280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1856 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_1728  TonB-dependent receptor  85.12 
 
 
690 aa  1197    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322796  normal  0.420828 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4137  outer membrane siderophore receptor, putative  85.84 
 
 
690 aa  1204    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1856  TonB-dependent receptor  100 
 
 
688 aa  1409    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.405305  normal  0.0244044 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2318  TonB-dependent receptor  67 
 
 
708 aa  944    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2555  TonB-dependent receptor  55.36 
 
 
702 aa  756    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4581  TonB-dependent receptor  63.03 
 
 
718 aa  882    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43940  TonB-dependent receptor family  43.79 
 
 
715 aa  525  1e-147  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.204907  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  35.19 
 
 
727 aa  309  1.0000000000000001e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4484  TonB-dependent receptor  33.94 
 
 
726 aa  303  9e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.429644  normal  0.265878 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0808  TonB-dependent receptor  32.93 
 
 
714 aa  288  2e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.131492 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2019  TonB-dependent receptor  32.08 
 
 
742 aa  281  3e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.850916  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3552  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 
737 aa  281  4e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0127436  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1868  TonB-dependent receptor  30.94 
 
 
734 aa  268  4e-70  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.155376  normal  0.191225 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2201  TonB-dependent receptor  31.85 
 
 
736 aa  266  1e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.407628  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2704  TonB-dependent receptor  31.11 
 
 
700 aa  264  4.999999999999999e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  32.17 
 
 
715 aa  263  1e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1382  TonB-dependent receptor  32.53 
 
 
717 aa  260  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.530841  hitchhiker  0.000808374 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3267  putative outer membrane receptor for iron transport  31.61 
 
 
712 aa  258  3e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598995  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22830  TonB-dependent receptor  32.72 
 
 
678 aa  258  3e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0688062  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1377  TonB-dependent receptor  31.88 
 
 
713 aa  256  9e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4246  TonB-dependent receptor  31.04 
 
 
698 aa  256  1.0000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286559  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3709  TonB-dependent receptor  30.56 
 
 
681 aa  246  9.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0940  TonB-dependent receptor  31.89 
 
 
706 aa  243  1e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2477  TonB-dependent receptor  31.65 
 
 
681 aa  241  2.9999999999999997e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4565  TonB-dependent receptor  30.65 
 
 
733 aa  240  5.999999999999999e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.372815  normal  0.147883 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6067  TonB-dependent receptor  29.57 
 
 
716 aa  238  4e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341799  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4674  TonB-dependent receptor  31.88 
 
 
692 aa  235  2.0000000000000002e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.396726  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1302  TonB-dependent receptor  29.81 
 
 
702 aa  233  9e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220115  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2688  TonB-dependent receptor  29.47 
 
 
720 aa  203  8e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1794  TonB-dependent receptor  30 
 
 
664 aa  202  1.9999999999999998e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2651  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 
800 aa  192  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1543  TonB-dependent receptor plug  28.85 
 
 
712 aa  173  1e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.888078 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0836  TonB-dependent receptor  26.8 
 
 
787 aa  159  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4173  TonB-dependent receptor  27.06 
 
 
739 aa  158  3e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3149  TonB-dependent receptor  26.99 
 
 
785 aa  154  4e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3065  TonB-dependent receptor  27.48 
 
 
786 aa  147  5e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.935063  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3149  TonB-dependent receptor  26.08 
 
 
776 aa  122  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0958639  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2924  TonB-dependent receptor  25.54 
 
 
776 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.753718  normal  0.115907 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1449  TonB-dependent receptor  31.88 
 
 
740 aa  116  1.0000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.389596 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3048  TonB-dependent receptor  25.27 
 
 
774 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.20503  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0571  TonB-dependent receptor  25.12 
 
 
778 aa  110  7.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5661  TonB-dependent receptor  26.09 
 
 
769 aa  110  8.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.303106  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2498  TonB-dependent receptor  24.39 
 
 
770 aa  110  1e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.111731 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  24.71 
 
 
688 aa  109  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  27.15 
 
 
675 aa  107  8e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 
681 aa  95.1  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2188  TonB-dependent receptor  24.75 
 
 
680 aa  92.8  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2598  TonB-dependent receptor  24.72 
 
 
723 aa  91.3  5e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00053771  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1061  TonB-dependent receptor, plug  22.71 
 
 
691 aa  91.3  6e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2308  TonB-dependent siderophore receptor  24.42 
 
 
693 aa  87.8  6e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00270239  normal  0.034674 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1025  TonB-dependent receptor  23.2 
 
 
791 aa  87.8  6e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  23.92 
 
 
710 aa  86.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  23.61 
 
 
706 aa  86.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1468  TonB-dependent receptor  24.38 
 
 
682 aa  85.9  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1567  TonB-dependent receptor  23.17 
 
 
780 aa  85.5  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615105  normal  0.74927 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  24.78 
 
 
694 aa  85.1  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0094  TonB-dependent receptor  26.52 
 
 
678 aa  85.1  0.000000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0917922  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  24.02 
 
 
715 aa  84.7  0.000000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4534  putative TonB-dependent receptor protein  23.85 
 
 
797 aa  81.6  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.38874  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  23.27 
 
 
700 aa  81.3  0.00000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2902  TonB-dependent receptor  23.52 
 
 
791 aa  80.5  0.00000000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.119413 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0733  tonB-dependent receptor  23.42 
 
 
680 aa  80.5  0.0000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  25.59 
 
 
701 aa  78.6  0.0000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4567  TonB-dependent siderophore receptor  23.34 
 
 
746 aa  75.9  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.436524  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  27.31 
 
 
728 aa  73.9  0.000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  25.04 
 
 
705 aa  73.2  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0732  TonB-dependent receptor  20.9 
 
 
688 aa  72.8  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.244967  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  23.85 
 
 
721 aa  71.6  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2060  TonB-dependent siderophore receptor  23.03 
 
 
708 aa  71.2  0.00000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.267326  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3275  TonB-dependent siderophore receptor  23.75 
 
 
742 aa  70.9  0.00000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  25.85 
 
 
709 aa  69.3  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  28.09 
 
 
726 aa  68.6  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1407  TonB-dependent siderophore receptor  23.48 
 
 
705 aa  68.6  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2420  TonB-dependent siderophore receptor  23.07 
 
 
728 aa  67.8  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  27.05 
 
 
659 aa  66.6  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26420  putative TonB-dependent receptor  22.76 
 
 
718 aa  66.2  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0316508  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0393  TonB-dependent receptor  24.87 
 
 
670 aa  64.7  0.000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.431607  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2243  putative TonB-dependent receptor  23.25 
 
 
720 aa  64.3  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05640  hypothetical protein  23.09 
 
 
730 aa  63.9  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1994  TonB-dependent receptor  21.65 
 
 
698 aa  63.9  0.000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1931  TonB-dependent siderophore receptor  22.13 
 
 
723 aa  63.9  0.000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0298623 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  27.76 
 
 
742 aa  63.9  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0021  TonB-dependent receptor  29.91 
 
 
705 aa  62  0.00000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  21.17 
 
 
706 aa  62  0.00000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3525  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 
766 aa  62.4  0.00000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02035  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  22.91 
 
 
705 aa  62  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0423  TonB-dependent receptor  21.36 
 
 
696 aa  62.4  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0535  hypothetical protein  22.54 
 
 
730 aa  61.6  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2103  TonB-dependent receptor  25.5 
 
 
873 aa  61.2  0.00000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0210734  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3353  TonB-dependent receptor plug  24.92 
 
 
736 aa  60.8  0.00000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130298  normal  0.417052 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4646  TonB-dependent siderophore receptor  22.71 
 
 
708 aa  60.5  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  23.7 
 
 
700 aa  59.3  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  23.7 
 
 
700 aa  59.7  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  23.7 
 
 
700 aa  59.3  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09350  TonB-dependent siderophore receptor  20.53 
 
 
704 aa  59.7  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  23.7 
 
 
700 aa  59.3  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2497  TonB-dependent receptor  25.17 
 
 
873 aa  59.3  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.842174 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  23.7 
 
 
700 aa  58.9  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  23.7 
 
 
700 aa  58.9  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  23.7 
 
 
700 aa  58.9  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>