More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2637 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_2637  major facilitator transporter  100 
 
 
414 aa  820    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2560  putative MFS transporter  79.95 
 
 
407 aa  639    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.399252  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3167  major facilitator transporter  70.83 
 
 
417 aa  572  1.0000000000000001e-162  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.312872 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1198  major facilitator superfamily transporter  72.18 
 
 
413 aa  559  1e-158  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.852259 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2099  major facilitator transporter  70.2 
 
 
406 aa  560  1e-158  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1339  major facilitator superfamily transporter  67.8 
 
 
412 aa  540  9.999999999999999e-153  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.627078 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0927  major facilitator superfamily MFS_1  68.96 
 
 
405 aa  535  1e-151  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.758133  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1013  major facilitator superfamily transporter  68.96 
 
 
405 aa  535  1e-151  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1663  major facilitator superfamily transporter  69.08 
 
 
430 aa  524  1e-148  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.145421  normal  0.283107 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3429  major facilitator superfamily MFS_1  67.67 
 
 
407 aa  522  1e-147  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2522  major facilitator transporter  63.82 
 
 
403 aa  511  1e-144  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.957719  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2359  major facilitator transporter  63.7 
 
 
425 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.313379  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5086  major facilitator transporter  65.16 
 
 
408 aa  499  1e-140  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.90358  hitchhiker  0.0097128 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0898  major facilitator transporter  59.31 
 
 
410 aa  470  1.0000000000000001e-131  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0839  major facilitator transporter  52.45 
 
 
402 aa  401  9.999999999999999e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0258567 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1652  major facilitator transporter  55.92 
 
 
402 aa  382  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00579086 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1282  major facilitator transporter  54.12 
 
 
400 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.800461 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1718  transporter, putative  53.75 
 
 
402 aa  376  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.149984  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3671  major facilitator transporter  53.49 
 
 
402 aa  372  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112178  normal  0.0907085 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16310  major facilitator superfamily transporter  56.7 
 
 
402 aa  374  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5487  major facilitator transporter  51.55 
 
 
410 aa  373  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397179  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4035  major facilitator transporter  53.87 
 
 
400 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1093  major facilitator transporter  53.47 
 
 
410 aa  374  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.121635  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47560  putative MFS transporter  56.07 
 
 
399 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.973553 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1684  major facilitator transporter  53.35 
 
 
406 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.926861 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1761  major facilitator transporter  55.47 
 
 
401 aa  369  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0133349  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2093  major facilitator transporter  52.58 
 
 
410 aa  366  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2216  major facilitator transporter  52.06 
 
 
410 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.744121  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3111  major facilitator superfamily MFS_1  48.49 
 
 
408 aa  360  2e-98  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4104  MFS family transporter  54.78 
 
 
399 aa  359  5e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2177  major facilitator transporter  51.55 
 
 
410 aa  358  8e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.404965  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5900  major facilitator transporter  51.55 
 
 
410 aa  358  8e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00598208  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1609  major facilitator superfamily MFS_1  49.87 
 
 
405 aa  357  1.9999999999999998e-97  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0283587  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3808  major facilitator transporter  45.57 
 
 
406 aa  357  1.9999999999999998e-97  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2194  major facilitator transporter  51.29 
 
 
410 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1242  major facilitator transporter  53.89 
 
 
400 aa  356  5e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.346574  normal  0.494101 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2363  putative MFS permease  44.05 
 
 
414 aa  348  7e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.161703 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0698  major facilitator transporter  47.04 
 
 
412 aa  345  6e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.733103  normal  0.933566 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0953  major facilitator transporter  47.56 
 
 
412 aa  344  2e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2920  major facilitator transporter  48.68 
 
 
410 aa  342  5.999999999999999e-93  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.493534  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3004  major facilitator superfamily MFS_1  48.69 
 
 
408 aa  342  5.999999999999999e-93  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5585  major facilitator protein family permease  48.36 
 
 
480 aa  342  7e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1369  major facilitator transporter  43.1 
 
 
417 aa  330  4e-89  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.919983  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3503  major facilitator transporter  44.3 
 
 
436 aa  328  1.0000000000000001e-88  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.993279  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1392  major facilitator superfamily MFS_1  49.62 
 
 
405 aa  319  5e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.306054  normal  0.12691 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1328  major facilitator superfamily MFS_1  49.11 
 
 
405 aa  318  7.999999999999999e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0933962 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05284  hypothetical protein  40.8 
 
 
404 aa  313  3.9999999999999997e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0030  major facilitator transporter  43 
 
 
433 aa  309  5e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1372  major facilitator transporter  42.39 
 
 
412 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0040  major facilitator transporter  42.39 
 
 
412 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2279  major facilitator transporter  40.69 
 
 
404 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.47059  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0703  major facilitator transporter  42.75 
 
 
409 aa  302  8.000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1889  major facilitator superfamily MFS_1  42.61 
 
 
411 aa  299  7e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0716  major facilitator superfamily MFS_1  42.23 
 
 
409 aa  298  9e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.449869 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4144  major facilitator transporter  39.58 
 
 
404 aa  296  4e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0444016  hitchhiker  0.00345151 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1676  major facilitator transporter  41.73 
 
 
411 aa  296  6e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3739  major facilitator transporter  41.15 
 
 
413 aa  295  9e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.101854  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2770  major facilitator transporter  41.94 
 
 
414 aa  295  1e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.824791  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4676  major facilitator superfamily MFS_1  42.12 
 
 
416 aa  292  6e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2297  hypothetical protein  41.56 
 
 
528 aa  292  7e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3622  major facilitator transporter  40.4 
 
 
411 aa  288  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.769068  normal  0.781308 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0951  major facilitator transporter  41.63 
 
 
416 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.161729  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2672  major facilitator transporter  38.03 
 
 
412 aa  286  4e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2047  major facilitator superfamily transporter  39.6 
 
 
421 aa  279  5e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.341858  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2004  hypothetical protein  41.22 
 
 
398 aa  279  6e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1401  oxalate/formate antiporter  41.06 
 
 
417 aa  279  6e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3184  major facilitator family transporter  41.06 
 
 
417 aa  279  6e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.965464  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3057  major facilitator family transporter  41.06 
 
 
417 aa  279  6e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1314  major facilitator family transporter  41.06 
 
 
417 aa  279  6e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2293  major facilitator family transporter  41.06 
 
 
417 aa  279  6e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1027  major facilitator family transporter  41.06 
 
 
417 aa  279  6e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.492633  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3581  major facilitator transporter  37.97 
 
 
405 aa  273  4.0000000000000004e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.857286 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3109  major facilitator transporter  41.88 
 
 
414 aa  262  8e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.953505  normal  0.200859 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0055  major facilitator transporter  35.89 
 
 
415 aa  261  1e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0111  transmembrane transporter  39.25 
 
 
411 aa  260  3e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0314  major facilitator transporter  36.59 
 
 
403 aa  252  9.000000000000001e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.330821  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3544  major facilitator transporter  38.66 
 
 
415 aa  241  2e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  0.279857 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2977  major facilitator superfamily transporter  37.66 
 
 
412 aa  228  1e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.719308  normal  0.188598 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1698  major facilitator transporter  38.01 
 
 
427 aa  219  7e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.418951  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1797  major facilitator transporter  36.6 
 
 
389 aa  214  2.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2922  transmembrane transport protein  35.37 
 
 
421 aa  206  7e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1682  major facilitator transporter  34.91 
 
 
411 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000413695  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3842  major facilitator superfamily MFS_1  31.15 
 
 
442 aa  150  4e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.474269  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0738  major facilitator transporter  32.71 
 
 
422 aa  148  2.0000000000000003e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2923  major facilitator superfamily MFS_1  31.97 
 
 
438 aa  147  4.0000000000000006e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000215921  hitchhiker  0.0000549805 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2288  major facilitator superfamily MFS_1  30.29 
 
 
433 aa  146  8.000000000000001e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.16784  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4904  MFS superfamily transporter  29.71 
 
 
435 aa  142  8e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00499167  normal  0.0129591 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3058  major facilitator transporter  30.38 
 
 
442 aa  142  8e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3203  major facilitator superfamily MFS_1  31.65 
 
 
405 aa  137  3.0000000000000003e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.455292  unclonable  0.000000000018384 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1594  major facilitator transporter  27.7 
 
 
457 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.224646  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7202  major facilitator transporter  30.13 
 
 
431 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.63867  normal  0.101194 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4323  major facilitator transporter  28.45 
 
 
436 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.189699  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2943  major facilitator superfamily MFS_1  31.65 
 
 
409 aa  134  3.9999999999999996e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1573  transporter, putative  30.06 
 
 
430 aa  132  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1521  putative transporter  28.57 
 
 
429 aa  132  2.0000000000000002e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.488674  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2011  major facilitator superfamily MFS_1  29.25 
 
 
452 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.805115  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2533  major facilitator transporter  27.79 
 
 
418 aa  130  5.0000000000000004e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0079  major facilitator transporter  27.41 
 
 
428 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.129235  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2759  major facilitator superfamily MFS_1  28.77 
 
 
472 aa  128  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000526196 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1692  major facilitator superfamily transporter  28.33 
 
 
452 aa  127  3e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.183372 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>