More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4390 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4681  TonB-dependent receptor  87.93 
 
 		 704 aa  1280    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0656736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4390  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 704 aa  1424    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0628  TonB-dependent receptor  33.62 
 
 		 688 aa  287  4e-76  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4030  TonB-dependent receptor:Lipocalin  29.07 
 
 		 713 aa  219  1e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2786  TonB-dependent receptor  30.87 
 
 		 644 aa  215  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.934768  normal  0.0544871 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2309  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  28.96 
 
 		 666 aa  206  1e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2990  TonB-dependent receptor  29.91 
 
 		 656 aa  196  2e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235083  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3576  TonB-dependent receptor  28.91 
 
 		 653 aa  189  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3559  TonB-dependent receptor  29.26 
 
 		 665 aa  188  3e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00145171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3767  TonB-dependent receptor  28.59 
 
 		 653 aa  187  7e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0815  TonB-dependent receptor domain-containing protein  28.29 
 
 		 653 aa  187  8e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0663  TonB-dependent receptor  28.09 
 
 		 652 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.136044  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3644  TonB-dependent receptor  27.93 
 
 		 653 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.388894  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3302  TonB-dependent siderophore receptor  28.24 
 
 		 653 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00384842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0651  TonB-dependent siderophore receptor  27.93 
 
 		 653 aa  182  2e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.68611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3472  TonB-dependent siderophore receptor  27.47 
 
 		 653 aa  179  2e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0503687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2625  TonB-dependent receptor  28.53 
 
 		 657 aa  177  4e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.980205  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3176  TonB-dependent siderophore receptor  27.33 
 
 		 653 aa  175  2.9999999999999996e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2666  TonB-dependent receptor  28.43 
 
 		 638 aa  170  9e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0824  TonB-dependent receptor, plug  27.22 
 
 		 659 aa  169  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2631  TonB-dependent receptor domain-containing protein  28.51 
 
 		 646 aa  163  1e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.221793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0729  TonB-dependent receptor, plug  26.67 
 
 		 656 aa  162  2e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000181168  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  25.41 
 
 		 688 aa  106  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1100  outer membrane receptor protein  37.81 
 
 		 922 aa  97.4  8e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000948721  hitchhiker  0.00320832 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  33.64 
 
 		 618 aa  97.1  9e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0651  tonB-dependent receptor  24.43 
 
 		 656 aa  95.5  3e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0646495  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  25.07 
 
 		 675 aa  95.1  4e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0049  TonB-dependent siderophore receptor  23.39 
 
 		 703 aa  94.4  7e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.627674  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0582  TonB-dependent receptor plug  24.26 
 
 		 664 aa  94.4  7e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000848459  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001068  vibrioferrin receptor PvuA  22.46 
 
 		 712 aa  93.2  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  40.65 
 
 		 663 aa  92.4  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  40.65 
 
 		 663 aa  92.4  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  40.65 
 
 		 663 aa  92.4  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  40.65 
 
 		 659 aa  92.8  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  40.65 
 
 		 663 aa  92.4  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  40.65 
 
 		 663 aa  92.4  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  40.65 
 
 		 663 aa  92.4  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2263  TonB-dependent receptor  38.5 
 
 		 882 aa  91.3  5e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.594677  normal  0.894337 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0991  TonB-dependent receptor  38.89 
 
 		 925 aa  90.9  8e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0120803  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  38.73 
 
 		 673 aa  90.1  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0138  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  31.25 
 
 		 904 aa  89.4  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.764609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2335  TonB-dependent receptor  37.82 
 
 		 882 aa  89  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0682535  normal  0.0458053 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1559  TonB-dependent receptor plug  24.77 
 
 		 706 aa  88.2  5e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000264695  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 		 613 aa  87.4  7e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2244  TonB-dependent receptor  37.25 
 
 		 892 aa  86.3  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00187564 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  27.77 
 
 		 637 aa  85.5  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3462  TonB-dependent receptor  34.93 
 
 		 668 aa  85.1  0.000000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2699  TonB-dependent receptor  37.99 
 
 		 886 aa  85.1  0.000000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.475317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2624  TonB-dependent receptor  37.99 
 
 		 886 aa  85.1  0.000000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0750923  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2302  colicin I receptor  41.26 
 
 		 641 aa  85.1  0.000000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.010442 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3613  TonB-dependent receptor plug  34.93 
 
 		 664 aa  84.7  0.000000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.659898  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3813  TonB-dependent receptor  34.56 
 
 		 991 aa  84  0.000000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.722498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2548  colicin I receptor  38.82 
 
 		 650 aa  84  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00911927 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  39.16 
 
 		 659 aa  84  0.000000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  23.2 
 
 		 728 aa  83.6  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  36.36 
 
 		 670 aa  83.6  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  34.39 
 
 		 638 aa  83.6  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2385  TonB-dependent receptor, plug  33.16 
 
 		 895 aa  83.6  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000246068  hitchhiker  0.00510046 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  33.82 
 
 		 613 aa  83.6  0.00000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2390  colicin I receptor  38.82 
 
 		 650 aa  84  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.107934 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0654  TonB-dependent receptor  32.81 
 
 		 638 aa  83.6  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561107  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0576  TonB-dependent receptor plug  32.91 
 
 		 621 aa  83.6  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2789  TonB-dependent receptor  36.27 
 
 		 698 aa  83.6  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.973502 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01404  hypothetical protein  37.28 
 
 		 640 aa  83.2  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2345  colicin I receptor  38.82 
 
 		 650 aa  84  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0748809  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2438  colicin I receptor  38.82 
 
 		 650 aa  83.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.593043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2434  colicin I receptor  38.82 
 
 		 650 aa  84  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.198809 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1503  outer membrane receptor protein  34.78 
 
 		 899 aa  83.6  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0790  TonB-dependent receptor  31.77 
 
 		 614 aa  83.2  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.270148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  37.5 
 
 		 614 aa  82.8  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  34.92 
 
 		 619 aa  82.8  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3545  TonB-dependent receptor  34.5 
 
 		 666 aa  82.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  36.93 
 
 		 614 aa  82  0.00000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0268  TonB system transport protein, putative  33.33 
 
 		 877 aa  82  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0722  TonB-dependent siderophore receptor  22.57 
 
 		 675 aa  82.4  0.00000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1859  TonB-dependent receptor plug  31.15 
 
 		 686 aa  82.4  0.00000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000014407  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0118  TonB-dependent receptor  24.2 
 
 		 633 aa  82  0.00000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  36.93 
 
 		 614 aa  82  0.00000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  36.93 
 
 		 614 aa  82  0.00000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  36.93 
 
 		 614 aa  82  0.00000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2756  colicin I receptor  39.35 
 
 		 656 aa  82.4  0.00000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  39.26 
 
 		 615 aa  81.6  0.00000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  32.97 
 
 		 646 aa  81.6  0.00000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  32.86 
 
 		 611 aa  81.6  0.00000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37730  putative TonB dependent receptor  35.14 
 
 		 880 aa  81.6  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.951701  normal  0.164066 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00261  phosphatidylglycerophosphatase  35.43 
 
 		 617 aa  81.3  0.00000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1716  TonB-dependent receptor, plug  34.5 
 
 		 893 aa  81.3  0.00000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.716976  hitchhiker  0.000145025 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1632  TonB-dependent receptor, plug  37.28 
 
 		 929 aa  80.9  0.00000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000717844  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2209  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 		 624 aa  80.1  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.400233 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  36.31 
 
 		 614 aa  80.5  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  36.31 
 
 		 614 aa  80.5  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  36.31 
 
 		 614 aa  80.5  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  36.36 
 
 		 614 aa  80.1  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  36.31 
 
 		 614 aa  80.5  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  33.17 
 
 		 634 aa  79.3  0.0000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  36.31 
 
 		 634 aa  79.3  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  36.31 
 
 		 614 aa  79.3  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1253  TonB-dependent receptor, plug  32.63 
 
 		 702 aa  79.3  0.0000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.98016  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  35.82 
 
 		 671 aa  79  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  34.33 
 
 		 602 aa  79  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>