More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0824 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009052  Sbal_0663  TonB-dependent receptor  62.14 
 
 		 652 aa  821    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.136044  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3644  TonB-dependent receptor  60.88 
 
 		 653 aa  796    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.388894  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0815  TonB-dependent receptor domain-containing protein  62.59 
 
 		 653 aa  836    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3767  TonB-dependent receptor  61.33 
 
 		 653 aa  805    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3559  TonB-dependent receptor  61.06 
 
 		 665 aa  815    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00145171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0729  TonB-dependent receptor, plug  56.34 
 
 		 656 aa  748    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000181168  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2990  TonB-dependent receptor  61.98 
 
 		 656 aa  816    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3176  TonB-dependent siderophore receptor  61.84 
 
 		 653 aa  819    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3302  TonB-dependent siderophore receptor  61.99 
 
 		 653 aa  826    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00384842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0651  TonB-dependent siderophore receptor  61.84 
 
 		 653 aa  824    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.68611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2631  TonB-dependent receptor domain-containing protein  52.57 
 
 		 646 aa  686    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.221793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0824  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 		 659 aa  1333    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3576  TonB-dependent receptor  61.03 
 
 		 653 aa  798    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3472  TonB-dependent siderophore receptor  61.99 
 
 		 653 aa  823    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0503687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4030  TonB-dependent receptor:Lipocalin  27.75 
 
 		 713 aa  201  3e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4681  TonB-dependent receptor  27.03 
 
 		 704 aa  173  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0656736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4390  TonB-dependent receptor  27.97 
 
 		 704 aa  172  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0628  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 		 688 aa  166  1.0000000000000001e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2666  TonB-dependent receptor  26.61 
 
 		 638 aa  147  6e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2309  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  29.1 
 
 		 666 aa  146  1e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0582  TonB-dependent receptor plug  26.42 
 
 		 664 aa  144  5e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000848459  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2625  TonB-dependent receptor  25.89 
 
 		 657 aa  141  3.9999999999999997e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.980205  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2786  TonB-dependent receptor  24.81 
 
 		 644 aa  134  5e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.934768  normal  0.0544871 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1968  TonB-dependent heme receptor  25.28 
 
 		 690 aa  124  5e-27  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  25.49 
 
 		 721 aa  119  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1601  TonB-dependent heme receptor  25.21 
 
 		 702 aa  118  3.9999999999999997e-25  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  24.93 
 
 		 706 aa  117  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  24.79 
 
 		 706 aa  117  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  24.49 
 
 		 706 aa  117  7.999999999999999e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  24.14 
 
 		 700 aa  117  7.999999999999999e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  24.79 
 
 		 706 aa  116  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  24.24 
 
 		 700 aa  115  3e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  24.01 
 
 		 700 aa  115  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06299  hypothetical protein  24.66 
 
 		 715 aa  114  5e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  24.01 
 
 		 700 aa  114  5e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  24.2 
 
 		 700 aa  113  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2795  TonB-dependent receptor  23.93 
 
 		 701 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1044  TonB-dependent siderophore receptor  24.22 
 
 		 724 aa  112  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00225756 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  24.53 
 
 		 700 aa  110  7.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  24.53 
 
 		 700 aa  110  7.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2565  TonB-dependent siderophore receptor  23.61 
 
 		 740 aa  108  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000192113  hitchhiker  0.000234826 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  23.59 
 
 		 700 aa  107  5e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  23.59 
 
 		 700 aa  107  5e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 		 728 aa  107  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  24.89 
 
 		 634 aa  106  1e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1724  TonB-dependent siderophore receptor  23.77 
 
 		 748 aa  106  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000700289  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1767  TonB-dependent siderophore receptor  23.77 
 
 		 748 aa  106  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000312172  normal  0.573538 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0979  TonB-dependent siderophore receptor  24.08 
 
 		 724 aa  105  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.16439 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0983  TonB-dependent siderophore receptor  23.85 
 
 		 723 aa  106  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.698273  normal  0.622732 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  24.93 
 
 		 715 aa  104  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000849  putative ferrichrome-iron receptor  24.61 
 
 		 699 aa  103  7e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.744816  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  25.22 
 
 		 694 aa  103  8e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0118  TonB-dependent receptor  23.62 
 
 		 633 aa  102  2e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1231  TonB-dependent receptor  32.58 
 
 		 678 aa  102  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1156  TonB-dependent receptor  23.82 
 
 		 715 aa  102  3e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0102  TonB-dependent siderophore receptor  24.58 
 
 		 795 aa  102  3e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0651  tonB-dependent receptor  25.19 
 
 		 656 aa  102  3e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0646495  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06761  hypothetical protein  24.52 
 
 		 690 aa  101  4e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1502  ferrichrome outer membrane transporter  23.31 
 
 		 729 aa  101  4e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1729  TonB-dependent siderophore receptor  23.46 
 
 		 749 aa  101  5e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.775588  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1786  TonB-dependent heme receptor  23.07 
 
 		 718 aa  99.8  1e-19  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0635  TonB-dependent receptor, plug  35.91 
 
 		 706 aa  99.8  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2881  TonB-dependent siderophore receptor  24.3 
 
 		 714 aa  100  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63960  putative uter membrane protein precursor  24.35 
 
 		 708 aa  99.4  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3465  TonB-dependent siderophore receptor  22.61 
 
 		 720 aa  98.6  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.47616  normal  0.0124574 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1513  TonB-dependent receptor  24.7 
 
 		 649 aa  98.6  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000309269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2735  TonB-dependent receptor, plug  35.29 
 
 		 650 aa  98.2  4e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  24.96 
 
 		 709 aa  98.6  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  29.44 
 
 		 614 aa  98.2  4e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0142  ferrichrome outer membrane transporter  22.52 
 
 		 729 aa  97.8  6e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1561  TonB-dependent receptor plug  36.45 
 
 		 681 aa  97.4  7e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000105774  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1280  TonB-dependent siderophore receptor  25.1 
 
 		 731 aa  97.4  7e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0800812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1527  TonB-dependent siderophore receptor  23.02 
 
 		 714 aa  96.7  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.698269  normal  0.163231 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1964  TonB-dependent receptor, plug  33.05 
 
 		 618 aa  96.3  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  33.65 
 
 		 618 aa  96.7  1e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  23.32 
 
 		 726 aa  96.7  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3329  TonB-dependent siderophore receptor  22.78 
 
 		 720 aa  96.3  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0154  ferrichrome outer membrane transporter  22.39 
 
 		 729 aa  96.7  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2389  TonB-dependent receptor plug  29.74 
 
 		 615 aa  96.7  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000607441  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0747  TonB-dependent siderophore receptor  24.89 
 
 		 806 aa  96.7  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5364  TonB-dependent receptor plug  34.18 
 
 		 729 aa  95.9  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3133  TonB-dependent siderophore receptor  24.36 
 
 		 776 aa  95.9  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.989614  normal  0.593866 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3851  TonB-dependent siderophore receptor  23.28 
 
 		 711 aa  96.3  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0576  TonB-dependent receptor plug  34.87 
 
 		 621 aa  95.1  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0880  TonB-dependent receptor  22.6 
 
 		 680 aa  95.5  3e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02129  TonB-dependent receptor  25.76 
 
 		 667 aa  95.1  4e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.220582  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03647  TonB-dependent receptor  26.47 
 
 		 640 aa  94.7  5e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00288042  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09350  TonB-dependent siderophore receptor  23.01 
 
 		 704 aa  94.4  6e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4462  TonB-dependent siderophore receptor  25.52 
 
 		 757 aa  94  9e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0705188 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4752  TonB-dependent siderophore receptor  23.51 
 
 		 799 aa  93.2  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0186383  normal  0.142458 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  32.49 
 
 		 602 aa  93.6  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0609  TonB-dependent siderophore receptor  22.55 
 
 		 710 aa  93.2  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4014  TonB-dependent siderophore receptor  22.12 
 
 		 709 aa  93.6  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00017833  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2729  putative ferrichrome-iron receptor protein  24.01 
 
 		 689 aa  92.8  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3287  TonB-dependent siderophore receptor  22.73 
 
 		 720 aa  92.4  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5579  TonB-dependent siderophore receptor  23.03 
 
 		 812 aa  92.8  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.761851 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3641  TonB-dependent receptor, putative  23.31 
 
 		 697 aa  92.4  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000783326  normal  0.0764781 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3922  TonB-dependent siderophore receptor  22.27 
 
 		 709 aa  92.8  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000715438  normal  0.0397715 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0049  TonB-dependent siderophore receptor  23.64 
 
 		 703 aa  92.4  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.627674  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1830  TonB-dependent receptor plug  30.81 
 
 		 616 aa  92  3e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000821839 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>