More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4613 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_04157  ferric citrate outer membrane transporter  61.87 
 
 		 774 aa  979    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3709  TonB-dependent siderophore receptor  61.75 
 
 		 774 aa  977    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0483354  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0743  TonB-dependent siderophore receptor  61.75 
 
 		 774 aa  976    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.689224  normal  0.515767 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4613  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  100 
 
 		 774 aa  1585    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1204  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  66.88 
 
 		 784 aa  1014    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.814963  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1207  iron(III) dicitrate transport protein fecA  78.49 
 
 		 782 aa  1283    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1038  TonB-dependent siderophore receptor  80.69 
 
 		 782 aa  1286    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.85232 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0923  TonB-dependent siderophore receptor  77.54 
 
 		 777 aa  1258    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3231  TonB-dependent siderophore receptor  50.15 
 
 		 687 aa  643    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.854124  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04120  hypothetical protein  61.87 
 
 		 774 aa  979    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47190  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  67.39 
 
 		 784 aa  1042    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13430  Fe(III) dicitrate transport protein FecA  67.65 
 
 		 784 aa  1031    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4868  iron(III) dicitrate transport protein FecA  62 
 
 		 774 aa  979    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4596  TonB-dependent siderophore receptor  97.67 
 
 		 774 aa  1548    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0897  TonB-dependent siderophore receptor  44.9 
 
 		 809 aa  619  1e-176  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.448435  normal  0.28892 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0867  FecA-like outer membrane receptor  44.77 
 
 		 809 aa  616  1e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.272294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0911  TonB-dependent siderophore receptor  44.33 
 
 		 809 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.11228 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4311  TonB-dependent siderophore receptor  43.4 
 
 		 809 aa  591  1e-167  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0939329 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5807  ferric citrate outer membrane transporter  46.69 
 
 		 717 aa  592  1e-167  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3784  TonB-dependent siderophore receptor  42.46 
 
 		 807 aa  582  1e-164  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.894959 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21730  putative TonB-dependent receptor  47.49 
 
 		 721 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5806  ferric citrate outer membrane transporter  44.89 
 
 		 731 aa  567  1e-160  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1853  TonB-dependent receptor  46.56 
 
 		 721 aa  567  1e-160  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5169  TonB-dependent siderophore receptor  44.32 
 
 		 723 aa  558  1e-157  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2453  TonB-dependent siderophore receptor  45.51 
 
 		 720 aa  557  1e-157  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.591762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4646  TonB-dependent siderophore receptor  41.53 
 
 		 708 aa  509  1e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2308  TonB-dependent siderophore receptor  40.81 
 
 		 693 aa  481  1e-134  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00270239  normal  0.034674 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0722  TonB-dependent siderophore receptor  34.56 
 
 		 675 aa  343  5e-93  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001068  vibrioferrin receptor PvuA  32.38 
 
 		 712 aa  338  2.9999999999999997e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09350  TonB-dependent siderophore receptor  34.1 
 
 		 704 aa  332  1e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4787  TonB-dependent siderophore receptor  33.74 
 
 		 696 aa  326  1e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3090  ferric vibrioferrin receptor  32.8 
 
 		 690 aa  312  1e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0290295  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0049  TonB-dependent siderophore receptor  31.76 
 
 		 703 aa  303  6.000000000000001e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.627674  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3142  TonB-dependent siderophore receptor  31.35 
 
 		 688 aa  302  1e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1280  TonB-dependent siderophore receptor  30.64 
 
 		 731 aa  295  2e-78  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0800812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01932  TonB-dependent outer membrane Receptor  32.01 
 
 		 713 aa  288  2e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0609  TonB-dependent siderophore receptor  29.31 
 
 		 710 aa  276  1.0000000000000001e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3851  TonB-dependent siderophore receptor  28.96 
 
 		 711 aa  259  1e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1512  TonB-dependent receptor  25.39 
 
 		 782 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.116652 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0865  TonB-dependent receptor  25.1 
 
 		 700 aa  151  4e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0848071  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02035  outer membrane iron(III) dicitrate receptor  24.56 
 
 		 705 aa  151  4e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0818  TonB-dependent receptor, plug  33.57 
 
 		 518 aa  139  2e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000136965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0878  TonB-dependent receptor  25.16 
 
 		 773 aa  127  9e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2724  TonB-dependent receptor  25.85 
 
 		 709 aa  127  1e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.424768 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4852  TonB-dependent siderophore receptor  23.06 
 
 		 810 aa  124  6e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0931  TonB-dependent siderophore receptor  24.15 
 
 		 809 aa  124  8e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.79278  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1206  TonB-dependent siderophore receptor, putative  23.96 
 
 		 833 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.843883  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4532  TonB-dependent receptor  25.04 
 
 		 813 aa  123  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.885203  normal  0.799433 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0229  putative TonB-dependent receptor  24.91 
 
 		 795 aa  121  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2772  TonB-dependent receptor  23.59 
 
 		 794 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.600395  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0378  TonB-dependent siderophore receptor  21.46 
 
 		 810 aa  118  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.177868 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0590  putative TonB-dependent receptor protein  24.28 
 
 		 737 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000188689  decreased coverage  0.000190482 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32740  TonB-dependent receptor  22.98 
 
 		 820 aa  117  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.014522  hitchhiker  0.000022757 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1826  TonB-dependent siderophore receptor  24.71 
 
 		 779 aa  117  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.605271  normal  0.34402 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01870  putative TonB-dependent receptor  24.48 
 
 		 795 aa  117  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.554245 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3787  TonB-dependent receptor  22.83 
 
 		 751 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000153626  decreased coverage  0.00000099878 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0350  TonB-dependent siderophore receptor  22.96 
 
 		 810 aa  115  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0376  TonB-dependent siderophore receptor  22.89 
 
 		 810 aa  114  5e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.319241  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01120  TonB-dependent siderophore receptor  24.5 
 
 		 793 aa  113  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 		 700 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6883  TonB-dependent receptor  24.76 
 
 		 821 aa  112  3e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3327  TonB-dependent siderophore receptor  24.33 
 
 		 799 aa  111  6e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0312  iron(III) dicitrate transport protein, outer membrane receptor  23.84 
 
 		 807 aa  111  6e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.670307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  26.38 
 
 		 700 aa  111  7.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  26.37 
 
 		 700 aa  110  9.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0713  TonB-dependent receptor  22.16 
 
 		 729 aa  110  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000508975  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  26.02 
 
 		 700 aa  110  1e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  26 
 
 		 700 aa  108  3e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  26 
 
 		 700 aa  108  3e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3888  TonB-dependent receptor  24.45 
 
 		 730 aa  108  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000154411  decreased coverage  0.00438264 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5189  TonB-dependent siderophore receptor  22.32 
 
 		 808 aa  109  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.435834  normal  0.330016 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3399  TonB-dependent receptor  22.19 
 
 		 727 aa  108  3e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.186836  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  25.97 
 
 		 700 aa  108  4e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3575  TonB-dependent siderophore receptor  24.94 
 
 		 801 aa  108  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  25.97 
 
 		 700 aa  108  4e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0458  ferrichrome-iron receptor  22.07 
 
 		 696 aa  106  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000766311 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0023  TonB-dependent receptor  24.66 
 
 		 747 aa  106  1e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0416  ferrichrome-iron receptor  22.07 
 
 		 696 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00345861 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  25.92 
 
 		 700 aa  106  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0404  ferrichrome-iron receptor  22.07 
 
 		 696 aa  106  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000262521 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  25.81 
 
 		 706 aa  105  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2582  TonB-dependent siderophore receptor  24.57 
 
 		 802 aa  105  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.431715  normal  0.0101305 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0630  TonB-dependent receptor  22.05 
 
 		 727 aa  105  3e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0349605  normal  0.294722 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  25.47 
 
 		 721 aa  105  4e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  25.68 
 
 		 706 aa  104  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  25.6 
 
 		 728 aa  103  9e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  25.68 
 
 		 706 aa  103  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  25.68 
 
 		 706 aa  103  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3324  TonB-dependent outer membrane ferric coprogen receptor FitA  27.22 
 
 		 713 aa  103  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.992566  normal  0.497085 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2953  TonB-dependent siderophore receptor  23.31 
 
 		 792 aa  103  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10440  TonB-dependent siderophore receptor  24.71 
 
 		 810 aa  103  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0438512  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4343  TonB-dependent outer membrane ferric coprogen receptor FitA  27.22 
 
 		 713 aa  102  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  23.24 
 
 		 701 aa  102  2e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0398  ferrichrome-iron receptor  21.92 
 
 		 698 aa  103  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2339  TonB-dependent siderophore receptor  24.64 
 
 		 800 aa  102  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3037  TonB-dependent receptor  23.34 
 
 		 736 aa  101  6e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.117014 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0395  ferrichrome-iron receptor  21.51 
 
 		 696 aa  100  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.458077  hitchhiker  0.000000000000143872 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  23.76 
 
 		 706 aa  100  1e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6086  TonB-dependent siderophore receptor  24.24 
 
 		 829 aa  100  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.252964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4030  TonB-dependent receptor:Lipocalin  24.7 
 
 		 713 aa  99.4  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>