More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2990 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_3472  TonB-dependent siderophore receptor  67.17 
 
 		 653 aa  894    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0503687  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0815  TonB-dependent receptor domain-containing protein  67.32 
 
 		 653 aa  906    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0663  TonB-dependent receptor  67.17 
 
 		 652 aa  895    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.136044  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2990  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 656 aa  1334    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0729  TonB-dependent receptor, plug  58.91 
 
 		 656 aa  767    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000181168  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3302  TonB-dependent siderophore receptor  66.87 
 
 		 653 aa  893    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00384842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0651  TonB-dependent siderophore receptor  67.02 
 
 		 653 aa  898    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.68611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3559  TonB-dependent receptor  69 
 
 		 665 aa  927    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00145171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0824  TonB-dependent receptor, plug  61.98 
 
 		 659 aa  788    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3176  TonB-dependent siderophore receptor  67.82 
 
 		 653 aa  900    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2631  TonB-dependent receptor domain-containing protein  57.73 
 
 		 646 aa  731    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.221793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3576  TonB-dependent receptor  66.11 
 
 		 653 aa  871    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3644  TonB-dependent receptor  67.02 
 
 		 653 aa  885    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.388894  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3767  TonB-dependent receptor  67.02 
 
 		 653 aa  882    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4030  TonB-dependent receptor:Lipocalin  27.42 
 
 		 713 aa  203  7e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4390  TonB-dependent receptor  29.91 
 
 		 704 aa  190  9e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4681  TonB-dependent receptor  27.95 
 
 		 704 aa  175  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0656736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2625  TonB-dependent receptor  27.07 
 
 		 657 aa  159  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.980205  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0628  TonB-dependent receptor  27.69 
 
 		 688 aa  157  5.0000000000000005e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2786  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 		 644 aa  157  8e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.934768  normal  0.0544871 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0582  TonB-dependent receptor plug  26.08 
 
 		 664 aa  137  7.000000000000001e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000848459  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2309  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  26.42 
 
 		 666 aa  134  5e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2666  TonB-dependent receptor  26.12 
 
 		 638 aa  131  4.0000000000000003e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0651  tonB-dependent receptor  25.07 
 
 		 656 aa  126  1e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0646495  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0118  TonB-dependent receptor  23.68 
 
 		 633 aa  114  4.0000000000000004e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1760  TonB-dependent heme receptor  25.32 
 
 		 664 aa  113  1.0000000000000001e-23  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3329  TonB-dependent siderophore receptor  23.46 
 
 		 720 aa  109  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  26.23 
 
 		 728 aa  109  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  24.82 
 
 		 617 aa  108  3e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0983  TonB-dependent siderophore receptor  23.68 
 
 		 723 aa  106  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.698273  normal  0.622732 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3851  TonB-dependent siderophore receptor  23.52 
 
 		 711 aa  106  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1044  TonB-dependent siderophore receptor  23.54 
 
 		 724 aa  105  3e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00225756 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  24.06 
 
 		 700 aa  105  3e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  24.06 
 
 		 700 aa  103  9e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  24.06 
 
 		 700 aa  103  1e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3465  TonB-dependent siderophore receptor  23.59 
 
 		 720 aa  103  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.47616  normal  0.0124574 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  23.92 
 
 		 700 aa  103  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0979  TonB-dependent siderophore receptor  23.79 
 
 		 724 aa  102  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.16439 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  24.31 
 
 		 700 aa  102  3e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1080  TonB-dependent siderophore receptor  23.19 
 
 		 720 aa  102  3e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210628 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3287  TonB-dependent siderophore receptor  23.19 
 
 		 720 aa  100  8e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1651  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 648 aa  100  8e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.613844 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3082  TonB-dependent siderophore receptor  24.31 
 
 		 825 aa  100  9e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.213327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3039  TonB-dependent siderophore receptor  24.02 
 
 		 825 aa  100  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  24.03 
 
 		 700 aa  99.4  2e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0102  TonB-dependent siderophore receptor  24.24 
 
 		 795 aa  99  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1426  TonB-dependent receptor  24.15 
 
 		 720 aa  99.4  2e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.51849  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  24.03 
 
 		 700 aa  99.4  2e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2729  putative ferrichrome-iron receptor protein  25.44 
 
 		 689 aa  98.6  3e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  23.64 
 
 		 700 aa  98.6  4e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  23.64 
 
 		 700 aa  98.6  4e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1561  TonB-dependent receptor plug  34.88 
 
 		 681 aa  97.4  7e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000105774  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1156  TonB-dependent receptor  24.03 
 
 		 715 aa  96.3  1e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2410  TonB-dependent receptor  23.66 
 
 		 683 aa  97.1  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2735  TonB-dependent receptor, plug  33.5 
 
 		 650 aa  94.7  4e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  24.65 
 
 		 706 aa  94.4  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1280  TonB-dependent siderophore receptor  24.54 
 
 		 731 aa  94.4  6e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0800812  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1175  TonB-dependent siderophore receptor  24.18 
 
 		 749 aa  94.4  6e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63960  putative uter membrane protein precursor  23.26 
 
 		 708 aa  94.4  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2795  TonB-dependent receptor  23.15 
 
 		 701 aa  94.4  7e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  24.25 
 
 		 706 aa  94  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02129  TonB-dependent receptor  25.77 
 
 		 667 aa  93.2  1e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.220582  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2068  TonB-dependent siderophore receptor  24.6 
 
 		 722 aa  93.6  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.500479  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  24.62 
 
 		 721 aa  92.8  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  24.51 
 
 		 706 aa  92.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  24.21 
 
 		 706 aa  92.4  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  34.47 
 
 		 618 aa  92  3e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1447  TonB-dependent receptor  23.69 
 
 		 632 aa  92.4  3e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3776  TonB-dependent siderophore receptor  21.34 
 
 		 707 aa  92.4  3e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.658574  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3340  TonB-dependent receptor, putative  22.37 
 
 		 683 aa  91.3  5e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3611  homoserine O-acetyltransferase  21.62 
 
 		 699 aa  91.3  5e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000219924  decreased coverage  0.00028675 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 715 aa  91.3  6e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1655  TonB-dependent siderophore receptor  23.98 
 
 		 656 aa  90.5  8e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0609  TonB-dependent siderophore receptor  23.34 
 
 		 710 aa  90.1  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0485  TonB-dependent receptor  23.54 
 
 		 702 aa  89.4  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.517963  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1474  TonB-dependent siderophore receptor  24.93 
 
 		 715 aa  89.4  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.052337 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4786  TonB-dependent siderophore receptor  23.25 
 
 		 712 aa  89.4  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.789588  normal  0.608467 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1964  TonB-dependent receptor, plug  32.17 
 
 		 618 aa  89  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  32.99 
 
 		 619 aa  88.2  4e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0576  TonB-dependent receptor plug  32.17 
 
 		 621 aa  87.8  6e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0110  TonB dependent receptor  23.61 
 
 		 693 aa  87.8  6e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3133  TonB-dependent siderophore receptor  23.36 
 
 		 776 aa  87.8  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.989614  normal  0.593866 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2303  TonB-dependent siderophore receptor  27.88 
 
 		 710 aa  87.4  7e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.470584  normal  0.447365 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1005  TonB-dependent receptor  40.27 
 
 		 699 aa  87.4  7e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.828736  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0635  TonB-dependent receptor, plug  36.96 
 
 		 706 aa  87.4  7e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1629  TonB-dependent siderophore receptor  23.72 
 
 		 712 aa  87  9e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00385709 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1282  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 698 aa  86.7  0.000000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0747  TonB-dependent siderophore receptor  23.77 
 
 		 806 aa  86.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2881  TonB-dependent siderophore receptor  25.84 
 
 		 714 aa  86.7  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3109  TonB-dependent siderophore receptor  27.56 
 
 		 710 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3612  TonB-dependent siderophore receptor  27.88 
 
 		 770 aa  86.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.565753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0988  TonB-dependent receptor plug  35.29 
 
 		 806 aa  85.5  0.000000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.124203 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2276  TonB-dependent receptor  39.01 
 
 		 751 aa  85.5  0.000000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0249  TonB-dependent receptor  33.15 
 
 		 688 aa  85.5  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2414  TonB-dependent siderophore receptor  23.1 
 
 		 817 aa  84.7  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.281451 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09350  TonB-dependent siderophore receptor  23.25 
 
 		 704 aa  84.3  0.000000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2372  TonB-dependent receptor, plug  39.19 
 
 		 642 aa  84.3  0.000000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.286336 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0887  TonB-dependent siderophore receptor  23.26 
 
 		 692 aa  84.3  0.000000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0687  TonB-dependent siderophore receptor  25.22 
 
 		 797 aa  84.3  0.000000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.862135  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1855  TonB-dependent receptor, putative  21.84 
 
 		 693 aa  84  0.000000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0314757  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>