275 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0836 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1449  TonB-dependent receptor  52.27 
 
 		 740 aa  763    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.389596 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3149  TonB-dependent receptor  78.4 
 
 		 785 aa  1276    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3065  TonB-dependent receptor  79.42 
 
 		 786 aa  1248    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.935063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4173  TonB-dependent receptor  48.09 
 
 		 739 aa  665    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0836  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 787 aa  1589    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1868  TonB-dependent receptor  30.41 
 
 		 734 aa  256  8e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.155376  normal  0.191225 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  28.79 
 
 		 727 aa  250  7e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3709  TonB-dependent receptor  29.55 
 
 		 681 aa  248  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4484  TonB-dependent receptor  28.43 
 
 		 726 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.429644  normal  0.265878 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2201  TonB-dependent receptor  29.31 
 
 		 736 aa  241  2.9999999999999997e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.407628  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22830  TonB-dependent receptor  28.72 
 
 		 678 aa  231  4e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0688062  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2688  TonB-dependent receptor  28.23 
 
 		 720 aa  231  5e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2019  TonB-dependent receptor  28.88 
 
 		 742 aa  221  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.850916  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2704  TonB-dependent receptor  26.78 
 
 		 700 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4565  TonB-dependent receptor  28.86 
 
 		 733 aa  218  5e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.372815  normal  0.147883 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1543  TonB-dependent receptor plug  28.07 
 
 		 712 aa  215  2.9999999999999995e-54  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.888078 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4246  TonB-dependent receptor  27.45 
 
 		 698 aa  214  7e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286559  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3552  TonB-dependent receptor  28.14 
 
 		 737 aa  210  7e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0127436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1377  TonB-dependent receptor  27.4 
 
 		 713 aa  207  6e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1382  TonB-dependent receptor  27.25 
 
 		 717 aa  205  2e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.530841  hitchhiker  0.000808374 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  27.53 
 
 		 715 aa  204  6e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1302  TonB-dependent receptor  28.06 
 
 		 702 aa  198  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220115  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4674  TonB-dependent receptor  25.75 
 
 		 692 aa  184  5.0000000000000004e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.396726  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43940  TonB-dependent receptor family  25.93 
 
 		 715 aa  181  7e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.204907  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2477  TonB-dependent receptor  26.53 
 
 		 681 aa  178  3e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0808  TonB-dependent receptor  26.72 
 
 		 714 aa  178  4e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.131492 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1728  TonB-dependent receptor  27.71 
 
 		 690 aa  166  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322796  normal  0.420828 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4137  outer membrane siderophore receptor, putative  27.71 
 
 		 690 aa  163  9e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1856  TonB-dependent receptor  26.64 
 
 		 688 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.405305  normal  0.0244044 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1794  TonB-dependent receptor  27.27 
 
 		 664 aa  157  5.0000000000000005e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3267  putative outer membrane receptor for iron transport  25.07 
 
 		 712 aa  155  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598995  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2651  TonB-dependent receptor  24.46 
 
 		 800 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2318  TonB-dependent receptor  24.69 
 
 		 708 aa  129  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0940  TonB-dependent receptor  31.36 
 
 		 706 aa  121  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6067  TonB-dependent receptor  31.12 
 
 		 716 aa  115  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341799  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  23.38 
 
 		 700 aa  110  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  23.38 
 
 		 700 aa  110  1e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  23.38 
 
 		 700 aa  110  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  22.52 
 
 		 728 aa  110  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  23.38 
 
 		 700 aa  109  2e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  23.38 
 
 		 700 aa  108  3e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  23.09 
 
 		 700 aa  108  3e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  23.23 
 
 		 700 aa  108  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  22.95 
 
 		 706 aa  107  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  22.75 
 
 		 721 aa  105  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  24.6 
 
 		 705 aa  105  3e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  22.8 
 
 		 700 aa  105  4e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  22.66 
 
 		 706 aa  105  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  22.8 
 
 		 700 aa  105  4e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  22.66 
 
 		 706 aa  104  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  22.66 
 
 		 706 aa  104  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2555  TonB-dependent receptor  31.41 
 
 		 702 aa  102  3e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1567  TonB-dependent receptor  21.63 
 
 		 780 aa  100  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615105  normal  0.74927 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4581  TonB-dependent receptor  28.42 
 
 		 718 aa  99.8  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2188  TonB-dependent receptor  24.01 
 
 		 680 aa  97.8  8e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  23.14 
 
 		 726 aa  97.1  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0571  TonB-dependent receptor  25.11 
 
 		 778 aa  95.1  4e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  21.79 
 
 		 715 aa  92.8  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  22.6 
 
 		 709 aa  90.5  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03467  TonB-dependent outer membrane Receptor  22.69 
 
 		 712 aa  89.4  3e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2598  TonB-dependent receptor  24.5 
 
 		 723 aa  87  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00053771  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  22.87 
 
 		 688 aa  82.4  0.00000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0022  TonB-dependent receptor  22.9 
 
 		 697 aa  81.6  0.00000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000255766 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4866  TonB-dependent receptor  22.35 
 
 		 731 aa  80.1  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  24.01 
 
 		 681 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1468  TonB-dependent receptor  20.96 
 
 		 682 aa  78.6  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2795  TonB-dependent receptor  22.09 
 
 		 701 aa  78.2  0.0000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0423  TonB-dependent receptor  20.98 
 
 		 696 aa  78.2  0.0000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2902  TonB-dependent receptor  28.17 
 
 		 791 aa  76.3  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.119413 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1426  TonB-dependent receptor  21.42 
 
 		 720 aa  74.3  0.000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.51849  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2498  TonB-dependent receptor  21.68 
 
 		 770 aa  73.9  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.111731 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1025  TonB-dependent receptor  27.46 
 
 		 791 aa  73.9  0.00000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0732  TonB-dependent receptor  22.22 
 
 		 688 aa  73.6  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.244967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3048  TonB-dependent receptor  22.76 
 
 		 774 aa  73.2  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.20503  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1061  TonB-dependent receptor, plug  22.32 
 
 		 691 aa  72.4  0.00000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  21.29 
 
 		 675 aa  71.2  0.00000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1076  iron transporter  23.19 
 
 		 743 aa  70.1  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.337763 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0812  TonB-dependent receptor plug  27.78 
 
 		 659 aa  69.7  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.183722  normal  0.24775 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0963  TonB-dependent receptor  29.07 
 
 		 614 aa  68.6  0.0000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1763  TonB-dependent receptor plug  27.59 
 
 		 703 aa  67.4  0.0000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0187171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0909  putative TonB-dependent receptor  26.98 
 
 		 711 aa  67  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.622893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  34.87 
 
 		 742 aa  66.6  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0677  TonB-dependent receptor  26.96 
 
 		 672 aa  66.6  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0620216  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5156  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 777 aa  66.2  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3353  TonB-dependent receptor plug  21.65 
 
 		 736 aa  65.9  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130298  normal  0.417052 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  27.31 
 
 		 634 aa  65.9  0.000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  20.45 
 
 		 706 aa  65.1  0.000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3243  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 777 aa  65.5  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00716389  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12568  probable TonB-dependent receptor YncD precursor  20.92 
 
 		 762 aa  65.5  0.000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5125  TonB-dependent receptor  24.32 
 
 		 777 aa  65.5  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  21.84 
 
 		 694 aa  64.3  0.000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1786  TonB-dependent receptor  27.3 
 
 		 824 aa  63.5  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.57125  normal  0.656731 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0279  TonB-dependent receptor  21.5 
 
 		 730 aa  62.8  0.00000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.874959  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2473  putative TonB-dependent siderophore receptor  23.26 
 
 		 788 aa  63.5  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.805537 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2924  TonB-dependent receptor  25.31 
 
 		 776 aa  63.2  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.753718  normal  0.115907 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3149  TonB-dependent receptor  26.48 
 
 		 776 aa  63.2  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0958639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1171  TonB-dependent receptor  22.32 
 
 		 697 aa  62.8  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  27.53 
 
 		 670 aa  61.2  0.00000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2037  TonB-dependent receptor  29.79 
 
 		 821 aa  61.2  0.00000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.38155  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  29.52 
 
 		 673 aa  61.2  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>