More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2318 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4137  outer membrane siderophore receptor, putative  67.25 
 
 		 690 aa  937    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1856  TonB-dependent receptor  67 
 
 		 688 aa  944    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.405305  normal  0.0244044 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2318  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 708 aa  1447    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2555  TonB-dependent receptor  55.3 
 
 		 702 aa  752    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4581  TonB-dependent receptor  60.83 
 
 		 718 aa  871    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1728  TonB-dependent receptor  67.11 
 
 		 690 aa  937    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322796  normal  0.420828 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43940  TonB-dependent receptor family  40.43 
 
 		 715 aa  478  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.204907  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3709  TonB-dependent receptor  32.96 
 
 		 681 aa  296  7e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0808  TonB-dependent receptor  32.06 
 
 		 714 aa  286  1.0000000000000001e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.131492 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22830  TonB-dependent receptor  33.43 
 
 		 678 aa  278  3e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0688062  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4484  TonB-dependent receptor  30.62 
 
 		 726 aa  275  3e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.429644  normal  0.265878 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  31.84 
 
 		 727 aa  269  1e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1868  TonB-dependent receptor  30.59 
 
 		 734 aa  253  1e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.155376  normal  0.191225 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3267  putative outer membrane receptor for iron transport  30.26 
 
 		 712 aa  251  4e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2201  TonB-dependent receptor  29.88 
 
 		 736 aa  249  1e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.407628  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3552  TonB-dependent receptor  29.58 
 
 		 737 aa  245  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0127436  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2019  TonB-dependent receptor  28.53 
 
 		 742 aa  239  1e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.850916  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  30.68 
 
 		 715 aa  237  7e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1377  TonB-dependent receptor  31.59 
 
 		 713 aa  230  6e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1382  TonB-dependent receptor  30.73 
 
 		 717 aa  230  8e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.530841  hitchhiker  0.000808374 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1302  TonB-dependent receptor  30.12 
 
 		 702 aa  229  1e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220115  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2477  TonB-dependent receptor  31.54 
 
 		 681 aa  227  5.0000000000000005e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2704  TonB-dependent receptor  29.12 
 
 		 700 aa  224  4e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4246  TonB-dependent receptor  28.22 
 
 		 698 aa  215  2.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286559  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4565  TonB-dependent receptor  29.17 
 
 		 733 aa  214  3.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.372815  normal  0.147883 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6067  TonB-dependent receptor  28.47 
 
 		 716 aa  213  7e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4674  TonB-dependent receptor  29.49 
 
 		 692 aa  213  1e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.396726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1794  TonB-dependent receptor  31.04 
 
 		 664 aa  207  6e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0940  TonB-dependent receptor  29.01 
 
 		 706 aa  206  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2651  TonB-dependent receptor  28.16 
 
 		 800 aa  201  6e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2688  TonB-dependent receptor  28.12 
 
 		 720 aa  173  1e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1543  TonB-dependent receptor plug  28.43 
 
 		 712 aa  156  1e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.888078 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0836  TonB-dependent receptor  24.69 
 
 		 787 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3149  TonB-dependent receptor  25.49 
 
 		 785 aa  128  5e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2924  TonB-dependent receptor  25.85 
 
 		 776 aa  110  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.753718  normal  0.115907 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3149  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 		 776 aa  106  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0958639  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  25.28 
 
 		 675 aa  105  3e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3048  TonB-dependent receptor  24.5 
 
 		 774 aa  105  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.20503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5661  TonB-dependent receptor  25.52 
 
 		 769 aa  103  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.303106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1449  TonB-dependent receptor  31.79 
 
 		 740 aa  101  4e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.389596 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  24.78 
 
 		 715 aa  100  7e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2188  TonB-dependent receptor  25.24 
 
 		 680 aa  97.1  1e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0571  TonB-dependent receptor  23.95 
 
 		 778 aa  95.9  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3275  TonB-dependent siderophore receptor  24.52 
 
 		 742 aa  95.1  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  25.08 
 
 		 688 aa  94.4  7e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1025  TonB-dependent receptor  25.14 
 
 		 791 aa  91.7  4e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4173  TonB-dependent receptor  35.92 
 
 		 739 aa  91.7  4e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0094  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 678 aa  91.3  5e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0917922  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  24.1 
 
 		 709 aa  90.1  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  23.37 
 
 		 706 aa  89.7  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 		 694 aa  90.5  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4534  putative TonB-dependent receptor protein  23.82 
 
 		 797 aa  89.7  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.38874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2060  TonB-dependent siderophore receptor  24.25 
 
 		 708 aa  87.8  7e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.267326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  24.03 
 
 		 710 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2902  TonB-dependent receptor  24.02 
 
 		 791 aa  86.7  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.119413 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  24.44 
 
 		 706 aa  85.5  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  24.08 
 
 		 728 aa  84.7  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2420  TonB-dependent siderophore receptor  24.21 
 
 		 728 aa  84.3  0.000000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3065  TonB-dependent receptor  30.15 
 
 		 786 aa  81.3  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.935063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  23.11 
 
 		 700 aa  80.9  0.00000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2795  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 701 aa  80.5  0.00000000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  23.11 
 
 		 700 aa  80.1  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  23.11 
 
 		 700 aa  80.1  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  22.75 
 
 		 700 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  22.85 
 
 		 700 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  23.11 
 
 		 700 aa  78.2  0.0000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2598  TonB-dependent receptor  24.49 
 
 		 723 aa  77.8  0.0000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00053771  normal  0.180731 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  22.83 
 
 		 700 aa  77  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  22.83 
 
 		 700 aa  77  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  22.72 
 
 		 700 aa  77  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  23.54 
 
 		 721 aa  75.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  23.61 
 
 		 706 aa  75.1  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  23.38 
 
 		 706 aa  75.1  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0021  TonB-dependent receptor  31.49 
 
 		 705 aa  74.7  0.000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  23.45 
 
 		 706 aa  74.3  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  23.45 
 
 		 706 aa  73.9  0.000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2243  putative TonB-dependent receptor  24.66 
 
 		 720 aa  73.9  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  24.12 
 
 		 701 aa  72.8  0.00000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09350  TonB-dependent siderophore receptor  21.71 
 
 		 704 aa  71.6  0.00000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26420  putative TonB-dependent receptor  23.38 
 
 		 718 aa  71.2  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0316508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1931  TonB-dependent siderophore receptor  23.38 
 
 		 723 aa  70.5  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0298623 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  27.46 
 
 		 659 aa  69.3  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2993  TonB-dependent receptor  22.5 
 
 		 705 aa  68.2  0.0000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.162079  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4567  TonB-dependent siderophore receptor  23.13 
 
 		 746 aa  67.4  0.0000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.436524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0836  TonB-dependent receptor for iron transport  31.48 
 
 		 683 aa  65.5  0.000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0639266  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  27.95 
 
 		 726 aa  64.7  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4090  TonB-dependent receptor  21.74 
 
 		 705 aa  64.7  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1763  TonB-dependent receptor plug  23.29 
 
 		 703 aa  63.9  0.000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0187171  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1468  TonB-dependent receptor  25.23 
 
 		 682 aa  63.9  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1321  TonB-dependent receptor  25.41 
 
 		 724 aa  62.4  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  27.74 
 
 		 705 aa  63.2  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0747  TonB-dependent receptor  30.54 
 
 		 683 aa  63.2  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.582563  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3090  ferric vibrioferrin receptor  21.72 
 
 		 690 aa  62.4  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0290295  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2498  TonB-dependent receptor  21.55 
 
 		 770 aa  62.4  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.111731 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  28.05 
 
 		 681 aa  61.6  0.00000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2410  TonB-dependent receptor  27.12 
 
 		 683 aa  61.6  0.00000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3525  TonB-dependent receptor  26.34 
 
 		 766 aa  61.2  0.00000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  27.8 
 
 		 742 aa  60.1  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05640  hypothetical protein  22.49 
 
 		 730 aa  60.1  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3269  TonB-dependent receptor  22.43 
 
 		 688 aa  60.1  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.35442 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>