More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2410 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3340  TonB-dependent receptor, putative  91.51 
 
 		 683 aa  1315    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1855  TonB-dependent receptor, putative  78.97 
 
 		 693 aa  1144    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0314757  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4448  TonB-dependent receptor  50.69 
 
 		 678 aa  651    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.634501  normal  0.211596 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02129  TonB-dependent receptor  51.07 
 
 		 667 aa  636    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.220582  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2410  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 683 aa  1412    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2066  TonB-dependent receptor  56.64 
 
 		 709 aa  762    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2896  TonB-dependent receptor  54.97 
 
 		 686 aa  753    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.148838 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0836  TonB-dependent receptor for iron transport  46.26 
 
 		 683 aa  609  1e-173  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0639266  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0747  TonB-dependent receptor  46.26 
 
 		 683 aa  606  9.999999999999999e-173  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.582563  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3269  TonB-dependent receptor  43.56 
 
 		 688 aa  537  1e-151  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.35442 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0121  TonB-dependent receptor  44.01 
 
 		 681 aa  521  1e-146  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.138382 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3112  TonB-dependent receptor  24.31 
 
 		 687 aa  108  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.589119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2990  TonB-dependent receptor  23.66 
 
 		 656 aa  97.1  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235083  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1310  TonB-dependent receptor plug  23.17 
 
 		 704 aa  95.1  4e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.475424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1472  TonB-dependent receptor plug  23.17 
 
 		 704 aa  95.1  4e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.686986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  25.83 
 
 		 688 aa  92  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3559  TonB-dependent receptor  21.73 
 
 		 665 aa  91.3  5e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00145171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3767  TonB-dependent receptor  22.9 
 
 		 653 aa  89.7  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1061  TonB-dependent receptor, plug  24.01 
 
 		 691 aa  89.4  2e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5111  TonB-dependent receptor plug  23.18 
 
 		 733 aa  88.6  4e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 675 aa  87  9e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2232  TonB-dependent siderophore receptor  23.65 
 
 		 708 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01819  outer membrane receptor protein, most likely Fe transport  23.67 
 
 		 716 aa  85.1  0.000000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000492197  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0663  TonB-dependent receptor  22.92 
 
 		 652 aa  84.7  0.000000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.136044  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0824  TonB-dependent receptor, plug  21.86 
 
 		 659 aa  84.7  0.000000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2891  TonB-dependent siderophore receptor  22.72 
 
 		 711 aa  84  0.000000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3644  TonB-dependent receptor  21.69 
 
 		 653 aa  83.6  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.388894  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2804  outer membrane receptor protein  23.7 
 
 		 692 aa  82.8  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3176  TonB-dependent siderophore receptor  22.58 
 
 		 653 aa  80.9  0.00000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3576  TonB-dependent receptor  21.88 
 
 		 653 aa  80.5  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4246  TonB-dependent receptor  23.28 
 
 		 698 aa  79.3  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286559  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4866  TonB-dependent receptor  24.49 
 
 		 731 aa  79  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3302  TonB-dependent siderophore receptor  21.69 
 
 		 653 aa  79  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00384842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3472  TonB-dependent siderophore receptor  22.36 
 
 		 653 aa  78.6  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0503687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0729  TonB-dependent receptor, plug  26.05 
 
 		 656 aa  78.2  0.0000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000181168  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2477  TonB-dependent receptor  23.29 
 
 		 681 aa  77.8  0.0000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1481  TonB-dependent receptor  21.46 
 
 		 674 aa  77.4  0.0000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0173398  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  25.61 
 
 		 715 aa  77.4  0.0000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47190  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  23.87 
 
 		 784 aa  77  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0651  TonB-dependent siderophore receptor  22.03 
 
 		 653 aa  77  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.68611  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0815  TonB-dependent receptor domain-containing protein  21.54 
 
 		 653 aa  76.3  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2153  TonB-dependent receptor  22.21 
 
 		 828 aa  76.6  0.000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.453581  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09350  TonB-dependent siderophore receptor  22.69 
 
 		 704 aa  75.9  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4613  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  23.46 
 
 		 774 aa  75.5  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02035  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  23.82 
 
 		 705 aa  75.5  0.000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1968  TonB-dependent receptor  22.62 
 
 		 828 aa  75.5  0.000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1038  TonB-dependent siderophore receptor  23.71 
 
 		 782 aa  74.7  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3709  TonB-dependent receptor  31.25 
 
 		 681 aa  74.7  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0609  TonB-dependent siderophore receptor  22.02 
 
 		 710 aa  74.7  0.000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  21.72 
 
 		 639 aa  73.9  0.000000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1207  iron(III) dicitrate transport protein fecA  23.58 
 
 		 782 aa  73.2  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0722  TonB-dependent siderophore receptor  21.92 
 
 		 675 aa  73.6  0.00000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0279  TonB-dependent receptor  21.88 
 
 		 730 aa  73.6  0.00000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.874959  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22830  TonB-dependent receptor  22.38 
 
 		 678 aa  73.2  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0688062  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2605  OM receptor TonB  21.75 
 
 		 787 aa  73.6  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0978096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4596  TonB-dependent siderophore receptor  23.55 
 
 		 774 aa  73.9  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4565  TonB-dependent receptor  22.05 
 
 		 733 aa  73.6  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.372815  normal  0.147883 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 		 728 aa  73.2  0.00000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2580  TonB-dependent receptor  22.54 
 
 		 836 aa  72.8  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  24.95 
 
 		 706 aa  71.6  0.00000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  23.63 
 
 		 682 aa  71.2  0.00000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2993  TonB-dependent receptor  22.45 
 
 		 705 aa  71.6  0.00000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.162079  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0923  TonB-dependent siderophore receptor  23.8 
 
 		 777 aa  71.2  0.00000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3124  TonB-dependent siderophore receptor  23.1 
 
 		 710 aa  70.9  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.319333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  23.66 
 
 		 634 aa  70.1  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4681  TonB-dependent receptor  29.27 
 
 		 704 aa  70.5  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0656736  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3294  TonB-dependent siderophore receptor, putative  22.94 
 
 		 711 aa  69.7  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4534  TonB-dependent receptor  21.82 
 
 		 779 aa  68.9  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.732299 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2559  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 		 708 aa  68.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04680  TonB-dependent receptor  21.41 
 
 		 757 aa  68.9  0.0000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.868178  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3155  outer membrane ferric siderophore receptor, putative  24.92 
 
 		 709 aa  68.2  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.990361 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6944  TonB-dependent receptor  24 
 
 		 757 aa  68.2  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  22.32 
 
 		 653 aa  68.2  0.0000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1927  TonB dependent receptor  19.61 
 
 		 725 aa  67.8  0.0000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0622578  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  24.12 
 
 		 681 aa  67.8  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1523  TonB-dependent siderophore receptor  24.83 
 
 		 727 aa  67.8  0.0000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.249023  normal  0.758259 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3851  TonB-dependent siderophore receptor  20.89 
 
 		 711 aa  67.8  0.0000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2598  TonB-dependent receptor  26.8 
 
 		 723 aa  67.4  0.0000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00053771  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  23.7 
 
 		 700 aa  67.4  0.0000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  23.7 
 
 		 700 aa  67.4  0.0000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3267  putative outer membrane receptor for iron transport  25.87 
 
 		 712 aa  67  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4173  TonB-dependent receptor  31.02 
 
 		 739 aa  67  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2631  TonB-dependent receptor domain-containing protein  29.9 
 
 		 646 aa  67  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.221793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  23.7 
 
 		 700 aa  66.2  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0256  ferric siderophore receptor  21.86 
 
 		 807 aa  66.2  0.000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.027165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3280  TonB-dependent siderophore receptor  24.91 
 
 		 707 aa  65.9  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0713327  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1609  TonB-dependent receptor  21.57 
 
 		 684 aa  66.2  0.000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.952193  normal  0.492474 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2310  TonB-dependent receptor  22.47 
 
 		 815 aa  65.9  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03467  TonB-dependent outer membrane Receptor  22.98 
 
 		 712 aa  65.9  0.000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3133  TonB-dependent siderophore receptor  23.34 
 
 		 776 aa  65.9  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.989614  normal  0.593866 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  23.55 
 
 		 700 aa  65.1  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  25.04 
 
 		 700 aa  64.7  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0102  TonB-dependent siderophore receptor  21.88 
 
 		 795 aa  64.7  0.000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  23.55 
 
 		 700 aa  65.1  0.000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4414  TonB-dependent receptor plug  30.12 
 
 		 639 aa  64.3  0.000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2729  putative ferrichrome-iron receptor protein  24.41 
 
 		 689 aa  64.3  0.000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3220  TonB-dependent receptor  23.4 
 
 		 654 aa  64.3  0.000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  23.55 
 
 		 700 aa  63.9  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2605  TonB-dependent siderophore receptor, putative  22.35 
 
 		 685 aa  63.2  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  23.55 
 
 		 700 aa  63.5  0.00000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>