More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0729 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2990  TonB-dependent receptor  58.91 
 
 		 656 aa  767    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235083  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0815  TonB-dependent receptor domain-containing protein  58.36 
 
 		 653 aa  775    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3176  TonB-dependent siderophore receptor  57.38 
 
 		 653 aa  763    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3767  TonB-dependent receptor  57.23 
 
 		 653 aa  747    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3644  TonB-dependent receptor  58.14 
 
 		 653 aa  758    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.388894  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0663  TonB-dependent receptor  58.45 
 
 		 652 aa  775    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.136044  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0729  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 		 656 aa  1340    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000181168  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3576  TonB-dependent receptor  57.38 
 
 		 653 aa  752    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3472  TonB-dependent siderophore receptor  57.84 
 
 		 653 aa  770    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0503687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3302  TonB-dependent siderophore receptor  57.69 
 
 		 653 aa  764    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00384842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0651  TonB-dependent siderophore receptor  57.99 
 
 		 653 aa  770    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.68611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0824  TonB-dependent receptor, plug  56.04 
 
 		 659 aa  721    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3559  TonB-dependent receptor  62.9 
 
 		 665 aa  818    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00145171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2631  TonB-dependent receptor domain-containing protein  54.93 
 
 		 646 aa  696    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.221793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4030  TonB-dependent receptor:Lipocalin  28.8 
 
 		 713 aa  213  7e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2309  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  31.35 
 
 		 666 aa  170  9e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4681  TonB-dependent receptor  26.43 
 
 		 704 aa  168  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0656736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4390  TonB-dependent receptor  26.61 
 
 		 704 aa  160  6e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0628  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 		 688 aa  156  1e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2625  TonB-dependent receptor  26 
 
 		 657 aa  154  4e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.980205  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2786  TonB-dependent receptor  26.84 
 
 		 644 aa  149  2.0000000000000003e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.934768  normal  0.0544871 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0635  TonB-dependent receptor, plug  25.29 
 
 		 706 aa  140  8.999999999999999e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0582  TonB-dependent receptor plug  26.4 
 
 		 664 aa  120  9e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000848459  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2666  TonB-dependent receptor  24.51 
 
 		 638 aa  118  3e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06299  hypothetical protein  24.9 
 
 		 715 aa  111  5e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1447  TonB-dependent receptor  25.36 
 
 		 632 aa  107  5e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2386  TonB-dependent siderophore receptor  23.22 
 
 		 742 aa  106  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000185534  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  24.75 
 
 		 700 aa  105  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0118  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 		 633 aa  106  2e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2458  TonB-dependent siderophore receptor  23.22 
 
 		 742 aa  105  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0314212 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1724  TonB-dependent siderophore receptor  23.21 
 
 		 748 aa  104  4e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000700289  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2551  TonB-dependent siderophore receptor  23.59 
 
 		 738 aa  105  4e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000835907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  24.75 
 
 		 700 aa  105  4e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1767  TonB-dependent siderophore receptor  23.21 
 
 		 748 aa  104  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000312172  normal  0.573538 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  24.89 
 
 		 700 aa  104  4e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  24.75 
 
 		 700 aa  104  4e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  24.89 
 
 		 700 aa  104  4e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  24.75 
 
 		 700 aa  103  7e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  24.75 
 
 		 700 aa  103  7e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0651  tonB-dependent receptor  24.63 
 
 		 656 aa  103  1e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0646495  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1729  TonB-dependent siderophore receptor  23.42 
 
 		 749 aa  103  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.775588  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0576  TonB-dependent receptor plug  34.63 
 
 		 621 aa  102  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 		 700 aa  101  5e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  24.19 
 
 		 700 aa  100  8e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  35.12 
 
 		 638 aa  98.6  3e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2789  TonB-dependent receptor  25.27 
 
 		 698 aa  98.2  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.973502 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2565  TonB-dependent siderophore receptor  22.92 
 
 		 740 aa  98.2  5e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000192113  hitchhiker  0.000234826 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1590  TonB-dependent siderophore receptor  23.1 
 
 		 737 aa  97.4  7e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02129  TonB-dependent receptor  24.7 
 
 		 667 aa  97.1  9e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.220582  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  23.02 
 
 		 728 aa  96.7  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0654  TonB-dependent receptor  23.53 
 
 		 638 aa  96.7  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561107  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  24.34 
 
 		 715 aa  95.9  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2735  TonB-dependent receptor, plug  32.17 
 
 		 650 aa  94.4  5e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2795  TonB-dependent receptor  23.99 
 
 		 701 aa  94  9e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0122  TonB-dependent receptor  36.09 
 
 		 624 aa  93.6  1e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  30.95 
 
 		 613 aa  93.2  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2400  outer membrane receptor protein  24.85 
 
 		 621 aa  92.8  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.901841 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  23.91 
 
 		 706 aa  92.8  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  25.49 
 
 		 618 aa  93.2  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1044  TonB-dependent siderophore receptor  23.35 
 
 		 724 aa  92.4  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00225756 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2896  TonB-dependent receptor  31.54 
 
 		 686 aa  92.8  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.148838 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  23.91 
 
 		 721 aa  92  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  23.91 
 
 		 706 aa  92  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2372  TonB-dependent receptor, plug  36.22 
 
 		 642 aa  92  3e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.286336 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01404  hypothetical protein  24.13 
 
 		 640 aa  91.7  4e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  23.91 
 
 		 706 aa  91.7  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1964  TonB-dependent receptor, plug  31.62 
 
 		 618 aa  91.7  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  40.74 
 
 		 618 aa  91.3  5e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0102  TonB-dependent siderophore receptor  28.26 
 
 		 795 aa  91.3  5e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1280  TonB-dependent siderophore receptor  23.2 
 
 		 731 aa  90.9  6e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0800812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  23.76 
 
 		 706 aa  90.5  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3133  TonB-dependent siderophore receptor  28.95 
 
 		 776 aa  90.5  9e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.989614  normal  0.593866 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  29.96 
 
 		 614 aa  89.7  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5364  TonB-dependent receptor plug  30.27 
 
 		 729 aa  89.7  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09350  TonB-dependent siderophore receptor  22.02 
 
 		 704 aa  88.6  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3135  TonB-dependent siderophore receptor  24.3 
 
 		 734 aa  89  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0049  TonB-dependent siderophore receptor  24.05 
 
 		 703 aa  87.8  5e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.627674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  35 
 
 		 613 aa  87.8  6e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1826  TonB-dependent receptor  25.34 
 
 		 621 aa  87.8  6e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.568285  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001068  vibrioferrin receptor PvuA  22.91 
 
 		 712 aa  87  9e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1561  TonB-dependent receptor plug  36.72 
 
 		 681 aa  86.7  0.000000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000105774  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4448  TonB-dependent receptor  24.4 
 
 		 678 aa  86.7  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.634501  normal  0.211596 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0983  TonB-dependent siderophore receptor  22.99 
 
 		 723 aa  87  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.698273  normal  0.622732 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2066  TonB-dependent receptor  30.11 
 
 		 709 aa  86.3  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  33.8 
 
 		 646 aa  84.7  0.000000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003321  ferrichrome-iron receptor  22.95 
 
 		 711 aa  84.7  0.000000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2276  TonB-dependent receptor  40.43 
 
 		 751 aa  84.7  0.000000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  33.51 
 
 		 617 aa  84.3  0.000000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2389  TonB-dependent receptor plug  31.22 
 
 		 615 aa  84.3  0.000000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000607441  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  31.75 
 
 		 619 aa  84  0.000000000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1142  TonB-dependent receptor-related protein  25.29 
 
 		 650 aa  84  0.000000000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.22175  normal  0.0805488 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3757  TonB-dependent receptor plug  35.36 
 
 		 612 aa  84  0.000000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2720  iron complex outermembrane recepter protein  35.33 
 
 		 631 aa  83.2  0.00000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83965  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1830  TonB-dependent receptor plug  30.69 
 
 		 616 aa  83.6  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000821839 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0834  vitamin B12 receptor BtuB, putative  31.28 
 
 		 680 aa  83.6  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.162621  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1760  TonB-dependent heme receptor  27.27 
 
 		 664 aa  83.6  0.00000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2785  TonB-dependent receptor  41.67 
 
 		 710 aa  82.8  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  unclonable  4.99654e-18  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1994  TonB-dependent receptor  22.15 
 
 		 698 aa  82.8  0.00000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0909  ferrioxamine B receptor  22.35 
 
 		 716 aa  82.8  0.00000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0995  TonB-dependent receptor  30.49 
 
 		 629 aa  82.4  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.864049  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>