More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2188 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_2188  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 680 aa  1331    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  34.64 
 
 		 688 aa  311  2.9999999999999997e-83  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  35.81 
 
 		 675 aa  308  3e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0021  TonB-dependent receptor  33.23 
 
 		 705 aa  287  4e-76  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1426  TonB-dependent receptor  31.22 
 
 		 720 aa  261  3e-68  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.51849  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  30.79 
 
 		 706 aa  258  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  30.99 
 
 		 721 aa  258  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  30.64 
 
 		 706 aa  258  3e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  30.48 
 
 		 706 aa  257  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  30.79 
 
 		 706 aa  257  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0094  TonB-dependent receptor  33.7 
 
 		 678 aa  254  3e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0917922  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  31.96 
 
 		 715 aa  248  2e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  29.8 
 
 		 700 aa  247  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  29.8 
 
 		 700 aa  247  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  29.77 
 
 		 700 aa  246  9.999999999999999e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  29.97 
 
 		 728 aa  246  9.999999999999999e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  29.8 
 
 		 700 aa  246  9.999999999999999e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  30.16 
 
 		 700 aa  245  3e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  29.33 
 
 		 700 aa  244  3e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  29.8 
 
 		 700 aa  244  3.9999999999999997e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  29.64 
 
 		 700 aa  244  5e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  29.64 
 
 		 700 aa  244  5e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1061  TonB-dependent receptor, plug  32.87 
 
 		 691 aa  237  5.0000000000000005e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2598  TonB-dependent receptor  32.04 
 
 		 723 aa  237  6e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00053771  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2795  TonB-dependent receptor  28.1 
 
 		 701 aa  235  2.0000000000000002e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  31.57 
 
 		 709 aa  231  3e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4866  TonB-dependent receptor  31.26 
 
 		 731 aa  229  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03467  TonB-dependent outer membrane Receptor  30.12 
 
 		 712 aa  227  4e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  30.51 
 
 		 705 aa  227  6e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0022  TonB-dependent receptor  31.02 
 
 		 697 aa  226  2e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000255766 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  29.47 
 
 		 694 aa  213  7e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  27.92 
 
 		 726 aa  212  2e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  30.64 
 
 		 742 aa  210  6e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  29.72 
 
 		 681 aa  205  3e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3353  TonB-dependent receptor plug  30.26 
 
 		 736 aa  196  8.000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130298  normal  0.417052 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1076  iron transporter  28.94 
 
 		 743 aa  194  4e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.337763 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  26.07 
 
 		 706 aa  192  1e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2498  TonB-dependent receptor  28.4 
 
 		 770 aa  188  3e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.111731 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  27.94 
 
 		 706 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  27.89 
 
 		 710 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1826  TonB-dependent receptor  28.66 
 
 		 723 aa  177  6e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0185611 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1868  TonB-dependent receptor  26.39 
 
 		 734 aa  169  1e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.155376  normal  0.191225 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2201  TonB-dependent receptor  25.91 
 
 		 736 aa  168  4e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.407628  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4246  TonB-dependent receptor  27.16 
 
 		 698 aa  163  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286559  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4484  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 		 726 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.429644  normal  0.265878 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2019  TonB-dependent receptor  25.56 
 
 		 742 aa  162  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.850916  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  25.66 
 
 		 727 aa  158  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4565  TonB-dependent receptor  25.2 
 
 		 733 aa  153  1e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.372815  normal  0.147883 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  28.01 
 
 		 715 aa  152  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6067  TonB-dependent receptor  26.17 
 
 		 716 aa  151  3e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1382  TonB-dependent receptor  28.01 
 
 		 717 aa  148  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.530841  hitchhiker  0.000808374 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12568  probable TonB-dependent receptor YncD precursor  22.88 
 
 		 762 aa  147  8.000000000000001e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3709  TonB-dependent receptor  26.17 
 
 		 681 aa  146  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1763  TonB-dependent receptor plug  25.59 
 
 		 703 aa  145  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0187171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3552  TonB-dependent receptor  24.78 
 
 		 737 aa  145  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0127436  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1302  TonB-dependent receptor  25.47 
 
 		 702 aa  144  4e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220115  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1377  TonB-dependent receptor  27.01 
 
 		 713 aa  144  7e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2477  TonB-dependent receptor  26.31 
 
 		 681 aa  143  8e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0423  TonB-dependent receptor  21.97 
 
 		 696 aa  140  4.999999999999999e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4674  TonB-dependent receptor  25.55 
 
 		 692 aa  139  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.396726  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2704  TonB-dependent receptor  24.49 
 
 		 700 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0733  tonB-dependent receptor  24.59 
 
 		 680 aa  137  5e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5774  TonB-dependent receptor plug  23.87 
 
 		 690 aa  137  6.0000000000000005e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.872771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  22.4 
 
 		 701 aa  137  6.0000000000000005e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0732  TonB-dependent receptor  22.76 
 
 		 688 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.244967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0808  TonB-dependent receptor  24.73 
 
 		 714 aa  132  2.0000000000000002e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.131492 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0940  TonB-dependent receptor  26.05 
 
 		 706 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1468  TonB-dependent receptor  25.08 
 
 		 682 aa  132  3e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1567  TonB-dependent receptor  22.31 
 
 		 780 aa  129  2.0000000000000002e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615105  normal  0.74927 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22830  TonB-dependent receptor  26.88 
 
 		 678 aa  124  8e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0688062  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4173  TonB-dependent receptor  26.16 
 
 		 739 aa  122  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1794  TonB-dependent receptor  25.7 
 
 		 664 aa  122  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0781  TonB-dependent receptor  24.82 
 
 		 757 aa  120  7e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.877086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1449  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 		 740 aa  117  7.999999999999999e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.389596 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4581  TonB-dependent receptor  25.76 
 
 		 718 aa  104  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3267  putative outer membrane receptor for iron transport  25.44 
 
 		 712 aa  104  5e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598995  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4137  outer membrane siderophore receptor, putative  25.42 
 
 		 690 aa  103  8e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1728  TonB-dependent receptor  25.12 
 
 		 690 aa  100  7e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322796  normal  0.420828 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3048  TonB-dependent receptor  24.15 
 
 		 774 aa  99.8  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.20503  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0836  TonB-dependent receptor  24.01 
 
 		 787 aa  97.8  5e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2318  TonB-dependent receptor  25.24 
 
 		 708 aa  97.1  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5661  TonB-dependent receptor  24.81 
 
 		 769 aa  93.2  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.303106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1856  TonB-dependent receptor  24.75 
 
 		 688 aa  92.8  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.405305  normal  0.0244044 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0279  TonB-dependent receptor  21.16 
 
 		 730 aa  91.3  6e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.874959  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4029  TonB-dependent receptor  25.17 
 
 		 719 aa  87  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3149  TonB-dependent receptor  24.57 
 
 		 776 aa  87  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0958639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2993  TonB-dependent receptor  20.28 
 
 		 705 aa  87  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.162079  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2924  TonB-dependent receptor  24.57 
 
 		 776 aa  84.7  0.000000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.753718  normal  0.115907 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3112  TonB-dependent receptor  24.75 
 
 		 687 aa  81.3  0.00000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.589119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2580  TonB-dependent receptor  22.92 
 
 		 836 aa  80.9  0.00000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2310  TonB-dependent receptor  22.5 
 
 		 815 aa  80.5  0.00000000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0923  TonB-dependent siderophore receptor  22.59 
 
 		 777 aa  80.1  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001068  vibrioferrin receptor PvuA  23.47 
 
 		 712 aa  80.1  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2666  TonB-dependent receptor  25.53 
 
 		 638 aa  79.3  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2559  TonB-dependent siderophore receptor  23.17 
 
 		 708 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3065  TonB-dependent receptor  26.9 
 
 		 786 aa  79  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.935063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1025  TonB-dependent receptor  26.88 
 
 		 791 aa  79  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4613  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  23.49 
 
 		 774 aa  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1994  TonB-dependent receptor  25.08 
 
 		 698 aa  78.2  0.0000000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2555  TonB-dependent receptor  25.19 
 
 		 702 aa  78.2  0.0000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>