217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0678 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0678  polysaccharide deacetylase  100 
 
 		 322 aa  661    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2413  glycosyl transferase family polysaccharide deacetylase  54.31 
 
 		 672 aa  351  8e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.944476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0301  polysaccharide deacetylase  52.3 
 
 		 353 aa  330  2e-89  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.351436  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2541  polysaccharide deacetylase  49.84 
 
 		 318 aa  313  2.9999999999999996e-84  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0393046  normal  0.0973746 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1967  polysaccharide deacetylase  50.16 
 
 		 339 aa  311  1e-83  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0110  polysaccharide deacetylase  52.49 
 
 		 316 aa  309  5e-83  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1557  polysaccharide deacetylase  45.03 
 
 		 322 aa  240  2e-62  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.367828  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2013  polysaccharide deacetylase  29.66 
 
 		 386 aa  122  6e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1065  polysaccharide deacetylase  31.58 
 
 		 305 aa  115  6.9999999999999995e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.012185  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1729  polysaccharide deacetylase  32.03 
 
 		 316 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1635  polysaccharide deacetylase  32.08 
 
 		 350 aa  109  6e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123094  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1640  polysaccharide deacetylase  34.6 
 
 		 337 aa  108  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3093  polysaccharide deacetylase  30.43 
 
 		 350 aa  106  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.110896  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5022  polysaccharide deacetylase family protein  27.99 
 
 		 327 aa  105  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0134312  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0306  polysaccharide deacetylase  31.94 
 
 		 353 aa  104  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.957569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2375  polysaccharide deacetylase  30.89 
 
 		 344 aa  104  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5826  polysaccharide deacetylase  27.99 
 
 		 354 aa  102  7e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0739761  normal  0.758977 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2465  polysaccharide deacetylase  27.57 
 
 		 348 aa  102  8e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1604  polysaccharide deacetylase  30.9 
 
 		 350 aa  100  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.200059 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3074  polysaccharide deacetylase  27.67 
 
 		 321 aa  100  4e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1885  polysaccharide deacetylase  31.14 
 
 		 350 aa  100  4e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.227771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2609  polysaccharide deacetylase  32.9 
 
 		 408 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.644601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5370  polysaccharide deacetylase  31.29 
 
 		 351 aa  96.7  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.389941 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2015  polysaccharide deacetylase  28.62 
 
 		 333 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0677  polysaccharide deacetylase  29.07 
 
 		 337 aa  95.5  1e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2336  polysaccharide deacetylase  26.62 
 
 		 339 aa  92.8  8e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05320  Polysaccharide deacetylase  29.13 
 
 		 351 aa  92.4  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.354337  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0507  polysaccharide deacetylase  28.76 
 
 		 352 aa  92.4  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.142501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4603  putative polysaccharide deacetylase  30.14 
 
 		 353 aa  91.7  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3306  polysaccharide deacetylase  30.99 
 
 		 333 aa  90.9  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.582105 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1958  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  28.47 
 
 		 294 aa  90.5  4e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.15292  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0412  polysaccharide deacetylase  27.04 
 
 		 324 aa  89.7  6e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2459  polysaccharide deacetylase  24.28 
 
 		 318 aa  89.4  7e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0185568  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0635  polysaccharide deacetylase  29.63 
 
 		 345 aa  88.2  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.297931 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2853  polysaccharide deacetylase  31.06 
 
 		 398 aa  85.1  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2761  polysaccharide deacetylase  30.74 
 
 		 398 aa  84  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0205212  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2945  polysaccharide deacetylase  30.64 
 
 		 398 aa  83.6  0.000000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0455  polysaccharide deacetylase  25.16 
 
 		 339 aa  83.6  0.000000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0133488 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6486  polysaccharide deacetylase  28.14 
 
 		 288 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1121  polysaccharide deacetylase  28.72 
 
 		 294 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2663  polysaccharide deacetylase  28.41 
 
 		 348 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.222943 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3050  polysaccharide deacetylase  38.32 
 
 		 282 aa  82  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0264951  hitchhiker  0.00155043 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0501  polysaccharide deacetylase  26.11 
 
 		 352 aa  81.6  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.885129 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0630  polysaccharide deacetylase  27.1 
 
 		 352 aa  81.6  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0595  polysaccharide deacetylase  28.67 
 
 		 345 aa  81.6  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.111071  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0187  hypothetical protein  27.65 
 
 		 314 aa  80.9  0.00000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2699  polysaccharide deacetylase  29.2 
 
 		 348 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.222109 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4976  polysaccharide deacetylase  30.73 
 
 		 368 aa  79.7  0.00000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0250  polysaccharide deacetylase  30.4 
 
 		 349 aa  79.7  0.00000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.28438  normal  0.993392 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1620  polysaccharide deacetylase  26.56 
 
 		 278 aa  79.3  0.00000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2642  polysaccharide deacetylase  29.88 
 
 		 397 aa  79.7  0.00000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.149181  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2823  polysaccharide deacetylase  29.79 
 
 		 400 aa  79  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.42622  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0854  polysaccharide deacetylase  26.79 
 
 		 294 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0140  polysaccharide deacetylase  30.51 
 
 		 347 aa  78.6  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2728  polysaccharide deacetylase  29.79 
 
 		 400 aa  78.6  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.141104  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5866  polysaccharide deacetylase  30.95 
 
 		 350 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.621256  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0148  polysaccharide deacetylase  26.3 
 
 		 342 aa  77.8  0.0000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.577134 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2619  hypothetical protein  26.38 
 
 		 590 aa  78.2  0.0000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0752  putative polysaccharide deacetylase  28.24 
 
 		 352 aa  77.8  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.657749 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0659  polysaccharide deacetylase  23.62 
 
 		 271 aa  77.8  0.0000000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0665283  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3770  polysaccharide deacetylase  26.27 
 
 		 274 aa  77.8  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3052  polysaccharide deacetylase  36.45 
 
 		 279 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2127  polysaccharide deacetylase  40.54 
 
 		 256 aa  77.4  0.0000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0320  polysaccharide deacetylase family protein  36.61 
 
 		 233 aa  77  0.0000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0229  polysaccharide deacetylase family protein  42.72 
 
 		 238 aa  77  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  decreased coverage  0.00859248  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0405  polysaccharide deacetylase  42.72 
 
 		 238 aa  77  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0189593 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0336  polysaccharide deacetylase family protein  36.61 
 
 		 233 aa  77  0.0000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24739  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4928  polysaccharide deacetylase  26.94 
 
 		 368 aa  76.6  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6088  polysaccharide deacetylase  27.05 
 
 		 349 aa  75.9  0.0000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217095  hitchhiker  0.00305245 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0156  hypothetical protein  24.18 
 
 		 338 aa  75.5  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1736  polysaccharide deacetylase  27.68 
 
 		 249 aa  75.1  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.70256 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1976  polysaccharide deacetylase  24.47 
 
 		 257 aa  74.7  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.924862 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0883  polysaccharide deacetylase  27.18 
 
 		 352 aa  73.6  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.272059  normal  0.749815 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2028  polysaccharide deacetylase  23.23 
 
 		 318 aa  72.8  0.000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.30621  hitchhiker  0.00368747 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1081  polysaccharide deacetylase  25 
 
 		 255 aa  71.6  0.00000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00669059  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1279  polysaccharide deacetylase  25.82 
 
 		 348 aa  71.6  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.26869  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2994  polysaccharide deacetylase  25.63 
 
 		 362 aa  71.2  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.649589 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5271  polysaccharide deacetylase  27.3 
 
 		 352 aa  70.1  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2084  polysaccharide deacetylase  37.6 
 
 		 249 aa  70.1  0.00000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3589  polysaccharide deacetylase  29.46 
 
 		 264 aa  68.9  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.525818  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1265  polysaccharide deacetylase  20.85 
 
 		 324 aa  68.6  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.493777  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0310  putative polysaccharide deacetylase  35.78 
 
 		 270 aa  68.2  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.341957 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0414  polysaccharide deacetylase  33.64 
 
 		 233 aa  68.2  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4456  polysaccharide deacetylase  36.07 
 
 		 253 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0771  polysaccharide deacetylase  27.04 
 
 		 352 aa  66.6  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5301  polysaccharide deacetylase  25.4 
 
 		 272 aa  66.6  0.0000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2114  polysaccharide deacetylase  34.95 
 
 		 321 aa  66.6  0.0000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1847  polysaccharide deacetylase  30.16 
 
 		 313 aa  65.1  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3984  polysaccharide deacetylase  23.1 
 
 		 322 aa  64.7  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1580  glycosyl transferase family protein  36.7 
 
 		 598 aa  63.5  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.47169 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7657  putative polysaccharide deacetylase  32.16 
 
 		 274 aa  63.5  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1971  putative xylanase/chitin deacetylase  38.68 
 
 		 239 aa  63.2  0.000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0644502  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1905  polysaccharide deacetylase  38.68 
 
 		 239 aa  63.2  0.000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.371349  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1287  polysaccharide deacetylase  24.25 
 
 		 366 aa  63.2  0.000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.374689  normal  0.442268 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3089  polysaccharide deacetylase  33.98 
 
 		 239 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.298922 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1196  polysaccharide deacetylase  29.13 
 
 		 224 aa  62.4  0.00000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.822308  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2676  polysaccharide deacetylase  37.14 
 
 		 289 aa  61.2  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.368826 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0111  polysaccharide deacetylase family protein  24.32 
 
 		 273 aa  60.8  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.565524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1027  hypothetical protein  27.24 
 
 		 349 aa  60.5  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.504748  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3105  polysaccharide deacetylase  34.04 
 
 		 336 aa  60.5  0.00000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000266277  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>