More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2389 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_1830  TonB-dependent receptor plug  87.18 
 
 
616 aa  1098    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000821839 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2389  TonB-dependent receptor plug  100 
 
 
615 aa  1256    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000607441  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2900  TonB-dependent receptor plug  48.2 
 
 
609 aa  501  1e-140  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1964  TonB-dependent receptor, plug  45.41 
 
 
618 aa  480  1e-134  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1358  TonB-dependent receptor, plug  43.07 
 
 
626 aa  432  1e-119  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00131062  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0576  TonB-dependent receptor plug  40.48 
 
 
621 aa  412  1e-114  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0883  ferric enterobactin receptor, putative  39.77 
 
 
627 aa  410  1e-113  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.277897  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2426  TonB-dependent receptor, plug  40.3 
 
 
652 aa  409  1e-113  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000164352  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2735  TonB-dependent receptor, plug  40.16 
 
 
650 aa  408  1.0000000000000001e-112  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1445  TonB-dependent receptor, putative  38.87 
 
 
593 aa  403  1e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1245  TonB-dependent receptor, plug  38.46 
 
 
636 aa  403  1e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0339996 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3117  TonB-dependent receptor plug  39.69 
 
 
619 aa  343  7e-93  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1178  TonB-dependent receptor plug  38.78 
 
 
621 aa  337  5.999999999999999e-91  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  26.35 
 
 
639 aa  118  3e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0565  TonB-dependent receptor  25.56 
 
 
613 aa  115  3e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.228454 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  25.16 
 
 
628 aa  111  5e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  26.06 
 
 
616 aa  97.1  9e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0824  TonB-dependent receptor, plug  29.74 
 
 
659 aa  96.7  1e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  26.34 
 
 
634 aa  95.1  3e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1459  TonB-dependent receptor  22.33 
 
 
647 aa  92.8  2e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.208108  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0852  TonB-dependent outer membrane receptor for Fe3+/colicin I  22.32 
 
 
633 aa  92.8  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000258389  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  26.79 
 
 
602 aa  92.4  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  23.41 
 
 
617 aa  92.4  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  26.02 
 
 
631 aa  91.3  4e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0815  TonB-dependent receptor domain-containing protein  31.47 
 
 
653 aa  91.7  4e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1541  TonB-dependent receptor  28.52 
 
 
665 aa  91.3  4e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000885863  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  27.03 
 
 
618 aa  91.3  5e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  25.87 
 
 
659 aa  90.9  6e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1065  TonB-dependent receptor  25.28 
 
 
611 aa  90.9  6e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.362217 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  24.55 
 
 
613 aa  90.1  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  35.03 
 
 
638 aa  89.4  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1162  tonB-dependent vitamin B12 receptor  23.14 
 
 
622 aa  89.7  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  35.14 
 
 
682 aa  89  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1926  TonB-dependent receptor  25.5 
 
 
627 aa  89.4  2e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.201933  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  24.87 
 
 
623 aa  88.6  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3176  TonB-dependent siderophore receptor  29.31 
 
 
653 aa  89  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3576  TonB-dependent receptor  29.74 
 
 
653 aa  88.2  4e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313951  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  29.28 
 
 
623 aa  87.4  6e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3472  TonB-dependent siderophore receptor  32.65 
 
 
653 aa  87.4  8e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0503687  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0651  TonB-dependent siderophore receptor  28.21 
 
 
653 aa  87  9e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.68611  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0249  TonB-dependent receptor  31.75 
 
 
688 aa  86.7  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  33.91 
 
 
637 aa  86.3  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1930  TonB-dependent receptor  23.09 
 
 
702 aa  86.7  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3302  TonB-dependent siderophore receptor  31.31 
 
 
653 aa  87  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00384842  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.7 
 
 
614 aa  85.9  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  32.96 
 
 
642 aa  85.9  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  22.59 
 
 
653 aa  86.3  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.7 
 
 
614 aa  84.7  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0663  TonB-dependent receptor  28.88 
 
 
652 aa  84.7  0.000000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.136044  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.7 
 
 
614 aa  84.7  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.7 
 
 
614 aa  84.7  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2402  putative TonB dependent vitamin B12 outer membrane receptor  24.37 
 
 
611 aa  84.7  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  31.29 
 
 
615 aa  84.3  0.000000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  26.42 
 
 
614 aa  84.3  0.000000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1859  TonB-dependent receptor plug  29.38 
 
 
686 aa  84  0.000000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000014407  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0729  TonB-dependent receptor, plug  31.22 
 
 
656 aa  84.3  0.000000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000181168  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3644  TonB-dependent receptor  27.83 
 
 
653 aa  84  0.000000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.388894  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  31.02 
 
 
618 aa  84  0.000000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  33.33 
 
 
673 aa  83.6  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3315  TonB-dependent receptor plug  25.71 
 
 
650 aa  83.2  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  33.79 
 
 
616 aa  83.2  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  30.99 
 
 
646 aa  82.4  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3767  TonB-dependent receptor  27.39 
 
 
653 aa  82.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.32 
 
 
631 aa  82.8  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  33.52 
 
 
634 aa  82.8  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  25.48 
 
 
614 aa  81.6  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  23.86 
 
 
615 aa  81.6  0.00000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  31.79 
 
 
617 aa  81.3  0.00000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  31.77 
 
 
613 aa  81.3  0.00000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0132  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.82 
 
 
631 aa  80.9  0.00000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00107286  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3559  TonB-dependent receptor  31.31 
 
 
665 aa  80.5  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00145171  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3757  TonB-dependent receptor plug  26.15 
 
 
612 aa  80.5  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3535  TonB-dependent receptor  26.29 
 
 
681 aa  80.1  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.243459  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01404  hypothetical protein  24.59 
 
 
640 aa  80.1  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  30.82 
 
 
593 aa  79  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0122  TonB-dependent receptor  27.23 
 
 
624 aa  79.3  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2789  TonB-dependent receptor  30.68 
 
 
698 aa  79.3  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.973502 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  34.15 
 
 
1023 aa  79.3  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  30.43 
 
 
619 aa  79  0.0000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002156  outer membrane vitamin B12 receptor BtuB  34.13 
 
 
611 aa  78.6  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122091  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  30.67 
 
 
611 aa  79  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0654  TonB-dependent receptor  29.07 
 
 
638 aa  78.6  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561107  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3807  TonB-dependent receptor plug  34.02 
 
 
655 aa  78.2  0.0000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6079  putative TonB-dependent receptor  32.52 
 
 
680 aa  78.2  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0972806  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4681  TonB-dependent receptor  29.54 
 
 
704 aa  78.2  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0656736  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  26.98 
 
 
615 aa  77.8  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.68 
 
 
631 aa  77.8  0.0000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1005  TonB-dependent receptor  30.36 
 
 
699 aa  77.8  0.0000000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.828736  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.65 
 
 
630 aa  77.8  0.0000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000943492  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.65 
 
 
630 aa  77.8  0.0000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000593825  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  30.28 
 
 
670 aa  77.8  0.0000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1253  TonB-dependent receptor, plug  24.16 
 
 
702 aa  77.8  0.0000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.98016  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1023  TonB-dependent receptor plug  27.25 
 
 
769 aa  77.4  0.0000000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.302797  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1035  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  32.77 
 
 
685 aa  77  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.127064  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2327  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  32.77 
 
 
685 aa  77  0.0000000000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.52571  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2959  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  32.77 
 
 
685 aa  77  0.0000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1028  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  32.77 
 
 
685 aa  77  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.15146  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1639  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  32.77 
 
 
685 aa  77  0.0000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.18341  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0185  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  22.99 
 
 
728 aa  77  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0848528 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5373  TonB-dependent outer-membrane transporter  31.41 
 
 
661 aa  76.3  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0456572  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>