115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4928 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4928  polysaccharide deacetylase  100 
 
 		 368 aa  754    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0630  polysaccharide deacetylase  67.52 
 
 		 352 aa  499  1e-140  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0752  putative polysaccharide deacetylase  66.76 
 
 		 352 aa  495  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.657749 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5271  polysaccharide deacetylase  66.76 
 
 		 352 aa  494  1e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0771  polysaccharide deacetylase  66.48 
 
 		 352 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0883  polysaccharide deacetylase  66.76 
 
 		 352 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.272059  normal  0.749815 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0501  polysaccharide deacetylase  65.34 
 
 		 352 aa  485  1e-136  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.885129 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1635  polysaccharide deacetylase  44.76 
 
 		 350 aa  278  2e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0306  polysaccharide deacetylase  43.91 
 
 		 353 aa  276  5e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.957569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1885  polysaccharide deacetylase  43.63 
 
 		 350 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.227771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1604  polysaccharide deacetylase  43.06 
 
 		 350 aa  270  4e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.200059 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5370  polysaccharide deacetylase  41.81 
 
 		 351 aa  251  1e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.389941 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5866  polysaccharide deacetylase  45.4 
 
 		 350 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.621256  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2994  polysaccharide deacetylase  42.68 
 
 		 362 aa  243  3e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.649589 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4603  putative polysaccharide deacetylase  39.56 
 
 		 353 aa  222  9e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0140  polysaccharide deacetylase  38.25 
 
 		 347 aa  206  4e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3093  polysaccharide deacetylase  37.38 
 
 		 350 aa  206  5e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.110896  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0595  polysaccharide deacetylase  36.87 
 
 		 345 aa  202  8e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.111071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0507  polysaccharide deacetylase  38.11 
 
 		 352 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.142501  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0635  polysaccharide deacetylase  39.1 
 
 		 345 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.297931 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2699  polysaccharide deacetylase  36.7 
 
 		 348 aa  199  7.999999999999999e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.222109 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1027  hypothetical protein  37.13 
 
 		 349 aa  196  8.000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.504748  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1279  polysaccharide deacetylase  35.17 
 
 		 348 aa  194  1e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.26869  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2663  polysaccharide deacetylase  34.74 
 
 		 348 aa  192  9e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.222943 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0250  polysaccharide deacetylase  40 
 
 		 349 aa  181  2e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.28438  normal  0.993392 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4976  polysaccharide deacetylase  33.43 
 
 		 368 aa  161  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6088  polysaccharide deacetylase  32.99 
 
 		 349 aa  143  4e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217095  hitchhiker  0.00305245 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0412  polysaccharide deacetylase  30.03 
 
 		 324 aa  97.8  3e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0110  polysaccharide deacetylase  31.58 
 
 		 316 aa  89  1e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1557  polysaccharide deacetylase  30.5 
 
 		 322 aa  89  1e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.367828  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2728  polysaccharide deacetylase  32.35 
 
 		 400 aa  84  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.141104  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2823  polysaccharide deacetylase  32.35 
 
 		 400 aa  84  0.000000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.42622  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2642  polysaccharide deacetylase  31.94 
 
 		 397 aa  82.8  0.000000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.149181  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2541  polysaccharide deacetylase  30.08 
 
 		 318 aa  80.9  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0393046  normal  0.0973746 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2336  polysaccharide deacetylase  26.09 
 
 		 339 aa  80.5  0.00000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2853  polysaccharide deacetylase  30.3 
 
 		 398 aa  80.1  0.00000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0156  hypothetical protein  24.25 
 
 		 338 aa  79.3  0.00000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1620  polysaccharide deacetylase  25.5 
 
 		 278 aa  78.6  0.0000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2945  polysaccharide deacetylase  29.97 
 
 		 398 aa  78.6  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1635  polysaccharide deacetylase  24.83 
 
 		 328 aa  77.4  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.280055  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0678  polysaccharide deacetylase  26.94 
 
 		 322 aa  76.6  0.0000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2459  polysaccharide deacetylase  26.48 
 
 		 318 aa  75.5  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0185568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0301  polysaccharide deacetylase  25.95 
 
 		 353 aa  75.5  0.000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.351436  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2761  polysaccharide deacetylase  30.43 
 
 		 398 aa  75.9  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0205212  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1065  polysaccharide deacetylase  29.95 
 
 		 305 aa  75.5  0.000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.012185  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1967  polysaccharide deacetylase  27.78 
 
 		 339 aa  75.1  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2015  polysaccharide deacetylase  24.83 
 
 		 333 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2413  glycosyl transferase family polysaccharide deacetylase  26.62 
 
 		 672 aa  73.9  0.000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.944476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1640  polysaccharide deacetylase  27.63 
 
 		 337 aa  73.9  0.000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05320  Polysaccharide deacetylase  25 
 
 		 351 aa  73.6  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.354337  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2375  polysaccharide deacetylase  24.62 
 
 		 344 aa  73.2  0.000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1729  polysaccharide deacetylase  28.3 
 
 		 316 aa  72.4  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1958  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  28.12 
 
 		 294 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.15292  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2028  polysaccharide deacetylase  23.78 
 
 		 318 aa  70.9  0.00000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.30621  hitchhiker  0.00368747 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3770  polysaccharide deacetylase  24.81 
 
 		 274 aa  67.8  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2609  polysaccharide deacetylase  28.71 
 
 		 408 aa  66.6  0.0000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.644601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3050  polysaccharide deacetylase  29.63 
 
 		 282 aa  66.6  0.0000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0264951  hitchhiker  0.00155043 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0677  polysaccharide deacetylase  23.13 
 
 		 337 aa  65.9  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2013  polysaccharide deacetylase  25 
 
 		 386 aa  64.3  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3052  polysaccharide deacetylase  30.08 
 
 		 279 aa  63.9  0.000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5826  polysaccharide deacetylase  24.65 
 
 		 354 aa  61.6  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0739761  normal  0.758977 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0455  polysaccharide deacetylase  20.57 
 
 		 339 aa  58.9  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0133488 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0659  polysaccharide deacetylase  23.01 
 
 		 271 aa  57.8  0.0000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0665283  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2127  polysaccharide deacetylase  33.03 
 
 		 256 aa  57.8  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5022  polysaccharide deacetylase family protein  21.4 
 
 		 327 aa  57.4  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0134312  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3306  polysaccharide deacetylase  26.96 
 
 		 333 aa  56.6  0.0000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.582105 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2465  polysaccharide deacetylase  22.38 
 
 		 348 aa  55.8  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1196  polysaccharide deacetylase  29.92 
 
 		 224 aa  55.5  0.000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.822308  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0405  polysaccharide deacetylase  36.84 
 
 		 238 aa  55.5  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0189593 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0229  polysaccharide deacetylase family protein  36.84 
 
 		 238 aa  55.5  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  decreased coverage  0.00859248  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0187  hypothetical protein  26.97 
 
 		 314 aa  54.3  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0367  xylanase/chitin deacetilase  30.11 
 
 		 306 aa  53.9  0.000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0372  polysaccharide deacetylase family protein  30.11 
 
 		 306 aa  53.9  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2619  hypothetical protein  34.74 
 
 		 590 aa  52.8  0.000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5057  polysaccharide deacetylase  32.56 
 
 		 645 aa  52.4  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1976  polysaccharide deacetylase  29.29 
 
 		 257 aa  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.924862 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1736  polysaccharide deacetylase  28.81 
 
 		 249 aa  51.6  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.70256 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0663  polysaccharide deacetylase family protein  37.66 
 
 		 261 aa  50.4  0.00004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00585388  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1121  polysaccharide deacetylase  26.94 
 
 		 294 aa  50.4  0.00005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0320  polysaccharide deacetylase family protein  30.85 
 
 		 233 aa  48.9  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2114  polysaccharide deacetylase  29.09 
 
 		 321 aa  49.3  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3089  polysaccharide deacetylase  29.92 
 
 		 239 aa  48.9  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.298922 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6486  polysaccharide deacetylase  26.94 
 
 		 288 aa  49.3  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0273  polysaccharide deacetylase  35.63 
 
 		 627 aa  49.3  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2752  polysaccharide deacetylase  31.86 
 
 		 251 aa  48.5  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1595  polysaccharide deacetylase  33.73 
 
 		 510 aa  48.5  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0639378  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0310  putative polysaccharide deacetylase  32.65 
 
 		 270 aa  47.8  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.341957 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0240  polysaccharide deacetylase  24.07 
 
 		 330 aa  47.8  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3076  polysaccharide deacetylase  29.92 
 
 		 258 aa  47.8  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1249  polysaccharide deacetylase  31.11 
 
 		 254 aa  47.4  0.0004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.651285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5046  polysaccharide deacetylase  28 
 
 		 276 aa  47.4  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.447167  normal  0.293877 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2084  polysaccharide deacetylase  25.71 
 
 		 249 aa  47  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3198  glycosyl transferase family 2  32.46 
 
 		 1015 aa  47  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0156  polysaccharide deacetylase  27.08 
 
 		 276 aa  46.2  0.0008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3402  hypothetical protein  31.1 
 
 		 393 aa  45.4  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.377712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0336  polysaccharide deacetylase family protein  29.79 
 
 		 233 aa  45.8  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24739  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4585  polysaccharide deacetylase  27.53 
 
 		 276 aa  45.8  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.701791 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1081  polysaccharide deacetylase  31.25 
 
 		 255 aa  45.8  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00669059  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0854  polysaccharide deacetylase  26.12 
 
 		 294 aa  45.8  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0918  polysaccharide deacetylase  27.16 
 
 		 234 aa  46.2  0.001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00302194  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>