  164  1e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.678924 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3538  conjugal transfer ATPase TrbE  23.99 
 
 		 813 aa  162  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0252817  normal  0.696341 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1285  conjugal transfer ATPase TrbE  23.98 
 
 		 816 aa  162  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4198  conjugal transfer ATPase TrbE  23.25 
 
 		 813 aa  162  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.330213  normal  0.981224 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2348  conjugal transfer ATPase TrbE  23.09 
 
 		 810 aa  162  3e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1344  conjugal transfer ATPase TrbE  23.94 
 
 		 819 aa  162  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1503  conjugal transfer ATPase TrbE  24.54 
 
 		 813 aa  161  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373275  normal  0.784639 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1838  conjugal transfer ATPase TrbE  28.71 
 
 		 808 aa  161  4e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2581  conjugal transfer ATPase TrbE  23.48 
 
 		 816 aa  160  7e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3898  conjugal transfer ATPase TrbE  24.07 
 
 		 813 aa  160  8e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3089  conjugal transfer ATPase TrbE  23.54 
 
 		 812 aa  160  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0746  conjugal transfer ATPase TrbE  24.78 
 
 		 812 aa  160  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.369643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3830  conjugal transfer ATPase TrbE  23.52 
 
 		 818 aa  160  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2007  conjugal transfer ATPase TrbE  23.33 
 
 		 816 aa  159  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.581672  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2696  conjugal transfer ATPase TrbE  23.97 
 
 		 823 aa  159  3e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0851108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3367  conjugal transfer ATPase TrbE  24.41 
 
 		 814 aa  158  5.0000000000000005e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2030  conjugal transfer ATPase TrbE  24.37 
 
 		 813 aa  157  9e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7443  conjugal transfer ATPase TrbE  23.18 
 
 		 809 aa  156  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2648  conjugal transfer ATPase TrbE  23.7 
 
 		 825 aa  156  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.947837  normal  0.965174 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2353  conjugal transfer ATPase TrbE  23.64 
 
 		 816 aa  156  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233122  normal  0.344124 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30910  conjugal transfer ATPase TrbE  23.58 
 
 		 817 aa  155  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000414209  unclonable  1.71741e-21 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0696  conjugal transfer ATPase TrbE  24.36 
 
 		 847 aa  155  4e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1553  conjugal transfer ATPase TrbE  23.46 
 
 		 809 aa  153  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.215631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1481  conjugal transfer ATPase TrbE  24.32 
 
 		 836 aa  153  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0386388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3503  conjugal transfer ATPase TrbE  23.61 
 
 		 823 aa  152  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.584656  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3215  conjugal transfer ATPase TrbE  25.03 
 
 		 836 aa  152  3e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2321  conjugal transfer ATPase TrbE  24.13 
 
 		 811 aa  150  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5372  conjugal transfer ATPase TrbE  22.46 
 
 		 824 aa  150  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.259729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5221  conjugal transfer ATPase TrbE  23.97 
 
 		 819 aa  150  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2611  conjugal transfer ATPase TrbE  23.05 
 
 		 829 aa  149  2.0000000000000003e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0153  conjugal transfer ATPase TrbE  24.32 
 
 		 872 aa  149  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1898  conjugal transfer ATPase TrbE  23.21 
 
 		 817 aa  148  5e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3694  conjugal transfer ATPase TrbE  24.25 
 
 		 820 aa  148  5e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2827  conjugal transfer ATPase TrbE  22.83 
 
 		 812 aa  146  1e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.595122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3197  conjugal transfer ATPase TrbE  23.6 
 
 		 877 aa  145  3e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.468072  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2349  conjugal transfer ATPase TrbE  22.96 
 
 		 820 aa  145  3e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0435  conjugal transfer ATPase TrbE  24.82 
 
 		 817 aa  145  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0963  conjugal transfer ATPase TrbE  22.87 
 
 		 813 aa  145  3e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0729  conjugal transfer ATPase TrbE  23.33 
 
 		 816 aa  145  4e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1191  conjugal transfer ATPase TrbE  23.61 
 
 		 816 aa  144  5e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3544  conjugal transfer ATPase TrbE  23.61 
 
 		 816 aa  144  5e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3703  conjugal transfer ATPase TrbE  23.49 
 
 		 817 aa  144  9e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165131  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2483  conjugal transfer ATPase TrbE  23.6 
 
 		 814 aa  144  9.999999999999999e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.260305 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0315  conjugal transfer ATPase TrbE  23.58 
 
 		 821 aa  142  1.9999999999999998e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1638  conjugal transfer protein trbE, putative  23.08 
 
 		 840 aa  141  3.9999999999999997e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0884  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  21.22 
 
 		 843 aa  141  6e-32  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0506  conjugal transfer ATPase TrbE  23.27 
 
 		 812 aa  140  7.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.496331  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1339  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  23.03 
 
 		 840 aa  139  2e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.18708 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0247  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  23.03 
 
 		 840 aa  139  2e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0164  conjugal transfer ATPase TrbE  23.52 
 
 		 822 aa  139  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.627498  normal  0.339359 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4566  conjugal transfer protein TrbE  22.48 
 
 		 817 aa  135  3e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0863  type IV secretion system ATPase VirB4  25 
 
 		 803 aa  135  3.9999999999999996e-30  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1717  conjugal transfer ATPase TrbE  22.35 
 
 		 819 aa  135  5e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.137188  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5485  conjugal transfer protein TrbE  22.45 
 
 		 815 aa  133  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00798845  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1177  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  22.9 
 
 		 850 aa  127  6e-28  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0050  conjugal transfer protein TrbE  23.96 
 
 		 845 aa  127  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8331  conjugal transfer protein TrbE  23.1 
 
 		 820 aa  127  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.359626  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0533  type IV secretion system ATPase VirB4  25.91 
 
 		 800 aa  125  3e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5379  conjugal transfer protein TrbE  21.97 
 
 		 817 aa  125  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.325542 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9265  conjugal transfer protein TrbE  21.63 
 
 		 822 aa  125  4e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.502143  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0495  type IV secretion system ATPase VirB4  26.12 
 
 		 800 aa  124  6e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.97813  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6206  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  23.41 
 
 		 839 aa  124  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.623322  normal  0.0559252 
 
 
-
 
NC_002978  WD0858  type IV secretion system ATPase VirB4  25.69 
 
 		 801 aa  122  1.9999999999999998e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4271  conjugal transfer protein TrbE  22.22 
 
 		 852 aa  119  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.000528773  normal  0.467859 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6505  conjugal transfer protein TrbE  22.33 
 
 		 852 aa  118  5e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00158384  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6632  conjugal transfer protein TrbE  22.33 
 
 		 852 aa  118  5e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0411416  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9656  conjugal transfer protein TrbE  24.73 
 
 		 687 aa  116  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.419883  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2228  conjugal transfer protein TrbE  21.89 
 
 		 854 aa  113  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0444639  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1617  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system, conserved region  21.22 
 
 		 819 aa  111  5e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0255  Type IV secretory pathway AvhB4 protein  23.93 
 
 		 788 aa  108  6e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.849698 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4376  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  23.51 
 
 		 785 aa  106  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.851787 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4445  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  22.61 
 
 		 803 aa  105  6e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.346994  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2503  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system  20.92 
 
 		 814 aa  104  9e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2098  conjugal transfer protein trbE  25.76 
 
 		 401 aa  102  2e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5086  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  22.11 
 
 		 790 aa  100  9e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4346  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  21.42 
 
 		 793 aa  100  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.677673  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2441  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  23.22 
 
 		 815 aa  97.8  8e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.06702  normal  0.584537 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>