More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1794 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2477  TonB-dependent receptor  57.76 
 
 		 681 aa  723    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1794  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 664 aa  1319    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4565  TonB-dependent receptor  42.02 
 
 		 733 aa  476  1e-133  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.372815  normal  0.147883 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4246  TonB-dependent receptor  42.14 
 
 		 698 aa  473  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286559  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  41.05 
 
 		 715 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2704  TonB-dependent receptor  38.97 
 
 		 700 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1302  TonB-dependent receptor  41.42 
 
 		 702 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220115  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0808  TonB-dependent receptor  41.58 
 
 		 714 aa  457  1e-127  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.131492 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1382  TonB-dependent receptor  40.69 
 
 		 717 aa  456  1e-127  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.530841  hitchhiker  0.000808374 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1377  TonB-dependent receptor  42.28 
 
 		 713 aa  456  1e-127  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6067  TonB-dependent receptor  41.28 
 
 		 716 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0940  TonB-dependent receptor  40.77 
 
 		 706 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4674  TonB-dependent receptor  39.21 
 
 		 692 aa  432  1e-119  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.396726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  39.66 
 
 		 727 aa  420  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2019  TonB-dependent receptor  38.24 
 
 		 742 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.850916  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2201  TonB-dependent receptor  38.29 
 
 		 736 aa  404  1e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.407628  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3552  TonB-dependent receptor  36.88 
 
 		 737 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0127436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1868  TonB-dependent receptor  36.54 
 
 		 734 aa  377  1e-103  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.155376  normal  0.191225 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4484  TonB-dependent receptor  37.68 
 
 		 726 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.429644  normal  0.265878 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3709  TonB-dependent receptor  37.14 
 
 		 681 aa  352  2e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22830  TonB-dependent receptor  36.79 
 
 		 678 aa  326  1e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0688062  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3267  putative outer membrane receptor for iron transport  31.37 
 
 		 712 aa  247  6e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1856  TonB-dependent receptor  30.33 
 
 		 688 aa  218  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.405305  normal  0.0244044 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1728  TonB-dependent receptor  30.78 
 
 		 690 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322796  normal  0.420828 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4137  outer membrane siderophore receptor, putative  30.29 
 
 		 690 aa  215  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2318  TonB-dependent receptor  31.04 
 
 		 708 aa  214  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4173  TonB-dependent receptor  30.56 
 
 		 739 aa  214  4.9999999999999996e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4581  TonB-dependent receptor  28.9 
 
 		 718 aa  206  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2555  TonB-dependent receptor  30.08 
 
 		 702 aa  205  2e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43940  TonB-dependent receptor family  29.27 
 
 		 715 aa  204  4e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.204907  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1449  TonB-dependent receptor  29.93 
 
 		 740 aa  200  7.999999999999999e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.389596 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2688  TonB-dependent receptor  29.28 
 
 		 720 aa  197  7e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2651  TonB-dependent receptor  28.8 
 
 		 800 aa  189  1e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3149  TonB-dependent receptor  27.16 
 
 		 785 aa  184  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3065  TonB-dependent receptor  28.04 
 
 		 786 aa  178  4e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.935063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0836  TonB-dependent receptor  27.25 
 
 		 787 aa  171  5e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1543  TonB-dependent receptor plug  30.61 
 
 		 712 aa  167  6.9999999999999995e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.888078 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  28.47 
 
 		 688 aa  155  2e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2598  TonB-dependent receptor  27.98 
 
 		 723 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00053771  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2188  TonB-dependent receptor  25.7 
 
 		 680 aa  130  9.000000000000001e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1061  TonB-dependent receptor, plug  26.58 
 
 		 691 aa  123  8e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  26.77 
 
 		 675 aa  119  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  24.37 
 
 		 728 aa  117  7.999999999999999e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2498  TonB-dependent receptor  24.91 
 
 		 770 aa  115  4.0000000000000004e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.111731 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  25.7 
 
 		 721 aa  112  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  25.7 
 
 		 706 aa  112  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  25.56 
 
 		 706 aa  111  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  25.56 
 
 		 706 aa  111  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  25.56 
 
 		 706 aa  110  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4866  TonB-dependent receptor  25.77 
 
 		 731 aa  110  9.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  25.3 
 
 		 709 aa  106  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0094  TonB-dependent receptor  26.59 
 
 		 678 aa  103  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0917922  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  24.14 
 
 		 700 aa  102  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  24.14 
 
 		 700 aa  102  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  24.04 
 
 		 700 aa  102  3e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 700 aa  101  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  24.38 
 
 		 700 aa  101  4e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 700 aa  100  6e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  24.34 
 
 		 700 aa  100  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  24.14 
 
 		 700 aa  99.4  2e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  24.14 
 
 		 700 aa  99.4  2e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  24.15 
 
 		 715 aa  99.4  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2795  TonB-dependent receptor  23.42 
 
 		 701 aa  84.3  0.000000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  23.68 
 
 		 706 aa  83.6  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  24.05 
 
 		 701 aa  83.6  0.00000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1763  TonB-dependent receptor plug  24.22 
 
 		 703 aa  80.9  0.00000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0187171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4090  TonB-dependent receptor  20.43 
 
 		 705 aa  80.5  0.00000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  24.29 
 
 		 681 aa  80.1  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  26 
 
 		 705 aa  78.2  0.0000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0022  TonB-dependent receptor  25.31 
 
 		 697 aa  78.2  0.0000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000255766 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1994  TonB-dependent receptor  22.03 
 
 		 698 aa  77.8  0.0000000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1426  TonB-dependent receptor  22.92 
 
 		 720 aa  75.5  0.000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.51849  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0423  TonB-dependent receptor  21.16 
 
 		 696 aa  75.1  0.000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1631  TonB-dependent receptor  24.2 
 
 		 766 aa  74.3  0.000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.888347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1468  TonB-dependent receptor  23.12 
 
 		 682 aa  73.9  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2953  TonB-dependent receptor  22.06 
 
 		 700 aa  72  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.191776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0734  TonB-dependent receptor  22.22 
 
 		 736 aa  71.6  0.00000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3034  TonB-dependent receptor  22.83 
 
 		 741 aa  71.2  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0831829  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  24.67 
 
 		 706 aa  71.2  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6944  TonB-dependent receptor  22.6 
 
 		 757 aa  68.9  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03467  TonB-dependent outer membrane Receptor  25 
 
 		 712 aa  68.9  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1567  TonB-dependent receptor  22.38 
 
 		 780 aa  68.2  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615105  normal  0.74927 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  22.26 
 
 		 653 aa  67.8  0.0000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0865  TonB-dependent receptor  23.6 
 
 		 700 aa  67.8  0.0000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0848071  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  24.79 
 
 		 710 aa  67.8  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0909  putative TonB-dependent receptor  26.74 
 
 		 711 aa  67.4  0.0000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.622893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  24.04 
 
 		 694 aa  67.8  0.0000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0896  TonB-dependent receptor  28.09 
 
 		 775 aa  66.6  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  30.57 
 
 		 726 aa  66.6  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2786  TonB-dependent receptor  24.42 
 
 		 644 aa  65.9  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.934768  normal  0.0544871 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4063  TonB-dependent receptor plug  24.28 
 
 		 712 aa  65.9  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0571  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 		 778 aa  63.9  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0021  TonB-dependent receptor  29.55 
 
 		 705 aa  63.5  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  24.09 
 
 		 623 aa  62.8  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2591  hemin receptor precursor, TonB-dependent outer membrane uptake protein  24.87 
 
 		 687 aa  62  0.00000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.125278 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1028  TonB-dependent receptor  24.22 
 
 		 769 aa  61.6  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.952547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1025  TonB-dependent receptor  26.6 
 
 		 791 aa  62  0.00000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1609  TonB-dependent receptor  25.94 
 
 		 684 aa  60.5  0.00000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.952193  normal  0.492474 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3269  TonB-dependent receptor  24.42 
 
 		 688 aa  60.5  0.00000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.35442 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1826  TonB-dependent receptor  25.26 
 
 		 723 aa  60.1  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0185611 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>