More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4681 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4681  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 704 aa  1436    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0656736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4390  TonB-dependent receptor  87.93 
 
 		 704 aa  1265    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0628  TonB-dependent receptor  33.87 
 
 		 688 aa  294  3e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4030  TonB-dependent receptor:Lipocalin  29.96 
 
 		 713 aa  229  1e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2786  TonB-dependent receptor  29.59 
 
 		 644 aa  213  1e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.934768  normal  0.0544871 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2309  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  28.35 
 
 		 666 aa  196  1e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2625  TonB-dependent receptor  29.09 
 
 		 657 aa  184  3e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.980205  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2990  TonB-dependent receptor  27.95 
 
 		 656 aa  175  2.9999999999999996e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0663  TonB-dependent receptor  27.26 
 
 		 652 aa  172  1e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.136044  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2666  TonB-dependent receptor  27.58 
 
 		 638 aa  172  3e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3559  TonB-dependent receptor  27.12 
 
 		 665 aa  171  5e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00145171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3576  TonB-dependent receptor  26.84 
 
 		 653 aa  170  7e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313951  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0815  TonB-dependent receptor domain-containing protein  26.8 
 
 		 653 aa  169  2e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0729  TonB-dependent receptor, plug  26.43 
 
 		 656 aa  168  2e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000181168  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3767  TonB-dependent receptor  27.45 
 
 		 653 aa  169  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3302  TonB-dependent siderophore receptor  26.89 
 
 		 653 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00384842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0824  TonB-dependent receptor, plug  27.13 
 
 		 659 aa  167  4e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3644  TonB-dependent receptor  26.99 
 
 		 653 aa  167  5e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.388894  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0651  TonB-dependent siderophore receptor  26.33 
 
 		 653 aa  167  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.68611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2631  TonB-dependent receptor domain-containing protein  27.72 
 
 		 646 aa  161  3e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.221793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3472  TonB-dependent siderophore receptor  25.99 
 
 		 653 aa  160  6e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0503687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3176  TonB-dependent siderophore receptor  26.08 
 
 		 653 aa  158  3e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  25.72 
 
 		 688 aa  110  1e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0582  TonB-dependent receptor plug  25.86 
 
 		 664 aa  102  2e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000848459  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0651  tonB-dependent receptor  24.19 
 
 		 656 aa  99.4  2e-19  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0646495  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0635  TonB-dependent receptor, plug  36.02 
 
 		 706 aa  97.8  7e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0049  TonB-dependent siderophore receptor  24.56 
 
 		 703 aa  96.7  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.627674  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  24.16 
 
 		 675 aa  96.7  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0118  TonB-dependent receptor  22.59 
 
 		 633 aa  97.1  1e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  34.72 
 
 		 618 aa  94.4  7e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001068  vibrioferrin receptor PvuA  22.91 
 
 		 712 aa  92.8  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  25.36 
 
 		 728 aa  92  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1559  TonB-dependent receptor plug  26.06 
 
 		 706 aa  91.3  6e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000264695  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  26.6 
 
 		 637 aa  90.1  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1859  TonB-dependent receptor plug  33.48 
 
 		 686 aa  90.5  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000014407  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  35.32 
 
 		 646 aa  89.4  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  35.82 
 
 		 602 aa  88.6  4e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3462  TonB-dependent receptor  34.38 
 
 		 668 aa  88.6  4e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  23.99 
 
 		 613 aa  88.2  5e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3813  TonB-dependent receptor  33.18 
 
 		 991 aa  88.2  5e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.722498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3613  TonB-dependent receptor plug  34.24 
 
 		 664 aa  88.2  5e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.659898  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  38.82 
 
 		 659 aa  87.4  7e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0911  TonB-dependent siderophore receptor  23.42 
 
 		 809 aa  87.4  8e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.11228 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  40.5 
 
 		 673 aa  87  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3545  TonB-dependent receptor  33.85 
 
 		 666 aa  86.3  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1925  TonB-dependent receptor  38.95 
 
 		 642 aa  86.3  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.55144  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0867  FecA-like outer membrane receptor  23.5 
 
 		 809 aa  85.1  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.272294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  33.49 
 
 		 613 aa  85.1  0.000000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0897  TonB-dependent siderophore receptor  23.5 
 
 		 809 aa  84.7  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.448435  normal  0.28892 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1100  outer membrane receptor protein  35.91 
 
 		 922 aa  84.7  0.000000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000948721  hitchhiker  0.00320832 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  36.32 
 
 		 671 aa  84  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01404  hypothetical protein  37.13 
 
 		 640 aa  83.2  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  33.48 
 
 		 670 aa  83.6  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  32.49 
 
 		 634 aa  83.2  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2263  TonB-dependent receptor  34.42 
 
 		 882 aa  83.2  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.594677  normal  0.894337 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2165  TonB-dependent vitamin B12 receptor  33.03 
 
 		 616 aa  82.4  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0654  TonB-dependent receptor  33.68 
 
 		 638 aa  82  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561107  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2789  TonB-dependent receptor  33.16 
 
 		 698 aa  82.4  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.973502 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02084  ferric iron-catecholate outer membrane transporter  36.77 
 
 		 663 aa  81.6  0.00000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.184448  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1503  TonB-dependent receptor plug  36.77 
 
 		 663 aa  81.6  0.00000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000115095  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1450  outer membrane receptor FepA  36 
 
 		 740 aa  82  0.00000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0138  TonB-dependent receptor:TonB-dependent receptor  37.65 
 
 		 904 aa  81.6  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.764609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1493  colicin I receptor  36.77 
 
 		 663 aa  81.6  0.00000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.351325 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2289  colicin I receptor  36.77 
 
 		 663 aa  81.6  0.00000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3290  colicin I receptor  36.77 
 
 		 659 aa  82  0.00000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.359827  normal  0.810258 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02043  hypothetical protein  36.77 
 
 		 663 aa  81.6  0.00000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.214275  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1561  TonB-dependent receptor plug  37.5 
 
 		 681 aa  81.6  0.00000000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000105774  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2451  colicin I receptor  36.77 
 
 		 663 aa  81.6  0.00000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  34.1 
 
 		 638 aa  81.6  0.00000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  34.9 
 
 		 634 aa  81.3  0.00000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0991  TonB-dependent receptor  35 
 
 		 925 aa  81.3  0.00000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0120803  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0576  TonB-dependent receptor plug  32.34 
 
 		 621 aa  81.3  0.00000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1231  TonB-dependent receptor  32.18 
 
 		 678 aa  81.3  0.00000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2335  TonB-dependent receptor  34.03 
 
 		 882 aa  80.9  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0682535  normal  0.0458053 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1797  TonB-dependent receptor plug  36.71 
 
 		 647 aa  80.9  0.00000000000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1447  TonB-dependent receptor  35.29 
 
 		 632 aa  80.5  0.0000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  33.71 
 
 		 1023 aa  80.5  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0268  TonB system transport protein, putative  32.5 
 
 		 877 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4787  TonB-dependent siderophore receptor  24.09 
 
 		 696 aa  79.3  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4311  TonB-dependent siderophore receptor  22.97 
 
 		 809 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0939329 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2244  TonB-dependent receptor  34.62 
 
 		 892 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00187564 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1541  TonB-dependent receptor  31.6 
 
 		 665 aa  79.7  0.0000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000885863  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1632  TonB-dependent receptor, plug  38.41 
 
 		 929 aa  79.7  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000717844  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0790  TonB-dependent receptor  32.4 
 
 		 614 aa  79  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.270148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2302  colicin I receptor  41.88 
 
 		 641 aa  78.6  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.010442 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1826  TonB-dependent receptor  36.65 
 
 		 621 aa  78.6  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.568285  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0722  TonB-dependent siderophore receptor  23.07 
 
 		 675 aa  78.6  0.0000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3231  TonB-dependent siderophore receptor  22.74 
 
 		 687 aa  78.2  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.854124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2624  TonB-dependent receptor  35.47 
 
 		 886 aa  78.6  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0750923  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0834  vitamin B12 receptor BtuB, putative  24.39 
 
 		 680 aa  78.6  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.162621  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2699  TonB-dependent receptor  35.47 
 
 		 886 aa  78.6  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.475317  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  33.9 
 
 		 619 aa  78.6  0.0000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0385  TonB-dependent receptor, plug  32.31 
 
 		 713 aa  78.6  0.0000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3784  TonB-dependent siderophore receptor  23.27 
 
 		 807 aa  78.2  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.894959 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2389  TonB-dependent receptor plug  29.54 
 
 		 615 aa  78.2  0.0000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000607441  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1253  TonB-dependent receptor, plug  25.4 
 
 		 702 aa  78.2  0.0000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.98016  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1716  TonB-dependent receptor, plug  34.3 
 
 		 893 aa  77.8  0.0000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.716976  hitchhiker  0.000145025 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3496  outer membrane receptor FepA  36.63 
 
 		 744 aa  77.8  0.0000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0995  TonB-dependent receptor  23.13 
 
 		 629 aa  77.4  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.864049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  35.9 
 
 		 634 aa  77.4  0.0000000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.222662 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>