270 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5774 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_5774  TonB-dependent receptor plug  100 
 
 		 690 aa  1417    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.872771  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1763  TonB-dependent receptor plug  42.39 
 
 		 703 aa  525  1e-148  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0187171  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0732  TonB-dependent receptor  33.96 
 
 		 688 aa  388  1e-106  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.244967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0733  tonB-dependent receptor  35.54 
 
 		 680 aa  378  1e-103  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1468  TonB-dependent receptor  35.89 
 
 		 682 aa  372  1e-101  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2498  TonB-dependent receptor  28.53 
 
 		 770 aa  241  4e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.111731 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0423  TonB-dependent receptor  27.19 
 
 		 696 aa  208  3e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1567  TonB-dependent receptor  25.48 
 
 		 780 aa  194  7e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615105  normal  0.74927 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  26.14 
 
 		 688 aa  171  3e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  24.15 
 
 		 675 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12568  probable TonB-dependent receptor YncD precursor  22.75 
 
 		 762 aa  146  2e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0021  TonB-dependent receptor  25.39 
 
 		 705 aa  141  3.9999999999999997e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1061  TonB-dependent receptor, plug  23.26 
 
 		 691 aa  140  8.999999999999999e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  26.1 
 
 		 694 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2188  TonB-dependent receptor  23.87 
 
 		 680 aa  137  6.0000000000000005e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  22.78 
 
 		 700 aa  129  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  22.78 
 
 		 700 aa  129  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  23.02 
 
 		 700 aa  128  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  22.92 
 
 		 700 aa  126  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  22.7 
 
 		 700 aa  126  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  22.7 
 
 		 700 aa  126  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  22.7 
 
 		 700 aa  126  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  22.5 
 
 		 700 aa  125  3e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 705 aa  123  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  21.61 
 
 		 706 aa  122  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  21.61 
 
 		 706 aa  121  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  22.22 
 
 		 700 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1076  iron transporter  24.31 
 
 		 743 aa  121  3.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.337763 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  22.9 
 
 		 728 aa  121  4.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  21.61 
 
 		 721 aa  120  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  21.4 
 
 		 706 aa  120  7e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  21.61 
 
 		 706 aa  120  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0094  TonB-dependent receptor  24.31 
 
 		 678 aa  113  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0917922  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  21.93 
 
 		 715 aa  113  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  24.26 
 
 		 706 aa  110  9.000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1426  TonB-dependent receptor  24.01 
 
 		 720 aa  110  1e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.51849  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  24.36 
 
 		 726 aa  108  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  23.49 
 
 		 709 aa  106  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2795  TonB-dependent receptor  22.97 
 
 		 701 aa  105  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4866  TonB-dependent receptor  23.57 
 
 		 731 aa  104  5e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  23.37 
 
 		 742 aa  100  7e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  23.87 
 
 		 681 aa  99  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2598  TonB-dependent receptor  23.76 
 
 		 723 aa  96.3  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00053771  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  21.21 
 
 		 701 aa  93.6  1e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4173  TonB-dependent receptor  23.26 
 
 		 739 aa  91.7  4e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1826  TonB-dependent receptor  24.23 
 
 		 723 aa  90.1  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0185611 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2993  TonB-dependent receptor  22.07 
 
 		 705 aa  89  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.162079  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3709  TonB-dependent receptor  22.16 
 
 		 681 aa  87  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  23.9 
 
 		 706 aa  86.3  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22830  TonB-dependent receptor  20.93 
 
 		 678 aa  86.3  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0688062  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0909  putative TonB-dependent receptor  24.08 
 
 		 711 aa  85.5  0.000000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.622893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  21.75 
 
 		 727 aa  84.3  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03467  TonB-dependent outer membrane Receptor  23.08 
 
 		 712 aa  84.3  0.000000000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3353  TonB-dependent receptor plug  21.94 
 
 		 736 aa  83.6  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130298  normal  0.417052 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2477  TonB-dependent receptor  23.19 
 
 		 681 aa  82.4  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6944  TonB-dependent receptor  20.79 
 
 		 757 aa  81.6  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  24.54 
 
 		 710 aa  81.6  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2953  TonB-dependent receptor  24.79 
 
 		 700 aa  80.1  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.191776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0279  TonB-dependent receptor  21.84 
 
 		 730 aa  79.3  0.0000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.874959  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  22.64 
 
 		 715 aa  79.7  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2580  TonB-dependent receptor  24.65 
 
 		 836 aa  79  0.0000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1377  TonB-dependent receptor  23.02 
 
 		 713 aa  78.2  0.0000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0485  TonB-dependent receptor  21.69 
 
 		 702 aa  77.4  0.0000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.517963  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0940  TonB-dependent receptor  23.48 
 
 		 706 aa  76.6  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3267  putative outer membrane receptor for iron transport  22.21 
 
 		 712 aa  75.1  0.000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1382  TonB-dependent receptor  22.8 
 
 		 717 aa  74.3  0.000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.530841  hitchhiker  0.000808374 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4090  TonB-dependent receptor  22.81 
 
 		 705 aa  72.4  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0022  TonB-dependent receptor  21.71 
 
 		 697 aa  72  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000255766 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2019  TonB-dependent receptor  21.04 
 
 		 742 aa  71.2  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.850916  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1302  TonB-dependent receptor  22.73 
 
 		 702 aa  69.7  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220115  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0808  TonB-dependent receptor  20.72 
 
 		 714 aa  69.3  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.131492 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4246  TonB-dependent receptor  21.23 
 
 		 698 aa  69.3  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286559  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4484  TonB-dependent receptor  20.33 
 
 		 726 aa  68.2  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.429644  normal  0.265878 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2752  TonB-dependent receptor  22.62 
 
 		 736 aa  67.8  0.0000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000933457  normal  0.355865 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2201  TonB-dependent receptor  20.31 
 
 		 736 aa  67.4  0.0000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.407628  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4534  putative TonB-dependent receptor protein  26.67 
 
 		 797 aa  65.9  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.38874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1994  TonB-dependent receptor  27.14 
 
 		 698 aa  66.2  0.000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2625  TonB-dependent receptor  26.16 
 
 		 657 aa  66.6  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.980205  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2153  TonB-dependent receptor  23.44 
 
 		 828 aa  65.5  0.000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.453581  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4674  TonB-dependent receptor  21.3 
 
 		 692 aa  65.1  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.396726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6067  TonB-dependent receptor  23.06 
 
 		 716 aa  64.7  0.000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1735  TonB-dependent receptor  21.98 
 
 		 713 aa  63.5  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00374581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4565  TonB-dependent receptor  22.05 
 
 		 733 aa  63.9  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.372815  normal  0.147883 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1794  TonB-dependent receptor  21.29 
 
 		 744 aa  62.8  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000583553  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0865  TonB-dependent receptor  26.59 
 
 		 720 aa  62.8  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0447976  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1828  TonB-dependent receptor  23.12 
 
 		 712 aa  62.8  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000226653  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1968  TonB-dependent receptor  23.8 
 
 		 828 aa  62.4  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1841  TonB-dependent receptor  21.68 
 
 		 743 aa  62.8  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000217461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2310  TonB-dependent receptor  21.1 
 
 		 732 aa  62.4  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0299343  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1436  TonB-dependent siderophore receptor  23.05 
 
 		 669 aa  62.4  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2310  TonB-dependent receptor  23.11 
 
 		 815 aa  62  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3552  TonB-dependent receptor  19.87 
 
 		 737 aa  61.6  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0127436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1660  TonB-dependent receptor  22.5 
 
 		 729 aa  61.2  0.00000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000750921  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2204  TonB-dependent receptor  24.55 
 
 		 845 aa  59.7  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.316106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2735  TonB-dependent receptor, plug  24.66 
 
 		 650 aa  59.3  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1526  TonB-dependent receptor  22.94 
 
 		 733 aa  59.7  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.208571  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0681  TonB-dependent receptor  24.91 
 
 		 690 aa  58.9  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2258  TonB-dependent receptor  26.34 
 
 		 708 aa  58.9  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3149  TonB-dependent receptor  21.48 
 
 		 785 aa  58.5  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1802  TonB-dependent receptor  21.33 
 
 		 743 aa  58.5  0.0000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>