More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1728 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4137  outer membrane siderophore receptor, putative  98.7 
 
 		 690 aa  1399    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4581  TonB-dependent receptor  62.32 
 
 		 718 aa  889    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1856  TonB-dependent receptor  85.12 
 
 		 688 aa  1209    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.405305  normal  0.0244044 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2555  TonB-dependent receptor  56.57 
 
 		 702 aa  773    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2318  TonB-dependent receptor  66.57 
 
 		 708 aa  942    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1728  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 690 aa  1414    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322796  normal  0.420828 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43940  TonB-dependent receptor family  43.26 
 
 		 715 aa  523  1e-147  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.204907  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  34.77 
 
 		 727 aa  311  2.9999999999999997e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4484  TonB-dependent receptor  34.7 
 
 		 726 aa  309  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.429644  normal  0.265878 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0808  TonB-dependent receptor  33.2 
 
 		 714 aa  293  7e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.131492 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2019  TonB-dependent receptor  32.57 
 
 		 742 aa  281  2e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.850916  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3552  TonB-dependent receptor  32.04 
 
 		 737 aa  277  6e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0127436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2201  TonB-dependent receptor  32.21 
 
 		 736 aa  274  4.0000000000000004e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.407628  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1868  TonB-dependent receptor  31.43 
 
 		 734 aa  270  5e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.155376  normal  0.191225 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3709  TonB-dependent receptor  32.61 
 
 		 681 aa  268  2e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22830  TonB-dependent receptor  33.76 
 
 		 678 aa  266  5.999999999999999e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0688062  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2704  TonB-dependent receptor  30.79 
 
 		 700 aa  256  1.0000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3267  putative outer membrane receptor for iron transport  30.66 
 
 		 712 aa  250  6e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1382  TonB-dependent receptor  30.72 
 
 		 717 aa  245  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.530841  hitchhiker  0.000808374 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4246  TonB-dependent receptor  29.74 
 
 		 698 aa  244  3e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286559  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  30.92 
 
 		 715 aa  243  7.999999999999999e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1377  TonB-dependent receptor  31.96 
 
 		 713 aa  242  2e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4674  TonB-dependent receptor  31.72 
 
 		 692 aa  241  2e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.396726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2477  TonB-dependent receptor  32.58 
 
 		 681 aa  238  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6067  TonB-dependent receptor  29.55 
 
 		 716 aa  232  2e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1302  TonB-dependent receptor  30.51 
 
 		 702 aa  232  2e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220115  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4565  TonB-dependent receptor  30.29 
 
 		 733 aa  232  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.372815  normal  0.147883 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0940  TonB-dependent receptor  30.42 
 
 		 706 aa  225  3e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1794  TonB-dependent receptor  30.78 
 
 		 664 aa  206  1e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2651  TonB-dependent receptor  27.32 
 
 		 800 aa  201  3e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2688  TonB-dependent receptor  29.44 
 
 		 720 aa  201  6e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1449  TonB-dependent receptor  26.41 
 
 		 740 aa  171  5e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.389596 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3149  TonB-dependent receptor  27.67 
 
 		 785 aa  169  1e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0836  TonB-dependent receptor  27.71 
 
 		 787 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4173  TonB-dependent receptor  27.69 
 
 		 739 aa  162  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1543  TonB-dependent receptor plug  27.92 
 
 		 712 aa  157  6e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.888078 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3065  TonB-dependent receptor  27.43 
 
 		 786 aa  153  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.935063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  27.03 
 
 		 675 aa  125  2e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3149  TonB-dependent receptor  26.6 
 
 		 776 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0958639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2924  TonB-dependent receptor  25.87 
 
 		 776 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.753718  normal  0.115907 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 		 688 aa  114  6e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3048  TonB-dependent receptor  25.43 
 
 		 774 aa  113  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.20503  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2498  TonB-dependent receptor  24.22 
 
 		 770 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.111731 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1061  TonB-dependent receptor, plug  24.34 
 
 		 691 aa  107  6e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0094  TonB-dependent receptor  26.87 
 
 		 678 aa  103  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0917922  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  24.35 
 
 		 715 aa  102  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2188  TonB-dependent receptor  25.12 
 
 		 680 aa  100  8e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  23.9 
 
 		 700 aa  98.2  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1468  TonB-dependent receptor  24.69 
 
 		 682 aa  97.8  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  24.18 
 
 		 700 aa  97.8  6e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  24.18 
 
 		 700 aa  97.8  6e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  24.07 
 
 		 700 aa  97.4  7e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  24.07 
 
 		 700 aa  97.1  9e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  24.19 
 
 		 700 aa  97.1  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  23.62 
 
 		 710 aa  96.7  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  24.52 
 
 		 700 aa  96.3  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2598  TonB-dependent receptor  24.64 
 
 		 723 aa  95.9  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00053771  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  24.52 
 
 		 700 aa  96.3  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0021  TonB-dependent receptor  26.06 
 
 		 705 aa  95.5  3e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  24.12 
 
 		 706 aa  95.5  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  24.07 
 
 		 700 aa  95.1  4e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 694 aa  94  9e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1567  TonB-dependent receptor  22.93 
 
 		 780 aa  92.8  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615105  normal  0.74927 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1025  TonB-dependent receptor  22.74 
 
 		 791 aa  92  3e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4534  putative TonB-dependent receptor protein  23.07 
 
 		 797 aa  90.9  7e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.38874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  24.35 
 
 		 721 aa  90.1  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  23.58 
 
 		 706 aa  89  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  23.61 
 
 		 706 aa  89  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  23.72 
 
 		 706 aa  89  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  23.58 
 
 		 706 aa  89  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  21.41 
 
 		 706 aa  84.3  0.000000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  25.37 
 
 		 701 aa  83.6  0.00000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3275  TonB-dependent siderophore receptor  24.29 
 
 		 742 aa  82  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2060  TonB-dependent siderophore receptor  24.53 
 
 		 708 aa  80.1  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.267326  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2308  TonB-dependent siderophore receptor  22.93 
 
 		 693 aa  80.1  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00270239  normal  0.034674 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0571  TonB-dependent receptor  31.96 
 
 		 778 aa  78.6  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  24.36 
 
 		 705 aa  79  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  27.2 
 
 		 659 aa  76.6  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1763  TonB-dependent receptor plug  23.73 
 
 		 703 aa  76.6  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0187171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  26.91 
 
 		 728 aa  75.5  0.000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0733  tonB-dependent receptor  22.33 
 
 		 680 aa  75.5  0.000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1931  TonB-dependent siderophore receptor  23.12 
 
 		 723 aa  73.9  0.000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0298623 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2420  TonB-dependent siderophore receptor  23.95 
 
 		 728 aa  73.6  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5661  TonB-dependent receptor  24.04 
 
 		 769 aa  72.4  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.303106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0423  TonB-dependent receptor  21.47 
 
 		 696 aa  72  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1407  TonB-dependent siderophore receptor  23.4 
 
 		 705 aa  72.4  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26420  putative TonB-dependent receptor  23.2 
 
 		 718 aa  72.4  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0316508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2243  putative TonB-dependent receptor  23.68 
 
 		 720 aa  72  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4567  TonB-dependent siderophore receptor  22.79 
 
 		 746 aa  71.6  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.436524  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12568  probable TonB-dependent receptor YncD precursor  23.07 
 
 		 762 aa  71.6  0.00000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  28.62 
 
 		 681 aa  70.5  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  27.44 
 
 		 726 aa  69.3  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3318  TonB-dependent siderophore receptor  23.6 
 
 		 710 aa  68.9  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  25.46 
 
 		 709 aa  68.2  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0732  TonB-dependent receptor  21.4 
 
 		 688 aa  68.2  0.0000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.244967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0393  TonB-dependent receptor  23.92 
 
 		 670 aa  67.8  0.0000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.431607  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3176  TonB-dependent siderophore receptor  26.2 
 
 		 653 aa  67.4  0.0000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0831  TonB-dependent receptor plug  23.74 
 
 		 721 aa  67  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.519524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2902  TonB-dependent receptor  27.6 
 
 		 791 aa  65.5  0.000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.119413 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  27.72 
 
 		 742 aa  65.9  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>