More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3005 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008752  Aave_2598  TonB-dependent receptor  53.03 
 
 		 723 aa  659    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00053771  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4866  TonB-dependent receptor  55.24 
 
 		 731 aa  716    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 705 aa  1431    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1426  TonB-dependent receptor  42.55 
 
 		 720 aa  523  1e-147  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.51849  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  43.53 
 
 		 709 aa  510  1e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  40.14 
 
 		 726 aa  489  1e-137  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  39.97 
 
 		 706 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  38.84 
 
 		 700 aa  449  1e-125  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  40.03 
 
 		 710 aa  449  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  39.6 
 
 		 715 aa  450  1e-125  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  38.84 
 
 		 700 aa  451  1e-125  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  40.15 
 
 		 681 aa  452  1e-125  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  38.22 
 
 		 700 aa  448  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  38.69 
 
 		 700 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0022  TonB-dependent receptor  40.79 
 
 		 697 aa  447  1.0000000000000001e-124  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000255766 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  38.84 
 
 		 700 aa  449  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  39.21 
 
 		 742 aa  447  1.0000000000000001e-124  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  38.22 
 
 		 700 aa  448  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  38.54 
 
 		 700 aa  445  1e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  39.43 
 
 		 728 aa  444  1e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  38.22 
 
 		 706 aa  443  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  38.51 
 
 		 706 aa  444  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  37.64 
 
 		 700 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  38.07 
 
 		 721 aa  442  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  37.64 
 
 		 700 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  38.07 
 
 		 706 aa  441  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  38.22 
 
 		 706 aa  442  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03467  TonB-dependent outer membrane Receptor  39.41 
 
 		 712 aa  438  1e-121  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  37.06 
 
 		 706 aa  418  9.999999999999999e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  37.5 
 
 		 694 aa  414  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1076  iron transporter  37.14 
 
 		 743 aa  412  1e-114  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.337763 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1826  TonB-dependent receptor  38.6 
 
 		 723 aa  405  1e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0185611 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2795  TonB-dependent receptor  36.21 
 
 		 701 aa  402  9.999999999999999e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3353  TonB-dependent receptor plug  38.15 
 
 		 736 aa  397  1e-109  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130298  normal  0.417052 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  34.84 
 
 		 675 aa  359  9e-98  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  33.28 
 
 		 688 aa  358  1.9999999999999998e-97  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0094  TonB-dependent receptor  32.99 
 
 		 678 aa  285  3.0000000000000004e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0917922  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1061  TonB-dependent receptor, plug  30.5 
 
 		 691 aa  272  2e-71  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0021  TonB-dependent receptor  30.42 
 
 		 705 aa  267  5.999999999999999e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2188  TonB-dependent receptor  30.51 
 
 		 680 aa  227  6e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1868  TonB-dependent receptor  26.38 
 
 		 734 aa  177  5e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.155376  normal  0.191225 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2019  TonB-dependent receptor  27.37 
 
 		 742 aa  177  5e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.850916  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2201  TonB-dependent receptor  26.67 
 
 		 736 aa  176  1.9999999999999998e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.407628  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3709  TonB-dependent receptor  27.76 
 
 		 681 aa  166  9e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1763  TonB-dependent receptor plug  26.1 
 
 		 703 aa  160  1e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0187171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3552  TonB-dependent receptor  25.57 
 
 		 737 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0127436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  23.14 
 
 		 701 aa  137  8e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  25.98 
 
 		 727 aa  137  8e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2498  TonB-dependent receptor  23.97 
 
 		 770 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.111731 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1567  TonB-dependent receptor  22.5 
 
 		 780 aa  129  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615105  normal  0.74927 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0732  TonB-dependent receptor  23.4 
 
 		 688 aa  128  3e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.244967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3267  putative outer membrane receptor for iron transport  25.24 
 
 		 712 aa  127  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598995  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5774  TonB-dependent receptor plug  24.32 
 
 		 690 aa  125  2e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.872771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3048  TonB-dependent receptor  25.3 
 
 		 774 aa  123  9e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.20503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2477  TonB-dependent receptor  25.76 
 
 		 681 aa  123  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3149  TonB-dependent receptor  24.52 
 
 		 776 aa  120  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0958639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4484  TonB-dependent receptor  24.93 
 
 		 726 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.429644  normal  0.265878 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2924  TonB-dependent receptor  24.22 
 
 		 776 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.753718  normal  0.115907 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1468  TonB-dependent receptor  24.24 
 
 		 682 aa  118  3.9999999999999997e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12568  probable TonB-dependent receptor YncD precursor  21.74 
 
 		 762 aa  117  6e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5661  TonB-dependent receptor  23.87 
 
 		 769 aa  117  8.999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.303106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6067  TonB-dependent receptor  23.21 
 
 		 716 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341799  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22830  TonB-dependent receptor  25.04 
 
 		 678 aa  113  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0688062  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1302  TonB-dependent receptor  22.7 
 
 		 702 aa  110  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220115  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  23.89 
 
 		 715 aa  108  4e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0808  TonB-dependent receptor  24.04 
 
 		 714 aa  108  4e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.131492 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4246  TonB-dependent receptor  23.12 
 
 		 698 aa  107  5e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286559  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1382  TonB-dependent receptor  23.33 
 
 		 717 aa  107  6e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.530841  hitchhiker  0.000808374 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4565  TonB-dependent receptor  22.5 
 
 		 733 aa  107  9e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.372815  normal  0.147883 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2704  TonB-dependent receptor  23.73 
 
 		 700 aa  107  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4534  putative TonB-dependent receptor protein  24.01 
 
 		 797 aa  107  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.38874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4674  TonB-dependent receptor  25.73 
 
 		 692 aa  106  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.396726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1025  TonB-dependent receptor  25.15 
 
 		 791 aa  105  2e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0836  TonB-dependent receptor  24.6 
 
 		 787 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1377  TonB-dependent receptor  23.24 
 
 		 713 aa  103  9e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4030  TonB-dependent receptor:Lipocalin  26.95 
 
 		 713 aa  103  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0733  tonB-dependent receptor  21.88 
 
 		 680 aa  102  2e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0423  TonB-dependent receptor  20.76 
 
 		 696 aa  100  6e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4173  TonB-dependent receptor  26.12 
 
 		 739 aa  100  9e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0940  TonB-dependent receptor  23.2 
 
 		 706 aa  100  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2786  TonB-dependent receptor  27.88 
 
 		 644 aa  100  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.934768  normal  0.0544871 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6944  TonB-dependent receptor  23.1 
 
 		 757 aa  99.4  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2804  outer membrane receptor protein  26.29 
 
 		 692 aa  99  3e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3269  TonB-dependent receptor  24.79 
 
 		 688 aa  98.6  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.35442 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0628  TonB-dependent receptor  25.29 
 
 		 688 aa  98.6  4e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1028  TonB-dependent receptor  23.99 
 
 		 769 aa  98.2  5e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.952547  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0102  TonB-dependent siderophore receptor  24.32 
 
 		 795 aa  97.4  7e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0279  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 		 730 aa  92.4  2e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.874959  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3149  TonB-dependent receptor  23.55 
 
 		 785 aa  92  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2902  TonB-dependent receptor  22.78 
 
 		 791 aa  91.7  4e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.119413 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  22.84 
 
 		 619 aa  91.7  4e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4581  TonB-dependent receptor  24.29 
 
 		 718 aa  91.3  6e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3112  TonB-dependent receptor  25.92 
 
 		 687 aa  89.4  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.589119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4197  TonB-dependent receptor  23.96 
 
 		 702 aa  88.6  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.0000540128  normal  0.065151 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3034  TonB-dependent receptor  24.29 
 
 		 741 aa  88.2  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0831829  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  26.29 
 
 		 619 aa  87.4  8e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2953  TonB-dependent siderophore receptor  23.81 
 
 		 792 aa  86.3  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0571  TonB-dependent receptor  22.57 
 
 		 778 aa  85.9  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2688  TonB-dependent receptor  23.9 
 
 		 720 aa  86.7  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0790  TonB-dependent receptor  23.98 
 
 		 614 aa  86.3  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.270148  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>