More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1855 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3340  TonB-dependent receptor, putative  81.55 
 
 		 683 aa  1178    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1855  TonB-dependent receptor, putative  100 
 
 		 693 aa  1435    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0314757  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2896  TonB-dependent receptor  52.45 
 
 		 686 aa  739    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.148838 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2410  TonB-dependent receptor  78.97 
 
 		 683 aa  1162    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2066  TonB-dependent receptor  54.35 
 
 		 709 aa  744    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4448  TonB-dependent receptor  48.29 
 
 		 678 aa  630  1e-179  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.634501  normal  0.211596 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02129  TonB-dependent receptor  48.64 
 
 		 667 aa  628  1e-178  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.220582  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0747  TonB-dependent receptor  47 
 
 		 683 aa  622  1e-177  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.582563  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0836  TonB-dependent receptor for iron transport  46.85 
 
 		 683 aa  617  1e-175  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0639266  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0121  TonB-dependent receptor  43.69 
 
 		 681 aa  521  1e-146  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.138382 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3269  TonB-dependent receptor  42.45 
 
 		 688 aa  521  1e-146  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.35442 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3112  TonB-dependent receptor  24.38 
 
 		 687 aa  115  3e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.589119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3767  TonB-dependent receptor  22.71 
 
 		 653 aa  97.8  6e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5111  TonB-dependent receptor plug  22.8 
 
 		 733 aa  96.7  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1310  TonB-dependent receptor plug  23.54 
 
 		 704 aa  95.9  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.475424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1472  TonB-dependent receptor plug  23.54 
 
 		 704 aa  95.9  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.686986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2804  outer membrane receptor protein  22.57 
 
 		 692 aa  92.8  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3559  TonB-dependent receptor  21.43 
 
 		 665 aa  90.9  6e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00145171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3644  TonB-dependent receptor  21.91 
 
 		 653 aa  90.9  8e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.388894  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2153  TonB-dependent receptor  23.36 
 
 		 828 aa  90.1  1e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.453581  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0824  TonB-dependent receptor, plug  23.82 
 
 		 659 aa  90.1  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3576  TonB-dependent receptor  21.76 
 
 		 653 aa  89.4  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0663  TonB-dependent receptor  21.87 
 
 		 652 aa  89  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.136044  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1038  TonB-dependent siderophore receptor  23.78 
 
 		 782 aa  89  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2990  TonB-dependent receptor  21.76 
 
 		 656 aa  87.8  6e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  25.58 
 
 		 706 aa  87.4  8e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01819  outer membrane receptor protein, most likely Fe transport  25.98 
 
 		 716 aa  86.7  0.000000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000492197  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1207  iron(III) dicitrate transport protein fecA  24.33 
 
 		 782 aa  85.5  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02035  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  23.44 
 
 		 705 aa  85.1  0.000000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3302  TonB-dependent siderophore receptor  22.01 
 
 		 653 aa  83.6  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00384842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3176  TonB-dependent siderophore receptor  21.67 
 
 		 653 aa  82.8  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0729  TonB-dependent receptor, plug  27.37 
 
 		 656 aa  81.6  0.00000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000181168  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0815  TonB-dependent receptor domain-containing protein  21.76 
 
 		 653 aa  80.9  0.00000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0651  TonB-dependent siderophore receptor  21.65 
 
 		 653 aa  80.9  0.00000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.68611  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2891  TonB-dependent siderophore receptor  24.92 
 
 		 711 aa  80.9  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0923  TonB-dependent siderophore receptor  23.02 
 
 		 777 aa  80.1  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1061  TonB-dependent receptor, plug  23.85 
 
 		 691 aa  80.5  0.0000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3472  TonB-dependent siderophore receptor  21.43 
 
 		 653 aa  80.1  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0503687  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4613  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  22.71 
 
 		 774 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1968  TonB-dependent receptor  22.59 
 
 		 828 aa  79.3  0.0000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4596  TonB-dependent siderophore receptor  23 
 
 		 774 aa  79  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2580  TonB-dependent receptor  22.24 
 
 		 836 aa  78.6  0.0000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  22.22 
 
 		 681 aa  77.8  0.0000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2477  TonB-dependent receptor  22.88 
 
 		 681 aa  77.4  0.0000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  22.64 
 
 		 694 aa  77  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0256  ferric siderophore receptor  22.09 
 
 		 807 aa  76.6  0.000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.027165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2310  TonB-dependent receptor  23.11 
 
 		 815 aa  75.9  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09350  TonB-dependent siderophore receptor  21.93 
 
 		 704 aa  75.5  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04680  TonB-dependent receptor  21.35 
 
 		 757 aa  75.9  0.000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.868178  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3851  TonB-dependent siderophore receptor  21.65 
 
 		 711 aa  75.1  0.000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2605  TonB-dependent siderophore receptor, putative  23.33 
 
 		 685 aa  74.7  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3709  TonB-dependent receptor  31.31 
 
 		 681 aa  74.7  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  22.22 
 
 		 639 aa  74.3  0.000000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0609  TonB-dependent siderophore receptor  21.47 
 
 		 710 aa  74.7  0.000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3280  TonB-dependent siderophore receptor  25.36 
 
 		 707 aa  73.9  0.000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0713327  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2232  TonB-dependent siderophore receptor  24.69 
 
 		 708 aa  73.9  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4484  TonB-dependent receptor  26.57 
 
 		 726 aa  73.6  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.429644  normal  0.265878 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2180  TonB-dependent receptor, putative  21.34 
 
 		 765 aa  73.2  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4246  TonB-dependent receptor  22.79 
 
 		 698 aa  73.2  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286559  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2555  TonB-dependent receptor  29.86 
 
 		 702 aa  72.8  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1609  TonB-dependent receptor  22.41 
 
 		 684 aa  72.8  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.952193  normal  0.492474 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3155  outer membrane ferric siderophore receptor, putative  24.61 
 
 		 709 aa  72.4  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.990361 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2559  TonB-dependent siderophore receptor  24.84 
 
 		 708 aa  72.4  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0722  TonB-dependent siderophore receptor  22.5 
 
 		 675 aa  72.4  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  22.22 
 
 		 653 aa  72  0.00000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  24.14 
 
 		 688 aa  72  0.00000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2631  TonB-dependent receptor domain-containing protein  23.08 
 
 		 646 aa  72  0.00000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.221793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4681  TonB-dependent receptor  27.66 
 
 		 704 aa  71.6  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0656736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  20.6 
 
 		 701 aa  71.6  0.00000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1927  TonB dependent receptor  21.11 
 
 		 725 aa  71.6  0.00000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0622578  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5169  TonB-dependent siderophore receptor  22.87 
 
 		 723 aa  71.2  0.00000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001068  vibrioferrin receptor PvuA  21.78 
 
 		 712 aa  70.9  0.00000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1382  TonB-dependent receptor  26.05 
 
 		 717 aa  70.9  0.00000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.530841  hitchhiker  0.000808374 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2993  TonB-dependent receptor  21.28 
 
 		 705 aa  70.5  0.00000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.162079  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  22.01 
 
 		 726 aa  69.3  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2019  TonB-dependent receptor  26.87 
 
 		 742 aa  69.7  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.850916  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  28.23 
 
 		 721 aa  69.3  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47190  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  23.44 
 
 		 784 aa  69.3  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6273  TonB-dependent receptor  22.49 
 
 		 736 aa  68.9  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000590633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  23.36 
 
 		 700 aa  68.6  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3267  putative outer membrane receptor for iron transport  26.36 
 
 		 712 aa  68.9  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598995  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  28.23 
 
 		 706 aa  68.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0279  TonB-dependent receptor  23.42 
 
 		 730 aa  68.9  0.0000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.874959  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  28.23 
 
 		 706 aa  68.6  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  23.36 
 
 		 700 aa  68.6  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  28.23 
 
 		 706 aa  68.2  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  28.23 
 
 		 706 aa  68.6  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4866  TonB-dependent receptor  22.65 
 
 		 731 aa  68.6  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  26.06 
 
 		 700 aa  68.2  0.0000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  28.09 
 
 		 1023 aa  68.2  0.0000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5364  TonB-dependent receptor plug  21.32 
 
 		 729 aa  68.2  0.0000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  24.41 
 
 		 715 aa  68.2  0.0000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0217  TonB-dependent siderophore receptor  22.89 
 
 		 850 aa  67.8  0.0000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1481  TonB-dependent receptor  21.55 
 
 		 674 aa  67.4  0.0000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0173398  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3325  outer membrane ferric siderophore receptor, putative  25.26 
 
 		 696 aa  67.4  0.0000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.54373 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1803  ribosome-binding factor A  21.68 
 
 		 656 aa  67.4  0.0000000009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  22.56 
 
 		 682 aa  67  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1377  TonB-dependent receptor  25.36 
 
 		 713 aa  67  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  27.24 
 
 		 728 aa  67  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2598  TonB-dependent receptor  27.6 
 
 		 723 aa  66.6  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00053771  normal  0.180731 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>