More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2570 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  49.86 
 
 		 726 aa  678    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  56.31 
 
 		 681 aa  764    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  56.94 
 
 		 710 aa  783    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  52.58 
 
 		 742 aa  701    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  57.27 
 
 		 706 aa  784    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 694 aa  1398    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  46.23 
 
 		 709 aa  561  1e-158  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  44.07 
 
 		 728 aa  554  1e-156  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  43.91 
 
 		 715 aa  548  1e-154  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1426  TonB-dependent receptor  44.66 
 
 		 720 aa  548  1e-154  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.51849  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  43.75 
 
 		 700 aa  542  1e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  43.75 
 
 		 700 aa  542  1e-153  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  44.1 
 
 		 706 aa  540  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  44.1 
 
 		 721 aa  539  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  43.3 
 
 		 700 aa  539  9.999999999999999e-153  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  43.16 
 
 		 700 aa  539  9.999999999999999e-153  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  43.02 
 
 		 700 aa  536  1e-151  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  43.02 
 
 		 700 aa  536  1e-151  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  43.63 
 
 		 706 aa  536  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  43.77 
 
 		 706 aa  536  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  43.91 
 
 		 706 aa  538  1e-151  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  43.3 
 
 		 700 aa  538  1e-151  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  43.32 
 
 		 700 aa  535  1e-150  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  43.32 
 
 		 700 aa  535  1e-150  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03467  TonB-dependent outer membrane Receptor  43.07 
 
 		 712 aa  472  1.0000000000000001e-131  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0022  TonB-dependent receptor  44.3 
 
 		 697 aa  460  9.999999999999999e-129  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000255766 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3353  TonB-dependent receptor plug  39.86 
 
 		 736 aa  450  1e-125  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130298  normal  0.417052 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4866  TonB-dependent receptor  40.12 
 
 		 731 aa  440  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  38.44 
 
 		 706 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1076  iron transporter  39.14 
 
 		 743 aa  427  1e-118  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.337763 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2795  TonB-dependent receptor  36.59 
 
 		 701 aa  421  1e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  37.56 
 
 		 705 aa  415  1e-114  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1826  TonB-dependent receptor  38.61 
 
 		 723 aa  393  1e-108  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0185611 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2598  TonB-dependent receptor  38.26 
 
 		 723 aa  377  1e-103  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00053771  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  35.87 
 
 		 675 aa  368  1e-100  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  34.08 
 
 		 688 aa  353  7e-96  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0021  TonB-dependent receptor  31.93 
 
 		 705 aa  304  3.0000000000000004e-81  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1061  TonB-dependent receptor, plug  32.85 
 
 		 691 aa  293  1e-77  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0094  TonB-dependent receptor  32.9 
 
 		 678 aa  277  6e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0917922  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2188  TonB-dependent receptor  29.47 
 
 		 680 aa  213  7.999999999999999e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4484  TonB-dependent receptor  26.27 
 
 		 726 aa  167  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.429644  normal  0.265878 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  23.76 
 
 		 701 aa  154  4e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2498  TonB-dependent receptor  25.68 
 
 		 770 aa  151  5e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.111731 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2019  TonB-dependent receptor  25.08 
 
 		 742 aa  144  4e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.850916  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  25.38 
 
 		 727 aa  144  5e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1567  TonB-dependent receptor  23.67 
 
 		 780 aa  144  5e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615105  normal  0.74927 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1868  TonB-dependent receptor  23.36 
 
 		 734 aa  140  6e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.155376  normal  0.191225 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5774  TonB-dependent receptor plug  26.1 
 
 		 690 aa  139  2e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.872771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3709  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 		 681 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1763  TonB-dependent receptor plug  26.45 
 
 		 703 aa  138  4e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0187171  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12568  probable TonB-dependent receptor YncD precursor  22.95 
 
 		 762 aa  137  4e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2201  TonB-dependent receptor  23.65 
 
 		 736 aa  130  9.000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.407628  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0940  TonB-dependent receptor  24.93 
 
 		 706 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0279  TonB-dependent receptor  23.47 
 
 		 730 aa  129  2.0000000000000002e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.874959  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  24.82 
 
 		 715 aa  128  5e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1382  TonB-dependent receptor  25.04 
 
 		 717 aa  126  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.530841  hitchhiker  0.000808374 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3552  TonB-dependent receptor  24.34 
 
 		 737 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0127436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2993  TonB-dependent receptor  22.8 
 
 		 705 aa  124  6e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.162079  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2477  TonB-dependent receptor  26.15 
 
 		 681 aa  124  8e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1377  TonB-dependent receptor  24.96 
 
 		 713 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2953  TonB-dependent receptor  24.76 
 
 		 700 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.191776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0733  tonB-dependent receptor  23.02 
 
 		 680 aa  122  3e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4534  putative TonB-dependent receptor protein  26.97 
 
 		 797 aa  121  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.38874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1302  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 702 aa  121  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220115  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22830  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 		 678 aa  121  4.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0688062  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1468  TonB-dependent receptor  24.96 
 
 		 682 aa  120  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0781  TonB-dependent receptor  22.82 
 
 		 757 aa  119  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.877086  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0485  TonB-dependent receptor  23.58 
 
 		 702 aa  117  8.999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.517963  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2074  TonB domain-containing protein  23.48 
 
 		 741 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4173  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 		 739 aa  116  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4534  TonB-dependent receptor  22.48 
 
 		 779 aa  112  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.732299 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0423  TonB-dependent receptor  21.82 
 
 		 696 aa  112  2.0000000000000002e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6067  TonB-dependent receptor  24.52 
 
 		 716 aa  111  5e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0732  TonB-dependent receptor  24.29 
 
 		 688 aa  108  5e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.244967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4246  TonB-dependent receptor  25.22 
 
 		 698 aa  107  8e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286559  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1994  TonB-dependent receptor  23.16 
 
 		 698 aa  106  1e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2473  putative TonB-dependent siderophore receptor  22.53 
 
 		 788 aa  106  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.805537 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4787  TonB-dependent siderophore receptor  26.04 
 
 		 696 aa  105  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4565  TonB-dependent receptor  24.93 
 
 		 733 aa  104  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.372815  normal  0.147883 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5971  TonB-dependent receptor  27.59 
 
 		 801 aa  103  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.900301  normal  0.0108971 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0824  TonB-dependent receptor, plug  24.96 
 
 		 659 aa  102  3e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0865  TonB-dependent receptor  25.04 
 
 		 700 aa  100  8e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0848071  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2804  outer membrane receptor protein  25.94 
 
 		 692 aa  99.8  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01819  outer membrane receptor protein, most likely Fe transport  24.81 
 
 		 716 aa  100  1e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000492197  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0049  TonB-dependent siderophore receptor  24.82 
 
 		 703 aa  99.8  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.627674  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3112  TonB-dependent receptor  26.11 
 
 		 687 aa  96.7  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.589119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3269  TonB-dependent receptor  23.7 
 
 		 688 aa  96.3  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.35442 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  25.66 
 
 		 673 aa  96.3  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  26.33 
 
 		 619 aa  95.9  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09350  TonB-dependent siderophore receptor  24.14 
 
 		 704 aa  95.9  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4137  outer membrane siderophore receptor, putative  25.32 
 
 		 690 aa  95.1  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3243  TonB-dependent receptor  25.57 
 
 		 777 aa  94.7  5e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00716389  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5125  TonB-dependent receptor  25.57 
 
 		 777 aa  94.7  5e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3267  putative outer membrane receptor for iron transport  25.68 
 
 		 712 aa  94.4  6e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1728  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 690 aa  94  8e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322796  normal  0.420828 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5156  TonB-dependent receptor  25.57 
 
 		 777 aa  94  9e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  24.78 
 
 		 628 aa  92.8  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3034  TonB-dependent receptor  22.99 
 
 		 741 aa  92.8  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0831829  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4090  TonB-dependent receptor  22.79 
 
 		 705 aa  92  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0663  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 		 652 aa  92  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.136044  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>