More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2651 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2651  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 800 aa  1640    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4484  TonB-dependent receptor  30.53 
 
 		 726 aa  273  1e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.429644  normal  0.265878 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2201  TonB-dependent receptor  29.81 
 
 		 736 aa  264  4.999999999999999e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.407628  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1868  TonB-dependent receptor  29.43 
 
 		 734 aa  247  6.999999999999999e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.155376  normal  0.191225 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2019  TonB-dependent receptor  28.86 
 
 		 742 aa  240  6.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.850916  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1377  TonB-dependent receptor  28.49 
 
 		 713 aa  234  6e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3552  TonB-dependent receptor  28.29 
 
 		 737 aa  231  4e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0127436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4565  TonB-dependent receptor  27.87 
 
 		 733 aa  228  3e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.372815  normal  0.147883 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1382  TonB-dependent receptor  26.38 
 
 		 717 aa  228  3e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.530841  hitchhiker  0.000808374 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0940  TonB-dependent receptor  27.55 
 
 		 706 aa  225  3e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4246  TonB-dependent receptor  27.68 
 
 		 698 aa  224  4e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286559  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  26.06 
 
 		 715 aa  224  6e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  27.9 
 
 		 727 aa  221  3e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6067  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 		 716 aa  219  2e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1302  TonB-dependent receptor  28.36 
 
 		 702 aa  217  8e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220115  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43940  TonB-dependent receptor family  28.09 
 
 		 715 aa  216  9.999999999999999e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.204907  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2704  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 		 700 aa  212  3e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2477  TonB-dependent receptor  28.81 
 
 		 681 aa  208  2e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2555  TonB-dependent receptor  28.21 
 
 		 702 aa  202  1.9999999999999998e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2318  TonB-dependent receptor  28.16 
 
 		 708 aa  201  6e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1728  TonB-dependent receptor  27.4 
 
 		 690 aa  201  6e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322796  normal  0.420828 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4137  outer membrane siderophore receptor, putative  27.2 
 
 		 690 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4581  TonB-dependent receptor  27.59 
 
 		 718 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3709  TonB-dependent receptor  27.03 
 
 		 681 aa  194  6e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1856  TonB-dependent receptor  26.46 
 
 		 688 aa  192  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.405305  normal  0.0244044 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0808  TonB-dependent receptor  25.45 
 
 		 714 aa  187  8e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.131492 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1794  TonB-dependent receptor  28.8 
 
 		 664 aa  180  8e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4674  TonB-dependent receptor  26.43 
 
 		 692 aa  180  1e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.396726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3267  putative outer membrane receptor for iron transport  25.67 
 
 		 712 aa  167  8e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598995  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22830  TonB-dependent receptor  24.63 
 
 		 678 aa  157  8e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0688062  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3065  TonB-dependent receptor  24.51 
 
 		 786 aa  134  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.935063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0836  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 787 aa  126  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1543  TonB-dependent receptor plug  25.85 
 
 		 712 aa  120  7.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.888078 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2688  TonB-dependent receptor  31.86 
 
 		 720 aa  102  3e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2902  TonB-dependent receptor  22.83 
 
 		 791 aa  101  5e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.119413 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  23.97 
 
 		 688 aa  100  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3149  TonB-dependent receptor  29.07 
 
 		 785 aa  98.2  5e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  24.34 
 
 		 728 aa  94.7  5e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  22.25 
 
 		 721 aa  94  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  22.64 
 
 		 700 aa  93.2  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  22.25 
 
 		 706 aa  92.8  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  22.25 
 
 		 706 aa  92.8  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  22.25 
 
 		 706 aa  92.8  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  22.45 
 
 		 700 aa  92.8  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0022  TonB-dependent receptor  23.36 
 
 		 697 aa  92  3e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000255766 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4534  putative TonB-dependent receptor protein  23.66 
 
 		 797 aa  92.4  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.38874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  22.48 
 
 		 700 aa  92  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  22.48 
 
 		 700 aa  92  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  23.07 
 
 		 700 aa  92  4e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  23.07 
 
 		 700 aa  92  4e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  22.42 
 
 		 700 aa  92  4e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  22.25 
 
 		 706 aa  92  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  22.42 
 
 		 700 aa  89.7  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  22.52 
 
 		 700 aa  88.6  4e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  20.68 
 
 		 701 aa  87.8  8e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0094  TonB-dependent receptor  23.29 
 
 		 678 aa  87  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0917922  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4173  TonB-dependent receptor  26.06 
 
 		 739 aa  86.7  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  24.2 
 
 		 709 aa  84  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  21.9 
 
 		 675 aa  82  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  21.93 
 
 		 710 aa  81.6  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  22.81 
 
 		 706 aa  80.9  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2598  TonB-dependent receptor  23.36 
 
 		 723 aa  80.5  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00053771  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1025  TonB-dependent receptor  26.83 
 
 		 791 aa  80.5  0.0000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2498  TonB-dependent receptor  23.98 
 
 		 770 aa  79.7  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.111731 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  23.39 
 
 		 715 aa  79  0.0000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3048  TonB-dependent receptor  22.05 
 
 		 774 aa  79  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.20503  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1512  TonB-dependent receptor  25.9 
 
 		 782 aa  79  0.0000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.116652 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  22.76 
 
 		 726 aa  78.2  0.0000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1449  TonB-dependent receptor  32.77 
 
 		 740 aa  77  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.389596 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1826  TonB-dependent receptor  24.28 
 
 		 723 aa  75.9  0.000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0185611 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  22.34 
 
 		 694 aa  75.1  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3149  TonB-dependent receptor  22.36 
 
 		 776 aa  75.1  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0958639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2795  TonB-dependent receptor  21.67 
 
 		 701 aa  73.9  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  22.8 
 
 		 705 aa  73.6  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4866  TonB-dependent receptor  23.17 
 
 		 731 aa  72.4  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  23.75 
 
 		 681 aa  72.4  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6944  TonB-dependent receptor  21.3 
 
 		 757 aa  71.6  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2924  TonB-dependent receptor  21.53 
 
 		 776 aa  70.5  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.753718  normal  0.115907 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0909  putative TonB-dependent receptor  22.41 
 
 		 711 aa  69.3  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.622893  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12568  probable TonB-dependent receptor YncD precursor  20.91 
 
 		 762 aa  69.3  0.0000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1253  TonB-dependent receptor  27.48 
 
 		 778 aa  68.9  0.0000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.393341 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0485  TonB-dependent receptor  21.07 
 
 		 702 aa  68.2  0.0000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.517963  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1321  TonB-dependent receptor  25.63 
 
 		 724 aa  68.2  0.0000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2188  TonB-dependent receptor  23.27 
 
 		 680 aa  67.8  0.0000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4090  TonB-dependent receptor  22.74 
 
 		 705 aa  67.8  0.0000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  23.04 
 
 		 706 aa  66.6  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2662  TonB-dependent receptor  28.36 
 
 		 781 aa  66.6  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0145895  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0571  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 		 778 aa  65.1  0.000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1061  TonB-dependent receptor, plug  23.16 
 
 		 691 aa  64.7  0.000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  26.76 
 
 		 742 aa  63.5  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  21.79 
 
 		 720 aa  63.2  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5752  TonB-dependent receptor  29.26 
 
 		 746 aa  62.4  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0523831  hitchhiker  0.0000000000276247 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1426  TonB-dependent receptor  22.6 
 
 		 720 aa  62.4  0.00000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.51849  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3179  TonB-dependent receptor, plug  22.66 
 
 		 788 aa  62.4  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1994  TonB-dependent receptor  21.51 
 
 		 698 aa  61.6  0.00000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3157  TonB-dependent receptor  24.35 
 
 		 714 aa  61.2  0.00000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2037  TonB-dependent receptor  27.02 
 
 		 821 aa  61.2  0.00000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.38155  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0604  TonB-dependent outer membrane receptor  30.88 
 
 		 682 aa  60.8  0.00000009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0195  ferrienterochelin/colicin outer membrane receptor  24.06 
 
 		 653 aa  60.1  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.28696e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  27.87 
 
 		 659 aa  60.8  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>