114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2699 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2699  polysaccharide deacetylase  100 
 
 		 348 aa  699    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.222109 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2663  polysaccharide deacetylase  83.05 
 
 		 348 aa  560  1e-158  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.222943 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3093  polysaccharide deacetylase  67.92 
 
 		 350 aa  481  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.110896  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4603  putative polysaccharide deacetylase  54.97 
 
 		 353 aa  362  5.0000000000000005e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0630  polysaccharide deacetylase  40.06 
 
 		 352 aa  228  9e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0501  polysaccharide deacetylase  38.23 
 
 		 352 aa  221  1.9999999999999999e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.885129 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0771  polysaccharide deacetylase  37.31 
 
 		 352 aa  215  9e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4928  polysaccharide deacetylase  36.7 
 
 		 368 aa  211  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5271  polysaccharide deacetylase  37.61 
 
 		 352 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2994  polysaccharide deacetylase  39.26 
 
 		 362 aa  204  2e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.649589 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0752  putative polysaccharide deacetylase  35.78 
 
 		 352 aa  202  5e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.657749 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0883  polysaccharide deacetylase  34.86 
 
 		 352 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.272059  normal  0.749815 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0306  polysaccharide deacetylase  37.74 
 
 		 353 aa  187  2e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.957569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1635  polysaccharide deacetylase  35.96 
 
 		 350 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5370  polysaccharide deacetylase  37.15 
 
 		 351 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.389941 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1885  polysaccharide deacetylase  36.48 
 
 		 350 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.227771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1604  polysaccharide deacetylase  36.16 
 
 		 350 aa  172  7.999999999999999e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.200059 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5866  polysaccharide deacetylase  39.38 
 
 		 350 aa  167  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.621256  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6088  polysaccharide deacetylase  36.19 
 
 		 349 aa  156  6e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217095  hitchhiker  0.00305245 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0250  polysaccharide deacetylase  37.66 
 
 		 349 aa  156  6e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.28438  normal  0.993392 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0507  polysaccharide deacetylase  29.27 
 
 		 352 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.142501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0140  polysaccharide deacetylase  28.75 
 
 		 347 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1279  polysaccharide deacetylase  28.66 
 
 		 348 aa  132  7.999999999999999e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.26869  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4976  polysaccharide deacetylase  31.49 
 
 		 368 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1027  hypothetical protein  28.01 
 
 		 349 aa  131  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.504748  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0635  polysaccharide deacetylase  30 
 
 		 345 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.297931 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0595  polysaccharide deacetylase  28.79 
 
 		 345 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.111071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2413  glycosyl transferase family polysaccharide deacetylase  29.52 
 
 		 672 aa  93.2  7e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.944476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0678  polysaccharide deacetylase  29.27 
 
 		 322 aa  90.5  4e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1065  polysaccharide deacetylase  31.71 
 
 		 305 aa  88.6  1e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.012185  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2541  polysaccharide deacetylase  31.66 
 
 		 318 aa  86.7  6e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0393046  normal  0.0973746 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1557  polysaccharide deacetylase  28.41 
 
 		 322 aa  85.5  0.000000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.367828  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0301  polysaccharide deacetylase  26.94 
 
 		 353 aa  80.9  0.00000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.351436  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0677  polysaccharide deacetylase  26.03 
 
 		 337 aa  76.6  0.0000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2013  polysaccharide deacetylase  26.56 
 
 		 386 aa  75.5  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3050  polysaccharide deacetylase  24.14 
 
 		 282 aa  72.4  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0264951  hitchhiker  0.00155043 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2028  polysaccharide deacetylase  22.83 
 
 		 318 aa  72  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.30621  hitchhiker  0.00368747 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2761  polysaccharide deacetylase  32.08 
 
 		 398 aa  70.1  0.00000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0205212  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2459  polysaccharide deacetylase  26.01 
 
 		 318 aa  70.1  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0185568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2336  polysaccharide deacetylase  28.86 
 
 		 339 aa  69.3  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2853  polysaccharide deacetylase  31.03 
 
 		 398 aa  69.3  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1640  polysaccharide deacetylase  26.64 
 
 		 337 aa  68.2  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1729  polysaccharide deacetylase  24.72 
 
 		 316 aa  67.8  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2945  polysaccharide deacetylase  30.69 
 
 		 398 aa  67.4  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3770  polysaccharide deacetylase  25.25 
 
 		 274 aa  67  0.0000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0412  polysaccharide deacetylase  26.45 
 
 		 324 aa  65.9  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1967  polysaccharide deacetylase  25.91 
 
 		 339 aa  64.7  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1620  polysaccharide deacetylase  37.36 
 
 		 278 aa  64.7  0.000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0110  polysaccharide deacetylase  27.76 
 
 		 316 aa  63.9  0.000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0156  hypothetical protein  23.41 
 
 		 338 aa  63.2  0.000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1958  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  26.18 
 
 		 294 aa  60.8  0.00000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.15292  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2015  polysaccharide deacetylase  25.1 
 
 		 333 aa  60.1  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05320  Polysaccharide deacetylase  25 
 
 		 351 aa  58.2  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.354337  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0854  polysaccharide deacetylase  25.34 
 
 		 294 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2642  polysaccharide deacetylase  30.81 
 
 		 397 aa  55.8  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.149181  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3306  polysaccharide deacetylase  25.71 
 
 		 333 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.582105 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1081  polysaccharide deacetylase  30.89 
 
 		 255 aa  54.7  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00669059  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2465  polysaccharide deacetylase  22.55 
 
 		 348 aa  55.1  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1196  polysaccharide deacetylase  31.09 
 
 		 224 aa  54.3  0.000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.822308  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3074  polysaccharide deacetylase  22.26 
 
 		 321 aa  53.9  0.000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5057  polysaccharide deacetylase  32.94 
 
 		 645 aa  53.5  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2114  polysaccharide deacetylase  33.59 
 
 		 321 aa  53.1  0.000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3984  polysaccharide deacetylase  25.16 
 
 		 322 aa  53.1  0.000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5025  polysaccharide deacetylase  31.07 
 
 		 548 aa  52  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.794076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4730  polysaccharide deacetylase  31.07 
 
 		 548 aa  52  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0659  polysaccharide deacetylase  24.72 
 
 		 271 aa  51.6  0.00002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0665283  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4456  polysaccharide deacetylase  35.64 
 
 		 253 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2823  polysaccharide deacetylase  29.86 
 
 		 400 aa  51.6  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.42622  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2728  polysaccharide deacetylase  29.86 
 
 		 400 aa  51.2  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.141104  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2609  polysaccharide deacetylase  29.86 
 
 		 408 aa  50.8  0.00004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.644601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3052  polysaccharide deacetylase  30.25 
 
 		 279 aa  50.1  0.00005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0336  polysaccharide deacetylase family protein  33.65 
 
 		 233 aa  50.1  0.00006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24739  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0248  polysaccharide deacetylase  30.39 
 
 		 352 aa  49.3  0.00009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2127  polysaccharide deacetylase  31.78 
 
 		 256 aa  49.7  0.00009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1121  polysaccharide deacetylase  30.94 
 
 		 294 aa  49.3  0.00009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1595  polysaccharide deacetylase  36.47 
 
 		 510 aa  49.3  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0639378  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0320  polysaccharide deacetylase family protein  32.65 
 
 		 233 aa  48.1  0.0002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6486  polysaccharide deacetylase  30.22 
 
 		 288 aa  48.1  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2375  polysaccharide deacetylase  24.01 
 
 		 344 aa  48.1  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4642  polysaccharide deacetylase  34.72 
 
 		 457 aa  47.8  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.921462  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2619  hypothetical protein  26.95 
 
 		 590 aa  47.8  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0869  polysaccharide deacetylase  30.3 
 
 		 615 aa  47.8  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0895  polysaccharide deacetylase  30.3 
 
 		 615 aa  47.8  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0313662  normal  0.429695 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1976  polysaccharide deacetylase  31.52 
 
 		 257 aa  47  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.924862 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4008  polysaccharide deacetylase  29.63 
 
 		 348 aa  47  0.0005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1971  putative xylanase/chitin deacetylase  34.74 
 
 		 239 aa  47  0.0005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0644502  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1905  polysaccharide deacetylase  34.74 
 
 		 239 aa  47  0.0005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.371349  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5826  polysaccharide deacetylase  22.57 
 
 		 354 aa  46.6  0.0007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0739761  normal  0.758977 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4616  polysaccharide deacetylase family protein  28.28 
 
 		 348 aa  46.6  0.0007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0310  putative polysaccharide deacetylase  34.44 
 
 		 270 aa  45.8  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.341957 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0414  polysaccharide deacetylase  33.33 
 
 		 233 aa  45.8  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18670  predicted xylanase/chitin deacetylase  34.41 
 
 		 289 aa  45.8  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3198  glycosyl transferase family 2  31.52 
 
 		 1015 aa  45.8  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3791  polysaccharide deacetylase  28.18 
 
 		 348 aa  45.1  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0161  polysaccharide deacetylase  27.27 
 
 		 342 aa  45.1  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0405  polysaccharide deacetylase  30.83 
 
 		 238 aa  44.7  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0189593 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0229  polysaccharide deacetylase family protein  30.83 
 
 		 238 aa  44.7  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  decreased coverage  0.00859248  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0187  hypothetical protein  25.86 
 
 		 314 aa  44.3  0.003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2023  polysaccharide deacetylase  27.27 
 
 		 275 aa  44.3  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.385946 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0616  polysaccharide deacetylase  28.57 
 
 		 373 aa  43.9  0.004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.638459  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>