More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3034 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_1028  TonB-dependent receptor  49.87 
 
 		 769 aa  726    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.952547  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3034  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 741 aa  1512    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0831829  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3599  TonB-dependent receptor  43.42 
 
 		 822 aa  625  1e-178  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1253  TonB-dependent receptor  41.6 
 
 		 778 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.393341 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2292  OM receptor TonB  38.24 
 
 		 935 aa  538  1e-151  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2605  OM receptor TonB  40.21 
 
 		 787 aa  527  1e-148  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0978096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5422  TonB-dependent receptor  39.71 
 
 		 770 aa  521  1e-146  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3243  TonB-dependent receptor  39.2 
 
 		 777 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00716389  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5156  TonB-dependent receptor  39.73 
 
 		 777 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5971  TonB-dependent receptor  39.68 
 
 		 801 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.900301  normal  0.0108971 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5125  TonB-dependent receptor  39.2 
 
 		 777 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2473  putative TonB-dependent siderophore receptor  37.33 
 
 		 788 aa  498  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.805537 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2074  TonB domain-containing protein  37.21 
 
 		 741 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1787  TonB-dependent receptor  38.31 
 
 		 813 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2237  TonB domain-containing protein  35.69 
 
 		 797 aa  446  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.441448  normal  0.673807 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1926  TonB-dependent receptor  33.38 
 
 		 779 aa  421  1e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1786  TonB-dependent receptor  32.8 
 
 		 824 aa  408  1.0000000000000001e-112  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57125  normal  0.656731 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1862  TonB-dependent receptor  32.78 
 
 		 773 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.610045  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1853  TonB-dependent receptor  32.39 
 
 		 839 aa  396  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.239373  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1804  TonB-dependent receptor  32.61 
 
 		 839 aa  397  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.451169 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2188  TonB-dependent receptor  32.39 
 
 		 841 aa  396  1e-109  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0518679 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2662  TonB-dependent receptor  33.64 
 
 		 781 aa  394  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0145895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2497  TonB-dependent receptor  31.81 
 
 		 873 aa  390  1e-107  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.842174 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2103  TonB-dependent receptor  31.69 
 
 		 873 aa  385  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0210734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0305  TonB-dependent receptor  31.24 
 
 		 805 aa  371  1e-101  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.165406 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0687  TonB-dependent receptor  34.04 
 
 		 772 aa  370  1e-101  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.80601 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0955  TonB-dependent receptor  30.66 
 
 		 802 aa  366  1e-99  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00125718 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0896  TonB-dependent receptor  32.18 
 
 		 775 aa  356  1e-96  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4800  TonB-dependent receptor  30.24 
 
 		 848 aa  353  4e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6779  TonB-dependent receptor  32.15 
 
 		 825 aa  347  6e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0248517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0654  TonB-dependent receptor  31.92 
 
 		 826 aa  343  5e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.970775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7039  TonB-dependent receptor  31.23 
 
 		 821 aa  340  5e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0864  TonB-dependent receptor  33.33 
 
 		 760 aa  339  9.999999999999999e-92  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7523  TonB-dependent receptor  31.14 
 
 		 825 aa  334  4e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322865  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4265  TonB-dependent receptor  30.16 
 
 		 868 aa  334  4e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.585484 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8022  TonB-dependent receptor  31.14 
 
 		 825 aa  333  5e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2714  TonB-dependent receptor  30.34 
 
 		 856 aa  332  1e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.360758  normal  0.210323 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3150  TonB-dependent receptor  29.15 
 
 		 807 aa  323  8e-87  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2037  TonB-dependent receptor  28.63 
 
 		 821 aa  303  1e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.38155  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1351  TonB-dependent receptor  46.91 
 
 		 1188 aa  261  3e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.32258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2031  TonB-dependent receptor, plug  48.39 
 
 		 317 aa  189  2e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.773657 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7407  ferrienterobactin-like protein  24.01 
 
 		 775 aa  142  3e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  23.19 
 
 		 728 aa  104  5e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2598  TonB-dependent receptor  24.05 
 
 		 723 aa  103  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00053771  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  23.82 
 
 		 742 aa  100  1e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4090  TonB-dependent receptor  22.83 
 
 		 705 aa  93.2  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  22.99 
 
 		 694 aa  92.4  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2688  TonB-dependent receptor  25.56 
 
 		 720 aa  92  4e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  23.51 
 
 		 710 aa  88.6  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  24.29 
 
 		 705 aa  88.2  5e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1076  iron transporter  23.57 
 
 		 743 aa  86.7  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.337763 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  23.27 
 
 		 706 aa  86.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0781  TonB-dependent receptor  23.24 
 
 		 757 aa  85.9  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.877086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4468  TonB-dependent receptor  23.41 
 
 		 671 aa  85.9  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0659683  normal  0.254173 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4602  TonB-dependent receptor  23.41 
 
 		 699 aa  85.5  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.696133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4030  TonB-dependent receptor:Lipocalin  23.78 
 
 		 713 aa  84  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0909  putative TonB-dependent receptor  22.85 
 
 		 711 aa  82.4  0.00000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.622893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03467  TonB-dependent outer membrane Receptor  24.55 
 
 		 712 aa  82.4  0.00000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  28.62 
 
 		 709 aa  82  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  27.12 
 
 		 726 aa  81.6  0.00000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1826  TonB-dependent receptor  25.57 
 
 		 723 aa  81.3  0.00000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0185611 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  25.9 
 
 		 681 aa  79  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4866  TonB-dependent receptor  23.32 
 
 		 731 aa  78.2  0.0000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0279  TonB-dependent receptor  22.64 
 
 		 730 aa  77.4  0.0000000000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.874959  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3353  TonB-dependent receptor plug  25 
 
 		 736 aa  77  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130298  normal  0.417052 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4484  TonB-dependent receptor  20.82 
 
 		 726 aa  77  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.429644  normal  0.265878 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  22.43 
 
 		 700 aa  74.7  0.000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  22.43 
 
 		 700 aa  74.7  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  21.65 
 
 		 706 aa  73.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  21.65 
 
 		 706 aa  73.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  21.65 
 
 		 706 aa  73.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  21.85 
 
 		 700 aa  72.8  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  21.85 
 
 		 700 aa  72.8  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  21.93 
 
 		 700 aa  72  0.00000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  22.07 
 
 		 700 aa  71.6  0.00000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  21.93 
 
 		 700 aa  72  0.00000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0021  TonB-dependent receptor  22.68 
 
 		 705 aa  72  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  22.13 
 
 		 715 aa  71.6  0.00000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  22.19 
 
 		 700 aa  71.2  0.00000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0022  TonB-dependent receptor  25.19 
 
 		 697 aa  70.9  0.00000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000255766 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1449  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 		 740 aa  71.2  0.00000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.389596 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  24.22 
 
 		 706 aa  70.9  0.00000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2795  TonB-dependent receptor  22.59 
 
 		 701 aa  70.1  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  21.51 
 
 		 706 aa  70.1  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  21.72 
 
 		 700 aa  70.5  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01896  tonb-dependent receptor signal peptide protein  24.53 
 
 		 652 aa  69.7  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.156126  normal  0.62904 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  21.51 
 
 		 721 aa  69.7  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0628  TonB-dependent receptor  24.16 
 
 		 688 aa  68.9  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0747  TonB-dependent receptor  21.65 
 
 		 683 aa  68.9  0.0000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.582563  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2066  TonB-dependent receptor  20.55 
 
 		 709 aa  69.3  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0836  TonB-dependent receptor for iron transport  21.23 
 
 		 683 aa  68.2  0.0000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0639266  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1609  TonB-dependent receptor  25.39 
 
 		 684 aa  67.4  0.0000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.952193  normal  0.492474 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5752  TonB-dependent receptor  23.17 
 
 		 746 aa  67.4  0.0000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0523831  hitchhiker  0.0000000000276247 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1512  TonB-dependent receptor  22.76 
 
 		 782 aa  67.4  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.116652 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2896  TonB-dependent receptor  20.45 
 
 		 686 aa  66.2  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.148838 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3112  TonB-dependent receptor  22.29 
 
 		 687 aa  65.9  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.589119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0138  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  25.95 
 
 		 810 aa  65.5  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0694219  normal  0.222818 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0651  tonB-dependent receptor  20.07 
 
 		 656 aa  65.1  0.000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0646495  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3575  TonB-dependent siderophore receptor  22.71 
 
 		 801 aa  64.3  0.000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5128  TonB-dependent receptor  22.22 
 
 		 766 aa  64.3  0.000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.497755  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>