More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0248 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0248  polysaccharide deacetylase  100 
 
 		 352 aa  732    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0181  polysaccharide deacetylase  62.61 
 
 		 353 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4008  polysaccharide deacetylase  61.36 
 
 		 348 aa  456  1e-127  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0161  polysaccharide deacetylase  61.4 
 
 		 342 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3791  polysaccharide deacetylase  59.66 
 
 		 348 aa  443  1e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0108  polysaccharide deacetylase  59.29 
 
 		 348 aa  432  1e-120  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4000  polysaccharide deacetylase  57.67 
 
 		 348 aa  430  1e-119  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4321  polysaccharide deacetylase  57.67 
 
 		 348 aa  431  1e-119  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4616  polysaccharide deacetylase family protein  56.82 
 
 		 348 aa  426  1e-118  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4190  polysaccharide deacetylase  57.39 
 
 		 348 aa  427  1e-118  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4122  polysaccharide deacetylase  57.1 
 
 		 348 aa  427  1e-118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3801  polysaccharide deacetylase  57.1 
 
 		 348 aa  424  1e-118  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3874  polysaccharide deacetylase  57.39 
 
 		 348 aa  427  1e-118  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0145  polysaccharide deacetylase  57.39 
 
 		 348 aa  427  1e-118  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3500  polysaccharide deacetylase family protein  47.6 
 
 		 349 aa  336  3.9999999999999995e-91  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0225  polysaccharide deacetylase family protein  39.94 
 
 		 357 aa  258  7e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4235  polysaccharide deacetylase  41.87 
 
 		 349 aa  258  1e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.638047  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04002  Polysaccharide deacetylase family protein  40.67 
 
 		 391 aa  255  8e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3791  polysaccharide deacetylase  34.08 
 
 		 354 aa  254  2.0000000000000002e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.000000112343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0653  regulatory protein, LacI  37.6 
 
 		 363 aa  242  7.999999999999999e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.773413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1178  polysaccharide deacetylase  34.65 
 
 		 370 aa  231  2e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1796  polysaccharide deacetylase  38.04 
 
 		 344 aa  224  2e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0020  polysaccharide deacetylase  33.53 
 
 		 381 aa  204  2e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1782  polysaccharide deacetylase  27.35 
 
 		 305 aa  107  4e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3050  polysaccharide deacetylase  29.5 
 
 		 282 aa  105  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0264951  hitchhiker  0.00155043 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2381  polysaccharide deacetylase  28.04 
 
 		 336 aa  103  6e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.437029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0340  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  27.27 
 
 		 319 aa  102  8e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0441347  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0976  polysaccharide deacetylase  29.77 
 
 		 274 aa  100  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000769924  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0367  xylanase/chitin deacetilase  28.5 
 
 		 306 aa  101  3e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1620  polysaccharide deacetylase  28.64 
 
 		 278 aa  100  4e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0372  polysaccharide deacetylase family protein  28.84 
 
 		 306 aa  99.8  6e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0751  polysaccharide deacetylase  27.7 
 
 		 673 aa  99  1e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.442489  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5605  polysaccharide deacetylase  26.53 
 
 		 357 aa  96.7  6e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.221698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7657  putative polysaccharide deacetylase  29.41 
 
 		 274 aa  96.3  6e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2114  polysaccharide deacetylase  28.82 
 
 		 321 aa  94  4e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0897  polysaccharide deacetylase  28.77 
 
 		 264 aa  92.4  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000608973 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1542  polysaccharide deacetylase  26.64 
 
 		 273 aa  91.7  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.04781e-18 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2950  glycosyl transferase family 2  27.98 
 
 		 1001 aa  90.9  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.611527 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2112  glycosy hydrolase family protein  27.8 
 
 		 320 aa  90.5  4e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2698  polysaccharide deacetylase  26.64 
 
 		 295 aa  90.1  5e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000289703  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2170  polysaccharide deacetylase family protein  25.85 
 
 		 256 aa  88.2  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2052  polysaccharide deacetylase family protein  27.6 
 
 		 395 aa  88.2  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2342  polysaccharide deacetylase family protein  27.6 
 
 		 274 aa  88.2  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.769381  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1828  polysaccharide deacetylase  25.85 
 
 		 278 aa  87.8  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1076  polysaccharide deacetylase family protein  27.6 
 
 		 274 aa  88.2  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1359  polysaccharide deacetylase family protein  27.6 
 
 		 437 aa  88.2  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2543  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  26.48 
 
 		 258 aa  87  4e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1595  polysaccharide deacetylase  29.69 
 
 		 510 aa  87  5e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0639378  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3100  polysaccharide deacetylase  26.73 
 
 		 262 aa  87  5e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3052  polysaccharide deacetylase  27.85 
 
 		 279 aa  86.7  6e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0287  polysaccharide deacetylase  27.14 
 
 		 319 aa  85.5  0.000000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.316315  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3226  polysaccharide deacetylase family protein  26.85 
 
 		 437 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.107526  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0659  polysaccharide deacetylase  27.8 
 
 		 271 aa  84.3  0.000000000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0665283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3111  polysaccharide deacetylase family protein  26.98 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0616  polysaccharide deacetylase  26.03 
 
 		 373 aa  84.3  0.000000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.638459  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2676  polysaccharide deacetylase  25.97 
 
 		 289 aa  84  0.000000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.368826 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2322  polysaccharide deacetylase family protein  25.82 
 
 		 310 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1448  polysaccharide deacetylase family protein  26.85 
 
 		 378 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4676  polysaccharide deacetylase  30.41 
 
 		 322 aa  83.2  0.000000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.629157  normal  0.272149 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2279  polysaccharide deacetylase  23.87 
 
 		 318 aa  83.2  0.000000000000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6214  polysaccharide deacetylase  26.85 
 
 		 264 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.282001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0711  xylanase/chitin deacetylase  25.83 
 
 		 315 aa  81.3  0.00000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.485406  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4976  deacetylase  26.69 
 
 		 373 aa  79.3  0.00000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.765353  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3198  glycosyl transferase family 2  24.66 
 
 		 1015 aa  78.2  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5874  polysaccharide deacetylase  25.46 
 
 		 296 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.199758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3118  polysaccharide deacetylase  24.1 
 
 		 660 aa  77.8  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3011  polysaccharide deacetylase  24.1 
 
 		 659 aa  77.8  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.245243  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1587  polysaccharide deacetylase  27.55 
 
 		 626 aa  77.4  0.0000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0605374  normal  0.689393 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5797  polysaccharide deacetylase  24.5 
 
 		 289 aa  77.8  0.0000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1457  polysaccharide deacetylase domain-containing protein  25.11 
 
 		 237 aa  76.6  0.0000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1196  polysaccharide deacetylase  22.94 
 
 		 224 aa  76.3  0.0000000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.822308  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0918  polysaccharide deacetylase  27.85 
 
 		 234 aa  76.3  0.0000000000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00302194  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2240  outer membrane N-deacetylase  24.19 
 
 		 673 aa  76.3  0.0000000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2130  outer membrane N-deacetylase  24.19 
 
 		 673 aa  76.3  0.0000000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2142  outer membrane N-deacetylase  24.19 
 
 		 673 aa  76.3  0.0000000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0474034 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1081  polysaccharide deacetylase  27.84 
 
 		 255 aa  75.1  0.000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00669059  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2926  polysaccharide deacetylase  23.69 
 
 		 659 aa  75.1  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2104  polysaccharide deacetylase  26.7 
 
 		 276 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0846  polysaccharide deacetylase  24.29 
 
 		 280 aa  73.9  0.000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0792  polysaccharide deacetylase  25.51 
 
 		 278 aa  72.8  0.000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.623292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1143  outer membrane N-deacetylase  22.89 
 
 		 672 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1138  outer membrane N-deacetylase  22.89 
 
 		 672 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0115575  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3615  polysaccharide deacetylase  23.86 
 
 		 319 aa  72.4  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000857717  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01025  predicted enzyme associated with biofilm formation  22.89 
 
 		 672 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2620  polysaccharide deacetylase  22.89 
 
 		 672 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1249  polysaccharide deacetylase  23.12 
 
 		 254 aa  71.2  0.00000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.651285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2573  outer membrane N-deacetylase  22.89 
 
 		 672 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0269291 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1265  outer membrane N-deacetylase  22.89 
 
 		 672 aa  71.6  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.798831 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01032  hypothetical protein  22.89 
 
 		 672 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5057  polysaccharide deacetylase  28.04 
 
 		 645 aa  71.6  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4617  polysaccharide deacetylase  27.63 
 
 		 266 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0110578 
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0060  polysaccharide deacetylase family protein  26.05 
 
 		 273 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2023  polysaccharide deacetylase  27.48 
 
 		 275 aa  71.2  0.00000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.385946 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0046  polysaccharide deacetylase family protein  26.05 
 
 		 273 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1971  putative xylanase/chitin deacetylase  24.67 
 
 		 239 aa  70.5  0.00000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0644502  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1905  polysaccharide deacetylase  25 
 
 		 239 aa  70.1  0.00000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.371349  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2717  polysaccharide deacetylase  23.08 
 
 		 628 aa  70.1  0.00000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3589  polysaccharide deacetylase  28.73 
 
 		 264 aa  69.7  0.00000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.525818  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2837  polysaccharide deacetylase  24.32 
 
 		 285 aa  69.3  0.00000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.28577  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1580  glycosyl transferase family protein  26.6 
 
 		 598 aa  68.9  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.47169 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>