More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0108 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_0108  polysaccharide deacetylase  100 
 
 
348 aa  729    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4008  polysaccharide deacetylase  65.8 
 
 
348 aa  496  1e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3801  polysaccharide deacetylase  66.09 
 
 
348 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3874  polysaccharide deacetylase  66.09 
 
 
348 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4000  polysaccharide deacetylase  66.09 
 
 
348 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4321  polysaccharide deacetylase  64.66 
 
 
348 aa  486  1e-136  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4122  polysaccharide deacetylase  64.66 
 
 
348 aa  486  1e-136  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3791  polysaccharide deacetylase  64.37 
 
 
348 aa  487  1e-136  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0145  polysaccharide deacetylase  64.66 
 
 
348 aa  486  1e-136  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4190  polysaccharide deacetylase  64.66 
 
 
348 aa  485  1e-136  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4616  polysaccharide deacetylase family protein  64.37 
 
 
348 aa  484  1e-135  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0181  polysaccharide deacetylase  64.31 
 
 
353 aa  482  1e-135  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0161  polysaccharide deacetylase  63.16 
 
 
342 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0248  polysaccharide deacetylase  59.29 
 
 
352 aa  432  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3500  polysaccharide deacetylase family protein  56.98 
 
 
349 aa  401  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0225  polysaccharide deacetylase family protein  42.94 
 
 
357 aa  284  1.0000000000000001e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3791  polysaccharide deacetylase  38.73 
 
 
354 aa  272  7e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.000000112343  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0653  regulatory protein, LacI  37.46 
 
 
363 aa  261  1e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.773413  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4235  polysaccharide deacetylase  40.62 
 
 
349 aa  261  1e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.638047  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04002  Polysaccharide deacetylase family protein  43.08 
 
 
391 aa  261  2e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1178  polysaccharide deacetylase  35.87 
 
 
370 aa  236  6e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1796  polysaccharide deacetylase  39.94 
 
 
344 aa  224  1e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0020  polysaccharide deacetylase  33.85 
 
 
381 aa  204  2e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1782  polysaccharide deacetylase  30.51 
 
 
305 aa  129  5.0000000000000004e-29  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3050  polysaccharide deacetylase  32.5 
 
 
282 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0264951  hitchhiker  0.00155043 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2381  polysaccharide deacetylase  30.69 
 
 
336 aa  108  1e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.437029  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3052  polysaccharide deacetylase  30.6 
 
 
279 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2112  glycosy hydrolase family protein  26.44 
 
 
320 aa  107  4e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1620  polysaccharide deacetylase  32.85 
 
 
278 aa  105  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0340  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  27.07 
 
 
319 aa  101  2e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0441347  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0372  polysaccharide deacetylase family protein  29.69 
 
 
306 aa  100  4e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0367  xylanase/chitin deacetilase  29.69 
 
 
306 aa  100  5e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2926  polysaccharide deacetylase  29.72 
 
 
659 aa  97.8  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3118  polysaccharide deacetylase  28.02 
 
 
660 aa  98.6  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3011  polysaccharide deacetylase  28.02 
 
 
659 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.245243  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7657  putative polysaccharide deacetylase  31.49 
 
 
274 aa  97.1  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0751  polysaccharide deacetylase  26.28 
 
 
673 aa  96.3  8e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.442489  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2676  polysaccharide deacetylase  27.13 
 
 
289 aa  95.9  9e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.368826 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0287  polysaccharide deacetylase  28.85 
 
 
319 aa  95.1  1e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.316315  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3100  polysaccharide deacetylase  28.95 
 
 
262 aa  92.4  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1828  polysaccharide deacetylase  29.02 
 
 
278 aa  92  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2170  polysaccharide deacetylase family protein  29.02 
 
 
256 aa  92  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0976  polysaccharide deacetylase  28.37 
 
 
274 aa  91.3  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000769924  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5605  polysaccharide deacetylase  28.05 
 
 
357 aa  89.7  6e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.221698  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2279  polysaccharide deacetylase  25.11 
 
 
318 aa  89  1e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3198  glycosyl transferase family 2  26.48 
 
 
1015 aa  88.6  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2950  glycosyl transferase family 2  26.09 
 
 
1001 aa  87.4  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.611527 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3589  polysaccharide deacetylase  30.39 
 
 
264 aa  87.8  3e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.525818  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2543  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  26.92 
 
 
258 aa  87  4e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4676  polysaccharide deacetylase  31.44 
 
 
322 aa  87  5e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.629157  normal  0.272149 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0897  polysaccharide deacetylase  26.16 
 
 
264 aa  85.9  9e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000608973 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2052  polysaccharide deacetylase family protein  30.52 
 
 
395 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1542  polysaccharide deacetylase  25.36 
 
 
273 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.04781e-18 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2322  polysaccharide deacetylase family protein  30.19 
 
 
310 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1076  polysaccharide deacetylase family protein  30.66 
 
 
274 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2342  polysaccharide deacetylase family protein  30.66 
 
 
274 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.769381  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1359  polysaccharide deacetylase family protein  30.52 
 
 
437 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5057  polysaccharide deacetylase  27.6 
 
 
645 aa  84.3  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1595  polysaccharide deacetylase  28.57 
 
 
510 aa  84.3  0.000000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0639378  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0659  polysaccharide deacetylase  29.41 
 
 
271 aa  84  0.000000000000004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0665283  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5874  polysaccharide deacetylase  26.09 
 
 
296 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.199758  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1727  glycosyl transferase family 2  27.1 
 
 
689 aa  83.2  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.158076 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0260  polysaccharide deacetylase family protein  29.3 
 
 
273 aa  82.4  0.000000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3615  polysaccharide deacetylase  27.41 
 
 
319 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000857717  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2698  polysaccharide deacetylase  24.4 
 
 
295 aa  82  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000289703  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3226  polysaccharide deacetylase family protein  29.11 
 
 
437 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.107526  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1448  polysaccharide deacetylase family protein  30.05 
 
 
378 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3111  polysaccharide deacetylase family protein  30.19 
 
 
296 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4855  polysaccharide deacetylase family protein  28.84 
 
 
273 aa  80.5  0.00000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0046  polysaccharide deacetylase family protein  28.84 
 
 
273 aa  80.5  0.00000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0060  polysaccharide deacetylase family protein  28.84 
 
 
273 aa  80.5  0.00000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3089  polysaccharide deacetylase  27.43 
 
 
239 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.298922 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6214  polysaccharide deacetylase  26.19 
 
 
264 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.282001  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1138  outer membrane N-deacetylase  25.95 
 
 
672 aa  79.3  0.00000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0115575  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01025  predicted enzyme associated with biofilm formation  25.95 
 
 
672 aa  79.3  0.00000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2620  polysaccharide deacetylase  25.95 
 
 
672 aa  79.3  0.00000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01032  hypothetical protein  25.95 
 
 
672 aa  79.3  0.00000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2573  outer membrane N-deacetylase  25.95 
 
 
672 aa  79.3  0.00000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0269291 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1143  outer membrane N-deacetylase  25.95 
 
 
672 aa  79.3  0.00000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0895  polysaccharide deacetylase  26.29 
 
 
615 aa  79  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0313662  normal  0.429695 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1265  outer membrane N-deacetylase  25.95 
 
 
672 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.798831 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0869  polysaccharide deacetylase  26.29 
 
 
615 aa  79.3  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2114  polysaccharide deacetylase  26.5 
 
 
321 aa  77.8  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0140  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  28.36 
 
 
409 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1457  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  29.17 
 
 
237 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4617  polysaccharide deacetylase  30.28 
 
 
266 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0110578 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0156  polysaccharide deacetylase  26.76 
 
 
276 aa  77  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1587  polysaccharide deacetylase  27.36 
 
 
626 aa  76.6  0.0000000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0605374  normal  0.689393 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0711  xylanase/chitin deacetylase  25.21 
 
 
315 aa  76.3  0.0000000000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.485406  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00129  predicted polysaccharide deacetylase lipoprotein  27.8 
 
 
409 aa  76.3  0.0000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.530219  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3472  polysaccharide deacetylase  27.8 
 
 
409 aa  76.3  0.0000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3529  polysaccharide deacetylase  27.8 
 
 
409 aa  76.3  0.0000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00128  hypothetical protein  27.8 
 
 
409 aa  76.3  0.0000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.411127  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0138  polysaccharide deacetylase domain protein  28.36 
 
 
409 aa  76.3  0.0000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0132  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  28.86 
 
 
409 aa  75.9  0.0000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4541  polysaccharide deacetylase  27.23 
 
 
263 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00515582 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4408  polysaccharide deacetylase  27.23 
 
 
263 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.158219  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0414  polysaccharide deacetylase  28.5 
 
 
233 aa  75.5  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1249  polysaccharide deacetylase  27.14 
 
 
254 aa  75.5  0.000000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.651285  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0213  polysaccharide deacetylase  27.32 
 
 
407 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.268611  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>