146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0156 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0156  hypothetical protein  100 
 
 		 338 aa  705    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1640  polysaccharide deacetylase  26.22 
 
 		 337 aa  112  8.000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0883  polysaccharide deacetylase  25.69 
 
 		 352 aa  99.8  7e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.272059  normal  0.749815 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2541  polysaccharide deacetylase  27.61 
 
 		 318 aa  94.4  3e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0393046  normal  0.0973746 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0771  polysaccharide deacetylase  24.71 
 
 		 352 aa  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5271  polysaccharide deacetylase  25.61 
 
 		 352 aa  88.2  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0752  putative polysaccharide deacetylase  23.86 
 
 		 352 aa  85.5  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.657749 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1967  polysaccharide deacetylase  26.22 
 
 		 339 aa  83.6  0.000000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0306  polysaccharide deacetylase  24.54 
 
 		 353 aa  82.8  0.000000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.957569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0630  polysaccharide deacetylase  23.11 
 
 		 352 aa  80.9  0.00000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4928  polysaccharide deacetylase  24.25 
 
 		 368 aa  79.3  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1557  polysaccharide deacetylase  25.45 
 
 		 322 aa  78.2  0.0000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.367828  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0678  polysaccharide deacetylase  24.18 
 
 		 322 aa  75.5  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1885  polysaccharide deacetylase  23.88 
 
 		 350 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.227771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2994  polysaccharide deacetylase  23.38 
 
 		 362 aa  75.9  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.649589 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1604  polysaccharide deacetylase  25 
 
 		 350 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.200059 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0677  polysaccharide deacetylase  24.76 
 
 		 337 aa  75.9  0.000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0501  polysaccharide deacetylase  21.97 
 
 		 352 aa  75.1  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.885129 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5370  polysaccharide deacetylase  23.97 
 
 		 351 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.389941 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5826  polysaccharide deacetylase  24.56 
 
 		 354 aa  73.9  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0739761  normal  0.758977 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2465  polysaccharide deacetylase  23.48 
 
 		 348 aa  74.3  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0301  polysaccharide deacetylase  27.32 
 
 		 353 aa  73.6  0.000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.351436  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2013  polysaccharide deacetylase  23.38 
 
 		 386 aa  73.2  0.000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0110  polysaccharide deacetylase  24.33 
 
 		 316 aa  73.2  0.000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5866  polysaccharide deacetylase  23.57 
 
 		 350 aa  69.7  0.00000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.621256  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3093  polysaccharide deacetylase  23.51 
 
 		 350 aa  69.7  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.110896  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2413  glycosyl transferase family polysaccharide deacetylase  24.5 
 
 		 672 aa  68.2  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.944476  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1065  polysaccharide deacetylase  26 
 
 		 305 aa  68.6  0.0000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.012185  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1279  polysaccharide deacetylase  24.89 
 
 		 348 aa  68.6  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.26869  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1635  polysaccharide deacetylase  23.13 
 
 		 350 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2663  polysaccharide deacetylase  23.04 
 
 		 348 aa  67  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.222943 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2459  polysaccharide deacetylase  23.6 
 
 		 318 aa  67  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0185568  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05320  Polysaccharide deacetylase  24.53 
 
 		 351 aa  64.7  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.354337  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2853  polysaccharide deacetylase  26.05 
 
 		 398 aa  64.7  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2945  polysaccharide deacetylase  26.29 
 
 		 398 aa  65.1  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0367  xylanase/chitin deacetilase  33.33 
 
 		 306 aa  63.5  0.000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3074  polysaccharide deacetylase  23.69 
 
 		 321 aa  63.9  0.000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0372  polysaccharide deacetylase family protein  33.33 
 
 		 306 aa  63.5  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2761  polysaccharide deacetylase  26.26 
 
 		 398 aa  63.2  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0205212  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0455  polysaccharide deacetylase  20.95 
 
 		 339 aa  62.8  0.000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0133488 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2336  polysaccharide deacetylase  21.68 
 
 		 339 aa  61.6  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5022  polysaccharide deacetylase family protein  21.05 
 
 		 327 aa  59.7  0.00000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0134312  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2609  polysaccharide deacetylase  27.09 
 
 		 408 aa  59.7  0.00000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.644601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2015  polysaccharide deacetylase  25.4 
 
 		 333 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1729  polysaccharide deacetylase  24.44 
 
 		 316 aa  58.9  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2028  polysaccharide deacetylase  23.71 
 
 		 318 aa  59.3  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.30621  hitchhiker  0.00368747 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0653  regulatory protein, LacI  34.88 
 
 		 363 aa  58.2  0.0000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.773413  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2699  polysaccharide deacetylase  23.5 
 
 		 348 aa  57.8  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.222109 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2375  polysaccharide deacetylase  21.28 
 
 		 344 aa  57.4  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2241  polysaccharide deacetylase  29.91 
 
 		 297 aa  56.2  0.0000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1620  polysaccharide deacetylase  34.78 
 
 		 278 aa  55.8  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3050  polysaccharide deacetylase  20.64 
 
 		 282 aa  55.1  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0264951  hitchhiker  0.00155043 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2728  polysaccharide deacetylase  23.77 
 
 		 400 aa  54.3  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.141104  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1027  hypothetical protein  21.51 
 
 		 349 aa  54.3  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.504748  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2823  polysaccharide deacetylase  23.77 
 
 		 400 aa  54.3  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.42622  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0187  hypothetical protein  21.48 
 
 		 314 aa  53.5  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2642  polysaccharide deacetylase  23.71 
 
 		 397 aa  53.5  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.149181  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0412  polysaccharide deacetylase  23.2 
 
 		 324 aa  53.1  0.000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0020  polysaccharide deacetylase  32.26 
 
 		 381 aa  52.4  0.00001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2837  polysaccharide deacetylase  23.76 
 
 		 285 aa  52  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.28577  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3306  polysaccharide deacetylase  21.54 
 
 		 333 aa  52.4  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.582105 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2381  polysaccharide deacetylase  29.41 
 
 		 336 aa  52  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.437029  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0603  polysaccharide deacetylase  26.32 
 
 		 371 aa  51.6  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0595  polysaccharide deacetylase  20.3 
 
 		 345 aa  51.6  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.111071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1081  polysaccharide deacetylase  35.71 
 
 		 255 aa  51.2  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00669059  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0811  Shf protein  26.09 
 
 		 284 aa  51.2  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0722  polysaccharide deacetylase  26.09 
 
 		 284 aa  51.6  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1196  polysaccharide deacetylase  22.81 
 
 		 224 aa  51.6  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.822308  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0108  polysaccharide deacetylase  26.14 
 
 		 348 aa  50.8  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0507  polysaccharide deacetylase  21.78 
 
 		 352 aa  50.8  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.142501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0140  polysaccharide deacetylase  21.1 
 
 		 347 aa  50.1  0.00005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2619  hypothetical protein  22.96 
 
 		 590 aa  50.4  0.00005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0616  polysaccharide deacetylase  27.66 
 
 		 373 aa  50.1  0.00005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.638459  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0181  polysaccharide deacetylase  25 
 
 		 353 aa  50.4  0.00005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4976  deacetylase  23.44 
 
 		 373 aa  50.1  0.00006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.765353  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4008  polysaccharide deacetylase  24.44 
 
 		 348 aa  50.1  0.00006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1178  polysaccharide deacetylase  32.26 
 
 		 370 aa  49.7  0.00007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0918  polysaccharide deacetylase  28.16 
 
 		 234 aa  49.7  0.00008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00302194  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2950  glycosyl transferase family 2  28.26 
 
 		 1001 aa  48.9  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.611527 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4976  polysaccharide deacetylase  20.18 
 
 		 368 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6088  polysaccharide deacetylase  23.19 
 
 		 349 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217095  hitchhiker  0.00305245 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3984  polysaccharide deacetylase  18.01 
 
 		 322 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0156  polysaccharide deacetylase  30.23 
 
 		 276 aa  47.8  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0883  polysaccharide deacetylase  23.6 
 
 		 298 aa  47.4  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000351632  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0287  putative hemin storage signal peptide protein  26.32 
 
 		 724 aa  47.4  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.111967  normal  0.0817308 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1658  polysaccharide deacetylase family protein  26.04 
 
 		 366 aa  47.4  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0732576  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4263  polysaccharide deacetylase  28.95 
 
 		 697 aa  47.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4103  polysaccharide deacetylase  28.95 
 
 		 697 aa  47.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.871871  normal  0.778137 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0161  polysaccharide deacetylase  26.14 
 
 		 342 aa  47.8  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1452  polysaccharide deacetylase  28.57 
 
 		 291 aa  47  0.0004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3500  polysaccharide deacetylase family protein  27.27 
 
 		 349 aa  47  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1635  polysaccharide deacetylase  21.43 
 
 		 328 aa  47.4  0.0004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.280055  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0678  polysaccharide deacetylase  29.63 
 
 		 415 aa  47  0.0004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.945313  normal  0.462825 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2105  polysaccharide deacetylase  25.64 
 
 		 296 aa  47  0.0004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0828766  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3420  polysaccharide deacetylase  28.95 
 
 		 698 aa  47.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0260  polysaccharide deacetylase family protein  28.95 
 
 		 273 aa  47  0.0004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2104  polysaccharide deacetylase  28.72 
 
 		 276 aa  47  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0046  polysaccharide deacetylase family protein  28.95 
 
 		 273 aa  47  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0060  polysaccharide deacetylase family protein  28.95 
 
 		 273 aa  47  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4855  polysaccharide deacetylase family protein  28.95 
 
 		 273 aa  47  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>