115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6486 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_6486  polysaccharide deacetylase  100 
 
 		 288 aa  589  1e-167  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1121  polysaccharide deacetylase  97.22 
 
 		 294 aa  577  1e-164  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0854  polysaccharide deacetylase  65.97 
 
 		 294 aa  397  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0678  polysaccharide deacetylase  28.14 
 
 		 322 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3050  polysaccharide deacetylase  26.89 
 
 		 282 aa  80.1  0.00000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0264951  hitchhiker  0.00155043 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0663  polysaccharide deacetylase family protein  26.01 
 
 		 261 aa  79.7  0.00000000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00585388  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4976  polysaccharide deacetylase  29.86 
 
 		 368 aa  76.3  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3770  polysaccharide deacetylase  31.5 
 
 		 274 aa  71.6  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5370  polysaccharide deacetylase  28.22 
 
 		 351 aa  70.5  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.389941 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0187  hypothetical protein  26.54 
 
 		 314 aa  70.1  0.00000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2127  polysaccharide deacetylase  28.19 
 
 		 256 aa  69.3  0.00000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0659  polysaccharide deacetylase  27.86 
 
 		 271 aa  68.9  0.00000000009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0665283  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1620  polysaccharide deacetylase  27.38 
 
 		 278 aa  68.6  0.0000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5057  polysaccharide deacetylase  24.91 
 
 		 645 aa  68.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2013  polysaccharide deacetylase  25.09 
 
 		 386 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05320  Polysaccharide deacetylase  28.34 
 
 		 351 aa  68.2  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.354337  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2541  polysaccharide deacetylase  27.34 
 
 		 318 aa  67  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0393046  normal  0.0973746 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2413  glycosyl transferase family polysaccharide deacetylase  28.46 
 
 		 672 aa  66.6  0.0000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.944476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1635  polysaccharide deacetylase  27.56 
 
 		 350 aa  66.2  0.0000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123094  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1958  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  25.1 
 
 		 294 aa  65.1  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.15292  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0140  polysaccharide deacetylase  30.71 
 
 		 347 aa  65.1  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1885  polysaccharide deacetylase  27.56 
 
 		 350 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.227771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1279  polysaccharide deacetylase  26.41 
 
 		 348 aa  64.3  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.26869  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1595  polysaccharide deacetylase  34.45 
 
 		 510 aa  63.9  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0639378  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1604  polysaccharide deacetylase  26.86 
 
 		 350 aa  63.5  0.000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.200059 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2761  polysaccharide deacetylase  28 
 
 		 398 aa  61.6  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0205212  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0306  polysaccharide deacetylase  26.45 
 
 		 353 aa  62  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.957569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1967  polysaccharide deacetylase  25.3 
 
 		 339 aa  60.8  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1557  polysaccharide deacetylase  25.38 
 
 		 322 aa  61.2  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.367828  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2853  polysaccharide deacetylase  27.51 
 
 		 398 aa  61.2  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0310  putative polysaccharide deacetylase  28.42 
 
 		 270 aa  60.8  0.00000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.341957 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2114  polysaccharide deacetylase  30.53 
 
 		 321 aa  60.8  0.00000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0250  polysaccharide deacetylase  26.05 
 
 		 349 aa  60.5  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.28438  normal  0.993392 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3052  polysaccharide deacetylase  25.38 
 
 		 279 aa  60.1  0.00000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2336  polysaccharide deacetylase  24.33 
 
 		 339 aa  60.1  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0635  polysaccharide deacetylase  27.82 
 
 		 345 aa  60.1  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.297931 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0595  polysaccharide deacetylase  26.51 
 
 		 345 aa  59.7  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.111071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2945  polysaccharide deacetylase  27.22 
 
 		 398 aa  59.7  0.00000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2084  polysaccharide deacetylase  25.53 
 
 		 249 aa  57.4  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0883  polysaccharide deacetylase  28.97 
 
 		 352 aa  57.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.272059  normal  0.749815 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0455  polysaccharide deacetylase  32.14 
 
 		 339 aa  57.4  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0133488 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3615  polysaccharide deacetylase  25.1 
 
 		 319 aa  57.4  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000857717  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0752  putative polysaccharide deacetylase  29.39 
 
 		 352 aa  57.4  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.657749 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2994  polysaccharide deacetylase  25.81 
 
 		 362 aa  57.4  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.649589 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0507  polysaccharide deacetylase  27.11 
 
 		 352 aa  56.2  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.142501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0405  polysaccharide deacetylase  26.4 
 
 		 238 aa  56.2  0.0000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0189593 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0229  polysaccharide deacetylase family protein  26.4 
 
 		 238 aa  56.2  0.0000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  decreased coverage  0.00859248  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2015  polysaccharide deacetylase  24.91 
 
 		 333 aa  56.2  0.0000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1196  polysaccharide deacetylase  26.02 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.822308  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5866  polysaccharide deacetylase  29.68 
 
 		 350 aa  56.2  0.0000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.621256  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0771  polysaccharide deacetylase  27.68 
 
 		 352 aa  55.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2619  hypothetical protein  24.48 
 
 		 590 aa  55.1  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0110  polysaccharide deacetylase  25.59 
 
 		 316 aa  54.3  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5301  polysaccharide deacetylase  25.98 
 
 		 272 aa  54.3  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2023  polysaccharide deacetylase  25.71 
 
 		 275 aa  53.9  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.385946 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1027  hypothetical protein  27.01 
 
 		 349 aa  53.9  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.504748  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0630  polysaccharide deacetylase  26.67 
 
 		 352 aa  53.5  0.000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3249  polysaccharide deacetylase  31.48 
 
 		 266 aa  53.1  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0372  polysaccharide deacetylase family protein  20.82 
 
 		 306 aa  52.8  0.000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5826  polysaccharide deacetylase  24.25 
 
 		 354 aa  52.4  0.000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0739761  normal  0.758977 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0501  polysaccharide deacetylase  33.33 
 
 		 352 aa  52.4  0.000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.885129 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0367  xylanase/chitin deacetilase  22.45 
 
 		 306 aa  52  0.00001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0412  polysaccharide deacetylase  25.17 
 
 		 324 aa  52  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3074  polysaccharide deacetylase  23.46 
 
 		 321 aa  51.6  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0301  polysaccharide deacetylase  24.4 
 
 		 353 aa  51.6  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.351436  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1635  polysaccharide deacetylase  27.68 
 
 		 328 aa  51.6  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.280055  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1736  polysaccharide deacetylase  22.75 
 
 		 249 aa  51.2  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.70256 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2112  glycosy hydrolase family protein  26.47 
 
 		 320 aa  51.2  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2730  polysaccharide deacetylase  23.47 
 
 		 274 aa  50.8  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2375  polysaccharide deacetylase  25.15 
 
 		 344 aa  50.4  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4928  polysaccharide deacetylase  26.94 
 
 		 368 aa  49.3  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3089  polysaccharide deacetylase  32 
 
 		 239 aa  48.9  0.00009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.298922 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1402  xylanase/chitin deacetylase  24.4 
 
 		 256 aa  48.9  0.00009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0167631  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1976  polysaccharide deacetylase  23.96 
 
 		 257 aa  48.1  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.924862 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6088  polysaccharide deacetylase  28.68 
 
 		 349 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217095  hitchhiker  0.00305245 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1729  polysaccharide deacetylase  27.07 
 
 		 316 aa  48.5  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5271  polysaccharide deacetylase  28.4 
 
 		 352 aa  48.1  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0895  polysaccharide deacetylase  22.86 
 
 		 615 aa  47  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0313662  normal  0.429695 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0869  polysaccharide deacetylase  22.86 
 
 		 615 aa  47  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2465  polysaccharide deacetylase  30.21 
 
 		 348 aa  47.4  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5079  polysaccharide deacetylase  31 
 
 		 244 aa  47  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5781  polysaccharide deacetylase  31 
 
 		 244 aa  47  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.878477 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0273  polysaccharide deacetylase  32.18 
 
 		 627 aa  46.6  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2663  polysaccharide deacetylase  28.37 
 
 		 348 aa  46.6  0.0005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.222943 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4397  polysaccharide deacetylase  31 
 
 		 244 aa  46.6  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0146  polysaccharide deacetylase  21.51 
 
 		 266 aa  46.2  0.0007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1065  polysaccharide deacetylase  27.66 
 
 		 305 aa  45.8  0.0009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.012185  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2699  polysaccharide deacetylase  29.63 
 
 		 348 aa  45.4  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.222109 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0414  polysaccharide deacetylase  33.33 
 
 		 233 aa  45.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4585  polysaccharide deacetylase  26.73 
 
 		 276 aa  45.4  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.701791 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3093  polysaccharide deacetylase  29.31 
 
 		 350 aa  45.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.110896  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0918  polysaccharide deacetylase  25.41 
 
 		 234 aa  45.4  0.001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00302194  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2728  polysaccharide deacetylase  25.77 
 
 		 400 aa  45.4  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.141104  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5046  polysaccharide deacetylase  26.73 
 
 		 276 aa  45.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.447167  normal  0.293877 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2823  polysaccharide deacetylase  25.77 
 
 		 400 aa  45.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.42622  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2459  polysaccharide deacetylase  28.12 
 
 		 318 aa  44.7  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0185568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2609  polysaccharide deacetylase  24.32 
 
 		 408 aa  44.7  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.644601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2320  polysaccharide deacetylase  28.32 
 
 		 313 aa  44.7  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1971  putative xylanase/chitin deacetylase  27.16 
 
 		 239 aa  44.7  0.002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0644502  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1905  polysaccharide deacetylase  27.16 
 
 		 239 aa  44.7  0.002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.371349  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>