More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0665 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0665  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 270 aa  546  1e-154  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.123814  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6884  transcriptional regulator, AraC family  32.56 
 
 		 264 aa  108  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4867  helix-turn-helix domain-containing protein  35.09 
 
 		 273 aa  100  3e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5740  AraC family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 278 aa  95.5  8e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5231  helix-turn-helix domain-containing protein  32.89 
 
 		 267 aa  94  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5321  helix-turn-helix domain-containing protein  35.46 
 
 		 260 aa  93.6  3e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.833678 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5690  AraC family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 260 aa  93.6  3e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.313286 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3649  helix-turn-helix domain-containing protein  35.53 
 
 		 256 aa  91.7  1e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.128425  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3884  transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 		 268 aa  90.5  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.369279  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3684  helix-turn-helix domain-containing protein  57.14 
 
 		 287 aa  90.5  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.2904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4554  AraC family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 256 aa  90.1  4e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2575  hypothetical protein  29.64 
 
 		 247 aa  86.7  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  29.69 
 
 		 261 aa  86.3  5e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5394  transcriptional regulator, AraC family  40.31 
 
 		 229 aa  82.8  0.000000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.801422  normal  0.551165 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1434  AraC family transcriptional regulator  52.7 
 
 		 257 aa  82.4  0.000000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.52779  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1452  AraC family transcriptional regulator  52.7 
 
 		 257 aa  82.4  0.000000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4467  AraC family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 288 aa  82  0.000000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2709  helix-turn-helix domain-containing protein  32.62 
 
 		 234 aa  80.9  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.263272  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5753  AraC family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 287 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.152383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3297  AraC family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 228 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3822  AraC family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 282 aa  75.5  0.0000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5080  transcriptional regulator, AraC family  40.19 
 
 		 269 aa  75.5  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.487894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3877  transcriptional regulator, AraC family  32.51 
 
 		 282 aa  74.7  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0671  AraC family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 263 aa  73.6  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697598 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4435  transcriptional regulator, AraC family  48.05 
 
 		 262 aa  72.4  0.000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0681561  normal  0.0120203 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2317  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 233 aa  70.5  0.00000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2796  helix-turn-helix domain-containing protein  47.76 
 
 		 257 aa  69.7  0.00000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.586301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1743  AraC family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 285 aa  68.2  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.295048  normal  0.345273 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0577  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 313 aa  66.2  0.0000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2303  AraC family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 251 aa  66.2  0.0000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4941  transcriptional regulator, AraC family  35.64 
 
 		 276 aa  65.9  0.0000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3351  Helix-turn-helix, AraC domain protein  35.29 
 
 		 226 aa  65.5  0.0000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02039  putative DNA-binding protein  30.3 
 
 		 249 aa  65.1  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3697  two component AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 517 aa  65.1  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000611836  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5804  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 305 aa  65.1  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2432  transcriptional regulator, AraC family  25.61 
 
 		 274 aa  65.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.28452  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55240  hypothetical protein  38.46 
 
 		 221 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000168814 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1998  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.5 
 
 		 258 aa  63.9  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2455  transcriptional regulator, AraC family  37.11 
 
 		 351 aa  64.7  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.979358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4807  AraC family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 221 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3204  AraC family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 273 aa  63.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.19869  normal  0.466568 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2193  transcriptional regulator, AraC family  36.73 
 
 		 296 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000412725 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0213  AraC family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 223 aa  64.7  0.000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2373  transcriptional regulator, AraC family  34.51 
 
 		 234 aa  63.5  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0015649  normal  0.589788 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3069  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 296 aa  62.8  0.000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  37.61 
 
 		 293 aa  62.4  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1809  transcriptional regulator, AraC family  32.29 
 
 		 273 aa  62.4  0.000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000729156  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3844  helix-turn-helix domain-containing protein  31.71 
 
 		 257 aa  62.4  0.000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.290293  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3263  AraC family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 274 aa  62.4  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.534649  normal  0.60166 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2843  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 296 aa  61.6  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.538425  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2816  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 296 aa  62  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3057  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 296 aa  61.6  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.118978  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 278 aa  61.6  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  35.05 
 
 		 513 aa  62  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 296 aa  61.6  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2776  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 296 aa  61.2  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0046  AraC family transcriptional regulator  37 
 
 		 131 aa  60.8  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6272  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 143 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0908996 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6439  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 143 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.937218  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1460  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 278 aa  60.8  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6674  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 143 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3654  putative transcriptional regulator  33.12 
 
 		 274 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.232111  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1562  AraC family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 278 aa  60.1  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6062  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 151 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1599  AraC family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 278 aa  60.1  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000366861  normal  0.399443 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2781  transcriptional regulator, AraC family  33.02 
 
 		 271 aa  60.1  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.109963 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2731  Helix-turn-helix, AraC domain protein  27.34 
 
 		 261 aa  60.1  0.00000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2436  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 329 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1568  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 278 aa  60.1  0.00000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2935  transcriptional regulator, AraC family  32.38 
 
 		 276 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000465121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2634  DNA-binding transcriptional regulator AraC  30.37 
 
 		 294 aa  59.7  0.00000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1140  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 258 aa  59.7  0.00000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3855  AraC family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 285 aa  59.7  0.00000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2069  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 329 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.020463  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00346  AraC family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 279 aa  59.3  0.00000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1906  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 329 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.166677  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4026  AraC family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 267 aa  59.3  0.00000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4202  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 319 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2679  AraC family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 268 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43580  putative transcriptional regulator  38.82 
 
 		 274 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.417491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 319 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  35.78 
 
 		 287 aa  59.3  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 337 aa  59.3  0.00000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3295  transcriptional regulator, AraC family  26.17 
 
 		 285 aa  58.9  0.00000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196416  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2693  AraC family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 278 aa  58.9  0.00000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1762  AraC/XylS family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 278 aa  58.5  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1199  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 329 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.33488  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  31.41 
 
 		 318 aa  58.2  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 294 aa  58.9  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29140  response regulator containing CheY-like receiver domain and AraC-type DNA-binding domain  34.62 
 
 		 279 aa  58.5  0.0000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0771  two component AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 355 aa  58.2  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000862622  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2594  AraC family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 278 aa  58.5  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  33.03 
 
 		 294 aa  58.2  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000327  transcriptional regulator AraC family  31.68 
 
 		 322 aa  58.5  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000791228  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1643  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 329 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0855  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 329 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0305  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 329 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.183082  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 281 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3086  transcriptional regulator, AraC family  32.08 
 
 		 296 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.164604  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 279 aa  57.4  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.606385 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>