More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1025 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2902  TonB-dependent receptor  84.45 
 
 		 791 aa  1383    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.119413 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4534  putative TonB-dependent receptor protein  66.42 
 
 		 797 aa  1079    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.38874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5661  TonB-dependent receptor  55.7 
 
 		 769 aa  746    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.303106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2924  TonB-dependent receptor  49.81 
 
 		 776 aa  706    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.753718  normal  0.115907 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1025  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 791 aa  1610    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0571  TonB-dependent receptor  56.87 
 
 		 778 aa  777    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3149  TonB-dependent receptor  52.17 
 
 		 776 aa  709    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0958639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3048  TonB-dependent receptor  52.39 
 
 		 774 aa  712    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.20503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  27.35 
 
 		 726 aa  149  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  26 
 
 		 709 aa  145  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  26.72 
 
 		 688 aa  141  6e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  25.98 
 
 		 700 aa  139  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  25.66 
 
 		 700 aa  138  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  25.52 
 
 		 700 aa  139  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  25.52 
 
 		 700 aa  138  4e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  25.24 
 
 		 700 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  25.24 
 
 		 700 aa  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1826  TonB-dependent receptor  26.92 
 
 		 723 aa  135  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0185611 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1076  iron transporter  25.79 
 
 		 743 aa  135  3e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.337763 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  25.38 
 
 		 700 aa  134  5e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0021  TonB-dependent receptor  25.64 
 
 		 705 aa  134  6.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4674  TonB-dependent receptor  24.89 
 
 		 692 aa  130  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.396726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4246  TonB-dependent receptor  25.03 
 
 		 698 aa  119  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286559  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0094  TonB-dependent receptor  26.47 
 
 		 678 aa  115  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0917922  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2201  TonB-dependent receptor  24.09 
 
 		 736 aa  114  6e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.407628  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4565  TonB-dependent receptor  24.86 
 
 		 733 aa  110  9.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.372815  normal  0.147883 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1377  TonB-dependent receptor  23.73 
 
 		 713 aa  108  4e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  23.6 
 
 		 715 aa  107  8e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  25.15 
 
 		 705 aa  105  4e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1382  TonB-dependent receptor  23.27 
 
 		 717 aa  103  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.530841  hitchhiker  0.000808374 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4866  TonB-dependent receptor  24.67 
 
 		 731 aa  103  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1302  TonB-dependent receptor  22.65 
 
 		 702 aa  101  5e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220115  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6067  TonB-dependent receptor  23.31 
 
 		 716 aa  99.4  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  29.19 
 
 		 727 aa  98.2  6e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4484  TonB-dependent receptor  31.08 
 
 		 726 aa  97.8  7e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.429644  normal  0.265878 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  24.49 
 
 		 710 aa  97.4  9e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3149  TonB-dependent receptor  25.18 
 
 		 785 aa  96.3  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1868  TonB-dependent receptor  30 
 
 		 734 aa  95.1  5e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.155376  normal  0.191225 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2795  TonB-dependent receptor  22.79 
 
 		 701 aa  92.8  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0940  TonB-dependent receptor  22.66 
 
 		 706 aa  93.2  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1426  TonB-dependent receptor  28.01 
 
 		 720 aa  92.4  3e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.51849  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2318  TonB-dependent receptor  25.14 
 
 		 708 aa  91.7  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03467  TonB-dependent outer membrane Receptor  23.06 
 
 		 712 aa  91.7  5e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1728  TonB-dependent receptor  22.74 
 
 		 690 aa  91.3  6e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322796  normal  0.420828 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22830  TonB-dependent receptor  22.35 
 
 		 678 aa  89.7  2e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0688062  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  32.54 
 
 		 675 aa  89.7  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  27.5 
 
 		 701 aa  89.7  2e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  27.36 
 
 		 706 aa  89  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  27.36 
 
 		 706 aa  89.4  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1856  TonB-dependent receptor  23.2 
 
 		 688 aa  87.8  7e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.405305  normal  0.0244044 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  28.74 
 
 		 721 aa  87.4  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  27.03 
 
 		 706 aa  87.4  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  28.81 
 
 		 700 aa  87  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4137  outer membrane siderophore receptor, putative  22.38 
 
 		 690 aa  87.4  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3552  TonB-dependent receptor  30.49 
 
 		 737 aa  86.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0127436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  35.8 
 
 		 715 aa  87.4  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  28.81 
 
 		 700 aa  87  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  27.03 
 
 		 706 aa  87  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1468  TonB-dependent receptor  22.9 
 
 		 682 aa  86.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2019  TonB-dependent receptor  29.77 
 
 		 742 aa  86.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.850916  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  27.7 
 
 		 728 aa  85.5  0.000000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0279  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 		 730 aa  84  0.000000000000009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.874959  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3267  putative outer membrane receptor for iron transport  21.74 
 
 		 712 aa  82  0.00000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598995  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2498  TonB-dependent receptor  23.08 
 
 		 770 aa  81.6  0.00000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.111731 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2555  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 		 702 aa  81.3  0.00000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4218  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  23.85 
 
 		 862 aa  80.9  0.00000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2651  TonB-dependent receptor  26.83 
 
 		 800 aa  80.5  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3784  TonB-dependent siderophore receptor  23.56 
 
 		 807 aa  80.1  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.894959 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0781  TonB-dependent receptor  23.4 
 
 		 757 aa  80.1  0.0000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.877086  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1567  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 		 780 aa  79  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615105  normal  0.74927 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2188  TonB-dependent receptor  26.88 
 
 		 680 aa  79  0.0000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1449  TonB-dependent receptor  30.57 
 
 		 740 aa  76.6  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.389596 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1006  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  23.65 
 
 		 759 aa  76.3  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2953  TonB-dependent receptor  27.21 
 
 		 700 aa  76.6  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.191776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1931  TonB-dependent siderophore receptor  22.73 
 
 		 723 aa  76.3  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0298623 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2091  TonB-dependent siderophore receptor  21.49 
 
 		 735 aa  76.6  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.761777  normal  0.724468 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0423  TonB-dependent receptor  23.02 
 
 		 696 aa  76.3  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  23.26 
 
 		 681 aa  75.5  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4581  TonB-dependent receptor  24.77 
 
 		 718 aa  75.5  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3275  TonB-dependent siderophore receptor  21.46 
 
 		 742 aa  75.1  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2598  TonB-dependent receptor  29.41 
 
 		 723 aa  75.5  0.000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00053771  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1061  TonB-dependent receptor, plug  31.25 
 
 		 691 aa  75.1  0.000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0732  TonB-dependent receptor  21.81 
 
 		 688 aa  75.1  0.000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.244967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3709  TonB-dependent receptor  27.07 
 
 		 681 aa  74.3  0.000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0458  TonB-dependent siderophore receptor  23.3 
 
 		 705 aa  73.9  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3675  TonB-dependent receptor  23.14 
 
 		 737 aa  73.6  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0831004  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2420  TonB-dependent siderophore receptor  21.71 
 
 		 728 aa  72.8  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2704  TonB-dependent receptor  27.18 
 
 		 700 aa  73.6  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2060  TonB-dependent siderophore receptor  21.69 
 
 		 708 aa  72.8  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.267326  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4365  TonB-dependent siderophore receptor  32.77 
 
 		 769 aa  72.8  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145999  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  26.46 
 
 		 706 aa  72.8  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0733  tonB-dependent receptor  26.51 
 
 		 680 aa  72  0.00000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1763  TonB-dependent receptor plug  28.71 
 
 		 703 aa  71.6  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0187171  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1206  TonB-dependent siderophore receptor, putative  27.32 
 
 		 833 aa  71.2  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.843883  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  30.91 
 
 		 634 aa  71.2  0.00000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0676  TonB-dependent receptor  22.35 
 
 		 732 aa  69.7  0.0000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.218893  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  28.21 
 
 		 742 aa  70.1  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0810  TonB-dependent receptor  25.82 
 
 		 746 aa  68.9  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1994  TonB-dependent receptor  31.73 
 
 		 698 aa  68.6  0.0000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0701  TonB-dependent siderophore receptor  23.05 
 
 		 778 aa  68.6  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0300951  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>