More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2709 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2709  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 234 aa  461  1e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.263272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02039  putative DNA-binding protein  32.61 
 
 		 249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2317  AraC family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 233 aa  93.2  3e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6884  transcriptional regulator, AraC family  26.72 
 
 		 264 aa  88.6  8e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0213  AraC family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 223 aa  87.8  1e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0665  helix-turn-helix domain-containing protein  32.48 
 
 		 270 aa  88.2  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.123814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2373  transcriptional regulator, AraC family  29.33 
 
 		 234 aa  81.3  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0015649  normal  0.589788 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1434  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 257 aa  80.1  0.00000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.52779  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1452  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 257 aa  80.1  0.00000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2303  AraC family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 251 aa  78.2  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5231  helix-turn-helix domain-containing protein  28.15 
 
 		 267 aa  77.8  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3649  helix-turn-helix domain-containing protein  30.3 
 
 		 256 aa  78.2  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.128425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3297  AraC family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 228 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4554  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 256 aa  71.2  0.00000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3351  Helix-turn-helix, AraC domain protein  27.35 
 
 		 226 aa  70.9  0.00000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5321  helix-turn-helix domain-containing protein  31.36 
 
 		 260 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.833678 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5690  AraC family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 260 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.313286 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  27.23 
 
 		 261 aa  69.7  0.00000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4867  helix-turn-helix domain-containing protein  38.78 
 
 		 273 aa  69.7  0.00000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3877  transcriptional regulator, AraC family  31.11 
 
 		 282 aa  68.6  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4435  transcriptional regulator, AraC family  30.25 
 
 		 262 aa  68.6  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0681561  normal  0.0120203 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3822  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 282 aa  66.6  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2427  AraC family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 229 aa  66.6  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3684  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 287 aa  66.6  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.2904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2575  hypothetical protein  28.33 
 
 		 247 aa  65.9  0.0000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5753  AraC family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 287 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.152383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5740  AraC family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 278 aa  63.9  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5080  transcriptional regulator, AraC family  27.31 
 
 		 269 aa  63.5  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.487894  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3884  transcriptional regulator, AraC family  31.29 
 
 		 268 aa  62.8  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.369279  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5394  transcriptional regulator, AraC family  39.22 
 
 		 229 aa  62.8  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.801422  normal  0.551165 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2796  helix-turn-helix domain-containing protein  26.58 
 
 		 257 aa  62  0.000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.586301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3341  transcriptional regulator, AraC family  27.66 
 
 		 265 aa  60.8  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.811719 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2388  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 278 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.262251  unclonable  0.0000340178 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2994  transcriptional regulator, AraC family  27.66 
 
 		 265 aa  60.5  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0283  transcriptional regulator, AraC family  28.45 
 
 		 246 aa  60.1  0.00000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3231  transcriptional regulator, AraC family  27.93 
 
 		 250 aa  60.1  0.00000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55240  hypothetical protein  26.91 
 
 		 221 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000168814 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3062  transcription regulator protein  26.7 
 
 		 268 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.413653  normal  0.153433 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 279 aa  57.4  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4807  AraC family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 221 aa  57  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3066  AraC family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 275 aa  56.6  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.324544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3844  helix-turn-helix domain-containing protein  28.35 
 
 		 257 aa  56.2  0.0000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.290293  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0235  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 263 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0671  AraC family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 263 aa  55.5  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697598 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0977  AraC family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 300 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000786642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4467  AraC family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 288 aa  55.5  0.0000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0973  AraC family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 300 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000577914  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3097  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 270 aa  54.7  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.413253 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2201  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 275 aa  54.7  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.507033 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2237  putative transcriptional regulator  34.48 
 
 		 278 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3204  AraC family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 273 aa  53.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.19869  normal  0.466568 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26330  AraC family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 278 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.643276  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.57 
 
 		 415 aa  53.9  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6272  AraC family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 143 aa  53.5  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0908996 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 279 aa  53.1  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3263  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 274 aa  53.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.534649  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2493  transcriptional regulator, AraC family  26.41 
 
 		 299 aa  53.5  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000346931  normal  0.0115142 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2853  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.57 
 
 		 259 aa  53.1  0.000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0757532  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  39.73 
 
 		 306 aa  53.1  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1375  AraC family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 294 aa  53.1  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000191451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1644  AraC family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 333 aa  52.4  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000273212  normal  0.0582405 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0043  AraC family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 266 aa  52.8  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2432  transcriptional regulator, AraC family  29.59 
 
 		 274 aa  52.4  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.28452  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4210  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 299 aa  52  0.000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000259018  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3558  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 377 aa  52  0.000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4246  AraC family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 273 aa  52.4  0.000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6439  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 143 aa  52  0.000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.937218  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6674  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 143 aa  52  0.000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4452  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 275 aa  52  0.000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.686924 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1049  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 276 aa  52  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000110999  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2692  AraC protein arabinose-binding/dimerisation  27.31 
 
 		 266 aa  52  0.000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2719  AraC family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 276 aa  52  0.000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4229  transcriptional regulator, AraC family  35.9 
 
 		 278 aa  51.6  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0432  AraC family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 397 aa  51.2  0.00001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6062  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 151 aa  51.6  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  31.3 
 
 		 278 aa  51.2  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3439  AraC family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 282 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3142  transcriptional regulator, AraC-family  34.38 
 
 		 278 aa  50.8  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.844249  normal  0.127089 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3827  AraC family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 235 aa  50.8  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3940  AraC family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 235 aa  50.8  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.423213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2631  transcriptional regulator, AraC family  40.45 
 
 		 282 aa  50.8  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.54416  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2073  AraC family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 293 aa  50.8  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000233142  normal  0.314085 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6023  AraC family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 293 aa  50.8  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0029418  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3744  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 377 aa  50.8  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6359  AraC family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 151 aa  50.8  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48310  putative transcriptional regulator  31.48 
 
 		 260 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.141935  normal  0.137096 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2054  AraC family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 293 aa  50.8  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000130101  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001495  transcriptional regulator AraC family protein  28.57 
 
 		 264 aa  50.8  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.12324  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  38.36 
 
 		 294 aa  50.8  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3914  AraC family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 235 aa  50.8  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2259  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 271 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0423097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 266 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2935  transcriptional regulator, AraC family  36.71 
 
 		 276 aa  50.1  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000465121  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4223  transcriptional regulator, AraC family  30.47 
 
 		 299 aa  50.1  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4111  transcriptional regulator, AraC family  30.47 
 
 		 299 aa  50.1  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.596036  normal  0.240547 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3282  helix-turn-helix domain-containing protein  23.68 
 
 		 307 aa  50.1  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3197  DNA-binding transcriptional regulator AraC  27.45 
 
 		 325 aa  50.1  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0504834 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2750  putative transcriptional regulator  33.67 
 
 		 254 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1369  AraC family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 287 aa  49.7  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000576535  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3217  AraC family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 287 aa  49.7  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000309187  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>