100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1839 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4124  major facilitator transporter  89.55 
 
 		 402 aa  667    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.278491 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1839  major facilitator transporter  100 
 
 		 402 aa  771    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.772479  hitchhiker  0.00932819 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1334  major facilitator superfamily MFS_1  77.86 
 
 		 402 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4051  major facilitator superfamily MFS_1  41.31 
 
 		 426 aa  233  6e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1050  major facilitator superfamily MFS_1  40.67 
 
 		 391 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1391  major facilitator transporter  39.73 
 
 		 387 aa  206  4e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.941995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2732  major facilitator transporter  39.71 
 
 		 387 aa  206  6e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.794636  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0648  major facilitator superfamily MFS_1  37.28 
 
 		 410 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0297226 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1402  major facilitator transporter  39.2 
 
 		 387 aa  202  7e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.86402  normal  0.736528 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1381  major facilitator transporter  43.31 
 
 		 386 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0419667 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0327  major facilitator transporter  37.81 
 
 		 397 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.780836 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3257  major facilitator transporter  33.94 
 
 		 411 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1517  major facilitator transporter  37.43 
 
 		 399 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.305903  normal  0.799491 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6301  major facilitator transporter  35.98 
 
 		 410 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.430567 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1916  major facilitator transporter  40.11 
 
 		 387 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2181  major facilitator transporter  34.71 
 
 		 369 aa  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.787457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3196  major facilitator transporter  37.82 
 
 		 408 aa  192  1e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881104  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3121  major facilitator superfamily MFS_1  36.09 
 
 		 399 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1229  major facilitator superfamily MFS_1  33.43 
 
 		 404 aa  181  1e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.551785  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4434  major facilitator transporter  36.6 
 
 		 393 aa  182  1e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3887  major facilitator transporter  36.78 
 
 		 389 aa  181  2e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0248587 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4892  major facilitator transporter  35.71 
 
 		 399 aa  178  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.563893 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0517  major facilitator transporter  40 
 
 		 404 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.159005  hitchhiker  0.00108561 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2420  major facilitator superfamily MFS_1  34.92 
 
 		 411 aa  169  6e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.260445 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5581  major facilitator superfamily permease  35.63 
 
 		 395 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.136738 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2449  major facilitator transporter  33.7 
 
 		 390 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6069  hypothetical protein  34.35 
 
 		 416 aa  165  1.0000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4437  major facilitator superfamily MFS_1  30.71 
 
 		 397 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.483718 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0643  major facilitator transporter  30.95 
 
 		 400 aa  161  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.958132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1342  major facilitator superfamily MFS_1  36.07 
 
 		 400 aa  157  4e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0894856  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2518  major facilitator superfamily transporter  35.79 
 
 		 397 aa  155  9e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.172834  hitchhiker  0.00753009 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2295  major facilitator superfamily transporter  35.24 
 
 		 402 aa  155  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.975797  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1064  major facilitator superfamily MFS_1  32.6 
 
 		 408 aa  153  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.391824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0211  major facilitator superfamily MFS_1  32.28 
 
 		 408 aa  152  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7238  major facilitator superfamily MFS_1  35.34 
 
 		 400 aa  151  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.64121  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4143  major facilitator superfamily transporter  34.38 
 
 		 402 aa  148  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3399  major facilitator transporter  33.98 
 
 		 417 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1344  MFS permease  32.12 
 
 		 414 aa  145  8.000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.105092  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4287  major facilitator superfamily transporter  35.85 
 
 		 416 aa  139  8.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4221  major facilitator transporter  35.85 
 
 		 416 aa  139  8.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.411048  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3969  major facilitator transporter  35.03 
 
 		 432 aa  137  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.767481 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1547  major facilitator transporter  30.36 
 
 		 394 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.197507 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0642  major facilitator transporter  30.48 
 
 		 397 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.272369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3219  major facilitator superfamily transporter  34.38 
 
 		 395 aa  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4599  major facilitator transporter  35.51 
 
 		 401 aa  133  6e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0252819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2823  major facilitator transporter  31.01 
 
 		 408 aa  130  6e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.087939  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2995  major facilitator transporter  32.01 
 
 		 369 aa  129  8.000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3237  major facilitator transporter  32.27 
 
 		 425 aa  129  9.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1573  major facilitator superfamily MFS_1  31.78 
 
 		 396 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.120591 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0467  major facilitator transporter  32.52 
 
 		 403 aa  125  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0825  major facilitator superfamily MFS_1  30.27 
 
 		 415 aa  125  2e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5387  major facilitator superfamily MFS_1  31.65 
 
 		 416 aa  124  2e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.578903 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2280  major facilitator superfamily MFS_1  34.53 
 
 		 405 aa  122  9.999999999999999e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.975633  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3134  putative MSF transporter transmembrane protein  30.17 
 
 		 414 aa  119  9e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0217  major facilitator transporter  31.64 
 
 		 403 aa  119  9.999999999999999e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4718  major facilitator superfamily MFS_1  32.78 
 
 		 419 aa  113  5e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.520659  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0632  major facilitator transporter  32.42 
 
 		 442 aa  105  2e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4966  major facilitator superfamily transporter transmembrane protein  27.12 
 
 		 415 aa  96.7  6e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6024  major facilitator transporter  31.56 
 
 		 385 aa  93.2  8e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.252453  normal  0.0648485 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3796  major facilitator superfamily MFS_1  30.84 
 
 		 422 aa  89  1e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4495  major facilitator superfamily MFS_1  32.4 
 
 		 409 aa  89  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.675529  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1580  major facilitator superfamily MFS_1  30.46 
 
 		 404 aa  79.3  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0196311 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5421  major facilitator superfamily MFS_1  27.42 
 
 		 433 aa  77.4  0.0000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.266328 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8610  major facilitator superfamily MFS_1  26.18 
 
 		 414 aa  72.8  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0146839  normal  0.452747 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3320  hypothetical protein  39.83 
 
 		 151 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0117954  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2660  integral membrane transport protein  30.77 
 
 		 216 aa  65.9  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1282  major facilitator transporter  27.05 
 
 		 400 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.800461 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2637  major facilitator transporter  30.96 
 
 		 414 aa  55.8  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3503  major facilitator transporter  26.43 
 
 		 436 aa  54.7  0.000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.993279  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2279  major facilitator transporter  26.27 
 
 		 404 aa  53.5  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.47059  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4035  major facilitator transporter  28.27 
 
 		 400 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2062  major facilitator transporter  25.93 
 
 		 414 aa  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000288841  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4171  major facilitator transporter  22.59 
 
 		 426 aa  51.2  0.00003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00182156  normal  0.0631303 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0655  major facilitator superfamily MFS_1  28.27 
 
 		 408 aa  50.8  0.00005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.226203  normal  0.178333 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1684  major facilitator transporter  27.62 
 
 		 406 aa  50.1  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.926861 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2560  putative MFS transporter  26.22 
 
 		 407 aa  49.7  0.00008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.399252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5585  major facilitator protein family permease  28.12 
 
 		 480 aa  50.1  0.00008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3759  major facilitator transporter  27.36 
 
 		 417 aa  48.5  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1427  major facilitator transporter  27 
 
 		 417 aa  48.5  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220727 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05284  hypothetical protein  26.9 
 
 		 404 aa  48.9  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1369  major facilitator transporter  25.72 
 
 		 417 aa  48.1  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.919983  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2739  major facilitator transporter  28.28 
 
 		 459 aa  48.5  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2737  major facilitator superfamily MFS_1  30.2 
 
 		 405 aa  48.5  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.710897  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6123  major facilitator superfamily permease  29.53 
 
 		 434 aa  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.121683  normal  0.649512 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1093  major facilitator transporter  31.85 
 
 		 410 aa  47.4  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.121635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1791  major facilitator transporter  25.81 
 
 		 432 aa  45.8  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0460445 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2451  major facilitator transporter  28.57 
 
 		 417 aa  45.8  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.367941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5900  major facilitator transporter  30.88 
 
 		 410 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00598208  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5487  major facilitator transporter  31.58 
 
 		 410 aa  45.1  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2177  major facilitator transporter  30.88 
 
 		 410 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.404965  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4144  major facilitator transporter  24.7 
 
 		 404 aa  44.3  0.003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0444016  hitchhiker  0.00345151 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2194  major facilitator transporter  30.88 
 
 		 410 aa  44.7  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1718  transporter, putative  25.52 
 
 		 402 aa  44.7  0.003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.149984  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3695  major facilitator superfamily MFS_1  22.7 
 
 		 437 aa  44.3  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1889  major facilitator superfamily MFS_1  25.69 
 
 		 411 aa  44.3  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3401  major facilitator transporter  26.55 
 
 		 394 aa  43.9  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0898  major facilitator transporter  28.09 
 
 		 410 aa  43.9  0.005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2093  major facilitator transporter  31.82 
 
 		 410 aa  43.5  0.006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0965  major facilitator superfamily MFS_1  25.96 
 
 		 429 aa  43.5  0.007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.122687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0839  major facilitator transporter  23.76 
 
 		 402 aa  43.1  0.008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0258567 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>