139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0883 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0771  polysaccharide deacetylase  88.92 
 
 		 352 aa  641    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0883  polysaccharide deacetylase  100 
 
 		 352 aa  718    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.272059  normal  0.749815 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5271  polysaccharide deacetylase  75 
 
 		 352 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0630  polysaccharide deacetylase  68.09 
 
 		 352 aa  511  1e-144  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0501  polysaccharide deacetylase  66.48 
 
 		 352 aa  502  1e-141  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.885129 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4928  polysaccharide deacetylase  66.76 
 
 		 368 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0752  putative polysaccharide deacetylase  65.62 
 
 		 352 aa  487  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.657749 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0306  polysaccharide deacetylase  47.13 
 
 		 353 aa  295  6e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.957569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1885  polysaccharide deacetylase  46.72 
 
 		 350 aa  293  4e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.227771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1635  polysaccharide deacetylase  47.41 
 
 		 350 aa  291  8e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1604  polysaccharide deacetylase  46.72 
 
 		 350 aa  290  3e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.200059 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5370  polysaccharide deacetylase  43.59 
 
 		 351 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.389941 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2994  polysaccharide deacetylase  42.22 
 
 		 362 aa  246  4.9999999999999997e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.649589 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5866  polysaccharide deacetylase  44.86 
 
 		 350 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.621256  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0595  polysaccharide deacetylase  39.21 
 
 		 345 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.111071  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0635  polysaccharide deacetylase  39.82 
 
 		 345 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.297931 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0507  polysaccharide deacetylase  39.29 
 
 		 352 aa  205  8e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.142501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1027  hypothetical protein  38.44 
 
 		 349 aa  204  1e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.504748  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1279  polysaccharide deacetylase  34.42 
 
 		 348 aa  202  6e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.26869  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0140  polysaccharide deacetylase  37.28 
 
 		 347 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4603  putative polysaccharide deacetylase  36.09 
 
 		 353 aa  200  3e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3093  polysaccharide deacetylase  33.85 
 
 		 350 aa  192  7e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.110896  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0250  polysaccharide deacetylase  40.51 
 
 		 349 aa  188  1e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.28438  normal  0.993392 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2663  polysaccharide deacetylase  34.14 
 
 		 348 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.222943 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2699  polysaccharide deacetylase  34.86 
 
 		 348 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.222109 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4976  polysaccharide deacetylase  33.43 
 
 		 368 aa  152  8e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6088  polysaccharide deacetylase  32.99 
 
 		 349 aa  145  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217095  hitchhiker  0.00305245 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0156  hypothetical protein  25.69 
 
 		 338 aa  99.8  7e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2336  polysaccharide deacetylase  29.28 
 
 		 339 aa  97.8  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0412  polysaccharide deacetylase  29.56 
 
 		 324 aa  85.9  0.000000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1557  polysaccharide deacetylase  30.8 
 
 		 322 aa  84.7  0.000000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.367828  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2375  polysaccharide deacetylase  27.27 
 
 		 344 aa  83.2  0.000000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05320  Polysaccharide deacetylase  28.23 
 
 		 351 aa  83.2  0.000000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.354337  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0455  polysaccharide deacetylase  24.93 
 
 		 339 aa  82  0.00000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0133488 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1729  polysaccharide deacetylase  27.48 
 
 		 316 aa  79.7  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3770  polysaccharide deacetylase  28.52 
 
 		 274 aa  79  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2015  polysaccharide deacetylase  26.99 
 
 		 333 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0301  polysaccharide deacetylase  27.8 
 
 		 353 aa  78.2  0.0000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.351436  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1065  polysaccharide deacetylase  31.7 
 
 		 305 aa  77.8  0.0000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.012185  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2459  polysaccharide deacetylase  22.38 
 
 		 318 aa  77.8  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0185568  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0110  polysaccharide deacetylase  28.36 
 
 		 316 aa  76.3  0.0000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2541  polysaccharide deacetylase  27.92 
 
 		 318 aa  76.3  0.0000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0393046  normal  0.0973746 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2413  glycosyl transferase family polysaccharide deacetylase  29.24 
 
 		 672 aa  75.5  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.944476  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5826  polysaccharide deacetylase  27.72 
 
 		 354 aa  74.7  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0739761  normal  0.758977 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2028  polysaccharide deacetylase  23.74 
 
 		 318 aa  73.6  0.000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.30621  hitchhiker  0.00368747 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0678  polysaccharide deacetylase  27.18 
 
 		 322 aa  73.6  0.000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0187  hypothetical protein  28.52 
 
 		 314 aa  70.9  0.00000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1967  polysaccharide deacetylase  24.46 
 
 		 339 aa  70.5  0.00000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5022  polysaccharide deacetylase family protein  23.88 
 
 		 327 aa  69.7  0.00000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0134312  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1958  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  26.72 
 
 		 294 aa  68.9  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.15292  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0677  polysaccharide deacetylase  23.95 
 
 		 337 aa  67.8  0.0000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2013  polysaccharide deacetylase  23.24 
 
 		 386 aa  67  0.0000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0372  polysaccharide deacetylase family protein  31.65 
 
 		 306 aa  66.2  0.0000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2853  polysaccharide deacetylase  28.67 
 
 		 398 aa  66.2  0.0000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2761  polysaccharide deacetylase  31.23 
 
 		 398 aa  65.1  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0205212  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0367  xylanase/chitin deacetilase  32.17 
 
 		 306 aa  65.1  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2945  polysaccharide deacetylase  28.32 
 
 		 398 aa  64.7  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2642  polysaccharide deacetylase  30.08 
 
 		 397 aa  64.3  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.149181  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2752  polysaccharide deacetylase  24.41 
 
 		 251 aa  63.9  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1640  polysaccharide deacetylase  22.92 
 
 		 337 aa  63.9  0.000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3050  polysaccharide deacetylase  30.83 
 
 		 282 aa  63.9  0.000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0264951  hitchhiker  0.00155043 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1620  polysaccharide deacetylase  35.54 
 
 		 278 aa  63.5  0.000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1196  polysaccharide deacetylase  28.57 
 
 		 224 aa  61.2  0.00000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.822308  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2823  polysaccharide deacetylase  30.04 
 
 		 400 aa  61.2  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.42622  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2728  polysaccharide deacetylase  30.42 
 
 		 400 aa  61.2  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.141104  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1595  polysaccharide deacetylase  38.55 
 
 		 510 aa  58.9  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0639378  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0854  polysaccharide deacetylase  27.36 
 
 		 294 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3615  polysaccharide deacetylase  33.33 
 
 		 319 aa  58.9  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000857717  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2609  polysaccharide deacetylase  29.55 
 
 		 408 aa  58.2  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.644601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3306  polysaccharide deacetylase  26.04 
 
 		 333 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.582105 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6486  polysaccharide deacetylase  28.97 
 
 		 288 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2465  polysaccharide deacetylase  24.81 
 
 		 348 aa  57.4  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3074  polysaccharide deacetylase  24.74 
 
 		 321 aa  57.4  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1121  polysaccharide deacetylase  28.5 
 
 		 294 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5057  polysaccharide deacetylase  29.55 
 
 		 645 aa  56.2  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3052  polysaccharide deacetylase  28.68 
 
 		 279 aa  56.2  0.0000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2114  polysaccharide deacetylase  34.55 
 
 		 321 aa  56.2  0.0000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0659  polysaccharide deacetylase  20.92 
 
 		 271 aa  55.5  0.000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0665283  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0320  polysaccharide deacetylase family protein  38.57 
 
 		 233 aa  54.3  0.000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1635  polysaccharide deacetylase  22.39 
 
 		 328 aa  54.3  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.280055  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7657  putative polysaccharide deacetylase  40.95 
 
 		 274 aa  54.7  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0156  polysaccharide deacetylase  24.55 
 
 		 276 aa  53.9  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2127  polysaccharide deacetylase  33.64 
 
 		 256 aa  53.5  0.000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0229  polysaccharide deacetylase family protein  38.14 
 
 		 238 aa  53.1  0.000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  decreased coverage  0.00859248  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0405  polysaccharide deacetylase  38.14 
 
 		 238 aa  53.1  0.000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0189593 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0616  polysaccharide deacetylase  30.21 
 
 		 373 aa  52.8  0.00001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.638459  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5079  polysaccharide deacetylase  31.4 
 
 		 244 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5781  polysaccharide deacetylase  31.4 
 
 		 244 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.878477 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0336  polysaccharide deacetylase family protein  37.14 
 
 		 233 aa  51.2  0.00003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24739  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1616  polysaccharide deacetylase  27.91 
 
 		 488 aa  50.1  0.00005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4397  polysaccharide deacetylase  30.58 
 
 		 244 aa  49.7  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4674  polysaccharide deacetylase  35.11 
 
 		 234 aa  49.7  0.00009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0108  polysaccharide deacetylase  29.35 
 
 		 348 aa  49.3  0.00009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2619  hypothetical protein  34.18 
 
 		 590 aa  48.9  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3198  glycosyl transferase family 2  34.07 
 
 		 1015 aa  48.5  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2023  polysaccharide deacetylase  30.09 
 
 		 275 aa  48.5  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.385946 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0309  polysaccharide deacetylase  29.46 
 
 		 361 aa  48.1  0.0002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0298  polysaccharide deacetylase  28.95 
 
 		 360 aa  47.8  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3589  polysaccharide deacetylase  42.25 
 
 		 264 aa  47.4  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.525818  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4456  polysaccharide deacetylase  33.33 
 
 		 253 aa  47.8  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>