More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0181 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0181  polysaccharide deacetylase  100 
 
 
353 aa  737    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0161  polysaccharide deacetylase  79.25 
 
 
342 aa  585  1e-166  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4008  polysaccharide deacetylase  73.56 
 
 
348 aa  552  1e-156  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4122  polysaccharide deacetylase  73.04 
 
 
348 aa  547  1e-155  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4321  polysaccharide deacetylase  72.75 
 
 
348 aa  546  1e-154  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3874  polysaccharide deacetylase  73.91 
 
 
348 aa  545  1e-154  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4000  polysaccharide deacetylase  74.2 
 
 
348 aa  547  1e-154  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0145  polysaccharide deacetylase  72.75 
 
 
348 aa  545  1e-154  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4190  polysaccharide deacetylase  72.46 
 
 
348 aa  541  1e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3791  polysaccharide deacetylase  72.46 
 
 
348 aa  543  1e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3801  polysaccharide deacetylase  73.62 
 
 
348 aa  543  1e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4616  polysaccharide deacetylase family protein  72.17 
 
 
348 aa  537  1e-151  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0108  polysaccharide deacetylase  64.31 
 
 
348 aa  482  1e-135  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0248  polysaccharide deacetylase  62.61 
 
 
352 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3500  polysaccharide deacetylase family protein  52.31 
 
 
349 aa  370  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4235  polysaccharide deacetylase  42.78 
 
 
349 aa  286  5e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.638047  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0225  polysaccharide deacetylase family protein  42.34 
 
 
357 aa  280  2e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3791  polysaccharide deacetylase  38.87 
 
 
354 aa  273  2.0000000000000002e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.000000112343  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04002  Polysaccharide deacetylase family protein  41.46 
 
 
391 aa  268  1e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0653  regulatory protein, LacI  38.63 
 
 
363 aa  254  2.0000000000000002e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.773413  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1178  polysaccharide deacetylase  36.17 
 
 
370 aa  222  9e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1796  polysaccharide deacetylase  39.31 
 
 
344 aa  215  8e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0020  polysaccharide deacetylase  35.4 
 
 
381 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1782  polysaccharide deacetylase  34.45 
 
 
305 aa  135  9.999999999999999e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2112  glycosy hydrolase family protein  32.89 
 
 
320 aa  117  3.9999999999999997e-25  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3050  polysaccharide deacetylase  29.06 
 
 
282 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0264951  hitchhiker  0.00155043 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0340  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  30.77 
 
 
319 aa  107  3e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0441347  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0367  xylanase/chitin deacetilase  32.43 
 
 
306 aa  104  3e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0372  polysaccharide deacetylase family protein  32.43 
 
 
306 aa  103  7e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0751  polysaccharide deacetylase  27.2 
 
 
673 aa  100  3e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.442489  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2381  polysaccharide deacetylase  29.95 
 
 
336 aa  99.8  7e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.437029  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1620  polysaccharide deacetylase  30.13 
 
 
278 aa  95.9  1e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0976  polysaccharide deacetylase  28.71 
 
 
274 aa  93.6  5e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000769924  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3052  polysaccharide deacetylase  31.75 
 
 
279 aa  93.6  5e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3615  polysaccharide deacetylase  30.5 
 
 
319 aa  92.4  9e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000857717  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2543  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  29.84 
 
 
258 aa  90.5  4e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0140  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  31 
 
 
409 aa  89.7  6e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2926  polysaccharide deacetylase  26.94 
 
 
659 aa  89.7  6e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0132  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  31.5 
 
 
409 aa  89.7  7e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0134  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  31.5 
 
 
409 aa  89.7  7e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2279  polysaccharide deacetylase  27.83 
 
 
318 aa  89.7  7e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3118  polysaccharide deacetylase  25.71 
 
 
660 aa  89.4  8e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3011  polysaccharide deacetylase  25.71 
 
 
659 aa  89.4  8e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.245243  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0897  polysaccharide deacetylase  29.86 
 
 
264 aa  89.4  8e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000608973 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7657  putative polysaccharide deacetylase  33.89 
 
 
274 aa  89  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00129  predicted polysaccharide deacetylase lipoprotein  31 
 
 
409 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.530219  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3472  polysaccharide deacetylase  31 
 
 
409 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0138  polysaccharide deacetylase domain protein  31 
 
 
409 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0213  polysaccharide deacetylase  31.5 
 
 
407 aa  88.6  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.268611  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3529  polysaccharide deacetylase  31 
 
 
409 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3100  polysaccharide deacetylase  27.83 
 
 
262 aa  88.2  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00128  hypothetical protein  31 
 
 
409 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.411127  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0204  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  31.84 
 
 
409 aa  87.8  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2698  polysaccharide deacetylase  26.92 
 
 
295 aa  87.4  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000289703  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1542  polysaccharide deacetylase  26.44 
 
 
273 aa  87.4  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.04781e-18 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6214  polysaccharide deacetylase  25.94 
 
 
264 aa  87.8  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.282001  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2114  polysaccharide deacetylase  29.82 
 
 
321 aa  86.3  8e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1457  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  27.7 
 
 
237 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5874  polysaccharide deacetylase  25.94 
 
 
296 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.199758  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2170  polysaccharide deacetylase family protein  28.1 
 
 
256 aa  84.7  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0659  polysaccharide deacetylase  28.29 
 
 
271 aa  84.7  0.000000000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0665283  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0196  polysaccharide deacetylase domain protein  31.34 
 
 
409 aa  85.1  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1828  polysaccharide deacetylase  28.1 
 
 
278 aa  84.3  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5605  polysaccharide deacetylase  25.31 
 
 
357 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.221698  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0199  polysaccharide deacetylase domain protein  30.85 
 
 
409 aa  83.6  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.37766  normal  0.364365 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0678  polysaccharide deacetylase  30.85 
 
 
415 aa  83.2  0.000000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.945313  normal  0.462825 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1595  polysaccharide deacetylase  31.41 
 
 
510 aa  83.2  0.000000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0639378  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2052  polysaccharide deacetylase family protein  26.75 
 
 
395 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1359  polysaccharide deacetylase family protein  26.75 
 
 
437 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0195  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  30.85 
 
 
407 aa  82.8  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2342  polysaccharide deacetylase family protein  26.75 
 
 
274 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.769381  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1076  polysaccharide deacetylase family protein  26.75 
 
 
274 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3475  polysaccharide deacetylase  29.81 
 
 
437 aa  82.8  0.000000000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3346  polysaccharide deacetylase family protein  30.77 
 
 
417 aa  82  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000257148  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2676  polysaccharide deacetylase  25.1 
 
 
289 aa  82.4  0.00000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.368826 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2130  outer membrane N-deacetylase  25.97 
 
 
673 aa  82  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1014  polysaccharide deacetylase family protein  29.81 
 
 
417 aa  82.4  0.00000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.763389  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2142  outer membrane N-deacetylase  25.97 
 
 
673 aa  82  0.00000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0474034 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2240  outer membrane N-deacetylase  25.97 
 
 
673 aa  82  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3226  polysaccharide deacetylase family protein  27.37 
 
 
437 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.107526  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1448  polysaccharide deacetylase family protein  27.37 
 
 
378 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2322  polysaccharide deacetylase family protein  28.64 
 
 
310 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5057  polysaccharide deacetylase  25.95 
 
 
645 aa  81.6  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3111  polysaccharide deacetylase family protein  27.37 
 
 
296 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0616  polysaccharide deacetylase  24.14 
 
 
373 aa  80.9  0.00000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.638459  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3994  polysaccharide deacetylase  31.47 
 
 
426 aa  80.5  0.00000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4541  polysaccharide deacetylase  28.3 
 
 
263 aa  80.1  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00515582 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4408  polysaccharide deacetylase  28.3 
 
 
263 aa  80.1  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.158219  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3056  polysaccharide deacetylase  27.65 
 
 
401 aa  79.7  0.00000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0711  xylanase/chitin deacetylase  25.11 
 
 
315 aa  79.7  0.00000000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.485406  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1081  polysaccharide deacetylase  28.33 
 
 
255 aa  78.2  0.0000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00669059  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4976  deacetylase  26.39 
 
 
373 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.765353  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0287  polysaccharide deacetylase  26.57 
 
 
319 aa  77.8  0.0000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.316315  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0260  polysaccharide deacetylase family protein  25.81 
 
 
273 aa  77.8  0.0000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3589  polysaccharide deacetylase  32.96 
 
 
264 aa  77.4  0.0000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.525818  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3198  glycosyl transferase family 2  25.78 
 
 
1015 aa  77.4  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0046  polysaccharide deacetylase family protein  25.7 
 
 
273 aa  77.4  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0060  polysaccharide deacetylase family protein  25.7 
 
 
273 aa  77.4  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4855  polysaccharide deacetylase family protein  25.23 
 
 
273 aa  75.5  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0111  polysaccharide deacetylase family protein  27.05 
 
 
273 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.565524  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>