More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3552 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1868  TonB-dependent receptor  73.8 
 
 		 734 aa  1088    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.155376  normal  0.191225 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2019  TonB-dependent receptor  84.52 
 
 		 742 aa  1261    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.850916  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3552  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 737 aa  1504    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0127436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  61.29 
 
 		 727 aa  891    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4484  TonB-dependent receptor  54.4 
 
 		 726 aa  783    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.429644  normal  0.265878 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2201  TonB-dependent receptor  75.69 
 
 		 736 aa  1114    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.407628  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2704  TonB-dependent receptor  40.09 
 
 		 700 aa  486  1e-136  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0808  TonB-dependent receptor  39.28 
 
 		 714 aa  483  1e-135  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.131492 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4246  TonB-dependent receptor  39.09 
 
 		 698 aa  467  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286559  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  37.18 
 
 		 715 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1382  TonB-dependent receptor  37.63 
 
 		 717 aa  462  9.999999999999999e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.530841  hitchhiker  0.000808374 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1377  TonB-dependent receptor  38.46 
 
 		 713 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6067  TonB-dependent receptor  37.64 
 
 		 716 aa  457  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4565  TonB-dependent receptor  38.24 
 
 		 733 aa  458  1e-127  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.372815  normal  0.147883 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1302  TonB-dependent receptor  38.52 
 
 		 702 aa  452  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220115  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0940  TonB-dependent receptor  38.09 
 
 		 706 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2477  TonB-dependent receptor  38.31 
 
 		 681 aa  412  1e-113  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3709  TonB-dependent receptor  36.93 
 
 		 681 aa  394  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4674  TonB-dependent receptor  37.56 
 
 		 692 aa  389  1e-106  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.396726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1794  TonB-dependent receptor  37.08 
 
 		 664 aa  380  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22830  TonB-dependent receptor  36.38 
 
 		 678 aa  355  2e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0688062  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3267  putative outer membrane receptor for iron transport  32.62 
 
 		 712 aa  331  3e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1856  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 688 aa  280  5e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.405305  normal  0.0244044 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1728  TonB-dependent receptor  32.04 
 
 		 690 aa  276  7e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322796  normal  0.420828 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4137  outer membrane siderophore receptor, putative  32.19 
 
 		 690 aa  274  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43940  TonB-dependent receptor family  31.34 
 
 		 715 aa  273  8.000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.204907  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4581  TonB-dependent receptor  29.72 
 
 		 718 aa  270  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2555  TonB-dependent receptor  30.56 
 
 		 702 aa  269  1e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2318  TonB-dependent receptor  29.72 
 
 		 708 aa  245  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2688  TonB-dependent receptor  29.9 
 
 		 720 aa  237  5.0000000000000005e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2651  TonB-dependent receptor  28.36 
 
 		 800 aa  236  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3149  TonB-dependent receptor  27.68 
 
 		 785 aa  228  4e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1449  TonB-dependent receptor  28.97 
 
 		 740 aa  226  2e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.389596 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0836  TonB-dependent receptor  27.91 
 
 		 787 aa  208  2e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3065  TonB-dependent receptor  27.11 
 
 		 786 aa  206  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.935063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1543  TonB-dependent receptor plug  29.18 
 
 		 712 aa  202  3e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.888078 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  27.74 
 
 		 688 aa  186  1.0000000000000001e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0094  TonB-dependent receptor  27.16 
 
 		 678 aa  183  1e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0917922  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4173  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 		 739 aa  179  2e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  24.78 
 
 		 728 aa  164  6e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 700 aa  163  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 700 aa  163  1e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 700 aa  163  1e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  25.59 
 
 		 700 aa  162  2e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  25.59 
 
 		 700 aa  162  3e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  25.59 
 
 		 700 aa  162  3e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  25.23 
 
 		 675 aa  161  4e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  26.03 
 
 		 700 aa  160  7e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 		 700 aa  160  9e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  25.31 
 
 		 700 aa  157  6e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0021  TonB-dependent receptor  26.19 
 
 		 705 aa  154  5e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  24.37 
 
 		 706 aa  154  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  24.23 
 
 		 706 aa  152  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  24.09 
 
 		 721 aa  152  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  24.23 
 
 		 706 aa  151  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  25.68 
 
 		 705 aa  152  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  24.09 
 
 		 706 aa  150  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2188  TonB-dependent receptor  24.78 
 
 		 680 aa  145  2e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  24.15 
 
 		 715 aa  142  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4866  TonB-dependent receptor  26.04 
 
 		 731 aa  137  6.0000000000000005e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2498  TonB-dependent receptor  24.89 
 
 		 770 aa  134  7.999999999999999e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.111731 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  23.2 
 
 		 706 aa  131  4.0000000000000003e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  22.59 
 
 		 681 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  23.91 
 
 		 709 aa  128  5e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1061  TonB-dependent receptor, plug  25.39 
 
 		 691 aa  127  7e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2795  TonB-dependent receptor  23.84 
 
 		 701 aa  126  1e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4534  putative TonB-dependent receptor protein  24.94 
 
 		 797 aa  126  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.38874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  24.03 
 
 		 694 aa  124  8e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0022  TonB-dependent receptor  23.26 
 
 		 697 aa  122  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000255766 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2598  TonB-dependent receptor  26.08 
 
 		 723 aa  120  9e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00053771  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  23.74 
 
 		 706 aa  120  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  23.44 
 
 		 710 aa  118  5e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  23.95 
 
 		 726 aa  114  7.000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  22.91 
 
 		 701 aa  114  8.000000000000001e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  23.38 
 
 		 742 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1426  TonB-dependent receptor  23.8 
 
 		 720 aa  108  3e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.51849  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1468  TonB-dependent receptor  24.04 
 
 		 682 aa  102  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03467  TonB-dependent outer membrane Receptor  23.16 
 
 		 712 aa  102  2e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1025  TonB-dependent receptor  30.82 
 
 		 791 aa  98.2  4e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3149  TonB-dependent receptor  32.81 
 
 		 776 aa  92.4  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0958639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2924  TonB-dependent receptor  34.02 
 
 		 776 aa  91.7  4e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.753718  normal  0.115907 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1076  iron transporter  24.96 
 
 		 743 aa  91.3  6e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.337763 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0571  TonB-dependent receptor  35.6 
 
 		 778 aa  91.3  6e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0909  putative TonB-dependent receptor  22.13 
 
 		 711 aa  90.9  7e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.622893  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0732  TonB-dependent receptor  23.11 
 
 		 688 aa  89.7  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.244967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3353  TonB-dependent receptor plug  21.82 
 
 		 736 aa  89  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130298  normal  0.417052 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1826  TonB-dependent receptor  24.17 
 
 		 723 aa  87.8  6e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0185611 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2902  TonB-dependent receptor  28.85 
 
 		 791 aa  84.3  0.000000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.119413 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1763  TonB-dependent receptor plug  21.17 
 
 		 703 aa  84.3  0.000000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0187171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5661  TonB-dependent receptor  33.52 
 
 		 769 aa  84.3  0.000000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.303106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0423  TonB-dependent receptor  21.42 
 
 		 696 aa  83.6  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3048  TonB-dependent receptor  31.44 
 
 		 774 aa  82.8  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.20503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2953  TonB-dependent receptor  22.24 
 
 		 700 aa  82.8  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.191776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2471  TonB-dependent receptor  23.45 
 
 		 732 aa  83.2  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2605  OM receptor TonB  20.85 
 
 		 787 aa  79.7  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0978096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1541  TonB-dependent receptor  22.58 
 
 		 665 aa  77  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000885863  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1280  TonB-dependent siderophore receptor  22.75 
 
 		 731 aa  74.3  0.000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0800812  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3325  outer membrane ferric siderophore receptor, putative  23.38 
 
 		 696 aa  73.6  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.54373 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4090  TonB-dependent receptor  20.61 
 
 		 705 aa  73.6  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2419  TonB-dependent siderophore receptor  23.09 
 
 		 696 aa  73.9  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.56644  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>