More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2477 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1794  TonB-dependent receptor  57.76 
 
 		 664 aa  718    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2477  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 681 aa  1364    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0808  TonB-dependent receptor  43.82 
 
 		 714 aa  523  1e-147  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.131492 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1377  TonB-dependent receptor  44.95 
 
 		 713 aa  502  1e-140  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1302  TonB-dependent receptor  41.46 
 
 		 702 aa  497  1e-139  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220115  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1382  TonB-dependent receptor  43.88 
 
 		 717 aa  491  1e-137  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.530841  hitchhiker  0.000808374 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  43.58 
 
 		 715 aa  489  1e-137  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0940  TonB-dependent receptor  42.23 
 
 		 706 aa  482  1e-135  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2704  TonB-dependent receptor  40.32 
 
 		 700 aa  480  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4246  TonB-dependent receptor  40.77 
 
 		 698 aa  473  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286559  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4674  TonB-dependent receptor  41.74 
 
 		 692 aa  472  1.0000000000000001e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.396726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6067  TonB-dependent receptor  41.74 
 
 		 716 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4565  TonB-dependent receptor  39.94 
 
 		 733 aa  459  9.999999999999999e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.372815  normal  0.147883 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  40.12 
 
 		 727 aa  431  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2019  TonB-dependent receptor  39.13 
 
 		 742 aa  431  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.850916  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3552  TonB-dependent receptor  38.15 
 
 		 737 aa  422  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0127436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2201  TonB-dependent receptor  38.05 
 
 		 736 aa  410  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.407628  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1868  TonB-dependent receptor  37.18 
 
 		 734 aa  404  1e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.155376  normal  0.191225 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3709  TonB-dependent receptor  38.33 
 
 		 681 aa  397  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4484  TonB-dependent receptor  36.36 
 
 		 726 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.429644  normal  0.265878 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22830  TonB-dependent receptor  38.47 
 
 		 678 aa  371  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0688062  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4581  TonB-dependent receptor  31.58 
 
 		 718 aa  259  2e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1856  TonB-dependent receptor  31.64 
 
 		 688 aa  244  3e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.405305  normal  0.0244044 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1728  TonB-dependent receptor  32.53 
 
 		 690 aa  243  6e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322796  normal  0.420828 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4137  outer membrane siderophore receptor, putative  32.08 
 
 		 690 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3267  putative outer membrane receptor for iron transport  30.61 
 
 		 712 aa  240  5.999999999999999e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2318  TonB-dependent receptor  31.1 
 
 		 708 aa  238  2e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4173  TonB-dependent receptor  30.15 
 
 		 739 aa  219  8.999999999999998e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1449  TonB-dependent receptor  30.2 
 
 		 740 aa  219  2e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.389596 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2555  TonB-dependent receptor  30.09 
 
 		 702 aa  216  8e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2651  TonB-dependent receptor  28.81 
 
 		 800 aa  212  2e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2688  TonB-dependent receptor  31.34 
 
 		 720 aa  212  2e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43940  TonB-dependent receptor family  27.83 
 
 		 715 aa  198  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.204907  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3065  TonB-dependent receptor  28.1 
 
 		 786 aa  197  6e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.935063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3149  TonB-dependent receptor  27.8 
 
 		 785 aa  194  3e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0836  TonB-dependent receptor  26.64 
 
 		 787 aa  184  6e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1543  TonB-dependent receptor plug  29.69 
 
 		 712 aa  174  3.9999999999999995e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.888078 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  26.08 
 
 		 721 aa  154  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  26.5 
 
 		 706 aa  154  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  26.13 
 
 		 728 aa  152  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  26.5 
 
 		 706 aa  153  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  25.89 
 
 		 715 aa  152  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  26.5 
 
 		 706 aa  152  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  26.36 
 
 		 706 aa  152  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  26.45 
 
 		 700 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  26.36 
 
 		 700 aa  149  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  26.45 
 
 		 700 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  28.91 
 
 		 675 aa  148  3e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  26.38 
 
 		 700 aa  148  3e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  26.3 
 
 		 700 aa  147  8.000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  26.38 
 
 		 700 aa  147  8.000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  27.77 
 
 		 709 aa  147  9e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  26.16 
 
 		 700 aa  145  3e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2188  TonB-dependent receptor  26.75 
 
 		 680 aa  145  3e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  26.16 
 
 		 700 aa  145  3e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  26.3 
 
 		 700 aa  145  3e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  28.12 
 
 		 688 aa  145  3e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0094  TonB-dependent receptor  27.26 
 
 		 678 aa  136  9.999999999999999e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0917922  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0022  TonB-dependent receptor  27.2 
 
 		 697 aa  133  1.0000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000255766 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1061  TonB-dependent receptor, plug  25.3 
 
 		 691 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2598  TonB-dependent receptor  27.06 
 
 		 723 aa  133  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00053771  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4866  TonB-dependent receptor  26.73 
 
 		 731 aa  127  6e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  26.47 
 
 		 694 aa  127  8.000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  25.96 
 
 		 705 aa  125  3e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0021  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 		 705 aa  124  7e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2498  TonB-dependent receptor  27.17 
 
 		 770 aa  123  9.999999999999999e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.111731 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03467  TonB-dependent outer membrane Receptor  26.02 
 
 		 712 aa  120  7e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  28.12 
 
 		 742 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  24.03 
 
 		 726 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0571  TonB-dependent receptor  25.91 
 
 		 778 aa  110  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1426  TonB-dependent receptor  24.7 
 
 		 720 aa  104  4e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.51849  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  24.71 
 
 		 681 aa  104  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2924  TonB-dependent receptor  25.28 
 
 		 776 aa  104  7e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.753718  normal  0.115907 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2953  TonB-dependent receptor  23.98 
 
 		 700 aa  102  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.191776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3149  TonB-dependent receptor  24.75 
 
 		 776 aa  101  6e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0958639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4090  TonB-dependent receptor  22.53 
 
 		 705 aa  100  7e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  24.34 
 
 		 710 aa  98.2  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4534  putative TonB-dependent receptor protein  25.1 
 
 		 797 aa  97.1  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.38874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1994  TonB-dependent receptor  23.53 
 
 		 698 aa  96.7  1e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  24.13 
 
 		 706 aa  95.5  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2795  TonB-dependent receptor  23.7 
 
 		 701 aa  95.1  3e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1468  TonB-dependent receptor  25.79 
 
 		 682 aa  94.7  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3048  TonB-dependent receptor  24.58 
 
 		 774 aa  94.4  7e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.20503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  23.66 
 
 		 706 aa  92.8  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0909  putative TonB-dependent receptor  22.74 
 
 		 711 aa  92  3e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.622893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  24.83 
 
 		 701 aa  87  9e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3353  TonB-dependent receptor plug  25.53 
 
 		 736 aa  84.7  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130298  normal  0.417052 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0781  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 		 757 aa  84.7  0.000000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.877086  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5774  TonB-dependent receptor plug  23.19 
 
 		 690 aa  83.6  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.872771  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12568  probable TonB-dependent receptor YncD precursor  22.19 
 
 		 762 aa  82  0.00000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2066  TonB-dependent receptor  24.63 
 
 		 709 aa  82.4  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2410  TonB-dependent receptor  22.91 
 
 		 683 aa  81.6  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0732  TonB-dependent receptor  22.6 
 
 		 688 aa  81.6  0.00000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.244967  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1567  TonB-dependent receptor  23.04 
 
 		 780 aa  81.3  0.00000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615105  normal  0.74927 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1826  TonB-dependent receptor  27.11 
 
 		 723 aa  81.3  0.00000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0185611 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1855  TonB-dependent receptor, putative  22.88 
 
 		 693 aa  80.9  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0314757  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3340  TonB-dependent receptor, putative  22.61 
 
 		 683 aa  80.5  0.00000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2473  putative TonB-dependent siderophore receptor  24.38 
 
 		 788 aa  80.5  0.00000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.805537 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3231  TonB-dependent siderophore receptor  25.6 
 
 		 687 aa  80.1  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.854124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03830  putative TonB-dependent receptor protein  22.51 
 
 		 670 aa  79.3  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>