More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3231 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_04157  ferric citrate outer membrane transporter  48.33 
 
 		 774 aa  637    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3709  TonB-dependent siderophore receptor  48.33 
 
 		 774 aa  637    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0483354  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0867  FecA-like outer membrane receptor  51.86 
 
 		 809 aa  682    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.272294  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4613  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  50.15 
 
 		 774 aa  644    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0897  TonB-dependent siderophore receptor  51.86 
 
 		 809 aa  681    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.448435  normal  0.28892 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3784  TonB-dependent siderophore receptor  51.43 
 
 		 807 aa  672    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.894959 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4596  TonB-dependent siderophore receptor  50.15 
 
 		 774 aa  640    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0911  TonB-dependent siderophore receptor  52.01 
 
 		 809 aa  684    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.11228 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5806  ferric citrate outer membrane transporter  50.07 
 
 		 731 aa  655    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5807  ferric citrate outer membrane transporter  50.62 
 
 		 717 aa  669    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04120  hypothetical protein  48.33 
 
 		 774 aa  637    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1853  TonB-dependent receptor  53.36 
 
 		 721 aa  701    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3231  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 		 687 aa  1388    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.854124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13430  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  51.02 
 
 		 784 aa  639    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21730  putative TonB-dependent receptor  53.22 
 
 		 721 aa  702    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4311  TonB-dependent siderophore receptor  51.27 
 
 		 809 aa  673    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0939329 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1204  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  50.87 
 
 		 784 aa  639    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.814963  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1207  iron(III) dicitrate transport protein fecA  48.74 
 
 		 782 aa  633  1e-180  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5169  TonB-dependent siderophore receptor  51.37 
 
 		 723 aa  633  1e-180  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0923  TonB-dependent siderophore receptor  48.25 
 
 		 777 aa  632  1e-180  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4868  iron(III) dicitrate transport protein FecA  48.33 
 
 		 774 aa  634  1e-180  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0743  TonB-dependent siderophore receptor  48.18 
 
 		 774 aa  634  1e-180  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.689224  normal  0.515767 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1038  TonB-dependent siderophore receptor  48.47 
 
 		 782 aa  627  1e-178  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2453  TonB-dependent siderophore receptor  49.06 
 
 		 720 aa  608  1e-173  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.591762  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47190  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  50.22 
 
 		 784 aa  603  1.0000000000000001e-171  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2308  TonB-dependent siderophore receptor  45.71 
 
 		 693 aa  542  1e-153  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00270239  normal  0.034674 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4646  TonB-dependent siderophore receptor  41.37 
 
 		 708 aa  531  1e-149  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0722  TonB-dependent siderophore receptor  35.59 
 
 		 675 aa  367  1e-100  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09350  TonB-dependent siderophore receptor  35.19 
 
 		 704 aa  360  3e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0049  TonB-dependent siderophore receptor  33.9 
 
 		 703 aa  351  2e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.627674  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4787  TonB-dependent siderophore receptor  34.49 
 
 		 696 aa  342  2e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3142  TonB-dependent siderophore receptor  33.43 
 
 		 688 aa  337  5.999999999999999e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3090  ferric vibrioferrin receptor  35.61 
 
 		 690 aa  335  2e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0290295  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001068  vibrioferrin receptor PvuA  33.83 
 
 		 712 aa  328  2.0000000000000001e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0609  TonB-dependent siderophore receptor  32.63 
 
 		 710 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1280  TonB-dependent siderophore receptor  32.23 
 
 		 731 aa  310  5e-83  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0800812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01932  TonB-dependent outer membrane Receptor  33.38 
 
 		 713 aa  308  2.0000000000000002e-82  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3851  TonB-dependent siderophore receptor  31.88 
 
 		 711 aa  295  1e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1512  TonB-dependent receptor  29.86 
 
 		 782 aa  208  3e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.116652 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0865  TonB-dependent receptor  26.01 
 
 		 700 aa  160  5e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0848071  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02035  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  24.25 
 
 		 705 aa  155  2e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3109  TonB-dependent receptor  24.58 
 
 		 738 aa  137  5e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0242785  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3888  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 		 730 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000154411  decreased coverage  0.00438264 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3787  TonB-dependent receptor  24.58 
 
 		 751 aa  127  6e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000153626  decreased coverage  0.00000099878 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3399  TonB-dependent receptor  24.84 
 
 		 727 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.186836  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2724  TonB-dependent receptor  25.07 
 
 		 709 aa  122  3e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.424768 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0630  TonB-dependent receptor  24.97 
 
 		 727 aa  120  6e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0349605  normal  0.294722 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0590  putative TonB-dependent receptor protein  25.14 
 
 		 737 aa  120  7e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000188689  decreased coverage  0.000190482 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08506  outer membrane receptor protein  22.75 
 
 		 846 aa  120  7.999999999999999e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0582  TonB-dependent receptor plug  24.81 
 
 		 664 aa  119  9.999999999999999e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000848459  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0445  TonB-dependent receptor  26.05 
 
 		 734 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.000342866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0713  TonB-dependent receptor  23.45 
 
 		 729 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000508975  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4532  TonB-dependent receptor  24.03 
 
 		 813 aa  118  3.9999999999999997e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.885203  normal  0.799433 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3037  TonB-dependent receptor  22.46 
 
 		 736 aa  117  6.9999999999999995e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.117014 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0818  TonB-dependent receptor, plug  32.51 
 
 		 518 aa  117  7.999999999999999e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000136965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0023  TonB-dependent receptor  24.06 
 
 		 747 aa  111  4.0000000000000004e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6883  TonB-dependent receptor  23.68 
 
 		 821 aa  109  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 		 700 aa  106  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 		 700 aa  106  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  26.88 
 
 		 700 aa  106  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  26.27 
 
 		 700 aa  105  3e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  26.42 
 
 		 700 aa  104  4e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  26.27 
 
 		 700 aa  105  4e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0878  TonB-dependent receptor  22.21 
 
 		 773 aa  105  4e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  26.27 
 
 		 700 aa  105  4e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  26.1 
 
 		 728 aa  103  8e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  26.23 
 
 		 706 aa  103  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  25.95 
 
 		 706 aa  103  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  25.95 
 
 		 721 aa  103  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  26.23 
 
 		 706 aa  103  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  25.81 
 
 		 706 aa  103  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  26.27 
 
 		 700 aa  103  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  26.27 
 
 		 700 aa  103  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6744  TonB-dependent receptor  23.32 
 
 		 731 aa  100  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.468719 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  23.52 
 
 		 715 aa  99.4  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1328  TonB-dependent receptor  22.21 
 
 		 798 aa  97.8  6e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0322179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0909  putative TonB-dependent receptor  23.81 
 
 		 711 aa  97.4  7e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.622893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1382  TonB-dependent receptor  23.68 
 
 		 717 aa  97.4  8e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.530841  hitchhiker  0.000808374 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4665  TonB-dependent receptor  23.08 
 
 		 739 aa  96.7  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.785854 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1601  TonB-dependent heme receptor  22.52 
 
 		 702 aa  95.9  3e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1377  TonB-dependent receptor  24.19 
 
 		 713 aa  95.1  3e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  21.64 
 
 		 701 aa  95.5  3e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0781  TonB-dependent receptor  23.85 
 
 		 757 aa  94  8e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.877086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  24.44 
 
 		 675 aa  93.2  1e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0312  iron(III) dicitrate transport protein, outer membrane receptor  21.47 
 
 		 807 aa  93.2  2e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.670307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1968  TonB-dependent heme receptor  21.92 
 
 		 690 aa  92.8  2e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0651  tonB-dependent receptor  21.74 
 
 		 656 aa  92  3e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0646495  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  27.84 
 
 		 694 aa  90.9  8e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2729  putative ferrichrome-iron receptor protein  25.21 
 
 		 689 aa  89  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  24.63 
 
 		 688 aa  89.4  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0485  TonB-dependent receptor  22.69 
 
 		 702 aa  89  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.517963  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0645  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  22.86 
 
 		 750 aa  89  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0446508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0074  heme receptor HutR  22.39 
 
 		 713 aa  89  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0136209  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  26.62 
 
 		 715 aa  88.6  4e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1061  TonB-dependent receptor, plug  26.51 
 
 		 691 aa  87.8  7e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1786  TonB-dependent heme receptor  22.1 
 
 		 718 aa  84.7  0.000000000000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000158  TonB-dependent heme and hemoglobin receptor HutA  21.65 
 
 		 693 aa  83.6  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00497898  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3302  TonB-dependent siderophore receptor  29.74 
 
 		 653 aa  83.6  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00384842  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4246  TonB-dependent receptor  23.52 
 
 		 698 aa  83.2  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286559  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3176  TonB-dependent siderophore receptor  27.51 
 
 		 653 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>