More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3340 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008752  Aave_4448  TonB-dependent receptor  50.91 
 
 		 678 aa  662    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.634501  normal  0.211596 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3340  TonB-dependent receptor, putative  100 
 
 		 683 aa  1412    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1855  TonB-dependent receptor, putative  80.59 
 
 		 693 aa  1160    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0314757  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02129  TonB-dependent receptor  50.61 
 
 		 667 aa  640    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.220582  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2896  TonB-dependent receptor  55.06 
 
 		 686 aa  775    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.148838 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2066  TonB-dependent receptor  57.71 
 
 		 709 aa  776    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2410  TonB-dependent receptor  91.51 
 
 		 683 aa  1315    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0836  TonB-dependent receptor for iron transport  46.66 
 
 		 683 aa  622  1e-177  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0639266  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0747  TonB-dependent receptor  46.66 
 
 		 683 aa  618  1e-175  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.582563  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0121  TonB-dependent receptor  44.81 
 
 		 681 aa  527  1e-148  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.138382 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3269  TonB-dependent receptor  42.65 
 
 		 688 aa  524  1e-147  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.35442 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3112  TonB-dependent receptor  23.59 
 
 		 687 aa  106  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.589119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1472  TonB-dependent receptor plug  24.21 
 
 		 704 aa  96.7  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.686986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1310  TonB-dependent receptor plug  24.21 
 
 		 704 aa  96.7  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.475424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2990  TonB-dependent receptor  22.37 
 
 		 656 aa  91.3  5e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235083  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5111  TonB-dependent receptor plug  23.1 
 
 		 733 aa  91.3  6e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1061  TonB-dependent receptor, plug  23.83 
 
 		 691 aa  88.2  5e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01819  outer membrane receptor protein, most likely Fe transport  24.68 
 
 		 716 aa  87  0.000000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000492197  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  24.53 
 
 		 688 aa  86.7  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2804  outer membrane receptor protein  23.73 
 
 		 692 aa  85.1  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3559  TonB-dependent receptor  21.55 
 
 		 665 aa  85.5  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00145171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3767  TonB-dependent receptor  22.39 
 
 		 653 aa  83.6  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  22.82 
 
 		 681 aa  79.7  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1968  TonB-dependent receptor  23.03 
 
 		 828 aa  80.5  0.0000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2153  TonB-dependent receptor  22.56 
 
 		 828 aa  80.1  0.0000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.453581  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1038  TonB-dependent siderophore receptor  24.14 
 
 		 782 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3176  TonB-dependent siderophore receptor  22.14 
 
 		 653 aa  79.7  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4866  TonB-dependent receptor  24.81 
 
 		 731 aa  77.8  0.0000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0663  TonB-dependent receptor  22.21 
 
 		 652 aa  77  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.136044  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  23.4 
 
 		 706 aa  76.6  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4246  TonB-dependent receptor  22.63 
 
 		 698 aa  76.3  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286559  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2891  TonB-dependent siderophore receptor  25.71 
 
 		 711 aa  75.9  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  24.08 
 
 		 675 aa  76.3  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0729  TonB-dependent receptor, plug  26.44 
 
 		 656 aa  75.5  0.000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000181168  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  24.65 
 
 		 715 aa  75.1  0.000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  25.21 
 
 		 728 aa  74.7  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0923  TonB-dependent siderophore receptor  23.19 
 
 		 777 aa  74.3  0.000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2477  TonB-dependent receptor  23 
 
 		 681 aa  74.7  0.000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3709  TonB-dependent receptor  31.92 
 
 		 681 aa  74.7  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1927  TonB dependent receptor  20.33 
 
 		 725 aa  74.3  0.000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0622578  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6944  TonB-dependent receptor  23.03 
 
 		 757 aa  74.3  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3302  TonB-dependent siderophore receptor  21.55 
 
 		 653 aa  74.3  0.000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00384842  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04680  TonB-dependent receptor  21.88 
 
 		 757 aa  73.9  0.000000000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.868178  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1207  iron(III) dicitrate transport protein fecA  23.64 
 
 		 782 aa  73.6  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3644  TonB-dependent receptor  21.53 
 
 		 653 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.388894  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47190  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  23.09 
 
 		 784 aa  73.9  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02035  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  22.86 
 
 		 705 aa  73.9  0.00000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3576  TonB-dependent receptor  21.48 
 
 		 653 aa  73.2  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313951  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4613  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  23.39 
 
 		 774 aa  72.8  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2993  TonB-dependent receptor  22.56 
 
 		 705 aa  73.2  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.162079  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0256  ferric siderophore receptor  22.09 
 
 		 807 aa  72.8  0.00000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.027165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4681  TonB-dependent receptor  30.33 
 
 		 704 aa  73.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0656736  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22830  TonB-dependent receptor  23.58 
 
 		 678 aa  72.4  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0688062  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0651  TonB-dependent siderophore receptor  21.4 
 
 		 653 aa  72.4  0.00000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.68611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2580  TonB-dependent receptor  22.51 
 
 		 836 aa  72  0.00000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4596  TonB-dependent siderophore receptor  23.53 
 
 		 774 aa  71.6  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3325  outer membrane ferric siderophore receptor, putative  26.09 
 
 		 696 aa  71.2  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.54373 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3472  TonB-dependent siderophore receptor  21.48 
 
 		 653 aa  71.2  0.00000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0503687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2605  OM receptor TonB  22.08 
 
 		 787 aa  71.2  0.00000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0978096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0824  TonB-dependent receptor, plug  21.16 
 
 		 659 aa  70.9  0.00000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0609  TonB-dependent siderophore receptor  21.55 
 
 		 710 aa  70.9  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1523  TonB-dependent siderophore receptor  24.92 
 
 		 727 aa  70.1  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.249023  normal  0.758259 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3267  putative outer membrane receptor for iron transport  25.87 
 
 		 712 aa  70.1  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0279  TonB-dependent receptor  21.96 
 
 		 730 aa  69.3  0.0000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.874959  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3280  TonB-dependent siderophore receptor  25.81 
 
 		 707 aa  69.3  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0713327  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4565  TonB-dependent receptor  22.41 
 
 		 733 aa  69.7  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.372815  normal  0.147883 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4173  TonB-dependent receptor  31.09 
 
 		 739 aa  69.3  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3851  TonB-dependent siderophore receptor  21.04 
 
 		 711 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2631  TonB-dependent receptor domain-containing protein  32.24 
 
 		 646 aa  68.9  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.221793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  22.48 
 
 		 742 aa  68.2  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2310  TonB-dependent receptor  22.46 
 
 		 815 aa  68.2  0.0000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0488  TonB-dependent receptor  22.9 
 
 		 682 aa  67.8  0.0000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  29.68 
 
 		 614 aa  67.4  0.0000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  22.78 
 
 		 727 aa  67.4  0.0000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0815  TonB-dependent receptor domain-containing protein  21.28 
 
 		 653 aa  67  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3085  TonB-dependent siderophore receptor  23.7 
 
 		 767 aa  66.6  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.432475  normal  0.216415 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1609  TonB-dependent receptor  21.39 
 
 		 684 aa  66.6  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.952193  normal  0.492474 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2559  TonB-dependent siderophore receptor  24.44 
 
 		 708 aa  66.2  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2605  TonB-dependent siderophore receptor, putative  22.48 
 
 		 685 aa  66.2  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09350  TonB-dependent siderophore receptor  22.05 
 
 		 704 aa  65.9  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1539  receptor, putative  22.49 
 
 		 639 aa  65.9  0.000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  23.04 
 
 		 715 aa  66.2  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2419  TonB-dependent siderophore receptor  25.47 
 
 		 696 aa  66.2  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.56644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  22.89 
 
 		 634 aa  65.9  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3155  outer membrane ferric siderophore receptor, putative  24.08 
 
 		 709 aa  65.5  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.990361 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3612  TonB-dependent siderophore receptor  22.3 
 
 		 770 aa  65.1  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.565753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  25.8 
 
 		 700 aa  65.1  0.000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  25.8 
 
 		 700 aa  65.1  0.000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1426  TonB-dependent receptor  22.13 
 
 		 720 aa  64.7  0.000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.51849  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2598  TonB-dependent receptor  22.98 
 
 		 723 aa  64.3  0.000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00053771  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0722  TonB-dependent siderophore receptor  22.46 
 
 		 675 aa  64.3  0.000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5169  TonB-dependent siderophore receptor  22.44 
 
 		 723 aa  64.3  0.000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03467  TonB-dependent outer membrane Receptor  25.78 
 
 		 712 aa  63.9  0.000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  25.48 
 
 		 700 aa  63.5  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  25.48 
 
 		 700 aa  63.5  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2180  TonB-dependent receptor, putative  21.08 
 
 		 765 aa  63.5  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2232  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 		 708 aa  63.9  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3109  TonB-dependent siderophore receptor  22.16 
 
 		 710 aa  63.9  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  25.8 
 
 		 700 aa  63.5  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  25.8 
 
 		 700 aa  62.8  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>